应用PCR/RFLP技术对广西禽白血病病毒的检测与分型研究

对2000～2003年间从广西的南宁、玉林、桂林、钦州、柳州、梧州等地采集的有肿瘤/可疑肿瘤的250份鸡病例进行肿瘤病的检测。结果发现,外源性禽白血病阳性的有32份,阳性率为12.8%。其中,同时为马立克氏病阳性的有30份,两者共感染率高达93.75%(30/32);根据禽白血病病毒囊膜糖蛋白gp85基因的限制性片段长度多态性分析,对其中20份外源性禽白血病病毒进行分型鉴定,结果证实全部属于A亚群。

利用mtCOIPCR-RFLP技术鉴定中国境内九个烟粉虱隐种

烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是一个物种复合体,包括31个以上形态上无法区分的隐种,其中少数隐种是世界性入侵害虫。目前,在中国境内分布有2个入侵隐种和13个土著隐种。快速、高效的鉴别方法对掌握烟粉虱田间发生规律及制定相关防控策略具有重要意义。然而到目前为止,除了mtCOI基因测序比对外,尚未有一种简便的方法可以有效地区分多个烟粉虱隐种。本研究采用mtCOI PCR-RFLP技术,单独或组合使用TaqI,VspI,Van91I,NcoI和FokI这5种限制性内切酶,酶切烟粉虱mtCOI的PCR扩增片段,鉴别分布在中国境内的9个烟粉虱隐种。结果表明,单独使用TaqI酶切,可鉴别出MEAM1和China1两个隐种,使用TaqI+NcoI分步酶切可鉴定出MED和Asia1两个隐种,使用TaqI+Van91I分步酶切可鉴定出Asia II3和Asia II9两个隐种,使用TaqI+VspI+FokI分步酶切可鉴定出Asia II1,Asia II6和Asia II73个隐种。本研究为高效鉴别中国境内的多个烟粉虱隐种提供了方法。

采用通用引物PCR配合SSCP和RFLP技术检测鱼病病原菌

采用通用引物PCR(UPPCR)、PCR RFLP、PCR SSCP技术 ,研究快速鉴别鱼病病原菌的分子生物学诊断技术。结果发现 ,采用细菌 16SrRNA基因保守区特异性引物 ,以嗜水气单胞菌、鲁克氏耶尔森菌、鳗弧菌、柱状曲挠杆菌、乙型链球菌、荧光假单胞菌等部分常见鱼病病原菌为对象 ,可以建立一种UPPCR技术。该技术能在保证实验条件不变的基础上 ,检出上述所有细菌 ,并还可检出大肠杆菌和双歧杆菌等非鱼病病原菌。并且认为 ,该法与SSCP配合即采用UPPCR SSCP技术能较好地鉴别被检菌而用于鱼病病原菌的快速诊断。

应用PCR-RFLP技术鉴别松材线虫与拟松材线虫

应用PCR-RFLP技术分析松材线虫与拟松材线虫之间的差异。实验扩增出松材线虫rDNA-ITS区片段长度约为890 bp,拟松材线虫rDNA-ITS区片段长度约为930 bp。用5种限制性内切酶对两种线虫的ITS区扩增产物进行酶切,结果表明:(1)DraI酶切松材线虫群体均产生两个长度约510 bp和380 bp的片段,而拟松材线虫均不能被DraI酶切;(2)所有的松材线虫群体与拟松材线虫群体的ITS区扩增产物均不能被ApaI酶切;(3)用MspI酶切松材线虫群体,除GZ02不能够被酶切外,其余样本能够产生两条长度分别为530 bp和360 bp的谱带。拟松材线虫群体,都能产生3条一致的亮带,长度分别为340 bp2、90 bp、180 bp;(4)所有松材线虫样本均不能被SalI酶切,而拟松材线虫群体均能够被酶切为两个720 bp和220 bp的片段;(5)XhoI酶切松材线虫ITS区为两条大小分别为520 bp和370 bp的谱带。而拟松材线虫产生两条大小分别为530 bp和400 bp的谱带。因此,内切酶DraI、SalI可以用于检测松材线虫与拟松材线虫。MspI、ApaI、XhoI不宜用于鉴别松材线虫与拟松材线虫。

应用PCR-RFLP及PCR-TGGE技术监测农田土壤微生物短期动态变化

在一块农田里于一个月内连续采集5次土样,提取土样微生物总DNA,应用PCR RFLP及PCR TGGE技术监测土壤微生物的动态变化。结果表明,细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR RFLP图谱在5个采样时间点上基本一致;细菌的PCR TGGE图谱平均有40条带,其相似性在90%以上,真菌的平均有20条带,其相似性在70%以上。说明这块农田土壤细菌区系短期内变化不大,而真菌区系存在较小幅度的动态变化,并且细菌多样性远远高于真菌多样性。比较两种分子生物学方法的结果表明,PCR TGGE技术比PCR RFLP技术更能精确地反映土壤微生物的动态变化,并且能同时快速地对多个样品进行有效区分。

应用RAPD标记和细胞质基因组PCR-RFLP技术研究大花蕙兰的遗传多样性

利用RAPD、叶绿体和线粒体基因组PCRRFLP标记系统评价了大花蕙兰20个品种的遗传多样性。在50个RAPD引物分析中,有36个引物(72.0%)能揭示材料间的多态性,材料间遗传相似系数为0.503～0.765,平均0.598,根据遗传相似系数进行聚类分析表明,RAPD标记能将所有材料区分开。在7个叶绿体基因组(cpDNA)的PCRRFLP分析中,6个标记(87.5%)可扩增出1至多条清晰的谱带;扩增产物经7种限制性内切酶消化后,6个标记的19种引物/酶组合共检测到53条DNA片段,其中多态性片段有37条,占69.8%;材料间遗传相似系数变化范围为0.571～0.949,平均值为0.766。在8个线粒体基因组(mtDNA)的PCRRFLP标记分析中,只有3个(37.5%)标记能得到1条清晰的谱带;利用7种限制性内切酶对3个标记的扩增产物消化后,在10种标记/酶组合中,共检测到33条酶切片段,其中21条(63.6%)具有多态性;遗传相似系数为0.634～1.000,平均0.829。这些结果表明,RAPD标记揭示的大花蕙兰遗传多样性最高,其次为cpDNAPCRRFLP标记,而mtDNAPCRRFLP标记揭示的遗传多样性最低。

PCR-RFLP技术对Ⅰ群禽腺病毒12个血清型毒株的分型鉴定

应用扩增Ⅰ群禽腺病毒(AAV)Hexon基因A片段和B片段的2对引物,对Ⅰ群AAV的12个血清型毒株进行了PCR扩增。结果扩增出的A片段大小为1 219 bp,B片段大小为1 350 bp。对A片段用限制性内切酶HaeⅡ进行酶切,结果得到6种不同的RFLP图谱;对B片段进行HaeⅡ酶切,结果得到9种不同的RFLP图谱。综合分析A片段和B片段的PCR-RFLP结果,能鉴别Ⅰ群AAV的12个血清型。结果表明,建立的PCR-RFLP具有快速、简单、特异、灵敏等优点,可作为Ⅰ群AAV流行毒株血清型的快速分型工具。

应用PCR-RFLP技术鉴别区分中国沿海四种主要养殖扇贝

扇贝的物种鉴定,通常主要是依据形态学标准来进行。然而,当用于形态辨别的部分被去除时,对扇贝的物种鉴定工作则显得十分困难。本研究利用对扇贝核糖体ITS的PCR-RFLP分析,首次从分子水平上鉴定区分了中国沿海四种主要的养殖扇贝(栉孔扇贝、华贵栉孔扇贝、虾夷扇贝及海湾扇贝)。根据四种扇贝ITS的测序结果,选取三种内切酶(SmaI、MseI及TaqI)应用于PCR-RFLP分析。根据三种内切酶产生的酶切图谱,四种扇贝可被有效鉴别区分。酶切结果在四种扇贝各群体间的稳定性,证明了利用该技术对四种扇贝进行物种鉴定的可行性。本研究同时成功地对扇贝加工品-干贝进行了物种鉴定,证明了该技术在实践中应用的可行性。

PCR-RFLP技术检测嘉兴凤桥种猪氟烷基因

[目的]为凤桥镇通过合理利用氟烷基因提高猪肉品质奠定理论基础。[方法]从嘉兴县凤桥镇的规模化养猪场随机抽取种猪血样,通过PCR-RFLP技术进行氟烷基因检测。[结果]HhaⅠ内切酶的识别位点为5′GCG↓C3′。PCR扩增产物是含RYR1基因第1 843位点长度为659 bp的片段。如果猪的基因型为NN,由于未发生胞嘧啶C到胸腺嘧啶T的突变,可以看到2条带。如果猪的基因型为nn,由于发生了胞嘧啶C到胸腺嘧啶T的突变,只能看到1条带。如果猪的基因型为Nn,可以看到3条带。在长白猪、杜洛克猪和大约克猪3个供试品种中没有检测出氟烷基因隐性纯合子(nn),其n等位基因频率分别为2.5%、1.9%和1.6%。[结论]建议在凤桥镇利用的氟烷基因杂合子(Nn)的公系和氟烷基因显性纯合子(NN)的母系开发猪的胴体优势。

应用PCR-RFLP技术分析橡胶林土壤真菌种群动态变化

采用PCR-RFLP技术分析一年内不同深度橡胶林土壤真菌区系的变化。结果表明,随着时间和土壤深度的变化,真菌18S r DNA的PCR-RFLP图谱存在着一定的差异。相同时间不同取样深度的土壤样品酶切产生的强亮带略有差异,同时,随土壤深度的增加,橡胶土样酶切条带相似性整体增大,说明自然状态下橡胶林土壤的真菌多样性受到土壤垂直分布的影响,优势真菌种群随土壤深度的变化略有差异。而对于不同时间相同取样深度的橡胶林土壤,土壤样品酶切后产生的强亮带有所变化,但3种取样深度下的变化趋势基本相同,1-12月份橡胶土样酶切条带相似性各不相同,表明在自然状态下,橡胶林土壤中真菌多样性会随着时间变化而变化。一些优势真菌类群和非优势真菌类群在不同时间会存在交替,可能和物候有着直接的联系。PCR-RFLP技术能准确反映土壤微生物的动态变化,为进一步研究橡胶林土壤微生物群落结构和分类,生物多样性和生态系统功能的影响提供基础资料。

用PCR-RFLP技术鉴别鲁道夫对盲囊线虫姊妹种的研究

用保守引物扩增鲁道夫对盲囊线虫Contracaecumrudolphii姊妹种和C .septentrionalerDNA第一内转录间隔区(ITS 1)片段并纯化,根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionalerDNAITS 1序列,选用限制性内切酶MspΙ和NsiI酶切,酶切产物用琼脂糖凝胶电泳分析.结果经MspΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫姊妹种与C .septentrionale表现出不同的条带;经NsiΙ酶切后,鲁道夫对盲囊线虫B和C .septentrionale结果一致,与鲁道夫对盲囊线虫A不同.用MspΙ可以鉴定出C .septentrionale ,用NsiΙ可以鉴定出鲁道夫对盲囊线虫A ,2个限制性内切酶合用可以将鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionale分别鉴定出来.根据鲁道夫对盲囊线虫A、鲁道夫对盲囊线虫B以及C .septentrionalerDNAITS 1基因序列建立的鲁道夫对盲囊线虫姊妹种PCR RFLP鉴别技术能够对鲁道夫对盲囊线虫姊妹种进行准确。

用PCR-RFLP技术鉴别嗜人按蚊和中华按蚊的研究

目的 依据嗜人按蚊和中华按蚊rDNA的ITS2区段基因特征 ,建立一种新的嗜人按蚊和中华按蚊基因鉴别技术。方法 对不同地区的嗜人按蚊、可疑嗜人按蚊和中华按蚊样本通过采用特异性ITS2 引物PCR扩增 ,限制性内切酶RsaI和HinfI消化 ,以及琼脂糖凝胶电泳分析进行PCR -RFLP基因鉴别。 结果 不同地区嗜人按蚊rDNA的ITS2 基因PCR扩增产物能被限制性内切酶HinfI酶切 ,并显示一条 4 5 0bp的酶切DNA条带 ;中华按蚊的ITS2 基因PCR扩增产物则能被限制性内切酶RsaI酶切 ,并显示 4 0 0bp和 2 0 0bp两条酶切DNA条带 ;辽宁可疑嗜人按蚊的PCR -RFLP结果与嗜人按蚊相同而广东珠海可疑嗜人按蚊的PCR -RFLP结果与中华按蚊相同。结论 依据rDNA的ITS2 区段基因特征建立的PCR -RFLP技术可用于嗜人按蚊和中华按蚊的基因鉴别。采用该PCR -RFLP基因鉴别技术发现辽宁可疑嗜人按蚊的基因与中国大陆的嗜人按蚊属同种 ,而广东可疑嗜人按蚊的基因与中华按蚊属同种。

PCR-RFLP技术分析沼气池厌氧活性污泥细菌的多样性

应用PCR-RFLP和rRNA分析法研究了户用沼气池厌氧活性污泥细菌的多样性。采用直接提取法提取了户用沼气池微生物宏基因组DNA，构建了细菌的16S rDNA克隆文库。随机挑取了144个准确含有16S rDNA的阳性克隆进行PCR-RFLP分析，聚类得到46个OTUs（operational taxonomic units），其中3个OTUs是优势类群，分别占14％，10％和9％，21个OTUs只含有单个克隆。随机挑取了26个克隆进行测序，并构建了系统发育进化树。结果表明：农村户用沼气池中细菌种类较为丰富，占优势的类群分别为Firmicutes（28％）、Delta-proteobacteria（18％）和Bacteroidetes（17％），大多数16S rDNA序列与GenBank数据库中未培养细菌相似性最高（91％～99％），为进一步研究、利用沼气池能源提供了基础资料。

PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对常见食源性感染致病菌23S rDNA基因的鉴定

目的 探讨应用PCR RFLP和PCR SSCP进行食源性感染常见致病菌鉴定的可行性。方法 选择细菌 2 3SrDNA基因作为靶基因 ,设计合适的通用引物进行PCR扩增 ,对 13种食源性感染常见致病菌扩增产物的酶切片段进行RFLP和SSCP分析。结果 通用引物可以扩增出 13种食源性感染常见致病菌的 2 3SrDNA基因 ,HpaⅡ酶切产物的RFLP分析表明 ,不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱 ;SSCP分析表明 ,13种食源性感染常见致病菌SSCP图谱变异性更大 ,不利于种属间鉴别 ,但有利于种内的鉴定。结论 运用PCR RFLP和PCR

利用PCR-RFLP技术测定种猪的氟烷基因型

采用 PCR- RFL P方法对 6 1头长白猪、5 6头大约克猪和 30头杜洛克猪进行了氟烷基因型检测。结果表明 :3个品种猪群所含的氟烷应激基因分别为 5 .73% ,0 .89%和 3.33%。建议在四川省种猪选育过程中 ,应将氟烷基因型的检测作为种猪性能测定的内容之一 ,及时淘汰携带氟烷基因的个体 。

采用PCR-RFLP技术分析中国人HLA-DR5亚型

采用等位特异的限制性内切酶降解经PCR扩增的中国人HLA纯合细胞的DRB基因片段,根据相应的限制性片段长度多态性(PCR-RFLP),可十分快速而准确地从DNA水平区分DR5的两个亚型,并显示属于DRW12亚型的中国人HLA纯合细胞与参考细胞间电泳格局的差异,提示新的DRW12变异体的存在。该技术不必采用等位或顺序特异的寡核苷酸探针进行杂交,因而无需使用放射性同位素,展示了应用于HLA基因分型的良好前景。

PCR-RFLP和多重PCR技术检测常见病原性丝状真菌的实验研究

目的建立检测常见丝状真菌感染病原菌的PCR-RFLP和多重PCR方法。方法建立以PCR技术为基础的限制片段长度多态性(RFLP)方法 ,首先用真菌通用引物扩增丝状真菌的ITS区,然后用限制性核酸内切酶对PCR产物进行酶切。用4种丝状真菌的特异性引物建立多重PCR体系,用该体系检测单模板、双模板和三模板的扩增情况,并测定该体系的特异性和敏感性。结果用PCR-RFLP技术能够鉴别5种常见丝状真菌,多重PCR能够根据扩增片段的不同鉴别菌种,在合适的反应条件下,对单模板、双模板和三模板均能扩增出目的片段。结论 PCR-RFLP和多重PCR技术能够快速鉴定丝状真菌感染病原菌,有临床应用的良好前景。

利用PCR-RFLP技术对鲫鱼6个不同品系的鉴定

采用PCR-RFLP方法分析鲫鱼不同品系mtDNA ND3/ND4L/ND4基因片段,对野鲫、异育银鲫、红鲫、白鲫、彩鲫及金鱼的基因片段进行测序,测序结果用RESearch-version1.0软件对限制性内切酶特异性位点进行分析,最终选择MvaⅠ核酸限制性内切酶对目的基因片段进行酶切,同时引入鲤鱼作为外类群,构建了系统树。酶切结果分析表明,基于聚合酶链式反应——限制性片段长度多态性分析能快速而准确地区分鲫鱼的4个不同品系,首次提出异育银鲫和浙江地区野鲫(河鲫鱼)在mtDNAND3/ND4L/ND4基因上的分子鉴定法,为物种鉴定提供了一定的理论研究基础。但野鲫、金鱼、彩鲫的基因序列两两只有一个碱基的差异,相似度接近100%,用酶切软件(RESearch-version1.0)进行分析后未能找到区别三者的限制性内切酶位点,这一结果也验证了关于金鱼、彩鲫起源于野鲫的观点。

PCR-RFLP和PCR-SSCP技术在肠杆菌科食源性感染致病菌鉴定中的应用

目的探讨运用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术建立肠杆菌科食源性感染常见致病菌快速鉴定方法的可行性。方法选取肠杆菌科食源性感染14种常见致病菌的23 S rRNA基因作为鉴别靶基因,采用通用引物PCR(UP-PCR)进行扩增,并对PCR产物的酶切片段进行限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)和单链构象多态性分析(SSCP)。结果针对23S rRNA基因片段的Hpa II酶切产物的RFLP分析表明,不同种属的致病菌表现出相似的RFLP图谱。SSCP分析显示,14种肠杆菌科常见致病菌SSCP图谱变异性很大,有利于进行细菌鉴定。结论运用PCR-SSCP技术可进行肠杆菌科食源性感染致病菌的快速鉴定。

PCR-RFLP技术在兽医寄生虫学上的应用

聚合酶链式反应连接的限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP),是在基因组上寻找多态性位点,揭示个体或群体间遗传变异或评估种间亲缘关系的一种分子标记技术。由于其具有丰富的多态性、操作的可重复性、遗传信息的忠实性等优点,PCR-RFLP技术的研究和应用十分活跃。寄生虫的遗传变异现象十分普遍,用PCR-RFLP技术精确分析寄生虫遗传变异的研究意义重大。因此,PCR-RFLP技术近年来在兽医寄生虫学虫种分类、流行病学调查、种群变异、确定寄生虫与宿主的关系、药物治疗分析等方面的应用越来越普遍。