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Comparative Study on Properties of PBAT/PBSA Film Modified by a Multi-Functional Epoxide Chain Extender or Benzoyl Peroxide
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作者 Yanfeng Zhu Huidong Shi +3 位作者 Qing Ju Dong Zhao Yucai Shen Tingwei Wang 《Journal of Renewable Materials》 SCIE EI 2023年第3期1303-1319,共17页
Poly(butylene adipate-co-terephthalate)(PBAT)and poly(butylene succinate-co-adipate)(PBSA)blend films were prepared with different contents of a multifunctional epoxide chain extender Joncryl ADR-4468(ADR)or benzoyl p... Poly(butylene adipate-co-terephthalate)(PBAT)and poly(butylene succinate-co-adipate)(PBSA)blend films were prepared with different contents of a multifunctional epoxide chain extender Joncryl ADR-4468(ADR)or benzoyl peroxide(BPO).The long-chain-branching(LCB)introduced by ADR and branched/crosslinked entanglement induced by BPO increased melt elasticity,viscosity and compatibility,as indicated by thermal properties,rheological and morphological analyses.It was found that the elongation at break and the tensile strength were significantly improved,due to the enhancement of compatibility and the interfacial adhesion by the incorporation of ADR or BPO.The best mechanical properties were obtained in PBAT/PBSA/ADR(60/40/0.3)(A4T6A_(0.3))and PBAT/PBSA/BPO(60/40/0.9)(A4T6B_(0.9))films,respectively.With the rapid initiation of chain growth by BPO,it has significantly improved the transparency of the film.ADR and BPO can be used interchangeably in improving the comprehensive properties of PBAT/PBSA films,and it would provide more strategies for developing biodegradable materials for various applications. 展开更多
关键词 PBAT pbsa chain extend in-situ compatibilization
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β-环糊精和雌二醇的分子动力学模拟和MM-PBSA自由能计算 被引量:1
2
作者 姚雪霞 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第29期12557-12559,共3页
运用分子动力学和MM-PBSA相结合的方法预测β-环糊精和雌二醇包结模式。通过MD轨迹分析,不论是A-up取向还是D-up取向,雌二醇都可以和β-CD形成稳定的包结;通过氢键占有率的分析,发现β-CD的构象发生一定程度的变化。MM-PBSA计算结果表明... 运用分子动力学和MM-PBSA相结合的方法预测β-环糊精和雌二醇包结模式。通过MD轨迹分析,不论是A-up取向还是D-up取向,雌二醇都可以和β-CD形成稳定的包结;通过氢键占有率的分析,发现β-CD的构象发生一定程度的变化。MM-PBSA计算结果表明,A-up取向包结自由能更低,为优势包结模式。进一步分析各个能量项可得,范德华相互作用能为包结的主要驱动力。 展开更多
关键词 MM-pbsa 分子动力学 Β-环糊精 雌二醇
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紫外线吸收剂PBSA与DNA相互作用的光谱研究
3
作者 陈砚美 杨晗 +2 位作者 王芳 熊绪杰 张万举 《华中师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第3期324-327,共4页
采用荧光光谱法和紫外光谱法,在模拟生理条件下(pH=7.23)对紫外线吸收剂2-苯基苯并咪唑-5-磺酸(PBSA)与脱氧核糖核酸(DNA)的相互作用进行了研究.结果表明PBSA能够与DNA相结合形成复合物,引起了PBSA紫外吸收的降低和荧光的猝灭;PBSA与DN... 采用荧光光谱法和紫外光谱法,在模拟生理条件下(pH=7.23)对紫外线吸收剂2-苯基苯并咪唑-5-磺酸(PBSA)与脱氧核糖核酸(DNA)的相互作用进行了研究.结果表明PBSA能够与DNA相结合形成复合物,引起了PBSA紫外吸收的降低和荧光的猝灭;PBSA与DNA的相互作用为静态猝灭过程,两者间的结合位点数为1.11. 展开更多
关键词 2-苯基苯并咪唑-5-磺酸(pbsa) DNA相互作用 光谱法
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PBSA-g-MG增容改性热塑性淀粉/PBSA复合材料
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作者 王培磊 孟伟 +1 位作者 陈芳萍 刘昌胜 《功能高分子学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期63-68,共6页
以过氧化二异丙苯(DCP)为引发剂,通过熔融接枝将马来酸酐(MA)和甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)接枝到PBSA(聚丁二酸/聚己二酸-co-丁二醇酯)分子链上,制备了PBSA-g-MG增容剂。采用红外光谱和核磁共振氢谱对增容剂的化学结构进行表征,并探究了... 以过氧化二异丙苯(DCP)为引发剂,通过熔融接枝将马来酸酐(MA)和甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)接枝到PBSA(聚丁二酸/聚己二酸-co-丁二醇酯)分子链上,制备了PBSA-g-MG增容剂。采用红外光谱和核磁共振氢谱对增容剂的化学结构进行表征,并探究了PBSA-g-MG的添加量对热塑性淀粉(TPS)与PBSA复合材料(TPS/PBSA)的力学性能、微观形貌、动态热机械性能和吸水性能的影响。结果表明,该增容剂可改善纤维增强的TPS/PBSA复合材料的界面相容性,TPS相与PBSA相的T_g相互靠近,TPS/PBSA的力学性能和耐水性提高。添加质量分数8%增容剂的TPS/PBSA复合材料在59%湿度下的力学强度可达19.4 MPa,比未增容的复合材料提高了将近130%。 展开更多
关键词 塑性淀粉 pbsa 复合材料 相容性 力学强度
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植物育种微机辅助系统(PBSAS)
5
作者 宋德明 王志 +1 位作者 敬甫松 龙太康 《计算机与农业》 1998年第1期16-18,共3页
植物育种微机辅助系统PBSAS主要功能是对植物育种材料和栽培鉴定中的品种比较,区域试验及多年多卢、生态试验数据进行管理、辅助选择和统计分析。主要特点是数据管理与统计分析较完善有机的结合。实现了数据高度共享。系统莱单可由键... 植物育种微机辅助系统PBSAS主要功能是对植物育种材料和栽培鉴定中的品种比较,区域试验及多年多卢、生态试验数据进行管理、辅助选择和统计分析。主要特点是数据管理与统计分析较完善有机的结合。实现了数据高度共享。系统莱单可由键盘和鼠标共同驱动。界面友好,操作简单,易于使用。 展开更多
关键词 农业 植物育种 微机辅助系统 pbsaS
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Evaluation on performance of MM/PBSA in nucleic acid-protein systems
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作者 陈远强 盛艳静 +1 位作者 丁泓铭 马余强 《Chinese Physics B》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第4期727-732,共6页
The molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM/PBSA) method has been widely used in predicting the binding affinity among ligands,proteins,and nucleic acids.However,the accuracy of the predicted binding ene... The molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM/PBSA) method has been widely used in predicting the binding affinity among ligands,proteins,and nucleic acids.However,the accuracy of the predicted binding energy by the standard MM/PBSA is not always good,especially in highly charged systems.In this work,we take the protein-nucleic acid complexes as an example,and showed that the use of screening electrostatic energy(instead of Coulomb electrostatic energy) in molecular mechanics can greatly improve the performance of MM/PBSA.In particular,the Pearson correlation coefficient of dataset Ⅱ in the modified MM/PBSA(i.e.,screening MM/PBSA) is about 0.52,much better than that(<0.33)in the standard MM/PBSA.Further,we also evaluate the effect of solute dielectric constant and salt concentration on the performance of the screening MM/PBSA.The present study highlights the potential power of the screening MM/PBSA for predicting the binding energy in highly charged bio-systems. 展开更多
关键词 molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM/pbsa) screening electrostatic interaction PROTEIN nucleic acid molecular dynamics simulation
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PBSA/木薯淀粉湿法共混体系研究
7
作者 倪洪凯 杨彪 +1 位作者 许国志 李明 《塑料工业》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期64-67,81,共5页
采用湿法共混工艺制备了聚丁二酸/己二酸–丁二醇酯(PBSA)/木薯淀粉薄膜。对薄膜的力学性能、热稳定性和微观形貌以及树脂的摩尔质量变化进行了研究。结果表明,共混体系的熔融温度基本没有变化,结晶峰温度略有升高;随木薯淀粉含量的增加... 采用湿法共混工艺制备了聚丁二酸/己二酸–丁二醇酯(PBSA)/木薯淀粉薄膜。对薄膜的力学性能、热稳定性和微观形貌以及树脂的摩尔质量变化进行了研究。结果表明,共混体系的熔融温度基本没有变化,结晶峰温度略有升高;随木薯淀粉含量的增加,PBSA/淀粉共混薄膜的力学性能下降,木薯淀粉和PBSA在各自的温度区域内分解,共混材料的热稳定性下降;GPC结果显示加工过程中,虽有水分存在,但是PBSA的摩尔质量没有降低。随淀粉含量的增加,薄膜的拉伸强度和断裂伸长率逐渐降低,当淀粉质量分数10%时,共混薄膜仍能保持良好的机械性能,达到GB/T 4456—2008的要求。湿法共混工艺能够在一定程度上取得物料共混的理想效果,在降低生产成本的同时保持良好的综合机械性能和加工性能。 展开更多
关键词 聚丁二酸/己二酸-丁二醇酯 木薯淀粉 湿法共混 可降解薄膜
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力场/溶剂水模型对EGFRvⅢ抗原-MR1(scFv)抗体复合物的MM-PBSA计算精度的影响与实验验证
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作者 任家毅 杨志伟 +8 位作者 郑念珏 李军旗 杨春龙 林淑健 杨冰 黄俊卿 廖化新 袁晓辉 欧仕益 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2017年第11期2070-2076,共7页
以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计... 以表皮生长因子Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)抗原多肽与其抗体(MR1)及其人源化突变体的复合物结构为出发点,采用分子动力学中的6种常用力场及3种常用溶剂水模型,分别对上述抗原-抗体复合物进行100ns的分子动力学模拟与分子力学和连续介质模型计算自由能(MM-PBSA),并在实验上利用等温滴定量热(ITC)仪测定了抗原和抗体相互作用的热力学参数.通过在结构变化、能量变化及野生型与突变体比较等几个方面进行综合分析,给出了最佳的计算模型.对不同力场及水模型计算精度等相关问题进行了探讨. 展开更多
关键词 单链抗体 分子动力学模拟 分子力学和连续介质模型的自由能计算 等温滴定量热 均方根偏差
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PBSA应用双螺杆挤出机扩链反应研究
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作者 钟宇科 李旭宁 《合成材料老化与应用》 2018年第6期22-25,共4页
本文旨在于通过生产实践摸索研究了PBSA扩链反应过程中扩链剂选择,反应时间确定,扩链后的老化性能评估。在生产过程中对比了不同螺杆组合和原材料的预处理对扩链剂加入量的影响,最终得出了适合PBSA生产的最佳生产工艺路线。
关键词 丁二酸丁二酯-共聚-己二酸丁二酯 齿形盘 剪切块 加速老化 水分
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Generation of Tough Poly(glycolic acid)(PGA)/Poly(butylene succinate-co-butylene adipate)(PBSA)Films with High Gas Barrier Performance through In situ Nanofibrillation of PBSA under an Elongational Flow Field 被引量:1
10
作者 Fan Yang Cai-Li Zhang +2 位作者 Yu Han Zhi-Rui Ma Yun-Xuan Weng 《Chinese Journal of Polymer Science》 SCIE EI CAS CSCD 2023年第11期1805-1817,I0011,共14页
Poly(glycolic acid)(PGA)is derived from glycolide obtained by fermenting pineapples or sugarcane,which has excellent gas barrier properties and a small carbon footprint.PGA is a potential substitute for the current al... Poly(glycolic acid)(PGA)is derived from glycolide obtained by fermenting pineapples or sugarcane,which has excellent gas barrier properties and a small carbon footprint.PGA is a potential substitute for the current aluminum-plastic composite films used in high barrier packaging applications.However,its poor ductility and narrow processing window limit its application in food packaging.Herein,poly(butylene succinate-co-butylene adipate)(PBSA)was used to fabricate PGA/PBSA blend films through an in situ fibrillation technique and blown film extrusion.Under the elongational flow field used during the extrusion process,a unique hierarchical structure based on the PBSA nanofibrils and interfacially oriented PGA crystals was obtained.This structure enhances the strength,ductility and gas barrier properties of the PGA/PBSA blend film.In addition,an epoxy chain extender(ADR4468)was used as a compatibilizer to further enhance the interfacial adhesion between PGA and PBSA.70PGA/0.7ADR exhibited a very low oxygen permeability(2.34×10^(-4)Barrer)with significantly high elongating at break(604.4%),tensile strength(47.4 MPa),and transparency,which were superior to those of petroleum-based polymers.Thus,the 70PGA/0.7ADR blown films could satisfy the requirements for most instant foods such as coffee,peanuts,and fresh meat. 展开更多
关键词 Poly(butylene succinate-co-butylene adipate)(pbsa) Poly(glycolic acid)(PGA) Food packaging films
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基于trnH-pbsA序列的8种葱属植物系统遗传多样性分析 被引量:4
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作者 杨平 张边江 +3 位作者 周峰 王立科 王海鸥 陈全战 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期2882-2887,共6页
本研究主要通过对薤白、蒜、大葱、香葱、蒙古韭、阿拉善韭、宽叶韭、黄花葱8种葱属植物trnH-pbsA基因片段进行PCR扩增并测序,使用clustal X1.83、MEGA6.06等软件进行序列分析并构建系统进化树。PCR扩增显示宽叶韭未检出条带,其余7种葱... 本研究主要通过对薤白、蒜、大葱、香葱、蒙古韭、阿拉善韭、宽叶韭、黄花葱8种葱属植物trnH-pbsA基因片段进行PCR扩增并测序,使用clustal X1.83、MEGA6.06等软件进行序列分析并构建系统进化树。PCR扩增显示宽叶韭未检出条带,其余7种葱属植物的trnH-pbsA序列长度在618 bp到626 bp之间,经MEGA6.06软件处理分析得到636个位点,序列中共501个保守位点,107个变异位点和104个简约信息位点。GC含量在34.9%~35.8%之间,种间的遗传距离在0.000~0.166之间,同源性在80%~99%之间。分子进化树表明,薤白与其余7种葱属植物分开,蒙古韭和阿拉善韭自展支持率为48%,蒜和香葱自展支持率为18%。薤白与其余7种葱属植物亲缘关系较远,大葱和香葱亲缘关系较近。 展开更多
关键词 葱属 trnH-pbsa 进化树
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应用MM/PBSA方法研究CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响
12
作者 杨丽君 贾若 杨胜勇 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第3期255-260,共6页
应用MM/PBSA方法研究了CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响.结果表明,活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体相互作用自由能有一定的贡献,其贡献的大小随配体不同而有所差异,导致这种差异的主要原因是活性位点内溶剂水分... 应用MM/PBSA方法研究了CDK2活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体结合自由能的影响.结果表明,活性口袋内溶剂水分子对CDK2-配体相互作用自由能有一定的贡献,其贡献的大小随配体不同而有所差异,导致这种差异的主要原因是活性位点内溶剂水分子与蛋白残基和配体之间形成了不同的氢键相互作用网络。 展开更多
关键词 MM/pbsa CDK2 结合自由能 溶剂水分子 分子动力学
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蓝山屯河PBSA全生物降解树脂项目主体厂房开工
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《塑料科技》 CAS 北大核心 2017年第12期37-37,共1页
近日,由中国化学工程第四建设有限公司承建的新疆蓝山屯河聚酯有限公司2×3万吨/年PBSA全生物降解树脂项目开工。该项目位于新疆昌吉高新技术产业开发区,由新疆蓝山屯河聚酯有限公司投资建设。项目建成后,将成为国内技术最先进、规... 近日,由中国化学工程第四建设有限公司承建的新疆蓝山屯河聚酯有限公司2×3万吨/年PBSA全生物降解树脂项目开工。该项目位于新疆昌吉高新技术产业开发区,由新疆蓝山屯河聚酯有限公司投资建设。项目建成后,将成为国内技术最先进、规模最大的PBSA生产装置。PBSA是全生物降解塑料制品的基本原料,广泛应用于农业、 展开更多
关键词 全生物降解 pbsa 项目主体 中国化学工程 聚酯 高新技术产业 塑料制品 树脂 新疆昌吉 厂房
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两种微生物源谷氨酰胺转氨酶与底物特异性识别的全原子动力学模拟研究
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作者 吴楠 张永峰 季宝成 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2023年第5期53-61,共9页
微生物源谷氨酰胺转氨酶(Transglutaminase,TGase)能够催化蛋白间氨酰基转移促进蛋白交联,已经广泛应用于食品、轻工等多种领域.然而目前微生物源TGase与底物间基于长程作用力的分子特异性识别机制仍不清楚,理性改造困难.本研究以源自... 微生物源谷氨酰胺转氨酶(Transglutaminase,TGase)能够催化蛋白间氨酰基转移促进蛋白交联,已经广泛应用于食品、轻工等多种领域.然而目前微生物源TGase与底物间基于长程作用力的分子特异性识别机制仍不清楚,理性改造困难.本研究以源自高茂源链霉菌(MTG)和源自枯草芽孢杆菌(BTG)的两种TGase为研究对象,使用分子对接技术构建酶与底物的结合复合体并使用分子动力学模拟解析两种TGase与底物识别的分子机制.结果显示两种TGase在底物识别过程高度类似,均由催化腔外周loop区域氨基酸残基通过范德华及静电作用固定底物整体,而后由位于催化腔底部催化三联体内Asp(MTG)或Glu(BTG)通过羧基侧链稳定反应发生局部空间构象并拉近底物Gln内γ-酰胺基与核心催化残基Cys间距,以便后续反应过程中TGase-底物中间体的生成.上述结果阐明了TGase与底物活性基团的分子识别模式,提出了两种TGase内作用于底物识别的氨基酸残基,为以后TGase的理性改造研究提供了理论基础. 展开更多
关键词 微生物源谷氨酰胺转氨酶 分子对接 分子动力学模拟 MM/pbsa aNCI分析
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EGFR和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间相互作用模式的研究 被引量:10
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作者 侯廷军 朱丽荔 +1 位作者 陈丽蓉 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期1023-1028,共6页
采用分子动力学和MM PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式 .在分子动力学采样的基础上 ,采用MM PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自... 采用分子动力学和MM PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式 .在分子动力学采样的基础上 ,采用MM PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自由能 .在MM PBSA计算中 ,受体和抑制剂之间的非键相互作用能采用分子力学(MM)的方法得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Possion Boltzmanne (PB)方程的方法得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积计算 (SA)的方法得到 .计算表明 ,在四种结合模式下 ,表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂之间的结合自由能有较大的差别 .在最佳的相互作用模式中 ,抑制剂的苯胺部分位于活性口袋的底部 ,能够与受体残基的非极性侧链产生很强的范德华和疏水相互作用 .抑制剂喹唑啉环上的N(1)原子能够和Met 76 9上的NH形成稳定的氢键 ,而抑制剂上的N(3)原子则和周围的一个水分子形成氢键 .同时 ,抑制剂双环上的取代基团也能和活性口袋外部的部分残基形成一定的范德华和疏水相互作用 . 展开更多
关键词 EGFR 4-苯胺喹唑啉类抑制剂 相互作用模式 MM/pbsa 分子动力学 结合自由能 表皮生长因子受体 药物设计 抗癌药物
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谷氨酰胺结合蛋白的分子动力学模拟和自由能计算 被引量:12
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作者 胡建平 孙庭广 +1 位作者 陈慰祖 王存新 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第20期2079-2085,共7页
谷氨酰胺结合蛋白(Glutamine-bindingprotein,GlnBp)是大肠杆菌透性酶系统中一个细胞外液底物专一性结合蛋白,对于细胞外液中谷氨酰胺(Gln)的运输和传递至关重要.本文运用分子动力学(Moleculardynamics,MD)模拟采样,考察了GlnBp关键残... 谷氨酰胺结合蛋白(Glutamine-bindingprotein,GlnBp)是大肠杆菌透性酶系统中一个细胞外液底物专一性结合蛋白,对于细胞外液中谷氨酰胺(Gln)的运输和传递至关重要.本文运用分子动力学(Moleculardynamics,MD)模拟采样,考察了GlnBp关键残基与底物Gln之间的相互作用和GlnBp两条铰链的功能差别;并采用MM-PBSA方法计算了GlnBp与底物Gln的结合自由能.结果表明:Ph13,Phe50,Thr118和Ile69与底物Gln的范德华相互作用和Arg75,Thr70,Asp157,Gly68,Lys115,Ala67,His156与底物Gln的静电相互作用是结合Gln的主要推动力;复合物的铰链区85~89柔性大,对构象开合提供了结构基础;而铰链区181~185柔性小,其作用更多是在功能上把底物Gln限制在口袋中;自由能预测值与实验值吻合.本研究很好地解释了GlnBp结构与功能的关系,为进一步了解GlnBp的开合及转运Gln的机制提供了重要的结构信息. 展开更多
关键词 GlnBp 开合运动 分子动力学 MM-pbsa 结合自由能
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分子动力学模拟和自由能计算研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式(英文) 被引量:7
17
作者 扈国栋 张少龙 +1 位作者 刘新国 张庆刚 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期333-339,共7页
孕酮在确立和维持妊娠中起到了关键的作用.为了研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式,进行了3.5纳秒的分子动力学模拟,用MM-PBSA\GBSA方法计算了结合自由能.自由能分解和丙氨酸扫描两种方法说明,残基Leu718,Met756,Met759,Phe778和Tyr890... 孕酮在确立和维持妊娠中起到了关键的作用.为了研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式,进行了3.5纳秒的分子动力学模拟,用MM-PBSA\GBSA方法计算了结合自由能.自由能分解和丙氨酸扫描两种方法说明,残基Leu718,Met756,Met759,Phe778和Tyr890对于结合抑制剂作用明显,这些残基的主要作用能是范德瓦尔斯作用能.这一研究结果可以指导孕酮受体蛋白抑制剂的优化. 展开更多
关键词 孕酮受体 分子动力学 MM—pbsa 氢键
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p53-MDM2相互作用的分子力学和动力学研究 被引量:11
18
作者 程伟渊 梁志强 +3 位作者 张庆刚 伊长虹 王伟 王克彦 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期393-399,共7页
p53-MDM2相互作用的抑制已经成为治疗癌症的新方法.本文将分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics/passion-Boltzman surface area)方法结合起来研究MDM2-p53相互作用机制。结果证明范德华相互作用驱动了MDM2与p53的结合.基于残基... p53-MDM2相互作用的抑制已经成为治疗癌症的新方法.本文将分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics/passion-Boltzman surface area)方法结合起来研究MDM2-p53相互作用机制。结果证明范德华相互作用驱动了MDM2与p53的结合.基于残基-残基相互作用的计算不仅证明p53的三个残基Phe19′,Trp23′和Leu26′与MDM2有较强的相互作用,而且还发现另外两个残基Leu22′和Pro27′也与MDM2有较强的相互作用,这为抗癌药物的设计提供了新靶标.同时也证明CH-CH,CH-π和π-π相互作用驱动了p53在MDM2疏水性裂缝中的结合. 展开更多
关键词 分子动力学 MM-pbsa 结合自由能 p53-MDM2相互作用 氢键动力学
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基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法 被引量:8
19
作者 侯廷军 徐筱杰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2004年第2期153-158,共6页
近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Bol... 近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Boltzmann(PB)方程的方法计算得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积 (SA)计算得到。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年MM PBSA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对MM PBSA的发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 分子动力学模拟 连续介质模型 自由能 计算方法 MM/pbsa 药物分子设计 计算机辅助设计 去溶剂化能 熵效应
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分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制 被引量:3
20
作者 陈建中 梁志强 +3 位作者 张庆刚 刘晓阳 王伟 刘进庆 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期953-959,共7页
p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pD16W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pD16W与MDM2结合的... p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pD16W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pD16W与MDM2结合的主要力量.相关矩阵的计算结果表明pD16W的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动.基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pD16W的5个残基Phe19′,Trp22′,Trp23′,Leu26′和Thr27′能够与MDM2产生较强的相互作用,而且确认了CH-π,CH-CH和π-πc相互作用驱动了pD16W在MDM2疏水裂缝中的结合.这为抗癌药物的设计提供了理论上的指导. 展开更多
关键词 分子动力学 MM—pbsa 结合自由能 MDM2 相关矩阵
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