一种兼具生物和物理特征的E基因签名方法——以p53家族基因为例

在原来的具有生物特性的基因签名方法上,引入具有一定的物理特性的核苷酸游离电子的平均能量(EIIP),建立了一种新的E基因签名方法。定义了两序列间的E欧氏距离及e均方差公式,并对相关物种进行层次聚类分析。通过对20个物种的p53家族基因m RNA完整的CDS序列进行E基因签名得出,在每种基因中均有,物种关系越近,其基因签名相似度越高。将聚类结果与原来的基因签名方法的聚类结果作对比,发现了E基因签名方法更准确,从而更有利于深入了解p53家族基因的性质。

基于碱基三周期性研究P53家族基因的特征

为了进一步研究P53抑癌基因的性质,采用信号处理和分析的方法,在Voss数值映射下,利用离散傅里叶变换,结合出现最大功率谱位置的频率与1/3的差值(d)及信噪比(R)两个指标,来讨论P53家族基因的碱基三周期性。选取人类P53家族(P53、P63和P73)DNA序列及家鼠P53家族DNA序列的外显子,讨论了其三周期性与外显子长度、碱基成分及碱基分布的关系,在三周期性的前提下分析了P53基因密码子的偏好性。结果表明:P53家族基因的短外显子(N<100)碱基三周期性不显著,P53家族基因的较长外显子(100≤N<1000)碱基三周期性较显著;具有三周期性的外显子GC、GC3含量较高,且GC含量和功率谱峰值显著相关,说明三周期性与碱基成分及分布相关;具有三周期性的外显子频谱最大值处为G或C的可能性高,且GC3含量高,R值与最优密码子使用频率正相关,说明功率谱峰值与P53家族基因密码子偏好性具有相关性。该研究结果对P53家族基因的进一步研究具有重要的理论和现实意义。

p53家族的新成员

癌基因和抑癌基因常以家族形式存在 ,p5 3基因也不例外。作为p5 3家族的新成员 p73、p5 1与p5 3有着家族相似性 ,同样可以抑制增殖、诱导凋亡 ,尤其是它们可以诱导缺失p5 3基因的肿瘤细胞凋亡以及不被某些能灭活 p5 3的病毒癌蛋白降解的特性 ,使其可能成为一种肿瘤基因治疗的新策略。

p63基因在小细胞肺癌及肺腺癌组织中转录表达水平的研究

目的 研究p63基因在人类小细胞肺癌 (Small celllungcarcinoma ,SCLC)及肺腺癌组织中转录表达水平及其意义。方法 采用RT PCR(Reversetranscriptase PCR)方法对 6例小细胞肺癌及 15例肺腺癌组织中p63基因两种亚型(TAp63及ΔNp63 )转录表达情况进行检测和比较 ,同时用免疫组化检测p63蛋白在上述组织中的表达情况。结果 5例SCLC肿瘤组织及 1例SCLC癌旁组织中ΔNp63呈阳性表达 ,所有SCLC肿瘤、癌旁及远癌肺组织均无明显TAp63表达 ;腺癌肿瘤、癌旁及远癌肺组织TAp63与ΔNp63表达均为阴性 (RT PCR)。p63蛋白在SCLC组织中的阳性表达率和表达强度明显大于腺癌组织 (免疫组化 ) (P <0 .0 1)。结论 p63基因在小细胞肺癌中呈阳性表达 ,其中主要是ΔNp63表达水平升高 ,而p63蛋白在SCLC中表达水平明显高于腺癌组织 ,这可能与其在小细胞肺癌发生、发展中所起的调控作用有关 ;推测ΔNp63基因在小细胞肺癌组织中转录表达水平升高可能抑制细胞凋亡 ,促进肿瘤增殖 。

p63基因在人类肺癌组织中转录表达水平的研究

目的 研究p6 3基因在人类非小细胞肺癌 (NSCLC)、小细胞肺癌 (SCLC)组织中转录表达水平及其意义。方法 采用RT PCR(reversetranscriptase PCR)方法对 4 0例非小细胞肺癌 ,6例小细胞肺癌 ,同时对 1 0例良性疾病肺组织中p6 3基因两种亚型 (TAp6 3及ΔNp6 3)转录表达情况进行检测和比较 ,同时用免疫组化检测P6 3蛋白在上述组织中的表达情况。 结果 1 9例NSCLC肿瘤组织 (1 9/40 ) ,5例SCLC肿瘤组织 (5 /6 )及 2例癌旁组织 (2 /46 )中ΔNp6 3呈阳性表达 ;良性疾病肺组织中TAp6 3与ΔNp6 3表达均为阴性。P6 3蛋白在肺鳞状细胞癌组织及小细胞肺癌组织中的阳性表达率和表达强度明显大于腺癌组织及良性病变肺组织 (P <0 .0 1 )。结论 p6 3基因在肺鳞状细胞癌及SCLC组织中呈阳性表达 ,其中主要是ΔNp6 3表达水平升高 ,而P6 3蛋白在肺鳞状细胞癌及SCLC组织中表达水平明显高于腺癌组织 ,推测ΔNp6 3基因在肺鳞状细胞癌及SCLC组织中转录表达水平升高可能抑制细胞凋亡 ,促进肿瘤增殖 。

p53基因家族与甲状腺癌的相关研究进展

目的探讨p53基因家族在甲状腺癌中的作用。方法在数据库内对p53基因家族在甲状腺癌中研究的相关文献进行综述并分析。结果p53基因家族包括p53、p63及p73。p53在甲状腺癌发生及发展中发挥着重要作用,尤其是在甲状腺未分化癌的进展中;p63不同亚型在甲状腺癌中可能具有不同作用,因此不能笼统地说其是癌基因或抑癌基因,其特定蛋白的功能还需要进一步研究;p73在甲状腺细胞中的生物学作用可能是矛盾的,取决于很多不同因素的交互作用,各种p73亚型和p53分子网络内的成员之间作用尚不清楚。结论p53基因家族在甲状腺癌的发生及发展中的作用还有一些争议,有待进一步研究。

p73基因生物学功能及其在胃癌组织表达的临床意义

p53基因是与人类恶性肿瘤相关性最高的抑癌基因，约半数以上恶性肿瘤的发生发展与其基因突变、失活及缺失密切相关。p73被认为是抑癌基因p53基因家族的新成员之一，具有p53活性，如诱导生长阻滞和细胞凋亡及诱导分化等，其异常表达（缺失或失活）与很多肿瘤的发生发展存在密切相关。

气管、肺

医用生物蛋白胶在支气管楔形袖式切除术中的应用//颈段气管肿瘤的外科治疗//原发性气管肿瘤的外科治疗//水通道蛋白在人肺腺癌细胞株中的表达和意义//反义端粒酶PNA对肺癌细胞株生长的体外抑制作用//非小细胞肺癌组织p53基因家族成员的不同表达及意义//乏氯诱导因子-1α在非小细胞肺癌中表达的研究

GATA-3在表皮和毛囊中的表达及其与p63的相关性

p63是p53基因家族的一个成员，p63与p53在DNA结合区的结构相似性为66％，提示p63可以通过结合p53样应答元件调节目标基因的转录，如GATA家族基因。研究发现GATA-3在皮肤细胞谱系和毛囊形成中发挥调节作用，且可以通过直接转活（transactivate）脂酰基转移酶基因对表皮屏障的建立和子宫外环境中的生存发挥作用。最近，罗马Tor Vergata大学实验医学和生化科学系的Chikh等通过观察比较GATA-3、TAp63、ANp63在正常人表皮和毛囊中的表达进一步研究GATA-3在表皮和毛发成熟中的作用。