基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型的临床应用研究

目的利用基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型方法(McSpoligotyping)对结核分枝杆菌分离株进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值。方法对广西2017年结核耐药监测点收集的949株结核分枝杆菌,采用McSpoligotyping分型方法对其进行基因分型。首先,通过对其中的361株菌株的McSpoligotyping分型结果与全基因组测序(WGS)结果的一致性比较来评价McSpoligotyping分型方法。其次,对949株菌株分型数据与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spoligotype intemational type,SIT)编号,将分型结果提交到https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站进行聚类分析。结果McSpoligotyping分型与WGS结果一致率为94.18%(340/361),在结果不一致标本中,出现不一致较多间隔序列在第5间隔。在949株菌株中新发现基因型为121株,已定义基因型为828株;其中已定义基因型共分为84种基因型,主要归属于5种基因家族(BEIJING、T、H、EAI、LAM)和3个家系(Lineage 1、Lineage 2、Lineage 4);5种基因家族主要流行为BEIJING和T基因家族,家系中主要流行为Lineage 2。949株菌株中的822株聚为49个簇(2~528株),最大一簇为Beijing家族SIT1基因型,其余的127株菌表现为独特的基因型。结论利用PCR熔解曲线技术可快速对MTB进行基因分型,此技术较传统方法操作简便、耗时短,对结核病疫情处置及结核病分子流行病学研究具有重要意义。

基于熔解曲线法对肺部感染分枝杆菌菌种的研究

目的分析荧光PCR熔解曲线法检测分枝杆菌的结果,了解肺部感染分枝杆菌的菌种分布情况及肺部感染非结核分枝杆菌的易感因素。方法选取肺部感染患者的合格痰进行分枝杆菌培养,将培养阳性的菌株应用荧光PCR熔解曲线技术进行菌种鉴定,分析分枝杆菌的分布特点及NTM的易感因素。结果330份临床分离株中鉴定出7种分枝杆菌,分别为结核分枝杆菌85.9%,胞内分枝杆菌4.1%,龟分枝杆菌脓肿亚种4.4%,鸟分枝杆菌1.5%,猿猴分枝杆菌1.2%,偶然分枝杆菌0.6%,戈登分枝杆菌0.6%,有1.8%的菌株无法确定菌种。排出肺结核的混合感染者,35例NTM感染者中26例有合并症。结论采用荧光PCR熔解曲线技术对肺部感染分枝杆菌的临床分离株进行菌种鉴定,为临床快速诊断分枝杆菌病提供实验依据,有利于肺部感染分枝杆菌患者的精准治疗。

猪流行性腹泻病毒疫苗株与野毒株PCR-HRM鉴别检测方法的建立

基于新型的PCR产物分析技术-高分辨率熔解曲线（HRM），大量分析猪流行性腹泻病毒（PEDV）全基因序列的特点，建立鉴别PEDVcV777疫苗株与野毒株的PCR-HRM分析方法。在ORF1保守区域设计区分引物，同时用普通的RT-PCR方法进行对比。检测19份临床样品中，PCR-HRM方法检测均为阳性且鉴定为野毒株，普通RT-PCR之后凝胶电泳分析检测18份阳性，为野毒株。结果表明，PCR-HRM方法具有特异性好，灵敏度高，PCR扩增之后产物无需开盖分析，极大地避免了污染问题，是一种新型的鉴别检测方法。