PC Linux集群系统量子化学从头计算性能研究

个人计算机性能的提高与Linux操作系统的发展使基于PC的Linux集群系统成为量子化学高性能计算的平台。本文研究了Gaussian 98程序在Pentium Ⅲ与Pentium 4计算机建立的两组小型集群系统中的运算性能。通过设计的5个计算样例,对Hartree-Fork、DFT、MP2级别的单点能量计算、几何结构优化、频率和NMR等化学性质计算在16个并行节点内的速度增长性与扩展性进行了分析和讨论,指出了主节点计算能力对整个集群系统效益的影响,结果表明各类计算作业在8-12节点内有着较好加速性,频率与MP2作业超过12节点后并行效益迅速下降,NMR计算在16节点时仍有较高速度增长性。