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植物育种微机辅助系统(PBSAS)
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作者 宋德明 王志 +1 位作者 敬甫松 龙太康 《计算机与农业》 1998年第1期16-18,共3页
植物育种微机辅助系统PBSAS主要功能是对植物育种材料和栽培鉴定中的品种比较,区域试验及多年多卢、生态试验数据进行管理、辅助选择和统计分析。主要特点是数据管理与统计分析较完善有机的结合。实现了数据高度共享。系统莱单可由键... 植物育种微机辅助系统PBSAS主要功能是对植物育种材料和栽培鉴定中的品种比较,区域试验及多年多卢、生态试验数据进行管理、辅助选择和统计分析。主要特点是数据管理与统计分析较完善有机的结合。实现了数据高度共享。系统莱单可由键盘和鼠标共同驱动。界面友好,操作简单,易于使用。 展开更多
关键词 农业 植物育种 微机辅助系统 pbsas
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EGFR和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间相互作用模式的研究 被引量:10
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作者 侯廷军 朱丽荔 +1 位作者 陈丽蓉 徐筱杰 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第6期1023-1028,共6页
采用分子动力学和MM PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式 .在分子动力学采样的基础上 ,采用MM PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自... 采用分子动力学和MM PBSA相结合的方法预测了表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂的相互作用模式 .在分子动力学采样的基础上 ,采用MM PBSA的方法分别预测了四种可能结合模式下表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂间的结合自由能 .在MM PBSA计算中 ,受体和抑制剂之间的非键相互作用能采用分子力学(MM)的方法得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Possion Boltzmanne (PB)方程的方法得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积计算 (SA)的方法得到 .计算表明 ,在四种结合模式下 ,表皮生长因子受体和 4 苯胺喹唑啉类抑制剂之间的结合自由能有较大的差别 .在最佳的相互作用模式中 ,抑制剂的苯胺部分位于活性口袋的底部 ,能够与受体残基的非极性侧链产生很强的范德华和疏水相互作用 .抑制剂喹唑啉环上的N(1)原子能够和Met 76 9上的NH形成稳定的氢键 ,而抑制剂上的N(3)原子则和周围的一个水分子形成氢键 .同时 ,抑制剂双环上的取代基团也能和活性口袋外部的部分残基形成一定的范德华和疏水相互作用 . 展开更多
关键词 EGFR 4-苯胺喹唑啉类抑制剂 相互作用模式 MM/PBSA 分子动力学 结合自由能 表皮生长因子受体 药物设计 抗癌药物
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分子动力学模拟和自由能计算研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式(英文) 被引量:7
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作者 扈国栋 张少龙 +1 位作者 刘新国 张庆刚 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期333-339,共7页
孕酮在确立和维持妊娠中起到了关键的作用.为了研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式,进行了3.5纳秒的分子动力学模拟,用MM-PBSA\GBSA方法计算了结合自由能.自由能分解和丙氨酸扫描两种方法说明,残基Leu718,Met756,Met759,Phe778和Tyr890... 孕酮在确立和维持妊娠中起到了关键的作用.为了研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式,进行了3.5纳秒的分子动力学模拟,用MM-PBSA\GBSA方法计算了结合自由能.自由能分解和丙氨酸扫描两种方法说明,残基Leu718,Met756,Met759,Phe778和Tyr890对于结合抑制剂作用明显,这些残基的主要作用能是范德瓦尔斯作用能.这一研究结果可以指导孕酮受体蛋白抑制剂的优化. 展开更多
关键词 孕酮受体 分子动力学 MM—PBSA 氢键
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分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制 被引量:3
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作者 陈建中 梁志强 +3 位作者 张庆刚 刘晓阳 王伟 刘进庆 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期953-959,共7页
p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pD16W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pD16W与MDM2结合的... p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pD16W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pD16W与MDM2结合的主要力量.相关矩阵的计算结果表明pD16W的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动.基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pD16W的5个残基Phe19′,Trp22′,Trp23′,Leu26′和Thr27′能够与MDM2产生较强的相互作用,而且确认了CH-π,CH-CH和π-πc相互作用驱动了pD16W在MDM2疏水裂缝中的结合.这为抗癌药物的设计提供了理论上的指导. 展开更多
关键词 分子动力学 MM—PBSA 结合自由能 MDM2 相关矩阵
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分子动力学研究抗体SPE7与抗原Alizarin red的相互作用机制 被引量:2
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作者 刘进庆 梁志强 +4 位作者 王伟 伊长虹 李洪云 赵娟 张庆刚 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期340-346,共7页
研究抗原与抗体的相互作用机制在治疗与抗体相关疾病药物的研发中起到重要作用.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)以及溶解相互作用能SIE(solvated interaction energy)方法研究了抗原A... 研究抗原与抗体的相互作用机制在治疗与抗体相关疾病药物的研发中起到重要作用.采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)以及溶解相互作用能SIE(solvated interaction energy)方法研究了抗原Alizarin red(AZN)与抗体SPE7的结合模式.研究结果证明范德华作用主导了抗原AZN与抗体SPE7的相互作用.基于残基能量分解的计算表明抗原AZN能与残基H-W35、H-Y105、L-Y34和L-W93产生较强的相互作用,此结果表明AZN与SPE7分离残基间的π-π相互作用驱动了AZN与SPE7的结合.期望这个研究能为治疗与抗体相关疾病药物的研发提供重要的理论指导. 展开更多
关键词 分子动力学 抗体 MM—PBSA 结合自由能 回旋半径 SIE
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基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法 被引量:8
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作者 侯廷军 徐筱杰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2004年第2期153-158,共6页
近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Bol... 近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Boltzmann(PB)方程的方法计算得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积 (SA)计算得到。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年MM PBSA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对MM PBSA的发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 分子动力学模拟 连续介质模型 自由能 计算方法 MM/PBSA 药物分子设计 计算机辅助设计 去溶剂化能 熵效应
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证券投资基金风格分析方法的比较研究 被引量:3
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作者 吕兆德 《内蒙古大学学报(哲学社会科学版)》 CSSCI 北大核心 2007年第1期45-49,共5页
基金投资风格,是指将基金资产在各种不同股票之间进行配置的投资战略或投资计划。基金投资风格分析方法有两种,一种是基于投资组合的风格分析(RBSA);一种是基于收益的风格分析(RBSA)。两种方法得出的分析结果在某些情况下存在不一致,这... 基金投资风格,是指将基金资产在各种不同股票之间进行配置的投资战略或投资计划。基金投资风格分析方法有两种,一种是基于投资组合的风格分析(RBSA);一种是基于收益的风格分析(RBSA)。两种方法得出的分析结果在某些情况下存在不一致,这是由两者的特征决定的。就我国实际情况,在分析中应当结合使用两种方法,以得出准确的基金风格。 展开更多
关键词 PBSA RBSA 资风格比较
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两种不同结构共聚酯对脂肪酶降解反应的对比
8
作者 张敏 沈颖辉 +2 位作者 苗妮娜 李成涛 邱建辉 《塑料》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期78-82,共5页
采用两种酸一种醇和两种醇一种酸分别对PBS改性,合成了不同化学结构的共聚酯PBSA和PBSH,并在磷酸缓冲液中以它们为底物,研究了对脂肪酶N435降解反应的异同。采用质量损失率和GPC评价了降解前后共聚物分子质量的变化;WAXD和TG分析了酶降... 采用两种酸一种醇和两种醇一种酸分别对PBS改性,合成了不同化学结构的共聚酯PBSA和PBSH,并在磷酸缓冲液中以它们为底物,研究了对脂肪酶N435降解反应的异同。采用质量损失率和GPC评价了降解前后共聚物分子质量的变化;WAXD和TG分析了酶降解前后共聚物结晶度和热性质的变化;POM对降解后的材料进行了形貌观测。研究结果表明:相比PBS,PBSA和PBSH对脂肪酶的感受性有很大提高,24 h后降解率分别达到90%和60%以上,并且PBSA降解速率比PBSH快很多;降解后2种共聚物相对分子质量变化不大,但分子量分布系数变宽;结晶度增大;降解3 d后PBSA的热稳定性降低,而PBSH的热稳定性提高。 展开更多
关键词 脂肪酶N435 PBSA PBSH 酶促降解 质量损失率
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HIV-1蛋白酶与抑制剂BEB的结合自由能计算
9
作者 时术华 张庆刚 《山东师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2010年第2期40-43,共4页
HIV-1蛋白酶(PR)是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.笔者采用分子动力学模拟,运用MM—PBSA方法计算了PR与抑制剂BEB复合物的绝对结合自由能;运用能量分解的方法考察了PR的主要残基与BEB间的相互作用与识别,结果表明:残基GLY27、ALA28... HIV-1蛋白酶(PR)是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.笔者采用分子动力学模拟,运用MM—PBSA方法计算了PR与抑制剂BEB复合物的绝对结合自由能;运用能量分解的方法考察了PR的主要残基与BEB间的相互作用与识别,结果表明:残基GLY27、ALA28/ALA28',GLY49、ILE50/ILE50和ILE84/ILE84为PR与BEB的结合自由能提供了主要贡献.抑制剂BEB骨架上的OH基和NH基与残基ASP25/ASP25',ASP29和GLY27之间的氢键相互作用有利于复合物的稳定.计算结果与实验值吻合较好. 展开更多
关键词 HIV-1蛋白酶 抑制剂 分子动力学 MM—PBSA 结合自由能
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HIV蛋白酶与抑制剂的结合自由能计算
10
作者 段莉莉 张庆刚 《德州学院学报》 2008年第4期41-44,共4页
采用分子动力学模拟和MM-PBSA相结合方法计算了HIV蛋白酶和抑制剂的结合自由能.并且运用能量分解方法考察了蛋白酶主要残基与抑制剂之间的相互作用.在MM-PBSA中,体系的焓通过分子力学方法(MM)得到,极性部分对溶剂化自由能的贡献通过求... 采用分子动力学模拟和MM-PBSA相结合方法计算了HIV蛋白酶和抑制剂的结合自由能.并且运用能量分解方法考察了蛋白酶主要残基与抑制剂之间的相互作用.在MM-PBSA中,体系的焓通过分子力学方法(MM)得到,极性部分对溶剂化自由能的贡献通过求解有限差分Poisson-Boltzmann(PB)方程得到,非极性部分对溶剂化自由能的贡献通过估算溶剂可接近表面积(SA)拟合得到. 展开更多
关键词 分子动力学 MM—PBSA HIV蛋白酶
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膨胀型石墨/水滑石对聚丁二酸-co-己二酸丁二醇酯的复合成核作用及其非等温结晶动力学研究 被引量:2
11
作者 唐硕 徐军 +3 位作者 郭宝华 李彩霞 夏鹏翎 田正刚 《塑料》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期1-4,共4页
用差示扫描量热仪(DSC)研究PBSA和PBSA/膨胀型石墨/水滑石复合材料的非等温结晶过程,结果表明:膨胀型石墨/水滑石可以提高PBSA的结晶温度,并可以将其非等温结晶温度提高15~22℃。通过Jeziornyz用于非等温结晶峰修正的Avrami方程拟合得... 用差示扫描量热仪(DSC)研究PBSA和PBSA/膨胀型石墨/水滑石复合材料的非等温结晶过程,结果表明:膨胀型石墨/水滑石可以提高PBSA的结晶温度,并可以将其非等温结晶温度提高15~22℃。通过Jeziornyz用于非等温结晶峰修正的Avrami方程拟合得到PBSA和PBSA/膨胀型石墨/水滑石复合材料的n值分别为4.3~4.9和4.2~6.3,但是Ozawa方法在实验中并不能得到理想的处理结果。通过莫志深法进一步处理此非等温结晶过程,可以计算得到Ozawa指数m为3.0和2.7,表明膨胀型石墨/水滑石在PBSA体系中起到了异相成核的作用。 展开更多
关键词 聚丁二酸丁二醇-co-己二酸丁二醇酯(PBSA) 膨胀型石墨 水滑石 非等温结晶 结晶动力学
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艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究 被引量:1
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作者 孙德福 王加磊 +2 位作者 张少龙 张庆刚 张怿慈 《山东科学》 CAS 2012年第2期20-25,29,共7页
对艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系和活性位抑制剂体系进行8 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法分别计算了抑制剂与蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中抑制剂与蛋白酶的结合自由能为-90.30 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-59.58 kcal/... 对艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系和活性位抑制剂体系进行8 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法分别计算了抑制剂与蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中抑制剂与蛋白酶的结合自由能为-90.30 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-59.58 kcal/mol。在异位抑制剂体系中分子片段4DX卡在蛋白酶的exo位,使蛋白酶活性位点附近残基的活动范围减小,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂使体系刚性更强,更稳定,抑制剂与蛋白酶的结合更为牢固。 展开更多
关键词 MM—PBSA 结合自由能 HIV-1蛋白酶 分子片段 异位抑制剂
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L-色氨酸与α/β-环糊精结合机理的计算研究 被引量:1
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作者 周政忠 刘宜 +2 位作者 王乾 郑涛 呼和涛力 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期778-786,共9页
本研究通过分子动力学模拟详细探讨α/β-环糊精(α/β-CD)与L-色氨酸(L-Trp)在水溶液环境下的相互作用。通过利用MM/PBSA方法计算结合自由能,表明α/β-CD在水溶液中能够自发的与L-Trp络合,并且β-CD与L-Trp结合能力更强。通过观察α/... 本研究通过分子动力学模拟详细探讨α/β-环糊精(α/β-CD)与L-色氨酸(L-Trp)在水溶液环境下的相互作用。通过利用MM/PBSA方法计算结合自由能,表明α/β-CD在水溶液中能够自发的与L-Trp络合,并且β-CD与L-Trp结合能力更强。通过观察α/β-CD与L-Trp的动态结合过程,并计算氢键数量,CD空腔内水分子数量,以及CD-L-Trp复合物的均方根偏差(RMSD),表明L-Trp加载到CD空腔后驱逐了空腔内的水分子,β-CD与L-Trp结合更加稳定,并且α-CD显示出与之不同的加载方式。 展开更多
关键词 分子动力学 MM/PBSA α-CD Β-CD
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紫外线吸收剂PBSA与DNA相互作用的光谱研究
14
作者 陈砚美 杨晗 +2 位作者 王芳 熊绪杰 张万举 《华中师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2017年第3期324-327,共4页
采用荧光光谱法和紫外光谱法,在模拟生理条件下(pH=7.23)对紫外线吸收剂2-苯基苯并咪唑-5-磺酸(PBSA)与脱氧核糖核酸(DNA)的相互作用进行了研究.结果表明PBSA能够与DNA相结合形成复合物,引起了PBSA紫外吸收的降低和荧光的猝灭;PBSA与DN... 采用荧光光谱法和紫外光谱法,在模拟生理条件下(pH=7.23)对紫外线吸收剂2-苯基苯并咪唑-5-磺酸(PBSA)与脱氧核糖核酸(DNA)的相互作用进行了研究.结果表明PBSA能够与DNA相结合形成复合物,引起了PBSA紫外吸收的降低和荧光的猝灭;PBSA与DNA的相互作用为静态猝灭过程,两者间的结合位点数为1.11. 展开更多
关键词 2-苯基苯并咪唑-5-磺酸(PBSA) DNA相互作用 光谱法
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PBSA-g-MG增容改性热塑性淀粉/PBSA复合材料
15
作者 王培磊 孟伟 +1 位作者 陈芳萍 刘昌胜 《功能高分子学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期63-68,共6页
以过氧化二异丙苯(DCP)为引发剂,通过熔融接枝将马来酸酐(MA)和甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)接枝到PBSA(聚丁二酸/聚己二酸-co-丁二醇酯)分子链上,制备了PBSA-g-MG增容剂。采用红外光谱和核磁共振氢谱对增容剂的化学结构进行表征,并探究了... 以过氧化二异丙苯(DCP)为引发剂,通过熔融接枝将马来酸酐(MA)和甲基丙烯酸缩水甘油酯(GMA)接枝到PBSA(聚丁二酸/聚己二酸-co-丁二醇酯)分子链上,制备了PBSA-g-MG增容剂。采用红外光谱和核磁共振氢谱对增容剂的化学结构进行表征,并探究了PBSA-g-MG的添加量对热塑性淀粉(TPS)与PBSA复合材料(TPS/PBSA)的力学性能、微观形貌、动态热机械性能和吸水性能的影响。结果表明,该增容剂可改善纤维增强的TPS/PBSA复合材料的界面相容性,TPS相与PBSA相的T_g相互靠近,TPS/PBSA的力学性能和耐水性提高。添加质量分数8%增容剂的TPS/PBSA复合材料在59%湿度下的力学强度可达19.4 MPa,比未增容的复合材料提高了将近130%。 展开更多
关键词 塑性淀粉 PBSA 复合材料 相容性 力学强度
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淀粉基生物降解塑料吹膜工艺及性能研究 被引量:1
16
作者 杨晖 黄明瑜 王大中 《塑料制造》 2012年第7期85-88,共4页
通过挤出吹膜的方法制备PBSA/TPS淀粉基生物降解塑料,研究了不同风环结构及吹胀比和牵引比对于吹膜及性能的影响。结果表明:双风口风环可以极大提高PBSA/TPS材料的吹膜膜泡稳定性,而随着吹胀比和牵引比的增大,薄膜的拉伸强度、断裂伸长... 通过挤出吹膜的方法制备PBSA/TPS淀粉基生物降解塑料,研究了不同风环结构及吹胀比和牵引比对于吹膜及性能的影响。结果表明:双风口风环可以极大提高PBSA/TPS材料的吹膜膜泡稳定性,而随着吹胀比和牵引比的增大,薄膜的拉伸强度、断裂伸长率和耐撕裂力先增大再减小。 展开更多
关键词 淀粉基生物降解塑料 吹膜工艺 改性淀粉 PBSA
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淀粉基生物降解塑料吹膜工艺及性能研究 被引量:1
17
作者 杨晖 黄明瑜 王大中 《塑料制造》 2012年第6期78-81,共4页
通过挤出吹膜的方法制备PBSA/TPS淀粉基生物降解塑料,研究了不同风环结构及吹胀比和牵引比对于吹膜及性能的影响。结果表明:双风口风环可以极大提高PBSA/TPS材料的吹膜膜泡稳定性,而随着吹胀比和牵引比的增大,薄膜的拉伸强度。
关键词 淀粉基生物降解塑料 吹膜工艺 改性淀粉 PBSA
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Comparative Study on Properties of PBAT/PBSA Film Modified by a Multi-Functional Epoxide Chain Extender or Benzoyl Peroxide
18
作者 Yanfeng Zhu Huidong Shi +3 位作者 Qing Ju Dong Zhao Yucai Shen Tingwei Wang 《Journal of Renewable Materials》 SCIE EI 2023年第3期1303-1319,共17页
Poly(butylene adipate-co-terephthalate)(PBAT)and poly(butylene succinate-co-adipate)(PBSA)blend films were prepared with different contents of a multifunctional epoxide chain extender Joncryl ADR-4468(ADR)or benzoyl p... Poly(butylene adipate-co-terephthalate)(PBAT)and poly(butylene succinate-co-adipate)(PBSA)blend films were prepared with different contents of a multifunctional epoxide chain extender Joncryl ADR-4468(ADR)or benzoyl peroxide(BPO).The long-chain-branching(LCB)introduced by ADR and branched/crosslinked entanglement induced by BPO increased melt elasticity,viscosity and compatibility,as indicated by thermal properties,rheological and morphological analyses.It was found that the elongation at break and the tensile strength were significantly improved,due to the enhancement of compatibility and the interfacial adhesion by the incorporation of ADR or BPO.The best mechanical properties were obtained in PBAT/PBSA/ADR(60/40/0.3)(A4T6A_(0.3))and PBAT/PBSA/BPO(60/40/0.9)(A4T6B_(0.9))films,respectively.With the rapid initiation of chain growth by BPO,it has significantly improved the transparency of the film.ADR and BPO can be used interchangeably in improving the comprehensive properties of PBAT/PBSA films,and it would provide more strategies for developing biodegradable materials for various applications. 展开更多
关键词 PBAT PBSA chain extend in-situ compatibilization
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Evaluation on performance of MM/PBSA in nucleic acid-protein systems
19
作者 Yuan-Qiang Chen Yan-Jing Sheng +1 位作者 Hong-Ming Ding Yu-Qiang Ma 《Chinese Physics B》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第4期727-732,共6页
The molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM/PBSA) method has been widely used in predicting the binding affinity among ligands,proteins,and nucleic acids.However,the accuracy of the predicted binding ene... The molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM/PBSA) method has been widely used in predicting the binding affinity among ligands,proteins,and nucleic acids.However,the accuracy of the predicted binding energy by the standard MM/PBSA is not always good,especially in highly charged systems.In this work,we take the protein-nucleic acid complexes as an example,and showed that the use of screening electrostatic energy(instead of Coulomb electrostatic energy) in molecular mechanics can greatly improve the performance of MM/PBSA.In particular,the Pearson correlation coefficient of dataset Ⅱ in the modified MM/PBSA(i.e.,screening MM/PBSA) is about 0.52,much better than that(<0.33)in the standard MM/PBSA.Further,we also evaluate the effect of solute dielectric constant and salt concentration on the performance of the screening MM/PBSA.The present study highlights the potential power of the screening MM/PBSA for predicting the binding energy in highly charged bio-systems. 展开更多
关键词 molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM/PBSA) screening electrostatic interaction PROTEIN nucleic acid molecular dynamics simulation
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两种微生物源谷氨酰胺转氨酶与底物特异性识别的全原子动力学模拟研究
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作者 吴楠 张永峰 季宝成 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2023年第5期53-61,共9页
微生物源谷氨酰胺转氨酶(Transglutaminase,TGase)能够催化蛋白间氨酰基转移促进蛋白交联,已经广泛应用于食品、轻工等多种领域.然而目前微生物源TGase与底物间基于长程作用力的分子特异性识别机制仍不清楚,理性改造困难.本研究以源自... 微生物源谷氨酰胺转氨酶(Transglutaminase,TGase)能够催化蛋白间氨酰基转移促进蛋白交联,已经广泛应用于食品、轻工等多种领域.然而目前微生物源TGase与底物间基于长程作用力的分子特异性识别机制仍不清楚,理性改造困难.本研究以源自高茂源链霉菌(MTG)和源自枯草芽孢杆菌(BTG)的两种TGase为研究对象,使用分子对接技术构建酶与底物的结合复合体并使用分子动力学模拟解析两种TGase与底物识别的分子机制.结果显示两种TGase在底物识别过程高度类似,均由催化腔外周loop区域氨基酸残基通过范德华及静电作用固定底物整体,而后由位于催化腔底部催化三联体内Asp(MTG)或Glu(BTG)通过羧基侧链稳定反应发生局部空间构象并拉近底物Gln内γ-酰胺基与核心催化残基Cys间距,以便后续反应过程中TGase-底物中间体的生成.上述结果阐明了TGase与底物活性基团的分子识别模式,提出了两种TGase内作用于底物识别的氨基酸残基,为以后TGase的理性改造研究提供了理论基础. 展开更多
关键词 微生物源谷氨酰胺转氨酶 分子对接 分子动力学模拟 MM/PBSA aNCI分析
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