柯乐猪PAEP基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究孕激素相关子宫内膜蛋白(progestogen associated endometrial protein,PAEP)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以挖掘柯乐猪的高繁殖力基因,用于提升柯乐猪的繁殖力。【方法】以189头经产柯乐猪为试验动物,采用PCR产物测序和序列比对鉴定单核苷酸多态性(SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold、SOPMA、SWISS-MODEL和SWISS-PdbViewer程序对SNP位点进行生物信息学分析,利用SPSS 22.0软件分析PAEP基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的相关性。【结果】在柯乐猪PAEP基因中共鉴定到3个SNPs位点:外显子4的g.1884992 T>C位点,为错义突变,导致第135位缬氨酸(V)变成丙氨酸(A);内含子4的g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点。3个突变位点均检测到3种基因型;g.1884992 T>C位点属于低度多态(PIC<0.25),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点属于中度多态(0.25<PIC<0.5)。g.1884992 T>C位点产生的基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点产生的基因型分布均极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。连锁分析发现,g.1885152 G>C和g.1887834 G>A位点完全连锁,共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1884992 T>C位点引起PAEP基因mRNA及蛋白的二级结构发生改变。关联分析结果表明,g.1884992 T>C位点对柯乐猪总产仔数和产活仔数的影响均达到显著水平(P<0.05),g.1885152 G>C、g.1887834 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);双倍型H3H3个体总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重均显著高于其他5种双倍型(P<0.05),初生窝重显著高于双倍型H1H1、H2H2和H2H3(P<0.05);双倍型H1H3个体的总产仔数和断奶仔数显著高于双倍型H1H1、H1H2、H2H2和H2H3(P<0.05),产活仔数显著高于双倍型H2H3(P<0.05)。【结论】PAEP基因中存在的3个SNPs对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

柯乐猪PAEP基因单核苷酸多态性对繁殖性能的影响

为了分析孕激素相关子宫内膜蛋白(PAEP)基因单核苷酸突变位点(SNPs)对柯乐猪繁殖性状的影响,采用Sanger测序法筛选鉴定柯乐猪母猪PAEP基因的SNPs,SHEsis在线软件分析SNPs的群体遗传特性,SPSS 22.0软件分析SNPs单、双倍型与柯乐猪母猪群体的总产仔数、初生窝重、初生平均重、断奶仔猪数、断奶窝重5个繁殖性状指标的相关性。结果:柯乐猪母猪PAEP基因第4内含子存在3个SNPs,分别为g.1885136 G>A、g.1885158 G>A、g.1885223 G>A,各SNPs均存在3种基因型。g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点完全连锁,3个位点均表现为中度多态(0.25<PIC<0.5)。3个位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。3个突变位点共产生3种单倍型和6种双倍型。g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点AA基因型个体的总产仔数、断奶仔猪数、断奶窝重显著高于GA、GG基因型(P<0.05),g.1885136 G>A和g.1885158 G>A位点GA和GG基因型个体的初生平均重显著高于AA基因型(P<0.05)。双倍型H2H2对总产仔数、断奶仔猪数、断奶窝重3个性状都达到了显著正相关,为较优双倍型。结论:PAEP基因可作为柯乐猪母猪繁殖性状选育的候选基因,其中双倍型H2H2可作为柯乐猪母猪繁殖性状分子标记。