多核平台PAML并行算法研究

PAML是一款利用最大似然法进行系统发育分析的软件包,被广泛使用。然而,由于模型复杂、参数众多,PAML的计算过程非常耗时。对PAML中最重要的codeml程序进行了并行算法研究,通过算法分析和程序Profiling确定程序瓶颈。在此基础上,利用现代CPU的多核并行能力和SIMD并行机制优化程序瓶颈,从而提高了程序整体的运行速度。实际数据集和人工数据集上的实验表明并行算法有效提高了codeml的计算速度,加速比最高达7.94倍。

八氢番茄红素脱氢酶(PDS)基因分子进化特征

对来自蓝藻、绿藻和高等植物中的pds基因用最大似然法进行了系统发育分析,来估算pds基因在进化过程中的正选择位点。通过位点模型和分支-位点模型分别对PDS不同位点和不同分支中的位点进行正选择作用的估算。结果发现,pds基因的适应性进化主要发生在系统发育树的不同分支上。在绿藻分支中,有7.9%位点受到正选择作用;在高等植物分支中,有6.1%位点受到正选择作用;在蓝藻分支中,有2.6%位点受到正选择作用。这些正选择位点的识别,可以为PDS活性研究提供重要的线索。

禽白血病病毒基因选择压力分析

以禽白血病病毒(ALV)A、B、E和J四个亚群的部分毒株为研究对象,基于env、gag和pol三个编码基因的核苷酸序列,运用DAMBE、Mega和Paml等生物学软件,对ALV分子演化过程中所承受的选择压力进行检测分析,发现env、gag、pol基因承受的选择压力总体趋势为净化选择压力,而env、gag和pol蛋白检测出正选择位点数量分别为19个、8个和5个,说明env蛋白存在较大的正选择压力,进一步证明了env基因具有高度变异的特点。

不典型肾血管平滑肌脂肪瘤的诊断

目的：提高不典型肾血管平滑肌脂肪瘤（ＲＡＭＬ）的术前诊断率。方法：回顾性总结２７例不典型ＲＡＭＬ临床和影像学特点与病理的关系。结果：不典型ＲＡＭＬ分别具有以下特点：①少脂肪型；②肿瘤内出血；③肿瘤囊性变；④肿瘤部位特殊；⑤肿瘤体积小；⑤肿瘤伴淋巴结肿大；⑦多脂肪型。结论：熟悉上述特点，并结合病史及影像学检查，可提高该病的诊断率。

方便面生产中棕榈油稳定性的分析

对方便面生产中使用的两种不同凝固点(24℃与33℃)棕榈油的酸值、过氧化值、水分进行了分析,并探讨了棕榈油劣变的防止措施。分析结果表明,33℃棕榈油较24℃棕榈油稳定性高,成品方便面含油率低,更适于方便面的生产。在实际生产中,可通过严格控制煎炸温度,减少进入油炸锅中的水分,添加抗氧化剂等措施,防止棕榈油劣变。