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结肠癌中PARPBP基因表达及功能的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
彭名菁
石磊
陈杰
《肿瘤药学》
CAS
2021年第3期305-308,319,共5页
目的应用生物信息学方法初步探讨PARPBP基因在结肠癌中的表达及预后价值。方法通过TCGA数据库下载结肠腺癌(COAD)数据集,利用差异分析和HPA数据库考察COAD中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平。借助WebGestalt在线工具对PARPBP表达相关基因进...
目的应用生物信息学方法初步探讨PARPBP基因在结肠癌中的表达及预后价值。方法通过TCGA数据库下载结肠腺癌(COAD)数据集,利用差异分析和HPA数据库考察COAD中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平。借助WebGestalt在线工具对PARPBP表达相关基因进行KEGG富集分析。采用Log-rank法和卡方检验考察PARPBP与COAD患者预后及临床病理特征的相关性。在GEO数据库中分析PARPBP与COAD化疗耐药之间的关系。结果COAD组织中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平均上调。功能富集分析发现,PARPBP表达相关基因主要富集于DNA损伤修复和DNA复制相关通路,通过调控染色体不稳定性参与结肠癌的发生。此外,PARPBP基因低表达与COAD患者较高的病理N分期、肿瘤分期和不良预后显著相关。PARPBP基因在药物抵抗的结肠癌细胞株中表达下调,说明其与COAD细胞的药物敏感性相关。结论PARPBP在结肠癌组织中高表达,其高表达是结肠癌患者预后的保护性因素。
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关键词
parpbp
结肠癌
生物信息学
基因组不稳定
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职称材料
题名
结肠癌中PARPBP基因表达及功能的生物信息学分析
被引量:
1
1
作者
彭名菁
石磊
陈杰
机构
湖南省肿瘤医院转化医学中心
湖南省肿瘤医院肝胆肠外科
出处
《肿瘤药学》
CAS
2021年第3期305-308,319,共5页
基金
国家自然科学基金青年科学基金项目(81703005)。
文摘
目的应用生物信息学方法初步探讨PARPBP基因在结肠癌中的表达及预后价值。方法通过TCGA数据库下载结肠腺癌(COAD)数据集,利用差异分析和HPA数据库考察COAD中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平。借助WebGestalt在线工具对PARPBP表达相关基因进行KEGG富集分析。采用Log-rank法和卡方检验考察PARPBP与COAD患者预后及临床病理特征的相关性。在GEO数据库中分析PARPBP与COAD化疗耐药之间的关系。结果COAD组织中PARPBP的mRNA和蛋白表达水平均上调。功能富集分析发现,PARPBP表达相关基因主要富集于DNA损伤修复和DNA复制相关通路,通过调控染色体不稳定性参与结肠癌的发生。此外,PARPBP基因低表达与COAD患者较高的病理N分期、肿瘤分期和不良预后显著相关。PARPBP基因在药物抵抗的结肠癌细胞株中表达下调,说明其与COAD细胞的药物敏感性相关。结论PARPBP在结肠癌组织中高表达,其高表达是结肠癌患者预后的保护性因素。
关键词
parpbp
结肠癌
生物信息学
基因组不稳定
Keywords
parpbp
Colon cancer
Bioinformatics
Chromosomal instability
分类号
R735.35 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
结肠癌中PARPBP基因表达及功能的生物信息学分析
彭名菁
石磊
陈杰
《肿瘤药学》
CAS
2021
1
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