猪星状病毒2型PCR检测分型方法的建立及初步应用

根据GenBank登的猪星状病毒2型(PAstV2)序列,设计1对引物。通过优化反应条件,首次在湖南地区检测到PAstV2型病毒。用该方法通过提取样品RNA,采用RT-PCR进行扩增,得到一条预期的特异性条带(243bp),将扩增产物进行测序分析,结果表明该序列与PAstV2型的参考序列同源性为96%。同时,用该引物检测可引起腹泻的PEDV、TGEV、CSFV和PRRSV四种病毒RNA,RT-PCR结果均为阴性。该RT-PCR的敏感性试验结果表明其最高敏感度为400 pg/μL。采用该方法对湖南境内78份猪肠道和粪便样品进行检测,发现PAstV2型的感染率达到11.5%(9/78)。结果表明该方法可以应用于临床PAstV2检测。

猪星状病毒的流行病学调查及遗传进化分析

为了解上海地区猪群中猪星状病毒(PAstV)的流行现状及其遗传特性,本研究于2016年~2020年间在上海不同地区10个猪场共采集了1416份仔猪腹泻粪便样品,利用RT-PCR方法及生物信息学技术进行检测与分析。结果显示,PAstV的总阳性率为26.2%,PAstV与其他腹泻病病原的混合感染情况较复杂,二重感染率占比达56.93%,主要以PAstV/猪嵴病毒(PKoV)为主(20.07%);三重感染率占比29.41%,以PAstV/PKoV/猪流行性腹泻病毒(PEDV)(10.09%)感染模式为主;四重感染率为11.4%,以PAstV/牛病毒性腹泻病毒(BVDV)/猪札幌病毒(PoSaV)/猪萨佩罗病毒(PSV)(13.51%)感染为主。猪群中PAstV的流行与气温差有很大关系,在季节交替时节流行率较高,特别是秋冬交替时节。选取其中2个PAstV阳性样品(JS-PAstV和CM-PAstV)进行全基因组序列的测定和分析,结果显示两者的全基因组同源性不高,仅为73.8%。全基因组进化分析显示,CM-PAstV分别与挪威、日本、美国的PAstV 3型的亲缘性较近;而JS-PAstV与匈牙利的PAstV 3型的亲缘性最近。对ORF2基因进行病毒重组分析,显示JS-PAstV和CM-PAstV的ORF2基因均与人星状病毒之间存在重组现象。提示,上海地区猪群中存在PAstV 3型的流行,且遗传距离较远,但存在与人星状病毒重组的风险,需进一步监测关注。本研究数据丰富了国内PAstV的流行病学资料,可为该病的风险防控提供科学数据。

云南大理某农村猪星状病毒分子流行病学调查

目的了解云南大理某农村猪群中星状病毒(astrovirus,AstV)感染情况,为AstV的防控提供理论依据。方法利用逆转录巢式聚合酶链反应(RT-nested PCR)技术,对云南大理某农村采集的42份猪粪便样品进行PAstV799 bp基因部分片段扩增、克隆,并测序;利用NCBI BLAST进行数据库比对,Mega 4.1软件进行序列同源性比较和系统进化树构建。结果 Trizol试剂提取42份猪粪便样品上清总RNA,经RT-nested PCR扩增,5份样品可见799 bp的目的基因片段,阳性率为11.90%;PAstV 799 bp片段同源性分析显示,5个毒株与PAstV-1、2、3、4和5的同源性为46.3%~87.9%,与PAstV-4的同源性最高,为75.5%~87.9%;PAstV 799 bp片段的系统进化分析显示,分离的毒株属于PAstV-4,同源性为80.0%~99.5%。结论云南省PAstV-4流行病学调查将有利于中国AstV的预防及治疗。