PAC579基因组序列外显子计算机分析与预测

为了寻找肝癌相关基因，选择位于人原发性肝细胞肝癌染色体１７ｐ１３．３杂合性缺失最小共同缺失区内含有Ｄ１７５９２６位点的ＰＡＣ５７９克隆进行了基因组测序，通过实验分离和克隆了位于ＰＡＣ５７９上的４个全长新基因，并将它们在该基因组上进行了外显子定位．使用５种计算机预测外显子的方法和４种剪接位点识别的方法对ＰＡＣ５７９前６０ｋｂ序列（含上述４个基因）进行扫描，将得到的外显子预测结果和剪切位点结果与实验结果进行了对照与评析，又对未获得基因的区域加以预测．

肝癌相关新基因HC6的全长cDNA克隆及分析

目的 染色体17p13.3区域内多态性位点D17S926是肝细胞肝癌(HCC)杂合性缺失热点,PAC579克隆含有D17S926位点,本实验目的在于从PAC579克隆中寻找与肝癌相关的表达序列(ESTs),对有意义的EST片段克隆其全长cDNA。方法 根据PAC579克隆中现有的9个代表新基因的EST序列设计引物,对正常人肝cDNA文库作多聚酶链式反应(PCR)扩增检测,确定在肝组织中表达的EST,然后采用Southem杂交检测肝组织中表达的EST在27对肝癌和癌旁标本中杂合性生缺失(LOH)频率,选择缺失频率最高的EST克隆其全长cDNA,Northern杂交验证后测序并作进一步分析。结果PAC579现有9个代表新基因的DST中有3个在肝组织表达,其中EST6在肝癌中LOH频率高达54.6%(6/11),通过RACE-PCR方法,得到约l.8kb全长cDNA克隆,与Northern杂交结果一致,结构及同源性分析显示该基因是一新基因,编码一个包含134个氨基酸,分子量约为14.7kD的蛋白质,另外发现碱基序列313-592属于ALu同源序列,重新命名为肝癌相关基因6(HC6)。结论 通过定位克隆方法从肝癌杂合性缺失热点得到一个新基因HC6,该基因与肝癌的关系有待进一步研究。