5个膀胱癌相关基因片段的DNA拷贝数改变及其意义

目的:探究本实验室前期工作发现的膀胱癌患者肿瘤组织中DNA拷贝数高频率改变的5个基因片段是否为中国(汉族)人膀胱癌特征性的异常改变。方法:针对上述5个DNA片段:CEP63、FOSL2、GHR、PAQR6、ZFAND3,采用实时荧光定量PCR技术,分析比较它们在白种人来源的商品化基因组DNA、30例健康中国汉族人外周血白细胞、51例膀胱癌患者肿瘤组织及配对的外周血白细胞的基因组DNA样品中拷贝数改变的情况。结果:除ZFAND3外,另外4个基因在白种人商品化基因组DNA与中国健康人外周血白细胞样品之间均存在DNA片段拷贝数差异。与中国健康人外周血白细胞相比,膀胱癌患者肿瘤组织中CEP63、GHR和PAQR6 DNA片段拷贝数均增加(P均<0.05),FOSL2和ZFAND3拷贝数均无显著改变(P均>0.05);膀胱癌患者的外周血白细胞样品中CEP63和PAQR6拷贝数均增加(P均<0.01),FOSL2和ZFAND3拷贝数均减少(P均<0.01),而GHR拷贝数无显著改变(P=0.220)。与膀胱癌患者自身外周血白细胞基因组DNA相比,在肿瘤组织中,CEP63、FOSL2、GHR和ZFAND3拷贝数均增加(P均<0.01),而PAQR6拷贝数无显著改变(P=0.325)。结论:基因CEP63、FOSL2、GHR和PAQR6在中国汉族人与白种人之间存在DNA片段拷贝数差异。在汉族人中,CEP63、GHR基因片段的拷贝数增加很可能是在膀胱癌发生发展过程中获得的基因异常改变;而PAQR6拷贝数增加则可能是膀胱癌患者所携带的遗传变异。

基于癌症基因组图谱数据库挖掘影响前列腺癌预后的关键基因

目的:采用生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)数据库进行挖掘,寻找影响前列腺癌患者预后的关键基因。方法:TCGA中下载前列腺癌患者相关数据,应用RStudio软件筛选差异表达基因,clusterProfiler包对差异基因进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。用基因表达谱交互分析(GEPIA2)从差异基因中筛选出影响前列腺癌患者预后的基因,将筛选出的基因按表达量绘制接受者操作特性(ROC)曲线,将曲线下面积(AUC)>0.7的3个基因按照最佳截断值分为高低表达组,进行生存分析和多因素回归分析,利用timer2.0进行免疫细胞浸润相关性分析。应用χ^(2)检验、Kaplan-Meier分析及Cox回归进行数据分析。结果:筛选出差异表达基因358个。差异基因的GO及KEGG富集分析发现激素代谢过程、肽酶调节活性、雌激素信号通路等功能和通路有差异。通过GEPIA2初步筛选出12个影响前列腺癌总生存期(OS)的差异基因,3个基因符合AUC>0.7,上调基因为孕激素和脂联素分子受体6(PAQR6)及抗苗勒管激素(AMH),下调基因为含铜胺氧化酶1(AOC1)。生存分析结果显示,Gleason评分、PAQR6、AMH及AOC1影响前列腺癌患者的OS(χ^(2)=7.235、13.513、12.264、13.748,P<0.01),多因素Cox回归结果表明,Gleason评分>7分风险比(HR)5.76,95%置信区间(CI)1.04~32.07,P<0.05、PAQR6高表达(HR:11.75,95%CI:1.42~97.11,P<0.05)和AOC1高表达(HR:0.17,95%CI:0.04~0.85,P<0.05)是影响前列腺癌患者OS的独立影响因素。前列腺癌内PAQR6的表达量与CD4+T细胞、CD8+T细胞及B细胞的表达量呈负相关(r=-0.158、-0.200、-0.142,P<0.01)。结论:PAQR6及AOC1在前列腺癌中差异表达,是影响前列腺癌患者预后的独立影响因子。