适用于不同产地半夏药材的特异性引物PCR鉴定分析方法

目的:通过特异性引物PCR技术,建立不同产地半夏药材通用的聚合酶链式反应(PCR)鉴别法。方法:提取不同产地半夏药材的基因组DNA,利用特异性引物对基因组DNA进行扩增,通过琼脂糖凝胶电泳对扩增结果进行分析。结果:所设计的引物能够特异性地扩增出半夏的目的DNA,并适用于全国9个主要不同产地半夏药材的检测。结论:该方法具有较强的特异性和普适性,适用于半夏药材的真伪性鉴别。

序列特异性引物PCR法检测MN血型基因型

目的 建立MN血型系统基因分型的方法 ,检测人群中MN基因的频率。方法 用快速盐析法抽提样本DNA ,序列特异性引物PCR法检测MN基因。结果 115例汉族人群中MM基因型为 2 5例 ,MN基因型为 6 0例 ,NN基因型为 30例。M基因频率为 0 .4 78,N基因频率为 0 .5 2 2。结论 该方法可以检测MN血型基因型。

人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法检测GSTP1基因多态性

目的建立人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法检测GSTP1第105个密码子基因多态性的方法,并利用该法研究GSTP1第105个密码子在广西百色市人群遗传特征,为进一步研究GSTP1基因多态性与疾病的发生易感性研究奠定基础。方法采用人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法技术对211例广西百色市健康成人进行GSTP1 Ile105Val基因分型,并分析是否存在性别差异及与国内外其他人群分布频率差异。结果人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法GSTP1基因型检测结果与PCR产物测序结果一致,用此法检测出广西百色市女性和男性人群GSTP1 Ile105Val均以A等位基因为主,分别为79.7%和84.5%;AA野生纯合子型、AG杂合子型和GG突变纯合型在女性人群中分别为62.2%、35.1%和2.7%,男性人群则为71.0%、27.0%和2.0%。经统计学分析,广西GSTP1Ile105Val等位基因和基因型分布频率无性别差异,与辽宁、回族、印度、俄罗斯族等人群相应位点基因型分布频率无差异,但与国内维族、朝鲜族、蒙古族、高加索女性相比差异有统计学意义(P<0.01)。结论人工修饰双等位基因特异性引物结合SYBR Green Ⅰ荧光PCR法是一种快捷、准确的基因多态性检测方法。广西人群GSTP1基因Ile105Val呈多态性分布,基因型分布频率无性别差异,与其他部分种族存在差异。

用三引物法提高PCR的扩增效率及特异性

聚合酶链反应(PCR)现已广泛应用于分子生物学研究的各个领域。对于模板量较低的样品及单拷贝基因,通常通过增加扩增的次数或多次PCR提高扩增的效率,但这样往往出现非特异性反应。本文采用三引物双扩增法大大提高了PCR扩增的效率及特异性。 1 材料与方法 Melanoma细胞由本室保存,能分泌人组织型纤溶酶原激活剂(t-PA)。RT

基于甲基化特异性PCR的外周血循环游离DNA甲基化检测对乳腺癌诊断价值的荟萃分析

目的通过Meta分析系统评估基于甲基化特异性PCR(MSP)的外周血循环游离DNA(cfDNA)甲基化检测对乳腺癌的诊断价值。方法检索PubMed、Embase、Cochrane数据库,检索时间为2011年1月至2021年12月,以“Breast neoplasms”“Breast cancer”“Methylation”“Cell-free DNA”等为检索词,检索有关血液循环cfDNA甲基化用于乳腺癌诊断的文献,根据纳入及排除标准筛选文献。使用QUADAS-2对纳入文献进行质量评价,提取研究数据并使用Stata 16.0对各效应量进行合并,分析异质性及来源,以Deek’s法检验发表偏倚。结果共检索318篇文献,最终纳入12篇文献的27项研究进行Meta分析,患者2195例,纳入研究存在高度异质性(I^(2)>50.00%)。采用随机效应模型合并灵敏度为0.43[95%CI(0.31~0.56)],合并特异度为0.97[95%CI(0.94~0.99)],合并阳性似然比(LR+)为16.30[95%CI(7.00~37.80)],合并阴性似然比(LR-)为0.59[95%CI(0.47~0.73)],合并诊断比值比(DOR)为28.00[95%CI(11.00~70.00)],合并AUC为0.85[95%CI(0.82~0.88)]。结论基于MSP的外周血cfDNA甲基化检测对乳腺癌有较高的辅助诊断价值。

食品中单增李斯特氏菌PCR检测方法所用引物的特异性比较

[目的]对食品中单增李斯特氏菌PCR检测方法目前常用的引物进行特异性比较。[方法]用36株单增李斯特氏菌、非单增李斯特氏菌以及其他菌属的细菌,将我室的2对引物与其他作者设计的5对引物进行特异性比较。[结果]我室采用的引物FM1/FM2只对单增李斯特氏菌扩增出特异性片段,引物LI1/U1只对所有李斯特氏菌属的细菌扩增出特异性片段。其他引物除了对单增李斯特氏菌扩增出特异性片段外,对其他细菌也会扩增出与特异性片段大小一致的片段。[结论]单增李斯特氏菌的特异引物FM1/FM2与李斯特氏菌属的特异引物U1/LI1组合应用,可以成为检测单增李斯特氏菌的最佳方法。

型特异性引物PCR研究HBV基因型与临床表现的关系

目的 :研究乙肝病毒 (HBV)基因型与临床表现的关系。方法 :收集湖南省慢性携带、慢性轻度、慢性中度、慢性重度和慢性重型等 5种临床类型的慢性乙肝病人的血清 2 2 0例 ,采用型特异性引物进行巢式PCR ,对血清中的HBV进行基因分型 ,比较不同基因型的临床资料。结果 :发现B ,C两种基因型 ,比例分别为 86 .4 %和 13.6 %。随着病情加重 ,基因C型的比例增加 (P <0 .0 5 )。C型的谷丙转氨酶 (ALT)、总胆红素 (TBIL)、HBV DNA等平均水平均较B型高 ,但无统计学意义。C型的ALT升高率 (96 .7% )显著高于B型 (75 .2 % ) (P <0 .0 5 )。B ,C两型的HBeAg阳性率总体无差别 ,但在慢性重型以及 2 130岁年龄段的患者中 ,C型的HBeAg阳性率 (35 .0 %和 5 0 .0 % )均显著高于B型 (14 .4 %和 2 4 .5 % ) (均P <0 .0 5 )。结论 :湖南省HBV基因型以B ,C型为主 ,基因型与临床表现有相关性 。

等位基因特异性引物PCR技术及其应用研究

目的 :研究建立等位基因特异性引物PCR技术体系 ,并将其应用于基因单核苷酸多态性研究工作。方法 :通过美国国家生物信息中心 (NCBI)的genBank获取基因序列及其相应位点的SNP信息。利用Primer5 .0软件设计引物 ,并经NCBI的Blast2 .0软件检验其特异性。结果 :建立了单一等位基因特异性引物PCR(SASP -PCR)与嵌套式等位基因特异性引物PCR(NASP—PCR)两种技术 ,并应用于 β2 肾上腺素受体及内皮源性一氧化氮合酶基因单核苷酸多态性的研究 ,证实该技术的稳定性和优越性。结论 :等位基因特异性引物PCR技术是一种更为简便、特异性较高、费用少的、便于推广的SNP检测方法 。

多对型特异性引物巢式PCR检测湖南省乙肝病毒基因型

目的:采用多对型特异性引物,通过巢式PCR法检测湖南省乙肝患者血清中乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分布情况.方法:根据从前S1基因到S基因中的保守序列设计出10条内外引物,并将其中8条内引物分成A、B两组,分别扩增A、B、C和D、E、F型HBV,然后将第2轮PCR的两组产物分别用3%琼脂糖进行电泳,根据PCR产物片断大小直接判定HBV基因型.与目前常用的PCR-RFLP法进行了比较,并做重复试验以证实该方法的可靠性和准确性.用此法检测了220例湖南籍慢性乙肝血清中的HBV基因型,以了解湖南人群的HBV基因型分布情况.结果:多对型特异性引物巢式PCR与PCR-RFLP法的检测结果完全一致,重现率(100%);湖南人群HBV基因分型结果为B型190例(86.4%)、C型30例(13.6%).结论:这种新的巢式PCR分型法能清晰直观地辨别HBV基因型,结果准确可靠.用此法证实了湖南人群的HBV优势基因型以B型为主,C型次之.

化学发光微粒子免疫分析法检测梅毒螺旋体特异性抗体的应用与评价

目的评价化学发光微粒子免疫分析法(CMIA)检测梅毒螺旋体特异性抗体(抗-TP)的实验室应用,采用受试者操作特性(ROC)曲线分析应用CMIA检测抗-TP最佳的S/CO的cutoff值,以提高抗-TP检测的灵敏度和特异度。方法收集美国雅培公司I2000化学发光免疫分析仪检测的抗-TP阴性、弱阳性、阳性血清共294份,分别用梅毒螺旋体明胶凝集试验(TPPA)和欧蒙免疫印迹法(WB)进行抗-TP检测,比较TPPA与CMIA的特异性和敏感性,采用SPSS 16.0统计软件对抗-TP S/CO值绘制ROC曲线,得出CMIA在本实验室的S/CO最佳cutoff值。结果以免疫印迹法结果为金标准,CMIA与TPPA的阳性检出率分别为42.1%和42.5%,敏感性为100.0%和99.2%,特异性为88.2%和88.7%,阳性预测值为86.1%和86.7%,阴性预测值为100.0%和99.3%,与WB的总符合率均为93.2%。ROC曲线分析其最佳筛查cutoff值S/CO=3.125时,CMIA的特异性为98.4%,敏感性为97.2%,ROC曲线下面积为0.956,具有很好的诊断价值。结论 CMIA法和TPPA法具有高敏感性和特异性。采用ROC曲线分析得到CMIA S/CO的cutoff值为3.125时,可显著提高实验的特异性。

猕猴桃6个LOX基因家族成员实时定量PCR引物特异性的检测与应用

从基因家族成员的视角开展基因表达研究是阐明基因功能的重要组成内容,实时定量PCR(QPCR)技术是分析基因表达的有效手段.以猕猴桃脂氧合酶(LOX)基因家族6个成员为对象,分析了引物特异性的检测方法.该方法整合了熔点曲线分析、琼脂糖电泳、交叉PCR扩增和PCR产物测序等分析手段,有效消除其它成员的交叉扩增干扰,为利用QPCR检测基因家族成员表达提供了特异、准确与可行的途径.

特异性引物PCR鉴定鸡球虫种类与卵囊纯度的研究

为了建立鸡球虫种类的快速分子生物学鉴定方法,检测实验室保存虫株受污染状况,分别对单卵囊分离繁殖及实验室长期传代保存的6株巨型艾美耳球虫（EMSH01、EM4101、EMES01、EMBA01、EMTY01和EMTO01）、4株柔嫩艾美耳球虫（ETDS01、ETGD01、ETAD和ETAM）、1株堆形艾美耳球虫（EA1201）、1株变位艾美耳球虫（EMIS01）、1株毒害艾美耳球虫（ENGD01）收集卵囊,纯化、提取总DNA,根据巨型艾美耳球虫、柔嫩艾美耳球虫、堆形艾美耳球虫的RAPD和SCAR分子标记、ITS-1区序列分别设计Tn-F与Tn-R、Mx-F与Mx-R、Ac-F与Ac-R、ET-1与ET-2、EM-1与EM-2、EA-1与EA-2等6对特异性引物,对13个虫株分别进行PCR扩增,1%琼脂糖电泳分析片段大小.结果显示：用引物Tn-F与Tn-R、ET-1与ET-2对ETDS01、ETGD01、ETAD、ETAM、EMTO01扩增出特异性条带,其余4种8个虫株未见条带;用引物Mx-F与Mx-R、EM-1与EM-2对EMSH01、EM4101、EMES01、EMBA01、EMTY01和EMTO01扩增出特异性条带,其余4种7个虫株未见条带;用引物Ac-F与Ac-R、EA-1与EA-2对EA1201扩增出特异性条带,其余4种12个虫株未见条带.结果说明特异性引物PCR方法鉴定的5种球虫与原常规生物学方法鉴定的结果一致,检测出保存的巨型艾美耳球虫EMTO01虫株受柔嫩艾美耳球虫污染,其余虫株未发现交叉污染.研究证明利用特异性引物建立的PCR方法可用于鸡球虫种类与卵囊纯度的鉴定.

ABO血液基因型引物特异性PCR体系的构建及在1个B_(w11)亚型家系分析中的应用

目的构建1个简单、有效,用于ABO基因分型的AS-PCR体系,及基于AS-PCR体系的PCR测序方法,并将此方案用于1个B亚型家系分析。方法参照ABO血液基因型cDNA的261,297,467和803位点,通过设计针对这些位点的AS-PCR引物构建可用于ABO血液基因型分型的AS-PCR体系,并将该AS-PCR体系应用于1个B亚型家系进行分析,并依据其分析结论设计PCR测序方法,以进行单体型分型。结果该家系成员母亲和两名子女的基因型分别为O01Bw11、O01Bw11和O02Bw11。结论 AS-PCR体系和PCR测序相结合的方案,操作简单、耗时短、结果准确,可用于ABO亚型的基因型分型。

序列特异性引物联合RT-PCR在LRRK2基因多态性分型中的应用

目的建立帕金森病(PD)相关基因LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的新检测方法。方法设计序列特异性引物,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对已知基因型的标准品进行分型检验;检测100例未知基因型的PD样品,并用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RLFP)的方法对待检样品基因型进行验证。结果标准品分型结果完全正确,待检的100例样品分型结果与PCR-RLFP分型结果完全吻合。结论序列特异性引物联合实时荧光定量PCR可成功实现对LRRK2疾病易感位点R1628P、G2385R的基因型分型。

甲基化特异性PCR法检测胰腺癌组织E-cadherin基因甲基化

目的:探讨胰腺癌组织E-cadherin(E-cad,上皮钙粘附素)5’-CpG岛异常甲基化情况;进一步讨论DNA异常甲基化在临床早期诊断、预后中的应用。方法:应用甲基化特异性PCR(MSP)检测27例胰腺癌组织和9例良性胰腺组织E-cad基因甲基化情况。结果:①在9例胰腺良性肿瘤及正常胰腺组织中,E-cad基因非甲基化PCR扩增均为阳性,未见甲基化PCR扩增。②在27例胰腺癌组织E-cad基因甲基化PCR扩增阳性9例(33.33%,9/27),其中完全甲基化6例,部分甲基化3例;而非甲基化PCR扩增阳性为18例(66.67%,18/27)。③E-cad基因异常甲基化与性别、年龄大小、肿瘤大小之间均无显著性差异(P>0.05),但与肿瘤的组织学分级相关。结论:在胰腺癌组织中E-cad基因异常甲基化是胰腺癌组织区别于其它胰腺良性病变的生物学标志之一。

电化学发光免疫分析法检测梅毒特异性抗体的临床应用及假阳性分析

目的评价电化学发光免疫分析法(ECLIA)在筛查梅毒特异性抗体中的临床应用价值,并分析假阳性产生的原因。方法选取2020年9月至2021年8月在该院就诊的门诊及住院78374例患者标本,均采用ECLIA筛查梅毒特异性抗体,阳性标本和临界标本采用梅毒螺旋体颗粒凝集试验(TPPA)进行确证,计算ECLIA检测的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值,并对假阳性结果进行分析。结果ECLIA筛查梅毒特异性抗体的灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值分别为100.00%、99.94%、97.65%、100.00%;当发光比值>20.00时,ECLIA与TPPA的阳性符合率为100.00%。结论ELCIA适合大规模的梅毒特异性抗体筛查试验,可为临床诊断梅毒提供重要血清学诊断依据。

PCR引物特异性核查系统(PSC)的构建与应用

聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此。为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果。该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的。

等位基因特异性引物和TaqMan-MGB探针双抑制野生等位基因扩增的实时荧光定量PCR检测JAK2V617F突变率

本研究建立在外周血基因组DNA中定量检测JAK2V617F突变率的荧光定量PCR检测方法并探讨其临床应用价值。在实时荧光定量PCR分析系统中,应用等位基因突变引物和等位基因野生TaqMan-MGB探针共同抑制JAK2V617F野生等位基因扩增,从而特异性地扩增JAK2V617F突变等位基因。通过测定不同JAK2V617F突变率标准品及其循环阈值(Ct值),建立JAK2V617F突变率定量测定方法,并对89例表观健康人外周血基因组DNA中JAK2V617F突变率进行检测。结果表明,建立的方法定量检测JAK2V617F突变率的下限为0.1%,检测JAK2V617F突变率的批内、批间平均变异率分别为4.1%和6.1%。对89例表观健康人外周血基因组DNA中JAK2V617F突变率检测显示,其中2例为JAK2V617F阳性,突变率分别为0.64%和0.98%。结论:建立的JAK2V617F突变率定量检测方法具有检测灵敏度高和重复性好的特性,适合骨髓增殖性疾病的诊断及疾病进程和疗效监测。本方法检测原理可用于各种单碱基突变率的检测,具有广泛的应用前景。

特异性PCR法检测胰腺癌p16基因甲基化改变

目的 探讨胰腺癌p16基因启动子区5’CpG岛甲基化改变的特点及其与临床病理特征的关系。方法 应用甲基化特异性PCR法进行甲基化检测。结果 14/36例胰腺癌标本的p16基因启动子区5’CpG岛检测到甲基化,甲基化频率为38.9％,5例癌旁组织、1例正常胰腺组织、7例慢性胰腺炎及2例胰腺粘液性囊腺瘤未发现相应区域的甲基化。结论 p16基因启动子区5’CpG岛甲基化是胰腺癌p16基因失活的机制之一,是胰腺癌细胞区别与正常细胞的分子事件。检测p16基因甲基化可能有助于胰腺癌的诊断及鉴别诊断。

化学发光微粒子免疫分析法对梅毒螺旋体特异性抗体的检测价值探究

目的:研究化学发光微粒子免疫分析法(CMIA)对梅毒螺旋体特异性抗体的检测,评价其检测效果,探讨其临床适用性。方法:选择2011年5月～2012年5月在我院就诊的门诊和住院260例患者,分别使用梅毒螺旋体胶凝试验(TPPA)法与CMIA法病人血清,观察两种方法测定的阳性率,并以TPPA法为标准,评价CMIA法的敏感性、特异性、阴性预测值及阳性预测值。结果:CMIA法检出率为16.2%,而TPPA法检出率为14.6%,两种方法的阳性检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05);CMIA法敏感性100%,特异性98.2%,阳性预测值90.5%,阴性预测值100%,CMIA法与TPPA法检测梅毒螺旋体抗体的符合率为98.7%。结论:CMIA具有自动化、检测周期短等特点,可以为梅毒抗体进行实验室批量检测。其与梅毒螺旋体胶凝试验的检出率相当,特异性也较高,可以结合TPPA及临床资料用于梅毒的确诊,在临床长期推广应用。