幽门螺杆菌ureC和23SrDNA数字PCR检测体系的建立

为了建立幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)ureC和23S rDNA基因的数字PCR检测体系,为Hp检测提供一个可靠的参考方法,根据Hp ureC和23S rDNA基因序列,设计了特异性引物和探针,采用质控菌评估了检测特异性;通过设定引物浓度和退火温度的梯度,对检测参数进行了优化;通过梯度法稀释DNA模板,评估了检测灵敏度;使用不同浓度模板开展了重复性检测,以评估检测精密度。经过评估,该检测方法能够特异性地用于ureC和23S rDNA基因的检测,并且不受大肠杆菌等细菌干扰。ureC和23S rDNA的最佳反应温度均为55.8℃,而最佳引物浓度分别为550和650 nmol·L^(-1),通过线性分析,两种基因的拟合度R^(2)值分别高达0.9991和0.9997,显示了良好的线性关系。此外,不同浓度样品的变异系数(CV)均小于10%,说明该检测方法具有高度的重复性。研究成功建立了Hp ureC和23S rDNA基因数字PCR检测体系,具备高度的特异性、灵敏度和重复性,为幽门螺杆菌的检测、诊断和科学研究提供了一个可靠的检测方法和技术支持。

柑橘黄龙病菌亚洲种16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区的PCR-RFLP及序列分析

为明确柑橘黄龙病菌的遗传多样性,PCR扩增了6个不同地区黄龙病菌的16SrDNA和16S-23S rDNA间隔区(intergenic spacer regions,ISR),分别通过4种内切酶对其进行了限制性片段长度多态性分析,发现不同分离物的16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区各酶切产物的电泳谱带完全一致,未表现多态性。对16S-23SrDNA ISR进行了克隆和测序,经DNAman和NCBI Blast比对分析发现,6个分离物16S-23SrDNAISR序列之间不存在碱基差异,与数据库中柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)同源性高达99.0%～100%。系统发育分析显示所有的Ca.L.asiaticus归为一个类群,而后与Ca.L.africanus、Ca.L.americanus和Ca.L.psyllaurous组成韧皮部杆菌属(Candidatus Liberibacter)一个大的类群。结果表明,同一种柑橘黄龙病菌不同分离物16S rDNA和16S-23S rDNAISR无分子变异或变异较小,不存在遗传多样性。

以16S-23S rDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌(英文)

多杀巴斯德氏菌是养殖动物（鸡，猪，牛等）的重要致病菌．本研究以16S-23SrDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌．通过对多杀巴斯德氏菌ITS—IA（含有tDNA-Ile和tDNA-AIa的16S-23SrDNA间区序列）的测序和与GenBank中序列的BLAST，设计筛选了一对特异引物PS—F／PS—R．对引物的特异性和有效性，用PCR方法进行了验证．结果表明：所有的多杀巴斯德氏菌标准菌株和分离菌株都能被检出，而全部39株非多杀巴斯德氏菌都没有扩增出特异性条带．其检测灵敏度能达到10^2CFU／mL．研究结果表明，发展了的PCR鉴定方法是省时的和可靠的，整个过程只需要20h，而传统的鉴定方法需要至少5d的时间．

PCR-SSCP分析Q热立克次体中国分离株16S-23SrDNA基因间区

目的 建立快速分析Q热立克次体分离株 16S 2 3SrDNA基因间区株间差异的PCR SSCP方法。方法 用半套式PCR扩增 7株中国分离株 (七医、新桥、雅安、李、YS 8、YS 9和YH 11)和 3株国际参考株 (九里、Henzerling和Grita)的 16S 2 3SrDNA基因间区 ,对扩增产物进行PCR SSCP分析。结果 3株云南分离株 (YS 8,YS 9和YH 11)与其它 7株之间的差异较大。与此区域的序列分析结果一致。结论 Q热立克次体分离株的 16S 2 3SrRNA基因间区由于适应不同的地理环境可发生变异 ,PCR SSCP是快速分析这些变异的有效方法。

利用16S-23S rDNA RFLP及16S rRNA基因序列分析方法对湖北省饭豆(Vigna umbellata L.)根瘤菌系统发育的研究

采用16S-23S rDNA间隔区段(IGS)PCR-RFLP与16S rRNA基因部分序列分析的方法对饭豆根瘤菌进行了遗传多样性及系统发育分析.由16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析可知,所有菌株在52%的相似性水平上聚在一起,形成了慢生型菌群与快生型菌群这两大菌群.群Ⅰ中,在79%相似性的水平上分为ⅠA与ⅠB两个分支.群Ⅱ中,在62%相似性的水平上分为ⅡA与ⅡB两个分支,分支ⅡA在72%的相似性水平上进一步分为ⅡA1、ⅡA2和ⅡA3三簇;分支ⅡB中的饭豆根瘤菌与标准菌株USDA205T聚在一起,表现的差异并不大.由16SrRNA基因部分序列分析结果可知,供试的4个代表菌株分别位于不同的系统发育分支中.CYR4243与Sinorhizobium fredii的模式菌株USDA205T的序列相似性达到了99.87%.HCY1101与Rhizobium leguminosarum中的三叶草生物型(bv.trifolii)和豌豆生物型(bv.viceae)这两个生物型的参比菌株亲缘关系最近,序列相似性为100%.HCY5202与R.galegae亲缘关系最近,序列相似性为99.86%.CYY3302与Bradyrhizobium elkanii的参比菌株USDA86有最近的亲缘关系,序列相似性近似于100%.

3株杂色鲍致病菌——副溶血弧菌的16S-23S rDNA间区序列的分析

以细菌的 1 6SrDNA 3′端和 2 3SrDNA 5′端的高度保守区为引物 ,扩增了 3株杂色鲍致病菌—副溶血弧菌(Vibrioparahaemolyticus)的 1 6S 2 3SrDNA间区 ,克隆到pGEM T载体上 ,测序。用BLAST和DNAstar软件对 1 6S 2 3SrDNA间区序列及其内的tRNA基因进行比较分析。结果表明副溶血弧菌ZSU0 0 8和ZSU0 0 9测出的 1 6S 2 3SrDNA间区均有 6条 ,间区类型也相同 ,分别为IGSGLAV 、IGSGLV、IGSAG、IGSIA、IGSG 和IGS0 。其中IGSGLAV最大 ,包含tRNAGlu、tR NALys、tRNAAla和tRNAVal基因 ;IGSGLV包含tRNAGlu、tRNALys和tRNAVal基因 ;IGSAG包含tRNAAla和tRNAGlu基因 ;IGSIA,则为tRNAIle和tRNAAla基因 ;IGSG 仅包含tRNAGlu基因 ;而IGS0 最小 ,未包含任何tRNA。菌株ZSU0 1 0测出的 1 6S 2 3SrDNAIGS序列有 5条 ,除缺少IGSAG 外 ,其余的IGS类型均与ZSU0 0 8和ZSU0 0 9相同。与GenBank内的副溶血弧菌IGS序列比较 ,发现副溶血弧菌所有类型的IGS的tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性。 1 6S 2 3SrDNA间区结构的差异为建立一种新的副溶血弧菌检测方法奠定了基础。

以16S和16S—23S rDNA间区为靶区建立副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)PCR快速检测技术

提要应用BLAST程序和DNAstar软件,比较分析了5株副溶血弧菌和其他细菌的16S—23S rDNA间区序列,选取IGSIA作为扩增靶区,结合相邻的16S rDNA序列,设计合成了一对特异性引物,通过优化扩增条件,建立了快速检测副溶血弧菌的PCR方法,对其特异性和敏感性进行了探讨,并初步进行了应用研究。结果表明,新建的PCR方法能特异性地扩增出大小为306bp和552bp的2条带,分别对应于副溶血弧菌的IGS0和IGSIA,检测灵敏度为5.6×102CFU/ml,半个工作日即可得到准确的结果,能有效检测出在杂色鲍、凡纳滨对虾和各种水质中的副溶血弧菌,适用于海洋水产动物副溶血弧菌病的早期快速诊断、水产品的检疫及水质环境的监测。

16S-23S rDNA间隔区在奶牛乳房炎诊断中的应用

以 16 S- 2 3S r DNA间隔区为扩增靶序列的 PCR技术是近年来发展的细菌分类和鉴定新方法 ,具有快速、敏感和特异性高的优点。作者综述了细菌 16 S- 2 3S r DNA间隔区序列的特性及其在奶牛乳房炎病原诊断中的应用等研究进展。

一株嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila的16S-23S rDNA间区序列分析及应用

根据细菌的16SrDNA3′端和23SrDNA5′端的高度保守区设计引物,扩增了一株中华鳖Trionyxsinensis"红板病"病原菌嗜水气单胞菌的16S-23SrDNA间区,克隆到pGEM＿T载体上,测序。用BLAST和DNAstar软件对16S-23SrDNA间区序列以及其内tRNA基因与已发表的嗜水气单胞菌和近缘种的IGSG序列进行比较分析,设计出对嗜水气单胞菌特异的PCR引物,建立了检测嗜水气单胞菌的PCR方法,进行了特异性、灵敏性检测,并用此方法检测了不同的水样。

34株副溶血弧菌16S-23SrDNA间区多态性DGGE分析

采用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析比较了34株分离于环境和水产养殖动物体内的副溶血弧菌及标准株16S-23S rDNA间区(Intergenic Spacer Region,ISR)的多态性和亲缘关系。结果表明,34株副溶血弧菌的ISR经PCR-DGGE电泳后均能分离出4―10条条带,共计产生15个多态性位点。所有菌株聚为H、I、J、K四大簇,株间遗传差异最大为株A18和A25,遗传距离达到0.4。ISR PCR-DGGE方法为副溶血弧菌基因分型提供了一种新的方法。

基于16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法

拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发展起来.本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分,应用于物种水平的分类与鉴定.

2株创伤弧菌的16S-23SrDNA间区的克隆、测序及分析(英文)

根据细菌的16S rDNA 3′端和23S rDNA 5′端的高度保守区设计引物,PCR扩增了2株创伤弧菌(Vibrio vulnificus)的16S-23S rDNA 间区(Intergenic spacer,IGS),克隆到pGEM-T载体上,测序。用BLAST和 DNAstar软件对16S-23S rDNA 间区序列及其内的 tRNA 基因进行比较分析。结果表明,2 株创伤弧菌共测出 9 条 16S-23S rDNA 间区序列, 其中ZSU006 测出 5 条, 间区类型分别为:IGSGLAV、IGSGLV、IGSIA 、IGSA和 IGSG。其中 IGSGLAV最大,包含 tRNAGlu、tRNALys、tRNAAla 和 tRNAVal基因;IGSGLV包含 tRNAGlu、tRNALys和 tRNAVal基因; IGSIA,则包含 tRNAIle和 tRNAAla基因;IGSG仅包含tRNAGlu基因;而IGSA仅包含tRNA Ala基因。菌株CG021测出的16S-23S rDNA IGS序列有4条,除缺少IGSA外,其余的IGS类型均与ZSU006的相同。与GenBank内的创伤弧菌ATCC27562 的IGS序列比较,发现创伤弧菌所有类型的IGS的tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性。16S-23S rDNA 间区结构的差异为建立一种新的创伤弧菌检测方法奠定了基础。

12种寄主来源的茄科雷尔氏菌16S-23S rDNA间隔区序列比较

应用PCR方法，获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心茱、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香等12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNA间隔区序列（ITS）。序列分析结果表明，除HZ-1菌株外，其余20个茄科雷尔氏菌菌株ITS序列长均为503bp，序列间相似性99．2％～100％，序列间差异仅1～4bp；而HZ-1菌株的ITS序列长为498bp，与其他菌株的ITS序列相似性为95．4％～95．6％。这些结果说明，这21株来源于12种不同寄主的茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNAITS序列比较保守。系统进化分析显示，仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌区组2中，其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中。

Q热立克次体中国株的16S-23SrDNA间区序列分析

用PCR扩增了 7株中国分离株 (七医、新桥、雅安、李、YS 8、YS 9和YH 1 1 )和2株国际参考株 (Henzerling和Grita)的 1 6S 2 3SrDNA基因间区 ,对扩增产物进行了序列分析。结果发现它们仅在少数几个碱基位上有不同。在第 6 0位上 3个云南分离株YS 8、YS 9、YH 1 1和Grita株与Stein等报道的序列 (包括九里、其它国际参考株和一些法国临床分离株 )的碱基序列一致 ,为“C” ;其他 5株为“A” ,此位点的不同可能与适应不同的地理环境相关。另外 ,YS 9株在第 8和 2 0 8位、新桥株在第 43 2位也分别出现缺失 ,可能与适应不同的动物宿主或在实验室传代情况不同有关。

16S-23SrDNA间隔区序列寡核苷酸探针对龟分枝杆菌暴发感染的鉴定

目的 :该研究旨在采用分子生物学技术 ,从基因水平上对深圳市某医院及河北辛集地区发生术后及注射后龟分枝杆菌暴发感染的临床分离株进行鉴定 ,并建立一套快速的的鉴定龟分枝杆菌脓肿亚种的探针杂交方法。方法 :根据龟分枝杆菌脓肿亚种标准株 16S - 2 3SrDNA间隔区序列测序结果 ,设计一对寡核苷酸探针 ,对其敏感性、特异性及其对临床标本和临床分离株的检测进行了研究。结果 :探针检测PCR扩增产物敏感性为 1ng ,只与龟分枝杆菌脓肿亚种杂交 ,与 5 6株龟分枝杆菌脓肿亚种临床分离株全部杂交 ;检测 5 7株临床标本阳性率为 6 6 .6 %。结论 :探针检测从基因水平上再次确认引起这两次暴发感染的致病菌为龟分枝杆菌脓肿亚种 ,结果快速可靠。

斜茎黄芪根瘤菌的16S rDNA和23S rDNA PCR-RFLP比较分析

在表型性状数值分析和ＡＦＬＰ指纹图谱分析的基础上，选取５４株斜茎黄芪根瘤菌的代表菌株及已知根瘤菌参比菌株，进行１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡ的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ比较分析。结果表明斜茎黄芪根瘤菌具有极大的系统发育多样性，分别具有２４个１６ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型和２２个２３ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型，１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ聚类分析树状图谱有较好的一致性，但也存在一些差异。在对较大类群的划分上，它们的结果与表型性状数值分析结果有较好的一致性。将１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析数据合并在一起进行分析时，得出２６个综合遗传图谱类型和１个综合聚类分析树状图谱。很明显，１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡ的合并，能够得出更可靠的系统发育结论。

产氢菌的16S-23S rDNA间隔区的长度变异性分析(英文)

生物制氢细菌Rennanqilyf3的16SrRNAgene(rDNA)-23SrDNA间隔区碱基序列被测定.利用PCR扩增间隔区DNA,间隔区碱基序列存在长度多态现象.用这一长度多态现象进行产氢发酵细菌的辨认和识别.产氢发酵细菌Rennanqilyf3的16SrRNAgene(rDNA)-23SrDNA间隔区的PCR产品从1270到398bp,共有5个序列.碱基数目分别为1270、398、638、437和436bp.

利用16S-23S rDNA间隔区快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种

利用16S-23S rDNA间隔区(ISR)长度和序列的多态性,结合16S rDNA和23S rDNA的保守性,分别在16S rDNA末端和23S rDNA前端保守区设计上下游引物,进行PCR扩增。结果为21株猪链球菌均扩增出长度约为1 200 bp的片段,8株马链球菌兽疫亚种均扩出约1 300 bp的片段,其他属菌株和阴性对照无结果。因此,由PCR产物长度的不同就可快速区分猪链球菌和马链球菌兽疫亚种,这种基于ISR的PCR技术为鉴别病原微生物提供了更加简捷的方式。对2株代表菌(HA9801,ATCC 35246)的16S-23S rDNA ISR进行测序发现,猪链球菌和马链球菌兽疫亚种的ISR差异主要表现为碱基的缺失。

16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究

目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株。结果 分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp-450bp范围DNA片段。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针。MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的。5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平。结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值。

PCR为基础的反向线点杂交及16S～23S rDNA间区测序分析5种少见类型奴卡菌

目的探讨5种新出现的奴卡菌种16S～23S rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)DNA基因序列的多态性,筛查特异的奴卡菌种逆向线点杂交(reverse line blot,RLB)探针。方法对6例奴卡菌标本进行ITS基因扩增、克隆、测序,设计奴卡菌种特异探针及ITS间区rDNA基因特异的探针,进行以PCR为基础的RLB(PCR/RLB)杂交试验,不同的RLB型进行ITS基因测序分析,以鉴别不同的奴卡菌种及种内分型。结果发现2个Nocardia beijingensis菌株ITS间区有8个基因序列型,4个RLB型;N.thailandica有4个基因序列型及RLB型;N.blacklockiae有5个基因序列型,3个RLB型,其中N-bla RLBⅢ型与所有Nbla-ITS探针杂交没有信号;N.elegans有5个基因序列型,3个RLB型;N.vinacea有5个基因序列型,2个RLB型。结论通过PCR/RLB试验,准确的ITS基因测序认识了新出现的菌种,即N.beijingensis,N.blacklockiae,N.elegans,N.thailandica及N.vinacea。同时建立了可以大量筛查奴卡菌种的PCR/RLB方法,以进行快速临床诊断及流行病学研究。