ARMS-PCR反应中不同长度扩增子对肿瘤组织表皮生长因子受体基因突变检测的影响

研究应用ARMS-PCR技术分别为表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因19外显子缺失和L858R点突变建立3种不同长度扩增子定量检测方法。实验采用不同长度扩增子检测95例非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者新鲜冰冻肿瘤组织样本和108例患者石蜡切片样本(formalin-fixation and paraffin-embedding,FFPE)19外显子缺失和L858R突变。结果显示携带突变的FFPE样本中,长度最短扩增子(RDEL-1和RL858R-1)检测样本突变结果显著优于其他2种扩增子(P<0.001;P<0.001);新鲜冰冻肿瘤组织样本不同扩增子检测结果无显著性差异(19外显子缺失:P=0.270;L858R:P=0.249);不同扩增子对野生型(wild type,WT)样本具有很高的检测特异性。研究结果表明试验中采用的几种不同长度扩增子ARMS-PCR方法可适用于新鲜冰冻肿瘤组织EGFR突变检测,但FFPE样本更优选最短的扩增子(RDEL-1和RL858R-1)检测方法。

251份藜麦种质资源遗传多样性及分子身份证构建

藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)种质资源的准确鉴别是遗传多样性研究及藜麦种业和产业发展的前提和基础。本研究利用MultipSeq多重PCR扩增子捕获技术获得656个SNP,对251份藜麦种质资源进行遗传多样性分析,并利用perl脚本构建每份种质资源的DNA指纹图谱,基于指纹图谱信息构建个体分子身份证。群体遗传结构分析表明,251份种质资源被划分为2个类群Ⅰ和Ⅱ,分别对应安第斯高原型藜麦群和智利低海拔型藜麦群;类群Ⅰ、Ⅱ群体遗传多样性指数分别为0.0037和0.0036,群体分化指数为0.14;群体主成分分析结果与群体遗传结构分析结果完全一致,类群间存在部分遗传交叉现象;系统发育分析显示类群Ⅰ包括以玻利维亚、秘鲁为主的152份种质资源,类群Ⅱ包括以智利为主的99份种质资源,其中类群Ⅰ又进一步划分为Ⅰ-1和Ⅰ-2两个亚群,亚群Ⅰ-1、Ⅰ-2的Nei′s遗传距离为0.054。112份河北石家庄种质材料中,40份与玻利维亚种质群亲缘关系较近、24份与秘鲁种质群亲缘关系较近、48份与智利种质群亲缘关系较近。本研究构建的251份藜麦种质材料分子身份证能够达到对种质材料溯源和保护的作用,同时群体遗传多样性分析结果对于我国藜麦种质资源划分和系统整理具有一定的参考意义。

天然冬虫夏草多菌共存生物体分子异质性的检验与讨论

中药冬虫夏草数百年来用于滋补保健、疾病防治和病后康复,但有关冬虫夏草菌的学术争议一直没有停止。中国被毛孢是冬虫夏草菌的无性世代学说较为流行,然而学界尚未获得证实这一学说的直接证据。部分间接证据来自于分子系统学微观和宏观研究。该文回顾了冬虫夏草分子系统学文献,讨论了微观研究和宏观研究的实验方法、数据分析方法及其结果。冬虫夏草分子生物学微观研究不断获得新证据,证明天然冬虫夏草基因组DNA的多元异质性,揭示冬虫夏草中含有的多种真菌和多种突变基因型冬虫夏草菌,证明冬虫夏草是多种真菌与蝙蝠蛾幼虫尸体构成的复杂的菌虫物种复合体。随着冬虫夏草的成熟,在僵虫体和子座中多种菌物的差异存在巨大的、非同步的动态变化。宏观分子系统学研究的丰度加权算法揭示在僵虫体、子座和子囊果中分子标记多态性的高度差异及其在冬虫夏草成熟过程中的动态变化。这些分子系统学研究结果支持冬虫夏草是"一个统一微生态系统"的学说。