PAP1/METTL9基因在肺癌细胞中表达谱的生物信息学分析

目的研究PAP1/METTL9基因在肺癌细胞中的表达谱,进一步了解肺癌发病的分子机制。方法利用GeneSifter软件对人类正常的和永生的肺支气管表皮细胞的基因芯片数据集进行分析,并结合GO工具和KEGG通路分析其生物学意义。方法筛选出22个与PAP1/METTL9表达相关的基因,涉及到细胞分裂、蛋白质合成、免疫反应等多种生物学过程。结论 PAP1/METTL9基因在肺癌细胞中有特异性表达,可作为肺癌基因诊断与基因治疗新的候选基因。

芥菜型油菜PAP1基因的克隆与表达分析

花青素是导致芥菜型油菜叶片颜色差异的重要物质,PAP1基因是花青素合成途径中的一个关键转录调控基因。本研究利用同源克隆技术,以不同叶色芥菜型油菜为材料,根据同源性较高的白菜PAP1基因序列设计引物,克隆芥菜型油菜PAP1基因序列。芥菜型油菜PAP1基因的基因长度在1348~1669 bp,编码序列长744~753 bp,包括3个外显子和2个内含子区域。PAP1蛋白包括两个MYB结合域,分别位于第9~59和62~110氨基酸。进化分析表明芥菜型油菜PAP1基因与白菜和芜菁具有较高的同源性,与拟南芥亲缘关系较远。对比不同叶色芥菜型油菜基因序列发现,紫叶芥和红叶芥PAP1基因的编码区序列无差异,但编码的蛋白质与绿叶芥有22个氨基酸差异,定量PCR分析表明PAP1基因及其调控的下游基因如DFR、TT19等在绿叶芥油菜中表达水平较低,上述差异可能导致了芥菜型油菜叶色的差异。本研究为探究不同叶色芥菜型油菜的可能形成机制及遗传改良提供参考。

白菜、甘蓝和甘蓝型油菜PAP1/2同源基因的鉴定及分析

PAP1/2转录因子是参与形成MBW复合体从而调控花青素合成的主要MYB转录因子。以拟南芥PAP1/2转录因子核酸和蛋白序列比对及Pfam验证,研究白菜、甘蓝和甘蓝型油菜等芸薹属植物中PAP1/2转录因子调控花青素代谢的确切同源拷贝数、进化关系及表达情况:在白菜、甘蓝及甘蓝型油菜中鉴定到的PAP1/2转录因子同源拷贝数分别为3、4和9个;通过进化分析和PAP1/2转录因子同源拷贝所在区段微共线性分析进一步明确了其不同拷贝间的进化关系,厘清了A7和C6染色体上PAP1/2转录因子不同拷贝的相互关系;结合白菜、甘蓝和甘蓝型油菜不同组织转录组测序数据进行表达情况分析,阐明了PAP1/2转录因子同源拷贝在不同组织中的表达情况。