天麻PCR‑层析试纸条快速可视化检测方法的建立与评价

目的通过聚合酶链式反应(PCR)与层析试纸条结合的方法,实现天麻快速可视化真伪鉴别,并对其检测效果进行评价。方法采用一步法提取天麻及其伪品基因组DNA,应用NCBI数据库设计天麻特异性引物。采用DNA分子克隆技术制备天麻阳性质粒,作为天麻阳性对照品。建立PCR-层析试纸条法鉴定天麻真伪,摸索最优实验条件,并进行方法学评价。结果①样品DNA提取的纯度符合要求,最优的PCR反应引物浓度为1μmol/L,循环为29次。②分子克隆的天麻阳性质粒序列与天麻DNA分子标记特异性指纹区片段序列同源性为98%,可作为天麻PCR-层析试纸条法的阳性对照品。③PCR-层析试纸条法的方法学评价结果显示:天麻对照药材在试纸条上出现两个条带,伪品和阴性对照品出现1个条带,与琼脂糖凝胶电泳法结果一致,特异性良好;PCR-层析试纸条法较琼脂糖凝胶电泳法的灵敏度高100倍,天麻DNA浓度为10-1 mg/L时,试纸条仍有模糊条带;在第3、6、9、12个月采用PCR-层析试纸条法进行检测,检测结果与预期一致,稳定性良好;混合样品验证显示,PCR-层析试纸条法的最低检测限为10%,而琼脂糖凝胶电泳法的最低检测限为50%。④采用PCR-层析试纸条法对15份市售天麻样品进行检测,鉴别出3个伪品,与琼脂糖凝胶电泳法结果一致。结论所构建的PCR-层析试纸条检测方法特异性强、灵敏度高、操作简便快速,可在短时间内实现鉴定结果的可视化,检测结果准确、稳定,为道地药材天麻的真伪鉴别提供了新方法。

Isolating cDNA clones from rice induced by Magnaporthe grisea using PCR based differential screening method

The differential hybridization technique hasbeen widely used to identify genes that are dif-ferentially expressed.However,this approachhas several drawbacks.First,the screeningprocedures are rather labor-intensive and time-consuming.Second,the amount of phageDNAs transferred onto the two filters may notbe equivalent,which leads to an inaccurate se-lection of a positive clone.Third,isolation ofphage DNA is slow and cumbersome.Here,aPCR based differential screening method that

有齿食道口线虫ITS及5.8S DNA片段的PCR扩增、克隆及序列分析

运用 PCR 方法以保守引物 NC5 及 NC2 扩增了从广东阳江地区猪体分离的食道口线虫 rDNA 的内转录间隔区(ITS)及 5.8S 序列。将 PCR 扩增出的片段纯化后克隆至 pGEM-T Easy 载体,用 PCR 技术及酶切鉴定阳性菌落,对阳性菌落质粒 DNA 进行测序。结果表明,扩增的片段大小为 828 bp,包含部分的 18S、28S 及全部的 ITS-1(362 bp)、5.8S(153 bp)及 ITS-2(217 bp)序列。序列比较表明,该食道口线虫为有齿食道口线虫。本研究在国际上首次报道了中国猪有齿食道口线虫的 ITS 及 5.8S 序列,为食道口线虫的分子生物学的进一步研究奠定了基础。

李矮缩病毒RT-PCR方法建立及检测应用

以感病和健康指示植物GF305的总RNA为模板,进行cDNA的合成和PCR扩增,结果从感病材料中扩增出与预期的172bp大小一致的目的片段,而健康的材料无此扩增产物。对此PCR扩增产物克隆测序,进一步佐证了RT-PCR检测结果。经过多次试验验证该检测体系,都可得到很好的重演性,从而建立了李矮缩病毒快速、灵敏、准确的RT-PCR检测技术,并进行了实际应用。

牛环形泰勒虫病二温式PCR诊断方法的建立及初步应用

为建立特异、敏感、快速的二温式PCR诊断方法,根据牛环形泰勒虫裂殖子表面抗原(tams1)基因,设计了一对特异性引物,扩增出大小为154bp基因片段,经克隆、测序分析,与已知基因序列的相似性为96%。用建立的牛环形泰勒虫病二温式PCR诊断方法,对从新疆牛环形泰勒虫病流行地区采集的50份全血样品进行诊断,阳性率为88%,而血涂片检出的阳性率只有58%。经试验验证,该方法具有特异性高、敏感性强、重复性和稳定性好等优点。表明本试验所建立的二温式PCR诊断方法可用于牛环形泰勒虫病的临床诊断、隐性感染检测和流行病学调查。

猪附红细胞体PCR检测方法的建立

根据已发表的部分猪附红细胞体序列设计了一对特异性引物,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增出了一条约936bp的基因片段,并成功地将该基因克隆于克隆载体PMD18-T,经酶切分析和PCR进一步鉴定后进行序列测定,结果表明,所克隆的目的基因与GenBank中发表的序列一致。并利用特异性引物初步建立了猪附红细胞体病PCR检测技术。

马铃薯纺锤块茎类病毒RT-PCR检测及全序列分析

根据马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)基因序列设计合成引物,以感病组织和健康组织总RNA为模板,经RT PCR法扩增出全长的cDNA片段,结果从感病组织中扩增出与预期的360bp大小的目标片段,而健康组织无此扩增产物;将其克隆到质粒pGEM T载体上,进行全序列分析。结果表明,与国内外的报道相比较,核苷酸同源率高达98%以上。PCR产物克隆作为RT PCR反应的阳性对照,解决了毒源保存和传播的问题,为进一步进行抗PSTVd基因工程研究打下了良好基础。

LA-PCR快速克隆传染性法氏囊病病毒基因组A节段全长cDNA方法的建立

从浙江省某鸡场暴发疑似传染性法氏囊病 (IBD)的法氏囊病料中分离到 1株致死率高达 70 %的强毒株 (IBDV-ZJ2 0 0 0 )。通过筛选 ,采用效果最理想的蛋白酶 K法从法氏囊中提取病毒基因组 RNA,经 L i Cl纯化后 ,优化各种反应参数和条件 ,建立了 L ong- accurate PCR(L A- PCR)一步直接扩增 IBDV A节段全长 c DNA的方法 ,得到一约 3.2 6 kb的片段。L A- PCR法能快速从病鸡法氏囊和细胞适应毒中扩增 A节段全长 c DNA,为研究各 IBDV毒株 A节段的结构和功能打下了基础。

弓形虫半巢式PCR检测方法的建立

根据GenBank上公布的弓形虫RH株的P30基因(X14080)设计了3条特异性引物P1、P2和P3,建立了半巢式PCR检测体系,并将P1和P3的扩增产物克隆到pUCm-T载体上进行测序。结果表明,该体系能够扩增出约250 bp的片段,P1和P3能扩增出约500 bp的片段,克隆到pUCm-T载体上的504 bp片段与P30基因(X14080)的序列同源性为99.8%。该PCR检测体系特异性强,在健康猪血液、猪链球菌、多杀性巴氏杆菌、胸膜肺炎放线杆菌和猪圆环病毒DNA上未扩增出条带;敏感性高,最低检测为18 fg。该检测体系的成功构建为猪弓形虫的检测和流行病学调查提供了有力的技术支持。

应用内含子法构建PC基因mRNA竞争RT-PCR内参照

运用PC基因mRNA与PC基因DNA相比缺少1个81bp内含子序列的基本原理,应用PCR技术和生物工程原理,通过1对引物,进行1次克隆,成功构建了PC基因mRNA的466bp竞争DNA模板重组质粒,PC基因mRNA与PC基因DNA可以互为内参照。为应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测糖代谢过程中PC基因mRNA水平奠定方法学基础。

烟草环斑病毒PCR产物的克隆及部分序列分析

将ＴＲＳＶ的ＰＣＲ产物与ｐＧＥＴ－ＴＥａｓｙＶｅｃｔｏｒ连接，克隆到大肠杆菌ＴＧ１中，得到白色菌落，重组质粒通过酶切鉴定、ＰＣＲ扩增和部分序列分析，表明ＴＲＳＶ的ＰＣＲ产物确实插入了质粒，并已克隆到大肠杆菌中，测序列２４０个碱基，与资料显示的序列相比较，同源性达９２．５％，可用于解决病毒检疫应用中阳性对照有扩散危险的疑难问题。

猪附红细胞体半巢式PCR诊断方法的建立

目的为能够更加准确、敏感的检测出猪附红细胞体(Mycoplasma suis,M.suis),本试验建立一种新的诊断方法—半巢式聚合酶链反应(hemi-nested Polymerase Chain Reaction,hemi-nested PCR)。方法利用Oligo 6.0和Primer 5.0软件设计筛选出合适的PCR引物,经酶切分析和半巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定。同时与普通PCR诊断方法进行比较。结果测得的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(AJ504999)同源性为100%。特异性试验结果表明本实验设计的PCR引物不能从弓形虫、链球菌、大肠杆菌、猪肺炎支原体和猪伪狂犬病病毒的基因组DNA中扩增出条带。通过敏感性试验,半巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.12fg的标准模板DNA。通过与普通PCR比较,证明本试验建立的半巢式PCR更具敏感性和实用性。结论本试验建立的半巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等特点,为猪附红细胞体的检测提供了一种可靠的诊断方法。

卡氏住白细胞虫rDNAITS-2的PCR扩增与测序

运用PCR方法扩增了卡氏住白细胞虫rDNA的ITS 2及部分 5 .8S和 2 8S序列 (ITS2 +) ,并对该序列进行了克隆和测序。采用巨型裂殖体为材料 ,并根据SaccharomycescerevisiaerDNA中的 5 .8S、2 8S保守序列所设计的通用引物ITS3、ITS4 ,进行了虫体ITS2 +的PCR扩增 ,将所扩增片段纯化后成功地克隆于 pGEM Teasy和PMD18 T载体的T T窗口。经双向自动测序显示 ,该ITS2 +片段的大小为 2 70bp ;经NCBIBlast联机检索 ,结果显示 ,所扩片段中 5 .8S序列与S .cerevisiae的 5 .8S序列有部分相同 ,而ITS 2序列为虫体所特有 ;同时经wDNA SIS软件分析 ,显示该ITS 2序列与S .cerevisiae间同源性相对较远 ,而与柔嫩艾美耳球虫间同源性相对较近 ,故而本试验中所测序列为卡氏住白细胞虫的ITS 2特有序列。

提高PCR产物克隆效率的几种途径

从提高ＰＣＲ产物纯度，增加产物特异性入手，较详细地分析了影响ＰＣＲ产物克隆效率的四个主要因素，并就每种影响因素给出了较为详尽的提高克隆效率的途径．

鸡贫血病毒DNA的PCR扩增及其分子克隆

用ＰＣＲ方法扩增了国内分离的鸡贫血病毒（ＣＡＶ）ＳＪ１株的含ＶＰ２、ＶＰ３以及部分ＶＰ１的１５００ｂｐＤＮＡ片段。经限制性内切酶酶切分析，该片段与Ｃｕｘ－１株的酶谱相似。同时，以ｐＵＣ１１９质粒载体克隆了这一ＤＮＡ片段。

葡萄卷叶病毒Ⅲ RT-PCR检测技术研究

利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,对葡萄卷叶病毒株系Ⅲ进行了检测。采用的技术流程为:通过提取葡萄叶片或韧皮部总ＲＮＡ,获得病毒的ＲＮＡ,反转录合成ｃＤＮＡ,经ＰＣＲ扩增,获得病毒ｃＤＮＡ的特征片段,并进行了序列分析。对提取的总ＲＮＡ进行了完整性和纯度检测,确定了良好的ＲＮＡ获得方法。结果表明,通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增的片段序列与病毒源序列的同源性高达９９．３%,说明采用本研究确定的方法检测葡萄卷叶病毒株系Ⅲ结果可靠。

筒菌12S rDNA的PCR扩增及序列测定

用12S 1对引物对筒菌Tubifera ferruginosa(Batsch)rDNA进行扩增,并对其片断进行了克隆测序,序列长度为315 bp。

中国家蚕抗菌肽基因的PCR扩增、克隆和序列测定

本实验采用ＰＣＲ技术，扩增中国家蚕抗菌肽ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因片段，并以ＰＵＣ１９质粒为载体，将该基因片段转化到大肠杆菌中。从筛选得到的阳性克隆中分离出ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因，测定其序列，并由此推导出氨基酸序列。结果表明：（１）抗菌肽ｃｅｃｒｏｐｉｎＢ基因片段长为８６６ｂｐ，包括７３ｂｐ的ＥｘｏｎＩ，５５６ｂｐ的Ｉｎｔｒｏｎ，８７ｂｐ的ＥｘｏｎⅡ和１５０ｂｐ的３’端非编码区。其中，非内含子部分的碱基序列与已克隆的日本家蚕的两个ｃｅｒｏｐｉｎＢｃＤＮＡ序列比较，同源性分别为８７．５％和９５％；（２）推导出的成熟抗菌肽由３７个氨基酸残基组成，其氨基酸序列与日本家蚕和天蚕的氨基酸序列相比较，同源性为９１．９％和８０．６％。

RT-PCR检测李坏死环斑病毒的研究

为了从植物组织中快速检测李坏死环斑病毒 (PNRSV) ,根据该病毒RNA 3序列设计引物 ,对感病和健康组织总RNA进行RT PCR ,结果从感病组织中扩增出了大约 45 0bp的目的片段 ,而健康组织中无此扩增带。将此PCR产物连接到 pGEM T easy载体 ,转化大肠杆菌DH5 5α菌株 ,得到了含有目的片段的重组子 ,并采用双脱氧终止法进行序列分析 ,结果与美国报道的李坏死环斑病毒RNA3序列对应部分核苷酸基本一致 (其同源性达 93.6 %) ,这表明应用RT PCR来检测李坏死环斑病毒是可行的 ;PCR产物克隆作为RT PCR反应的阳性对照解决了检疫对象不能扩散的问题 ,从而建立了RT

梅花南京红须F3′H全长基于gDNA的TAIL-PCR法克隆(英文)

根据从基因组DNA扩增到的梅花‘南京红须’类黄酮3'-羟化酶基因片段(469 bp)没计3条嵌套的特异性引物，与6条短的随机简并引物组成的引物库分别用热不对称交错PCR法从‘南京红须’基因组DNA扩增该片段的5'和3'旁侧序列。获得的5'和3'旁侧序列分别长1443 bp和1200 bp。将两个旁侧序列在469 bp片段的基础上拼接得到‘南京红须’全长为2 144 bp的类黄酮3'-羟化酶基因，被命名为pmhxF3'H。序列分析表明：该基因与11条正式发表的、已递交到GenBank的类黄酮3'-羟化酶基因的cDNA序列在总体上有52．21％的一致性．具有3个内含子，其启动子含有1个“AGGA盒”、1个“GC盒”和3个“TATA盒”。这是首次用热不对称交错PCR法从木本植物的基因组DNA克隆到类黄酮3'-羟化酶基因。本研究将为梅花花色的分子生物学机理探索、花色的基因工程改良提供参考。