D型流感病毒实时荧光定量PCR方法的建立与应用

为了建立一种可以快捷、灵敏、安全地检测D型流感病毒(Influenza D virus,IDV)的实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-qPCR)方法,试验首先将IDV NP基因作为检测目标,根据其序列的保守区设计了一对RT-qPCR引物,然后采用单一变量法对RT-qPCR反应条件中的引物浓度和退火温度进行优化,建立了一种可检测IDV的RT-qPCR方法,并对该方法的灵敏度、重复性和特异性进行检测,最后应用该方法进行临床样本检测。结果表明:所建立的RT-qPCR方法的最佳引物浓度和退火温度分别为400 nmol/L和61℃,标准曲线为y=-3.572x+42.02(R^(2)=0.9993);该方法能检测到的最低拷贝数为8.30×10^(1)copies,灵敏度是常规PCR的100倍左右;组内重复和组间重复变异系数(CV)值均小于3%;同时检测牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛副流感病毒3型(BPIV-3)、牛疱疹病毒4型(BHV-4)和牛流行热病毒(BEFV)的结果均为阴性;应用该方法对收集到的244份有呼吸道症状的牛鼻拭子样品进行检测,阳性率为1.23%。说明成功建立了IDV RT-qPCR检测方法,该方法具有灵敏度高、重复性和特异性好的特点,为IDV的防控提供了可靠的技术支撑。

建立染料法荧光定量PCR检测恙虫病东方体

目的建立染料法荧光定量PCR检测恙虫病东方体。方法根据恙虫病东方体56kD外膜蛋白基因序列设计特异性引物，建立染料法（SYBRgreenI）实时荧光定量PCR，评估其灵敏性及特异性；并对恙虫病东方体鸡胚培养物、东方体感染小白鼠脏器标本以及恙虫病病人血样等多种样本进行检测。结果建立的荧光定量PCR标准曲线的循环阈值（Ct）与模板拷贝数呈良好的线性关系（r2=0．99），灵敏性评估显示20¨l体系单PCR反应管靶基因大于28个拷贝即可被有效检测，最低检出浓度为2拷贝／¨l，比普通PCR检测方法提高1～2个数量级，并且具有较好的重复性；建立的SYBRI染料法具有良好的特异性，与立氏立克次体R株等其他5种立克次体，以及被检测的其他几种病原菌DNA模板均不发生特异性扩增；用建立的染料法对东方体鸡胚培养物、东方体感染动物脏器，以及采集的现场恙虫病病人血样共59份标本进行检测，其中57份检出阳性。用该定量PCR检测恙虫病东方体实验感染小鼠的血、脾脏、肾脏、肝脏标本，结果脾脏中东方体检出量最多，肝脏和肾脏次之，血中的恙虫病东方体量较低。结论本研究建立荧光定量PCR方法均具有很高的特异性和敏感性，适合各种样本中东方体的快速检测，可用于实验室的快速诊断。

Q热贝纳柯克斯体SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

根据Q热贝纳柯克斯体(Coxiella burnetii)插入序列IS1111序列设计引物,建立快速检测Q热的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释的含有目的扩增片段的重组质粒作为标准品,进行定量PCR反应。结果显示,该方法能检测出102个拷贝数的阳性质粒。标准曲线相关系数为0.991,扩增效率为98%。对结核分支杆菌、衣原体、布鲁氏杆菌及牛血液的核酸样品的特异性检测结果均为阴性。结果表明本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR法灵敏度高且特异性好,可用于临床检测。

H3亚型犬流感病毒的荧光定量PCR方法建立及其增殖特性研究

旨在建立H3亚型犬流感病毒(canine influenza virus, CIV)荧光定量PCR方法,利用该方法对病毒在犬肾细胞(MDCK细胞)上增殖特性进行研究。根据CIV的血凝素(HA)片段上的HA2基因保守区设计并合成特异性引物,构建CIV-HA重组质粒作为标准品,经过条件优化,建立H3亚型CIV荧光定量检测方法,对其敏感性、特异性和重复性进行评价,并将该方法应用于CIV在MDCK细胞上增殖特性的研究,与病毒滴度(TCID;)进行相关性分析。结果显示:该方法具有较好的敏感性、特异性和重复性,最低检测线可以达到20.8 copies/μL,与犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒2型、H1亚型流感病毒不发生交叉反应,批间、批内重复性良好(变异系数<1.1%)。将该方法应用于检测CIV在MDCK细胞上的增殖特性,与细胞培养法测定病毒滴度相比,二者具有较好的相关性。本研究初步建立了H3亚型CIV荧光定量检测方法,该方法可为CIV的增殖特性研究提供工具。

猪流行性腹泻病毒SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为快速、准确、灵敏检测猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV),以PEDV N基因为靶标设计引物,建立了一种PEDV SYBR Green I荧光定量RT-PCR检测方法。该方法最低可以检测到10个拷贝的病毒核酸,与猪传染性胃肠炎病毒、猪δ冠状病毒和猪轮状病毒等胃肠道病毒均无交叉反应,批内、批间重复试验的变异系数均在2%以内,表明该方法具有较好的敏感性、特异性和重复性。运用该方法对2018—2019年采集自山东省不同地区猪场的161份临床样品进行检测,检测结果与RT-PCR方法完全一致。以上结果说明,本试验所建立的SYBR Green I实时荧光定量RT-PCR检测方法为PEDV的快速检测提供了良好工具和技术支持。

蜜蜂残翅病毒两步法荧光定量PCR检测方法的建立

为了建立一种灵敏度更高的蜜蜂残翅病毒两步法荧光定量PCR检测方法,根据残翅病毒保守基因片段设计引物,采取反转录过程与荧光定量PCR过程分步进行的方式,建立基于SYBR染料法检测残翅病毒的两步法实时荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性、稳定性和可行性进行验证。结果显示,建立的两步法荧光定量PCR检测方法采用的引物特异性良好,在6.58×10^(1)~6.58×10^(8)拷贝/μL质粒标准品间具有良好线性关系,R^(2)为0.9997,扩增效率为100.8%。该方法的灵敏度为6.58拷贝/μL,与蜜蜂黑蜂王台病毒和以色列急性麻痹病毒不发生交叉反应,组内变异系数为0.20%~0.66%,组间变异系数为0.08%~0.98%,对蜜蜂样品残翅病毒的阳性检出率明显高于普通PCR,具有良好的特异性、重复性和实用性。综上,成功建立了一种灵敏度高、适用性好的残翅病毒两步法实时荧光定量PCR检测方法,为我国蜜蜂残翅病的流行病学调查、疫情监测和预警机制的构建提供新的技术支持。

荧光定量PCR染料法在HLA-B*5801等位基因检测中的性能评价及应用

目的:通过检测评估荧光定量聚合酶链反应(PCR)染料法对人类白细胞抗原B位点5801(HLA-B*5801)等位基因的准确性、灵敏度及其在干扰因素下的结果分析研究,同时与PCR-SBT测序法进行对比。方法:收集45例痛风、高尿酸血症患者和20例正常人群样本,利用HLA-B*5801等位基因检测试剂盒进行检测,同时利用测序法对HLA-B等位基因高度突变的2/3/4外显子正反测序。灵敏度验证研究,随机选取1例阳性样本,按照HLA-B*5801等位基因检测试剂盒说明书要求稀释至最低浓度,检测结果与测序结果对比;抗干扰能力验证研究,随机选取3例阳性样本,加入规定要求的胆红素、脂质、阿司匹林作为干扰因素,利用PCR染料法检测,检测结果与测序结果对比。结果:45例痛风、高尿酸患者中有8例HLA-B*5801基因阳性,阳性率为17.8%;20例正常人群则有1例携带HLA-B*5801基因,阳性率5%。最低浓度样本也可正确检出结果,PCR染料法的准确性、灵敏性、特异性均为100%;3例阳性患者在胆红素、脂质等干扰物质影响下仍可正常检出,抗干扰能力良好。结论:PCR染料法可正确检测HLA-B*5801基因,灵敏度较好且在干扰物质存在的状况下结果不受影响,与测序结果一致,且操作更快捷方便。

牛结节性皮肤病病毒GPCR基因荧光定量PCR检测方法的建立

为了更好地进行牛结节性皮肤病的临床检测,根据GenBank登录的牛结节性皮肤病病毒(LSDV)的GPCR基因序列,设计并合成1对特异性引物,建立一种基于染料法的实时荧光定量PCR(qPCR)方法。本研究进一步对此检测方法进行了敏感性试验、特异性试验、重复性试验,随后用模拟临床样品进行了验证。结果显示,该方法至少可以检测出的病毒序列含量为7.11×102拷贝/μL;仅对LSDV有特异性扩增;批内重复和批间重复的Cq值变异系数均小于1.5%。模拟临床样品检测结果显示,建立的qPCR方法在临床采集的牛皮肤结节、肛拭子、泪拭子中,能特异性检测出LSDV的序列片段。结果表明,本研究建立的LSDV的qPCR检测方法敏感性高、特异性强、重复性好,能应用于临床诊断。