下咽癌中P53基因点突变的PCR—SSCP检测

为探讨下咽癌中P^(53)基因突变的规律与特征,采用PCR—SSCP方法检测40例下咽癌新鲜手术标本组织,分析P^(53)基因突变与下咽癌有关病理指标的关系。40例下咽癌有28例(70％)出现P^53基因第5～8外显子突变。P^(53)基因突变与下咽癌TNM分期、病理分级及淋巴结转移密切相关(P<0.05)。结果显示P^(53)基因突变与下咽癌的生物学行为有关且具有预后价值。

鸽圆环病毒荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为了建立鸽圆环病毒(PiCV)的快速检测方法,依据PiCV Rep基因的保守序列区域设计了荧光定量PCR的引物和探针,并建立了快速检测PiCV的荧光定量PCR方法。结果显示,构建的PiCV荧光定量PCR方法在1.44×10,1~1.44×10^(7)/μL拷贝标准品间具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9866;该方法具有良好的敏感性,其检测病毒系列含量下限为14.4拷贝/μL;该方法特异性良好,与鸽新城疫病毒、鸽疱疹病毒、鸽腺病毒等病毒及鸽组织DNA不存在交叉反应;该方法重复性较好,批内重复试验变异系数均介于0.454%~0.473%,批间重复试验变异系数均介于0.367%~0.869%。与传统普通PCR方法相比,所建立的PiCV荧光定量PCR方法敏感性更高,临床样品PiCV检出率更高,两者检测符合率为93.75%。结果表明,所建立的PiCV荧光定量PCR方法为临床检测鸽圆环病毒提供了一种快速、灵敏的检测方法,为PiCV的流行病学调查和主动监测提供了技术支撑。

秦川牛、南阳牛双肌基因的PCR-SSCP检测

通过运用一对特异性引物对秦川牛、南阳牛myostatin基因的第三外显子进行扩增 ,应用PCR -SSCP方法鉴定上述两种牛是否携带双肌基因 ,发现南阳牛中存在有双肌个体 。

PCR-SSCP检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的筛检试验评价

目的:评价PCR-SSCP筛检非小细胞肺癌(NSCLC)ECFR基因突变的临床应用潜力。方法:分别采用DNA测序法和PCR-SSCP分析对一定数量的NSCLC标本进行EGFR基因突变检测,以DNA测序结果为金标准,计算PCR-SSCP法的灵敏度、假阴性率、特异度、假阳性率、约登指数、粗符合率、预测值和似然比等指标;同时随机抽取20%的样本,重新进行PCR-SSCP分析,计算两次结果的Kappa指数值。结果:PCR-SSCP分析的灵敏度为97.2%,假阴性率为2.8%,特异度为94.3%,假阳性率为5.7%,约登指数为0.915,粗符合率为94.8%,阳性预测值为77.8%,阴性预测值为99.4%,阳性似然比为17.1,阴性似然比为0.5,前后两次PCR-SSCP分析的Kappa指数值为0.81(P<0.05)。结论:PCR-SSCP检测NSCLC EGFR基因突变具有较高的真实性、可靠性和实用性。

4种食源性致病菌多重PCR检测体系的建立及其在乳品检测中的应用

食源性致病菌是通过食物进入人体引起食物中毒和诱发疾病的有害微生物,严重威胁着人类健康和环境安全,为了预防和控制食源性疾病的发生,有效对策之一是对食品中的病原微生物进行安全检测。本研究采用一种多重聚合酶链式反应法(multiplex polymerase chain reaction,MPCR)快速检测乳品中4种食源性致病菌,结果表明,选取单核细胞增生李斯特氏菌prfA基因、蜡样芽胞杆菌gyrB基因、鼠伤寒沙门氏菌invA基因、大肠埃希氏菌O157∶H7 stx2A基因的保守序列设计4对引物,在优化的PCR反应体系和退火温度58℃下,PCR扩增表现出良好的特异性,分别扩增出274、221、482、108 bp条带,无非特异性扩增,4种病原菌检出限达到10~100 CFU/mL;对17份人工染菌牛奶样品进行检测,检出结果与国标培养法完全一致。该研究结果为快速、高效、准确地检测出乳品中单核细胞增生李斯特氏菌、蜡样芽胞杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、大肠埃希氏菌O157∶H7提供了一种实用方法,也为其他食源性致病菌的快速检测提供了思路。

采用通用引物PCR配合SSCP和RFLP技术检测鱼病病原菌

采用通用引物PCR(UPPCR)、PCR RFLP、PCR SSCP技术 ,研究快速鉴别鱼病病原菌的分子生物学诊断技术。结果发现 ,采用细菌 16SrRNA基因保守区特异性引物 ,以嗜水气单胞菌、鲁克氏耶尔森菌、鳗弧菌、柱状曲挠杆菌、乙型链球菌、荧光假单胞菌等部分常见鱼病病原菌为对象 ,可以建立一种UPPCR技术。该技术能在保证实验条件不变的基础上 ,检出上述所有细菌 ,并还可检出大肠杆菌和双歧杆菌等非鱼病病原菌。并且认为 ,该法与SSCP配合即采用UPPCR SSCP技术能较好地鉴别被检菌而用于鱼病病原菌的快速诊断。

绵羊支原体肺炎病原巢式PCR检测方法的建立与应用

[目的]建立一种诊断绵羊支原体肺炎病原的巢式PCR方法,确定肺炎支原体感染的靶器官。[方法]根据GenBank网站上登录的绵羊支原体16S rRNA基因序列,设计并合成2对引物,以肺炎支原体菌株基因组DNA为模板,经过PCR反应条件的优化,通过测序验证扩增产物的正确性,建立了绵羊支原体肺炎病原的巢式PCR检测方法,进而应用建立的方法完成临床阳性病料肺脏、肺淋巴、心脏、肾脏、肝脏、脾脏、皮肤、小肠和外周血检测以及疑似样本肺脏组织的检测。[结果]建立的巢式PCR方法可扩增出864 bp的特异性目的片段,肺脏和肺淋巴为绵羊肺炎支原体感染的靶器官,临床样本巢式PCR检出率与支原体培养鉴定结果的符合率为100%。[结论]建立的绵羊支原体肺炎病原巢式PCR检测方法可用于临床样本的实验室诊断。

尼罗罗非鱼无乳链球菌微滴式数字PCR检测方法的建立及临床应用

通过设计筛选引物和探针、优化反应浓度和退火温度,构建一种尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)的微滴式数字PCR(dd PCR)检测方法,分析该方法的敏感性、特异性及重复性,并应用于临床样品检测。结果显示:当引物、探针浓度分别为0.9μmol·L^(-1)、0.3μmol·L^(-1)且退火温度为56.9℃时,建立的罗非鱼无乳链球菌dd PCR方法阴、阳性微滴分布界限明显,平均拷贝数高,有较高扩增反应效率;线性关系线良好(R^(2)=0.997 3),最低检测限为2.56 copies·μL^(-1);与猪链球菌2型、鱼类海豚链球菌和其他5种常见的水生动物疫病病原体无交叉反应;重复变异系数为3.15%;临床样品检测结果与实时荧光PCR方法结果的符合率100%,与细菌分离鉴定方法结果符合率为94.12%。结果表明,建立的罗非鱼无乳链球菌dd PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可对罗非鱼无乳链球菌感染的临床样品进行定量检测,为尼罗罗非鱼无乳链球菌的研究提供有益参考。

PCR-SSCP法快速检测鉴定临床病原菌的探讨

目的 :探讨利用 PCR- SSCP快速检测和鉴别临床病原菌的方法。方法 :采用细菌保守的 1 6 s r RNA基因为模板 ,以 PCR-SSCP方法检测病原菌 ,并以普通 PCR法和 PCR- RFL P法作比较。结果 :普通 PCR法很难从电泳图谱中鉴别细菌 ;PCR-RFCP法电泳图谱虽呈多态性 ,但仍有部分细菌图谱相同和相似 ,不易区分 ;经 PCR- SSCP电泳出来的细菌图谱差异明显 ,可以互相区分。结论 :PCR- SSCP技术能快速简便地检测。

新扬州鸡IGF-Ⅰ基因多态性的PCR-SSCP检测及其与生长发育性状的相关性

以新扬州鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因作为控制其生长、发育性状的候选基因,通过对IGF-Ⅰ基因主要部分序列进行PCR-SSCP检测,发现了2个多态位点.测序结果表明,IGF-Ⅰ基因存在2个突变位点:插入(G)和(G→C).分析多态位点与0-12周龄鸡生长发育性状的关联性,结果表明:插入(G)突变基因型中,2周龄鸡体重BB型与AB型差异显著(P<0.05),但AA型与AB型和BB型差异均不显著,而(G→C)突变各基因型间没有显著差异;插入(G)突变位点对0-12周龄鸡的龙骨长、胫骨长均没有显著影响,而(G→C)突变位点仅在鸡6周龄时表现出与龙骨长、胫骨长间的差异显著性.

猪雌激素受体基因(ESR)点突变的PCR-SSCP检测

雌激素受体基因(ESR)是控制猪高产仔数的主效基因之一,具有明显的基因效应:BB型比AA型母猪胎总产仔数和产活仔数分别高出1 40～3 37和0 63～3 58头,是目前商品猪育种和生产中重点检测的主要基因之一。常规采用PCR -RFLPs方法区分该基因由点突变造成的3种不同的基因型。本研究建立1种基于PCR的SSCP(single-strand edconformationpolymorphism)方法对猪ESR该位置的点突变进行检测,具有操作简便、灵敏度高和不需要酶切等优点 。

猪α1岩藻糖转移酶基因点突变的PCR-SSCP检测

猪α1岩藻糖转移酶基因(FUT 1)位于猪第6号染色体上,是猪肠毒素大肠杆菌F 18受体(ETEC F 18R)理想的候选基因。采用PCR-SSCP法共检测外来猪种、国内地方猪种和培育猪种3个类型9个猪种共计255个个体FUT 1基因M 857位点的多态性,所检测的3个外来猪种均存在GG和AG两种基因型,而国内地方猪种中除临高猪外均表现为极端的单态分布,只存在GG基因型。采用PCR-SSCP方法对FUT 1基因点突变进行检测,具有试验成本低、操作简便和灵敏度高等优点,可望在育种实践中得到更广泛的应用。

瘢痕疙瘩Fas基因突变的银染PCR-SSCP检测

以前的研究提示：瘢痕疙瘩成纤维细胞的Ｆａｓ 受体可能处于无功能状态。进一步探讨导致无功能Ｆａｓ分子的可能机制。取瘢痕疙瘩、增生性瘢痕患者的组织及外周血标本，ＰＣＲ特异性扩增Ｆａｓ 分子外显子９ 的编码区，扩增产物经银染ＳＳＣＰ筛选，最后可疑阳性的ＰＣＲ样本进行ＤＮＡ 测序。经ＰＣＲ－ＳＳＣＰ检测，２０％ （２／１０）的瘢痕疙瘩组织中发现异常电泳带，经ＤＮＡ 测序证实，这２ 例突变均为位于Ｆａｓ ｃＤＮＡ的７５５ｂｐ 处的“Ａ”缺失而导致的移码突变。结果提示：编码Ｆａｓ分子死亡域结构基因的移码突变可能导致Ｆａｓ受体功能丧失，从而导致成纤维细胞的凋亡异常；该研究从基因水平阐述了瘢痕疙瘩发生的分子机制。

PCR-SSCP技术在微生物检测中的应用

聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)是一种能够检测DNA突变的分子生物学分析技术,具有快速、简便、灵敏与适于大样本筛选的特点,近年来被广泛应用于生命科学领域的研究。对PCR-SSCP技术在微生物检测研究领域的应用和发展作简要的介绍。

用PCR-SSCP方法检测猪Toll样受体4(TLR4)基因外显子3的SNP

Toll样受体(TLRs)能识别各种微生物成分并诱导免疫反应。作为TLR家族中一员的TLR4是识别革兰氏阴性菌内毒素-脂多糖(LPS)的主要受体,其多态性与动物对相关病原的免疫力有着明显的相关性。本文利用PCR-SSCP并结合PCR产物双向测序的方法,对梅山猪、新淮猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪共203个样本TLR4基因外显子3部分片段的单核苷核多态性进行了研究。结果检测到了5个SNP,分别是T611A,G826A,G960A,G962A和C1027A,其中有4个非同义的SNP,有2个SNP的氨基酸性质发生了改变。猪TLR4的SNP出现频率在各猪种中有差异,其中T611A仅在新淮猪和大白猪中检测到,而G826A和C1027A仅分别在新淮猪和大白猪中检测到。

西藏牦牛ADD1基因第2外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP和DNA测序方法对帕里牦牛、工布江达牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛、桑日牦牛、巴青牦牛、江达牦牛、斯布牦牛、嘉黎牦牛、桑桑牦牛、丁青牦牛等西藏11个牦牛类群共483头牦牛的ADD1基因(被认为是极可能影响肉质的候选基因)第2外显子序列进行遗传多态性分析。结果表明,66 bp处碱基T缺失和256 bp处A→G突变,共有AA、AB、BB 3种基因型;其中帕里牦牛只有AA基因型,江达牦牛只有AB基因型,康布牦牛、嘉黎牦牛、巴青牦牛、桑日牦牛、斯布牦牛均缺少BB基因型,丁青牦牛、类乌齐牦牛缺少AB型,均存在严重偏态;桑桑牦牛、工布江达牦牛中存在AA、AB、BB 3种基因型。除江达牦牛外,其它10个牦牛类群中AA为优势基因型,A基因为优势等位基因,分布较高。除帕里牦牛、巴青牦牛外,其它9个牦牛类群均处于中度多态(0.25<PIC<0.50),遗传变异较大。

应用巢式RT-PCR结合RFLP、SSCP对山东肾综合征出血热病人血清中HV基因检测和分型研究

目的探讨山东肾综合征出血热重疫区病人血清中HV分子生物学特征,同时寻找准确、简便、迅速的HV检测与分型方法,从而为制定防治决策提供科学根据。方法从山东肾综合征出血热重疫区临沂市费县收集病人早期血清,应用巢式RT-PCR对病人血清中的HV进行基因扩增,采用RFLP、SSCP分型,并进行序列测定与分析。结果48份临床和ELISA检测确诊的HFRS病人血清经巢式RT-PCR扩增后,41份阳性,阳性率85.42%。41份阳性标本巢式RT-PCR产物经HindIII、HinfI酶切后,呈现2种不同的RFLP图谱:33份显示与R22株相似的酶切图谱,应属SEOV型;另外8份显示出与HTN76-118株相似的图谱,属HTNV型,这8份HTNV型标本均为10-12月间收集的病人血清。41份阳性标本巢式RT-PCR产物经SSCP分析,亦呈现2种不同的图谱:33份具有与R22株相似的SSCP图谱,应属SEOV型;而另8份则与HTN76-118株具有相似的SSCP图谱,属HTNV型。对部分扩增产物序列采用系统进化树分析也得出类似的结果:sdp1、sdp2、sdp3与HTN型76-118株亲缘关系相近,属同一簇,而sdp22、sdp37与SEOV型Z37、R22株亲缘关系相近,属另外一簇,这与RFLP和SSCP获得的结果相一致。结论山东肾综合征出血热重疫区病人基因型以SEOV型为主,但在秋冬季节也存在HTNV型。巢式RT-PCR结合RFLP、SSCP法可对HV准确分型,而且简便、迅速,适合于大规模流行病学调查。

银染PCR-SSCP检测大肠癌p53基因突变

采用银染ＰＣＲ－ＳＳＣＰ法检测肠癌细胞株及３０例新鲜肠癌Ｐ５３基因突变。结果发现ＬＯＶＯ细胞ｐ５３基因外显子５、６、７发生突变，ＬＳ１７４Ｔ细胞Ｐ５３基因的外显子５、８发生突变，３０例新鲜肿瘤标本ｐ５３基因外显子５、６、７、８的突变例数各为４、０、４、４例。大肠癌Ｐ５３基因突变热点为外显子５、７、８。

应用PCR-SSCP分析技术检测苯丙氨酸羟化酶基因突变和多态

应用聚合酶链式反应—单链构象多态分析(PCR-SSCP分析)技术检测苯丙酮尿症患者和正常人苯丙氨酸羟化酶基因外显子7。在9例苯丙酮尿症患者中检出3例为突变纯合子,在正常人和苯丙酮尿症患者中均检出DNA多态。研究结果对苯丙酮尿症的基因诊断和突变基因分析有重要应用价值。

4种食源性致病菌的PCR-SSCP检测技术研究

采用细菌的16S rDNA保守区引物作为通用引物,对常见食源性致泻大肠埃希氏菌(Diarrheogenic Escherichiacoli)、沙门氏菌(Salmonellae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)进行PCR扩增,产物及其XmnI酶切后产物进行单链构象多态性分析。试验结果显示,4种食源性致病菌的PCR产物经XmnI酶切后进行单链构象多态性分析可以相互区别。因此,PCR-SSCP技术可以方便地用于检测食源性大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌。