4株滑液囊支原体分离株P80脂蛋白的基因克隆及序列分析

为研究滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)P80家族脂蛋白的功能及其异同,通过PCR方法从4株滑液囊支原体分离株中分别扩增P80-1,P80-2,P80-3蛋白的基因序列并进行测序,通过生物信息学方法对P80家族脂蛋白的蛋白序列进行分析,寻找保守结构域、抗原表位,并预测功能.结果表明,P80家族脂蛋白均为碱性亲水性稳定蛋白,在N端具有较强疏水性,只有P80-2蛋白具有跨膜螺旋区;P80家族脂蛋白信号肽的位置与疏水区结果相一致;3条P80蛋白具有12个相同的保守结构域及2~4个不同的结构域;有31~32个抗原表位;二级结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主;三级结构预测显示,P80-1蛋白具有ABC转运蛋白的功能,P80-2蛋白为周质结合蛋白Ⅱ型,P80-3蛋白具有细胞黏附功能.研究结果可为MS P80家族脂蛋白功能的深入研究以及MS致病机制、病原诊断和疫苗研制提供参考.

奶牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因的克隆及序列分析

研究根据GenBank上发表的牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白的基因序列设计合成1对引物,用PCR方法扩增出了牛瑟氏泰勒虫的基因片段,将该基因纯化后连接到pMD18-T载体上,进行序列测定和分析,并用此方法对延边某奶牛场10头奶牛进行了检测。结果表明:10份样品中9份为阳性,所扩增的目的基因核苷酸长为868bp,共编码283个氨基酸;该段基因片段与牛泰勒虫韩国株核苷酸序列同源性为99·4%,氨基酸同源性为99·3%。

牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因的克隆与序列分析

为分析吉林省流行的牛瑟氏泰勒虫基因序列,根据GenBank上发表的牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因序列设计合成一对引物,用PCR方法扩增出牛瑟氏泰勒虫的基因片段,并成功地将该基因纯化后克隆到pGEM-TEasy载体上,将经EcoRⅠ酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序。结果表明克隆的基因片段长度为868bp,编码283个氨基酸,有2个潜在的糖基化位点。核苷酸同源性分析表明,该基因片段与韩国株(AF521557)、日本株(AB016280)、俄罗斯株(AB016279)的核苷酸序列同源性分别为99.4%、88.0%、88.1%。

非洲猪瘟病毒B646L基因序列分析及p72蛋白质结构与细胞抗原表位预测

为探究非洲猪瘟病毒B646L基因序列的碱基组成特点,及预测该基因所编码的p72蛋白质结构与细胞抗原表位,利用PCR技术对非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框的序列进行扩增、测序及碱基组成分析;运用软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL对p72蛋白质进行理化性质分析及二、三级结构预测;运用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL对p72蛋白在B、T细胞的抗原表位进行预测。结果表明,非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列全长为1941 bp,其中,碱基A含量为26.9%,T含量为28.9%,G含量为24.2%及C含量为20.0%,A+T的含量为55.8%,G+C的含量为44.2%,AT含量显著高于GC含量;该序列共编码646个氨基酸,p72蛋白大小为76 ku;在整个p72蛋白分子的二、三级结构中,α-螺旋占19.35%,β-转角占5.42%,无规卷曲占50.15%,扩展链为25.08%,以无规卷曲为主要结构;该蛋白存在细胞质的概率最大,其次是细胞核,存在于线粒体、高尔基体和内质网的概率较低;p72蛋白B淋巴细胞优势抗原表位分别为12~18 aa、27~37 aa、45~55 aa、77~88 aa、110~120 aa;T淋巴细胞优势抗原表位分别为203~212 aa、298~307 aa、520~531 aa。说明非洲猪瘟病毒B646L基因ORF框序列呈明显AT偏好性;p72蛋白为一亲水性蛋白,其高级结构主要以无规卷曲为主,且具有B、T淋巴细胞优势抗原表位,是检测试剂和疫苗研发的理想靶标。

牛瑟氏泰勒虫P23和P33表面蛋白双基因融合表达载体的构建及原核表达

为探索牛瑟氏泰勒虫的表面蛋白基因融合产物作为双价疫苗的可行性,以牛瑟氏泰勒虫基因组DNA为模板,通过重叠延伸拼接聚合酶链式反应(SOE-PCR)把P23和P33表面蛋白基因连接一起,2个基因之间插入一个linker(Gly4Ser)3,经EcoRⅠ和XhoⅠ双酶切,获得1151bp的双基因融合片段,克隆于表达质粒pGEX-4T-1中,构建了双基因重组表达载体pGEX-4T-P23-P33,转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导,表达出预期大小70.0ku的融合蛋白。Western blot检测结果显示,该蛋白与牛瑟氏泰勒虫抗血清呈阳性反应,表明融合蛋白具有反应原性,为进一步研究此融合蛋白作为疫苗候选成分提供了理论依据。

牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因的克隆与原核表达

本研究根据GenBank牛瑟氏泰勒虫P33表面蛋白基因设计1对引物,利用全血基因组DNA提取试剂盒提取牛瑟氏泰勒虫全血基因组DNA,PCR扩增得到了大小为786 bp的基因片断,测序分析证明,它与已报道序列的核苷酸同源性可达99%。将该基因与pET-28a(+)载体进行连接,经酶切和PCR鉴定,证明成功构建了含有目的基因片段的重组表达载体pET-28a-P33。将此质粒转化至大肠杆菌Rosetta(DE3)中,用IPTG进行诱导。结果证实,该基因在大肠杆菌中用IPTG诱导4 h时表达量达到高峰,表达产物为分子质量约30.3 ku的融合蛋白,其表达量占菌体总蛋白的43%,以包涵体形式存在;Western blotting试验证明,表达蛋白P33可被牛瑟氏泰勒虫阳性血清所识别,表明该融合蛋白具有较好的反应原性。

小球隐孢子虫子孢子表面蛋白CP15/60基因的克隆和序列分析

将小球隐孢子虫子孢子表面蛋白 (CP15 / 6 0 )编码区基因克隆及测序 ,并对其抗原决定簇进行分析。抽提牛源小球隐孢子虫孵囊基因组DNA ,用聚合酶链反应 (PCR)扩增编码CP15 / 6 0的基因 ,然后将其克隆到pMD18_T载体中 ,用双脱氧链末端终止法测DNA序列。结果 ,用PCR扩增获得了CP15 / 6 0的编码区基因 ,并测定了该基因编码区序列。与GenBank比较 ,核苷酸序列同源性为 :98.9% ;推导的氨基酸序列同源性为 :99.3%。

吕氏泰勒虫主要表面蛋白P32基因的克隆与序列分析

从吕氏泰勒虫宁县株中提取RNA,用RT-PCR方法扩增主要表面蛋白P32基因的cDNA片段,克隆后测定其核苷酸序列,并推导了相应的氨基酸序列。结果表明,扩增的P32基因长度为875个核苷酸,共编码284个氨基酸。核苷酸序列与已发表的牛的4种泰勒虫的主要表面蛋白基因相比较,其与瑟氏泰勒虫俄罗斯株、日本株、中国辽阳株的核苷酸和氨基酸序列相似性均在98.9%以上。其推导的氨基酸序列中有3个糖基化位点。

三株牛瑟氏泰勒虫P32表面蛋白基因的克隆与序列分析

为分析我国分离的3株牛瑟氏泰勒虫P32基因序列,根据GenBank上登录的牛瑟氏泰勒虫P32表面蛋白基因序列设计合成1对引物,用PCR方法分别扩增出牛瑟氏泰勒虫辽阳株、宁县株和汶川株的P32基因片段,并成功地将该基因纯化后克隆到pGEM-T Easy载体上,将经PCR鉴定和EcoRⅠ酶切鉴定为阳性的重组质粒进行测序。结果表明,克隆的这3株牛瑟氏泰勒虫P32基因片段长度均为875 bp,编码283个氨基酸。核苷酸同源性分析表明,该基因辽阳株与宁县株的同源性最高,为99.4%,汶川株与这2株的同源性分别是92.1%和91.9%,而我国辽阳株与日本株(AB016280)、俄罗斯株(AB016279)的同源性较高,分别为99.8%和99.6%。

诸葛菜(Orychophragmus violaceus)Toc33基因编码区的克隆及序列分析

以诸葛菜(Orychophragmusviolaceus)新鲜嫩叶为材料提取总DNA,并以其为模板,根据已报道的拟南芥(Arabidopsisthaliana)Toc33基因的编码序列,设计一对PCR引物,扩增诸葛菜叶绿体外膜蛋白转运器构件蛋白基因Toc33,得到两条扩增带,将这两条带分别割胶回收,与T载体连接转化E.coli,筛选重组子并测序,结果表明克隆到的这两个片段分别长1475bp,1573bp,通过同源性比较发现,它们之间的同源性达到88%.这两个片段与拟南芥Toc33基因有较高的同源性,分别命名为OvToc33 1,OvToc33 2.参考拟南芥Toc33外显子和氨基酸序列,分别确定了所克隆的两个诸葛菜Toc33基因片段的7个外显子和6个内含子,得到了诸葛菜Toc33基因的全编码区序列,并推导了其氨基酸序列.这两个DNA序列与拟南芥Toc33基因编码区的同源性分别高达91.8%和92.4%,说明这一蛋白是高度保守的.

羊泰勒虫主要表面蛋白P32基因的克隆及真核表达载体的构建

提取羊泰勒虫裂殖子总RNA,用特异性引物扩增出其主要表面蛋白P32基因,并成功地将该基因纯化后克隆到pGEM-TEasy载体上,经PCR和EcoRⅠ酶切鉴定均为阳性的重组质粒进行了测序和分析。随后将该基因从克隆载体上双酶切,与毕赤酵母分泌性表达载体pPIC9K相连接,构建重组表达载体pPIC9K-MPSP-P32,转化大肠埃希菌JM109,经测序证实,基因序列完全正确。

弓形虫表面抗原P30基因分枝杆菌-大肠杆菌穿梭表达重组质粒的构建及序列测定

目的 构建编码弓形虫RH株表面抗原P30基因的分枝杆菌 -大肠杆菌穿梭表达重组质粒并进行其序列测定。方法 弓形虫RH株腹腔接种小鼠 ,收集腹水 ,酚 /氯仿法抽提基因组DNA ;根据基因库P30基因序列设计合成一对引物 ,采用PCR法扩增编码P30的基因片段 ,经低熔点琼脂糖法回收并纯化 ;将P30基因定向克隆到分枝杆菌 -大肠杆菌穿梭表达质粒 ,转化大肠杆菌DH5dα,在卡那霉素阳性LB培养基平板筛选阳性重组子 ,并经双酶切及PCR鉴定 ;最后对重组子进行序列测定。结果 PCR所扩增的P30基因片段为 10 37bp ,阳性重组质粒pBCG -P30经XbaI+KpnI双酶切 ,获得包含P30和热休克蛋白 (hsp70 )启动子的复合基因片段 ,此片段的大小为 1170bp ,与预期的理论值相符合。序列测定分析进一步表明所克隆的基因为编码P30抗原的基因片段。结论 成功构建编码弓形虫表面抗原P30基因大肠杆菌 -分枝杆菌穿梭质粒pBCG -P30。

我国华南间日疟原虫裂殖子表面蛋白1等位基因分型和序列分析

目的 了解我国间日疟原虫MSP1(PvMSP1)的等位基因类型和序列的多态性。方法 用特异的引物通过套式PCR方法体外扩增包含PvMSP1的ICB5与ICB6之间的基因片段 ,并对部分扩增产物进行序列测定和分析。结果 2 7份间日疟原虫患者血样中 ,有 16份 (5 9 9% )扩增得到Belem型基因产物 ,2 5 (92 6 % )份扩增出Sal- 1型基因产物 ;两种不同等位基因型虫株的混合感染率为 5 1 9%。序列分析结果发现一个以前未见报告的基因内重组类型。结论 我国间日疟原虫虫株存在两种PvMSP1等位基因型 ,Sal- 1型可能是主导型 ;

阴道毛滴虫AP33基因克隆与序列分析

目的 :阴道毛滴虫黏附蛋白AP33基因的克隆与序列分析。方法 :提取阴道毛滴虫mRNA ,逆转录合成cDNA ,PCR得到阳性条带 ,将其克隆到pUCm T载体进行PCR、酶切及测序分析 ,并与GenBank中核苷酸序列进行同源性分析。结果 :阳性克隆经酶切鉴定 ,目的基因片段长度为 92 7bp。测序结果目的基因与阴道毛滴虫黏附蛋白AP33 1、阴道毛滴虫黏附蛋白AP33 3、阴道毛滴虫黏附蛋白AP33 2分别具 99%、97%和 94 %的同源性。结论 :成功克隆出阴道毛滴虫AP33基因序列 ,与已公布的AP33序列有很高的同源性。这为今后该蛋白的原核表达和大量制备提供一定的基础。

长角血蜱甘肃株肌钙蛋白基因P27/30的克隆和序列分析

参照GenBank中长角血蜱致病性Okayama株肌钙蛋白P27/30基因的核苷酸序列,设计合成一对引物,从本实验室保藏的干净长角血蜱卵中快速提取总RNA,通过RT-PCR扩增出607 bp的肌钙蛋白基因,将其克隆于PGEM-T-Easy载体,对其进行序列分析,并推导出氨基酸序列,将这一序列与国内外已发表的长角血蜱肌钙蛋白基因进行比较分析。结果表明本实验室保藏的长角血蜱甘肃株与上述已发表的Okayama株核苷酸序列同源性为92.1%,氨基酸同源性为86%。长角血蜱甘肃株与Okayama株、四川孤雌生殖株的发育有一定差异。经RT-PCR分析表明,该基因在长角血蜱的卵、幼蜱、若蜱和饥饿成蜱这几个阶段均有表达。

口蹄疫病毒非结构蛋白P3区的基因序列及分析

以口蹄疫Akesu/ 5 8分离株的 5 3代牛舌皮病料为材料 ,采用RT PCR法 ,扩增和克隆了两个约 1.5kb的DNA片段。核酸序列测得结果对接后 ,涵盖了全部P3区的基因序列。口蹄疫Akesu/ 5 8分离株基因组P3区的核酸序列共计 2 ,72 4nt,包括一个终止密码子TAA ,共编码 90 7个氨基酸 ;其中非结构蛋白 3A的基因是 45 9nt,编码 15 3个氨基酸 ;3个 3B(VPg)基因分别是 6 9、72和 72nt,氨基酸分别为 2 3、2 4和 2 4;3C是 6 39nt,2 13个氨基酸 ;3D是1,413nt ,471个氨基酸。各蛋白间由Glu/Gly(Ser)连接。序列比较显示 :3A的C端易变 。

A型产气荚膜梭菌青海分离株tetA(P)耐药基因序列分析及蛋白结构预测

应用PCR技术对A型产气荚膜梭菌青海分离株的tetA(P)耐药基因进行扩增、测序,利用生物软件对tetA(P)基因进行序列分析与蛋白结构预测。结果表明,A型产气荚膜梭菌青海分离株的tetA(P)基因长度为1 263bp,编码420个氨基酸。与参考菌株EHE-NE18、Wakayama、CW92的核苷酸序列同源性依次为100%、99.8%和98.7%,氨基酸序列同源性依次为100%、100%和98.3%。分离株TetA(P)蛋白疏水性较强,具有10个跨膜区,含有4个N-糖基化位点,1个cAMP和cGMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,5个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,1个酪氨酸激酶磷酸化位点,12个N-豆寇酰化位点,三级结构主要是由α-螺旋和无规则卷曲形成。研究结果可为A型产气荚膜梭菌tetA(P)基因功能研究提供依据。

海南省恶性疟原虫裂殖子表面蛋白 2基因的分型研究及序列分析(英文)

目的 对恶性疟原虫海南株的 MSP2基因进行分型和多态性分析。 方法 采用套式 PCR法特异扩增 MSP2基因的中间可变区 (第 3区 ) ,对 4 1株恶性疟原虫分离株进行基因分型 ,并对部分目的基因片段进行直接测序。 结果 4 1份血样中有 39份共扩增得到 5 5个目的基因片段 ,以 3D7型为主 (2 8份血样 ,36个基因片段 ) ,两种等位基因家族混合感染的情况极少见。序列分析结果表明 ,海南省恶性疟原虫虫株的 MSP2中间重复序列区变异程度大。 结论 海南省恶性疟原虫的 MSP2以 3D7等位基因家族为主 。

葡萄扇叶病毒杭州分离物(GFLV-H)P_(38)蛋白基因克隆及序列分析

为了证实GFLV-HP38蛋白的性质及其在寄主扩散中的作用,根据葡萄扇叶病毒(Grapevinefanleafvirus,GFLV)法国分离物F13RNA2序列合成特异性引物,利用RT-PCR从GFLV-H基因组中扩增出P38蛋白基因的cDNA片段,并克隆到pGEM-T-easyvector上。序列分析表明该基因包含1044个核苷酸,编码347个氨基酸。序列比较发现GFLV-HP38蛋白基因与GFLV-F13对应基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为90%和96%;与线虫传多面体病毒属中的南芥菜花叶病毒(Arabismosaicvirus,ArMV)和番茄环斑病毒(Tomatoringspotvirus,TomRSV)对应基因氨基酸同源性分别为85%和38.6%,与烟草黑环病毒(Tabaccoblackringvirus,TBLV)、葡萄铬色花叶病毒(Grapevinechromemosaicvirus,GCMV)和树莓环斑病毒(Raspberryringspotvirus,RRSV)的同源性均低于30%。

p33^(ING1)和p53基因蛋白在乳腺癌中的表达及其意义

目的探讨p33ING1、p53基因蛋白在乳腺增生及乳腺癌中表达的意义及相互关系。方法应用Envision免疫组化法对正常乳腺组织、单纯增生、非典型增生、乳腺癌各50例标本进行p33ING1、p53基因蛋白表达检测。结果p33ING1蛋白在乳腺正常组织、单纯增生、非典型增生、乳腺癌中阳性表达率分别为100.0%(50/50)、100.0%(50/50)、96.0%(48/50)和62.0%(31/50),阳性表达逐渐下降;p53蛋白阳性表达率分别为0(0/50)、0(0/50)、24.0%(12/50)和54.0%(27/50),阳性表达率逐渐上升。非典型增生与正常组织相比,差异有显著性(P<0.05);乳腺癌与正常组织相比,差异有非常显著性(P<0.01)。结论p33ING1阳性者p53阳性表达率远低于p33ING1阴性者,p33ING1与p53呈负相关。p33ING1和野生型p53基因都是抑癌基因,p33ING1是p53的分子伴侣。