奶牛乳房炎源肺炎克雷伯菌PCR和LAMP检测方法的建立

为快速鉴定因肺炎克雷伯菌侵染引起的奶牛乳房炎,进一步为该疾病提供更合理的治疗方案,分别以肺炎克雷伯菌16S-23S rDNA内部转录间隔层序列(Internal transcribed spacer,ITS)和脲酶UreD基因为靶点,利用PCR技术和环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)构建奶牛乳房炎源肺炎克雷伯菌快速鉴定方法。结果表明,利用PCR技术扩增ITS序列能准确鉴定出肺炎克雷伯菌,在核酸质量浓度为5×10^(-2)ng/μL的环境中依然能实现稳定扩增;利用LAMP技术扩增UreD基因的最佳反应温度为62℃,其最低检测核酸质量浓度为5×10^(-7)ng/μL,检测灵敏度是PCR方法的105倍。综上,建立了PCR技术和LAMP技术快速鉴定奶牛乳房炎型肺炎克雷伯菌的方法,特异性强且灵敏度高。

PCR/LAMP快速筛检NDM-1超级耐药菌的方法建立

目的:针对NDM-1超级耐药菌建立PCR/LAMP快速筛检方法。方法:根据GENBANK登录的NDM-1基因序列分别设计PCR/LAMP引物。分别优化PCR/LAMP反应条件和反应体系,并对已知特性的41株标准株、1株NDM-1阳参克隆株以及275株不同地区上送的地方株进行检测,验证两方法的特异性、敏感性。结果:两方法特异性均好,除阳参克隆株能扩增出阳性对应条带,其它标准株及地方上送株则检测不出相应条带;两方法检测限稍有差异,其中LAMP检测限为31 cfu/反应,PCR检测限为123 cfu/反应;LAMP法从菌株核酸提取至检测完成仅需1.5 h^2 h左右,实现反应及产物检测一步完成;PCR法因扩增产物需凝胶电泳再经紫外观察,故时间相对较长,共需3 h^4 h。结论:本研究针对超级耐药菌NDM-1基因建立的PCR/LAMP方法其特异性、灵敏度均相对较好,可用于今后应对NDM-1超级细菌应急检测技术储备以及目前针对超级细菌的监控防控。

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失。研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较。结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点。同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可检测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green I后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性。考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用。

病原迟钝爱德华菌毒力基因及双重PCR与LAMP检测方法的建立

为明确牙鲆及大菱鲆病原迟钝爱德华菌毒力基因的携带情况并建立分子检测方法,实验以迟钝爱德华菌fimA、fimB、gadB及citC为靶基因设计特异性引物,进行PCR扩增及环介导恒温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),并对其特异性、灵敏性和实际应用进行了比较。结果显示,10株病原迟钝爱德华菌均扩增出fimA、fimB、gadB及citC 4种毒力基因,目的条带大小分别为240、217、171及119 bp,4株对照菌无任何扩增条带;以fimA和gadB设计的两对引物进行的双重PCR扩增,同一PCR反应体系中病原迟钝爱德华菌可扩增出240和171 bp两条目的条带,且灵敏度为3.0×103CFU/mL,4株对照菌无任何扩增条带;以fimA设计的4条特异引物进行的LAMP扩增,病原迟钝爱德华菌可扩增出阶梯状条带,反应产物加入荧光染料SYBR GreenⅠ后反应液呈现明显的绿色阳性反应,4株对照菌无阶梯状扩增条带且呈现橙色阴性反应,灵敏度为3.0×101CFU/mL,比双重PCR的检测限要低100倍。研究表明,操作简便、快速且特异性及灵敏性强的LAMP检测方法,对迟钝爱德华菌引起的水产动物疾病的快速诊断具有实践意义。

泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)病原霍乱弧菌(Vibrio cholerae)PCR与LAMP检测方法的比较研究

采用分子生物学方法,以霍乱弧菌lolB为靶基因设计特异性引物,进行了霍乱弧菌的PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediatedisothermal amplification,LAMP)检测技术研究,并对它们的特异性、灵敏性和实际应用进行了比较。结果表明,所建立的PCR检测霍乱弧菌的方法最低检测限为4.0×103CFU/ml;LAMP检测方法在65℃下恒温扩增60min,检测限为4.0×101CFU/ml,反应产物加入荧光染料SYBRGreenI后反应液呈现明显的绿色;以温和气单胞菌、副溶血弧菌、鳗弧菌及美人鱼弧菌为对照菌株,检测结果均为阴性;霍乱弧菌人工染菌的8种水产品进行PCR及LAMP检测,结果均为阳性,而未染菌组均为阴性;PCR及LAMP检测霍乱弧菌的方法均具有灵敏度较高、特异性强等优点,且LAMP检测霍乱弧菌的方法灵敏度是PCR方法的100倍,更适合于养殖现场检测的推广使用。

病原性鳗弧菌(Vibrio anguillarum)双重PCR与LAMP检测方法的建立

本研究检测了分离自发病大菱鲆、半滑舌鳎及鲤鱼的22株病原鳗弧菌（Vibrio anguillarum）毒力相关基因的携带情况,并建立了病原鳗弧菌的分子生物学检测方法。以PCR方法检测8个毒力相关基因的分布,结果显示,22株病原鳗弧菌均可扩增出6个基因（empA、vah1、vah4、flaA、rtxA和tonB）目的条带,未扩增出virA和angM基因;针对vah4和rtxA设计引物进行双重PCR扩增,同一PCR反应体系可扩增出两条目的条带,灵敏度为2.4×103 CFU/ml,对照菌无任何扩增条带;以vah4设计引物进行LAMP扩增,病原鳗弧菌可扩增出阶梯状条带,呈现阳性反应,6株对照菌无阶梯状扩增条带且呈现阴性反应,LAMP扩增灵敏度为2.4×10~1 CFU/ml。LAMP检测灵敏度是双重PCR的100倍,LAMP技术与PCR比较,操作简便、快速、灵敏度高且不需昂贵仪器,LAMP检测鳗弧菌的方法更适合于养殖生产实际应用。

巢式PCR与LAMP方法在蜱的莱姆病螺旋体检测中的应用

目的应用巢式PCR方法与环介导等温扩增(LAMP)方法检测蜱中莱姆病螺旋体带菌率。方法从青海省循化县与辽宁省新宾县共采集蜱112只,采用巢式PCR与LAMP两种方法检测蜱的莱姆病螺旋体带菌率。结果采用两种方法检测青海循化蜱标本51份,12份阳性,阳性率为23.53%;辽宁省新宾县蜱标本61份,18份阳性,阳性率为29.51%。采用巢式PCR方法检测112份蜱标本,20份阳性,阳性率为17.86%;采用LAMP方法检测112份蜱标本,15份阳性,阳性率为13.39%,两种方法差异无统计学意义(χ2=0.85,P>0.05)。结论巢式PCR与LAMP方法均可用于蜱标本莱姆病螺旋体的检测,两种方法共同使用可以提高莱姆病螺旋体的检出率。同时,本研究首次报道了青海循化县和辽宁新宾县蜱的莱姆病螺旋体带菌率,完善了我国高林区覆盖率地区的蜱媒带菌率数据。

牛副流感3型病毒Nano-PCR、LAMP方法的建立及初步应用

试验旨在建立牛副流感3型病毒(bovine parainfluenza type-3 virus,BPIV3)纳米PCR(Nano-PCR)与环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)新型快速分子检测技术,对其进行特异性和敏感性对比试验,并对10份临床样品进行了检测。特异性与敏感性试验结果显示,建立的Nano-PCR和LAMP方法只对BPIV3特异,而对牛呼吸道合胞体病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒无交叉反应;建立的Nano-PCR和LAMP方法具有相同的敏感性,均是普通PCR的10倍,最低核酸检出量均为4.16×102拷贝/μL。临床检测结果显示,建立的两种方法阳性符合率为100%,且阳性检出率均高于普通PCR。因此,本试验建立的Nano-PCR和LAMP方法为BPIV3的临床诊断提供了更快速、敏感、可靠的工具。

LAMP与FQ-PCR技术检测HBV DNA的特异性和灵敏度比较

目的采用环介导等温扩增反应(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术与实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,FQ-PCR)技术检测HBV DNA,并对LAMP方法的反应条件进行优化,比较两种方法检测HBV DNA的灵敏度及特异性。方法选取经医院确诊的乙肝患者的血清,提取血清中的HBV DNA作为扩增模板,同时对LAMP方法的各种条件进行优化,并分别采用LAMP和FQ-PCR两种方法对同一HBV DNA模板做10倍梯度稀释的标本进行HBV DNA的检测,比较其灵敏度;分别用两种方法对乳头瘤病毒(HPV)、EB病毒、大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌以及正常人血清基因组DNA在相同条件下进行实验,观察两种方法在检测中是否出现假阳性结果,以确定两种方法的特异性。结果对同一HBV DNA模板进行10倍梯度稀释后,FQ-PCR技术在待测血清标本(2.38×107 copy/mL)被稀释到10-5,就难以进行准确检测,而LAMP方法在待测血清标本被稀释到10-7时,仍能获得较好的扩增结果;对HPV、EB病毒、大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌以及正常人血清基因组DNA进行LAMP和FQ-PCR检测,结果均为阴性。结论采用LAMP方法可以成功、快速、高效、特异地扩增HBV DNA,与FQ-PCR方法比较,都能特异地检测HBV DNA,但LAMP方法具有更高的灵敏性,操作更为简单、方便,且不需要昂贵的仪器,更适合基层检测机构推广使用。

应用PCR法和LAMP法鉴定牛早期胚胎性别的研究

通过设计特异性引物,优化Mg2+浓度、退火温度和循环时间等影响PCR的因素,确定了适合现场应用的PCR反应体系;46枚胚胎现场的鉴定率为87%,移植妊娠率为28%,准确率为85%,证明建立的PCR胚胎性别鉴定方法可用于生产。使用LAMP法对126枚常规胚胎和42枚性控胚胎现场鉴定,鉴定率95%,移植妊娠率33%,准确率88%,结果证明该方法可应用于牛早期胚胎性别鉴定。PCR法和LAMP法所鉴定同一样品的结果一致,说明在控制好实验条件的情况下,根据实际情况可选用这两种方法中的任何一种进行性别鉴定应用。

实时RT-LAMP与实时荧光RT-PCR检测贝类中GⅡ型诺如病毒的研究

[目的]建立、评价GⅡ型诺如病毒的一步法实时RT-LAMP快速检测方法。[方法]选取GII型诺如病毒ORF1与ORF2接头处高度保守基因序列设计RT-LAMP引物,经条件优化,分析该方法的检测灵敏性和特异性,并与实时荧光RT-PCR进行比较。[结果]GⅡ型诺如病毒RT-LAMP的最佳反应条件是65℃,内外引物浓度比达1:10。该方法同其余常见食源性病毒没有交叉反应。对RNA参照品其检测低限可达10个RNA拷贝/反应,同实时荧光RT-PCR的检测水平相当;在人工感染的牡蛎和缢蛏中,RT-LAMP较实时荧光RT-PCR的检测灵敏度略低10倍。[结论]本研究所建立的RT-LAMP方法为GⅡ型诺如病毒提供了一种灵敏、快速且简便的检测方法。

RT-LAMP及RT-PCR方法快速检测玉米褪绿斑驳病毒的比较与应用

利用玉米褪绿斑驳病毒外壳蛋白基因为靶标序列设计引物,通过优化反应温度、引物浓度、反应时间以及评价环引物效果,建立了检测玉米褪绿斑驳病毒反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)方法,并与RT-PCR方法比较。结果表明,RT-LAMP在64℃等温条件下反应45min,最低可检测到280fg的目的片段,灵敏度是RT-PCR的100倍。以甘蔗花叶病毒、玉米矮花叶病毒、小麦线条花叶病毒、玉米白线花叶病毒及玉米褪绿斑驳病毒等5种病毒为检测对象,证明该方法针对玉米褪绿斑驳病毒具有很强的特异性。利用RT-LAMP方法对100份模拟病毒感染的玉米种子进行检测,病毒检出率为100%。

LAMP法和PCR法对阪崎肠杆菌快速检测的对比探究

目的:研究LAMP法和PCR法在阪崎肠杆菌快速检测中的差异,指导临床在阪崎肠杆菌快速检测中方法的选择。方法:针对阪崎肠杆菌的OmpA基因,设计相关特异性引物,分别建立LAMP法和PCR法两种检测方法体系对其进行检测,并对两种检测方法的灵敏度进行记录比较;分别采用两种方法对45株阪崎肠杆菌近源菌进行检测,分析比较两种方法的特异性;最后采用两种方法对60份商场奶粉样品进行检测,将检测结果与FDA检测结果进行比较分析。结果:两种检测方法的灵敏度检测结果显示:LAMP法对阪崎肠杆菌快速检测的敏感度(101cfu/ml)明显高于PCR法(102cfu/ml),两者比较差异有统计学意义(P<0.05);在对45株阪崎肠杆菌近源菌的检测中,显示LAMP法有5株阪崎肠杆菌出现阳性结果,而PCR法则显示非特异性条带,表明LAMP法检测的特异性明显优于PCR法。结论:LAMP法对阪崎肠杆菌快速检测有效可行、灵敏度高、特异性强,是临床进行阪崎肠杆菌快速检测的一种有效方法。

LAMP法与PCR法在食品动物源性成分检测中的应用

目的:探讨和对比食品动物源性成分检测中环介导等温扩增法(LAMP)与实时荧光定量法(PCR)的应用价值。方法:于湖南省汨罗市各大超市抽取样品并将其作为试验材料,共抽检13份。抽检样品分别采用LAMP法与PCR法进行检测,观察并对比两种检测方法各样品提取DNA浓度的测定结果。结果:3种已知动物源性成分样品经LAMP检测显示阳性,且PCR检测也为阳性;LAMP法检测时13份样品中与标签明示肉源不符的样品共3份,而PCR法检测时有4份。两种检测方法检测结果显示1份样品检测结果不同。结论:LAMP法与PCR法在食品动物源性成分检测中均表现出显著的应用价值,准确性高,并且具备较好特异性,但本研究中LAMP总用时80min,较PCR总用时140 min少,更方便进行现场快速抽检。

3种葡萄座腔菌的检测方法比较

为精准检测葡萄座腔菌(Botryosphaeria dothidea)引起的果树病害,基于B.dothidea的ITS序列设计常规PCR、巢式PCR和LAMP引物,对3种检测方法的灵敏度进行比较分析,依据研究结果选用巢式PCR和LAMP反应检测田间病样。结果表明,常规PCR、巢式PCR和LAMP检测方法均能特异性检测出B.dothidea。普通PCR检测到的DNA最低浓度为10^(-1)ng/μL,巢式PCR的检测限为10^(-4)ng/μL,LAMP方法的检测限为10^(-5)ng/μL。灵敏度较高的巢式PCR和LAMP方法都可用于检测B.dothidea引起的田间病害样品。LAMP方法检测田间疑似病害样品的检出率为65.0%、常规PCR为58.8%、巢式PCR为62.5%,而常规分离鉴定方法的检出率仅为27.5%。

PCR方法检测食品中沙门氏菌研究进展

对目前出现的一些具有代表性的食品中沙门氏菌的PCR检测方法做一综述,由此可以得出,目前开发出的检测食品中沙门氏菌的PCR方法正逐渐以多种PCR方法相结合、多重PCR技术以及食品样品预处理方法等为主,以开发出更快速、灵敏、简便、实时、低廉的食源性沙门氏菌PCR检测方法。

甲型H1N1流感病毒HA基因RT-LAMP检测方法的建立与初步应用

目的:建立反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)检测甲型H1N1流感病毒HA基因的方法,并用于检测临床样本。方法:通过在线软件Primer Explorer V4设计H1N1 HA基因的RT-LAMP引物,建立RT-LAMP检测方法,并评价其灵敏度和特异度。结果:与传统RT-PCR方法相比,RT-LAMP检测方法具备更高的灵敏度,达到10个拷贝,并且具有良好的特异性;在76份呼吸道感染儿童的咽拭子标本中检测到2份阳性,与RT-PCR方法检测结果相同。结论:建立的H1N1 RT-LAMP检测方法灵敏特异,简单快速,具备H1N1现场检测应用前景。

牛病毒性腹泻病毒LAMP检测方法的建立与应用

针对牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′UTR基因(GenBank登录号:AY278459.1)序列设计4条特异性环介导等温扩增(LAMP)引物,特异性识别靶基因序列上4个独立区域,采用LAMP技术,利用实时浊度仪实时检测LAMP反应过程中所产生的焦磷酸镁白色沉淀,实时监测反应液浊度来判断反应结果,实现对扩增反应全过程的监控,建立BVDV的LAMP快速检测方法。通过实时浊度仪在恒温63℃下50min完成检测,对方法的特异性、灵敏度、重复性进行了评价。结果显示,经优化该方法只检测BVDV阳性,特异性强;病毒10-6倍稀释时仍能被检测到,比PCR方法灵敏度至少高100倍;重复性良好。LAMP实时浊度法具有简单、快速、灵敏度高、特异性强的优势,为BVDV的临床检测提供了一种简单快速的试验手段。

微小隐孢子虫LAMP检测方法的探索

目的为快速检测微小隐孢子虫,建立并优化了以SYBR Green I显色的环介导等温扩增快速检测隐孢子虫的方法。方法根据微小隐孢子虫18SrRNA基因的4条特异LAMP引物,设计2条环引物,建立了微小隐孢子虫LAMP检测方法。结果该方法省去95℃热变性和80℃酶失活过程,其最佳反应温度和时间是63℃和60min,Betaine、MgSO4、dNTP Mixture、Bst DNA聚合酶大片段的最佳浓度分别是0.8mol/L、8mmol/L、0.8mmol/L、8U/25μL,内外引物浓度分别为1.2μmol/L、0.2μmol/L,添加环引物后体系反应时间缩短为20min。对贾第虫、肠阿米巴、柔嫩艾美耳球虫、类圆线虫检测为阴性。该方法简便、快速,无需特殊设备。结论和常规PCR方法比较,LAMP检测隐孢子虫的灵敏度提高了100倍。该方法的建立为野外和临床隐孢子虫的快速检测提供技术手段。

牛流行热病毒可视化RT-LAMP检测技术的建立及应用

【目的】建立一种能够快速、简便、可视化地检测牛流行热病毒的分子生物学方法。【方法】根据牛流行热病毒G蛋白基因的6个保守区域设计2对引物,建立牛流行热病毒可视化逆转录环介导等温扩增(Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)检测技术,优化RT-LAMP的反应条件,将其与PCR方法进行比较。【结果】当Mg2+浓度为3 mmol·L^(-1)、甜菜碱浓度为0.4 mol·L^(-1)、d NTPs mix浓度为1.2μmol·L^(-1)、内外引物浓度比例为8∶1、反应温度为63℃时,反应梯形条带最明显,在反应40 min后可以观察到明显的梯形条带。建立的RT-LAMP检测方法特异性好,只对牛流行热病毒进行扩增;灵敏度比普通PCR高10倍。【结论】该方法操作简便,特异性强,结果判读方便,可用于牛流行热的快速检测。