沙门菌grOEL基因序列在系统发育分析和PCR-限制性片段多态性分析鉴定中的应用

目的探讨grOEL基因序列在沙门菌进化分析和分型鉴定中的应用。方法对8种血清群的沙门菌菌株进行PCR扩增、测序,然后用分子生物学软件Bioedit与DNAstar进行序列分析,同时用PCR-限制性片段多态性分析(RFLP)技术进行分型鉴定。结果8种沙门菌血清群grOEL基因保守序列与变异序列呈锯齿状排列,其grOEL氨基酸系统发育树与grOEL基因系统发育树结果不完全相同,但O8、O9、O10之间亲缘关系最近,PCR-RFLP分析有5种模式图。结论grOEL基因序列在沙门菌系统发育中可作为遗传标记,同时也可作为分型鉴定的靶序列。

用PCR-限制性片段长度多态性分析法检测游泳池肉芽肿中海分枝杆菌

目的:探讨用PCR-限制性片段长度多态性(RFLP)分析法快速检测游泳池肉芽肿组织中海分枝杆菌。方法:对疑诊为游泳池肉芽肿患者5份皮损组织DNA进行PCR扩增,扩增产物分别用BstEⅡ和HaeⅢ两种限制性内切酶进行酶切,再用琼脂糖凝胶电泳进行RFLP分析,并与培养结果进行比较。结果:5份标本中均检测出海分枝杆菌,与培养结果一致。经过3～7个月治疗,4例患者治愈,1例患者好转。结论:用PCR-RFLP可以快速鉴定海分枝杆菌,有利于该类疾病的早期诊断和及时治疗。

云贵两省三地带绦虫的分子鉴定——核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析

目的用PCR-RFLP方法对rDNA-ITS1片段进行分析,以进一步明确云贵地区是否存在牛带绦虫亚洲亚种,并建立一种快速鉴定方法。方法取贵州都匀株(DY)、贵州从江株(CJ)、云南大理株(DL)带绦虫及台湾株(TW)成虫标本,剪取孕节,抽提DNA,PCR扩增rDNA-ITS1片段,分别用4种限制性内切酶MspI、CfoI、AluI、RsaI对扩增片段作酶切分析。结果PCR产物经AluI、RsaI酶切后,TW、DL、DY和CJ株RFLP图谱一致;经MspI、CfoI酶切后,TW、DL和DY株RFLP图谱一致,CJ株显著不同。结论1)DL和DY株与TW株同属牛带绦虫亚洲亚种;而CJ株是传统牛带绦虫;2)rDNA-ITS1的PCR-RFLP分析方法简便,可以用于带绦虫的分类学研究。

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)方法对重金属污染土壤中细菌群落多样性的研究

限制性片段长度多态性分析(ARDRA)是用限制性内切酶消化扩增后的细菌16SrDNA,通过凝胶电泳分析微生物种群多样性的分子标记技术,该技术在微生物生态学领域有着广泛的应用.实验采用2种途径评价了这种方法应用于研究土壤中细菌种群多样性的可行性.通过对未污染土壤细菌16SrDNA的克隆,获得了经内切酶HaeⅢ消化的不同16SrDNA的ARDRA类型,并对测序的19个克隆子建立了系统发育树.此外,还对不同Cd和Pb污染水平的土壤微生物进行了群落水平上的ARDRA分析.结果表明,5mg·kg-1Cd和500mg·kg-1Pb污染对微生物群落组成有一定影响,但此范围内的重金属含量对微生物群落多样性没有相关性影响.

现代生物技术在环境微生物学中的应用:Ⅲ.限制性片段长度多态性分析、变性/温度梯度凝胶电泳和报道基因

这是现代生物技术在环境微生物学中的应用系列综述文章的第三篇 ,讨论限制性片段长度多态性 (RFLP)分析、变性梯度凝胶电泳 (DGGE)和温度梯度凝胶电泳 (TGGE)以及报道基因。

骨科假体相关性感染的末端限制性片段长度多态性分析

背景:随着骨科假体植入的增加,假体相关性感染日益增多。只有深入研究感染中病原菌的分布特点,才能对假体相关性感染的机理和治疗方式有更全面的认识。目的:应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析骨科假体相关性感染的细菌学特征。方法:选取骨科假体相关性感染患者的感染灶样本15例和非假体相关性感染患者的感染灶样本10例,提取样本总DNA,对其16S rDNA进行PCR扩增,应用T-RFLP技术分析样本中微生物群落分布情况。结果:假体相关性感染组检测阳性率为46.7%,非假体相关性感染组检测阳性率为20%;聚类分析结果显示相同解剖部位的感染中细菌群落分布均具有很高的相似性。结论:假体相关性感染检测阳性率高于非假体相关性感染;无论有无假体存在,相同解剖部位的感染中细菌群落的分布具有很高的相似性。

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展

末端限制性酶切片段长度多态性分析(Terminal Restriction Fragment LengthPolymorphism,T-RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之一.类似于其他的分子微生物生态学技术,T-RFLP也有自身的缺陷,本文详细介绍了T-RFLP技术的原理及其解析环境微生物群落的基本流程,简述了近年来T-RFLP技术在群落分析中的研究进展,重点讨论了该技术的局限性及相应的解决办法.

限制性末端片段长度多态性分析技术及其在肠道微生物研究中的应用

限制性末端片段长度多态性分析技术(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T-RFLP)具有高通量,低成本,低劳动力等特点,是微生物生态学家在探索群落结构,功能及其动态变化中的一项实用方便的工具。自2012年至今,T-RFLP在肠道微生物领域研究方向不断拓宽,随后T-RFLP技术被更多的应用于人体相关疾病与肠道微生物关系的研究中。尽管T-RFLP技术仍存在不足,但随着16Sr RNA基因序列数据库和引物的改进,数据生成和分析统计工具的运用,T-RFLP最终将能在各个领域体现其价值,为人类疾病研究事业带来贡献。

限制性片段长度多态性分析酶切条件的优化

目的：对结核分枝杆菌RFLP—DNA分型技术的各个环节进行优化，以提高DNA指纹的清晰度和稳定性。方法：提取结核分枝杆菌DNA，经PvuII酶切后进行琼脂糖凝胶电泳、southern转印，并用经地高辛随机引物标记试剂盒标记IS6110的245bp探针进行杂交。结果：用于结核分枝杆菌DNARFLP分析的最佳DNA浓度是2μg，内切酶浓度为2u／μgDNA，酶切反应时间为4h。结论：RFLP的酶切条件经过合理优化，可以在消耗最低的情况下取得最佳的实验效果。

用M13噬菌体作探针进行人的DNA限制性片段长度多态性分析

用M13噬菌体作为探针,可以检测人和动物基因组DNA中高度可变的小卫星区域,其有效顺序是该噬菌体基因Ⅲ中的两组15bp的串联重复。本文介绍的是采用随机引物与PCR过程相结合的方法标记M13噬菌体,得到高比活性的探针,与经HinfⅠ消化的人DNA杂交,产生具有高度多态性的DNA图谱,并与33.15探针杂交的DNA图谱进行了比较,证明M13噬菌体是进行DNA多态性分析的一种非常有用的探针。

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析复方川贝散中川贝母成分

目的采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析复方川贝散中川贝母成分。方法研究起止时间为2019年2月至2019年5月。新型快速植物基因组DNA提取试剂盒分别提取复方川贝母和蛇胆川贝液中DNA,PCR扩增后采用SmaⅠ限制性内切酶酶切,并进行琼脂糖凝胶电泳分析。同时,对川贝母含量为0%-40%的样本进行PCR-RFLP检测。结果复方川贝散和蛇胆川贝液PCR扩增后均出现特异性条带,但经SmaⅠ酶切后复方川贝散在100-250 bp出现两条特异性酶切条带,而蛇胆川贝液无特异性条带。川贝母含量为4%时,经PCR-RFLP分析在100-250 bp得到两条特异性DNA条带。结论PCR-RFLP可有效分析复方川贝散中川贝母成分,且对含量超过4%的样本可有效检出。

限制性片段长度多态性聚合酶链反应法检测人细胞色素氧化酶2D6药物代谢相关基因位点多态性

目的建立测定人细胞色素氧化酶2D6(CYP2D6)基因多态性的限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism,PCR RFLP)检测方法。方法通过增加PCR扩增体系中DNA模板上样体积、降低引物浓度以及减少限制性内切酶的用量等方法改进、优化实验条件,建立以PCR RFLP法为基础的肝药酶CYP2D6基因型检测方法。结果采用PCR RFLP法能够检测CYP2D6?2、CYP2D6?10和CYP2D6?14基因型,且过程简便,经济实用。结论该方法检测CYP2D6药物代谢相关基因位点基因型具有简便、高效、准确和经济的特点,可在临床及实验室推广使用。

逆转录—聚合酶链反应结合限制性片段长度多态性分析对我国肾综合征出血热病毒分型的研究

建立准确、快速、灵敏的汉坦病毒基因分型方法，可弥补传统血清学方法的不足，对防治该病毒所致的肾综合征出血热（HFRS）具有重要意义。本试验采用逆转录－聚合酶反应（RT－PCR）和限制性片段长度多态性（RFLP）和限制性片段长度多态性（RFLP）方法，对流行于我国的两型汉坦病毒代表株－汉滩型（HTNV）76－118 和汉城型（SEOV）R22株进行基因分析。根据病毒DNA序列的电脑软件分析。不同HFRSV囊膜糖蛋白编码基因M节段1199－1497间核苷酸序列上RsaI,TaqI和HindⅢ的酶切位点存在差异（Fig.I),可用于进行限制性内切酶基因多态性分析，以确定HFRV的型别。首先，以一对引物扩增该片段（Fig.2)。然后，分析用这三种内切酶（Fig.3,4,5)进行酶切分型，共分析了从我国不同地区，不同宿主分离的毒株18株，及国际标准毒株2株，酶切图谱显示，这些毒株可以被分为三组（Table.a)：9株可定为HTNV型，8株可定为SEOV型，3株无法确定其型别（X型），该法分型结构与血清学经典的空斑减数中和试验分型结构基本一致，说明该酶切分型方法具有一定的可行性。

用限制性内切酶多态性分析23SrRNA快速鉴定李斯特菌种

目的为快速鉴定六种李斯特菌。方法用 PCR 扩增六种参考李斯特菌23SrRNA 基因片段 S_1、S_2,再用限制性内切酶 S_1、S_2,用 API 反应条同时做生化反应。结果 S_2用 XmnI 或 CfoI 酶切,S_2用 AluI 或 ClaI 酶切,可以分别鉴定出这六种参考李斯特菌,结果与 API 反应条一致。结论 PCR-RFLP 能快速、方便地用于李斯特菌的鉴定,且方法可靠、实用,可应用于食品和环境微生物的鉴定。

GRB7基因在5个猪群体内的多态性分析

采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析GRB7基因在杜洛克猪、长白猪、大白猪、梅山猪和申农猪群体内的多态性。结果表明:猪GRB7基因片段长度为626 bp,检测发现该片段的163 bp和243 bp处存在突变位点。163位点突变在杜洛克猪群体内CC基因型较多,在长白猪、大白猪和申农猪群体内CT基因型较多,在梅山猪群体内TT基因型较多。243位点突变在杜洛克猪、长白猪和大白猪群体内CT基因型较多,在申农猪和梅山猪群体内TT基因型较多。GRB7基因TTTT合并基因型在申农猪和梅山猪群体内为优势基因型,在杜洛克猪和长白猪群体内CCTC合并基因型频率较高,在大白猪群体内CTCT合并基因型频率较高。

延吉市土壤中分离的棘阿米巴CJY/S3线粒体DNA限制性片段长度多态性

[目的]观察棘阿米巴土壤分离株CJY/S3的线粒体DNA限制性片段长度多态性.[方法]从棘阿米巴CJY/S3提取线粒体DNA,用EcoRI进行酶切,与广东地区土壤分离株CG/S1进行比较观察限制性片段长度多态性.[结果]延吉市土壤分离株CJY/S3与广东地区土壤分离株CG/S1具有相同的片段模式.[结论]延吉市棘阿米巴土壤分离株CJY/S3与CG/S1具有密切的亲缘关系,而线粒体DNA限制性片段长度多态性分析是棘阿米巴分类简便且有效的方法.

非放标AR基因多态性分析探讨子宫平滑肌瘤的克隆性

目的 根据女性体细胞中两条 X染色体上雄激素受体 (AR)基因的限制性片段长度多态性进行非放标克隆性检测 ,以探讨子宫平滑肌瘤的克隆组成 .方法 自新鲜子宫平滑肌瘤组织中提取基因组 DNA,经 H ha 消化后 ,PCR扩增 ,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳后银染显示单股 DNA片段长度 .结果 在检测的 5 4例子宫平滑肌瘤标本中 ,32例(5 9.3% )具有这种 AR位点的多态性 ;其中 3例标本 X染色体失活发生了严重偏移 ,不适用于这种克隆性分析 .对 2 9例共 6 8个平滑肌瘤结节的分析均显示 AR位点长度多态性丢失 ,提示全部为单克隆细胞组成 .其中 8例结节个数≥ 3个的多发性子宫平滑肌瘤中 ,6例标本的不同瘤结节均具有相同的 X染色体灭活带型 ;另外 ,发现 1例具有 X染色体失活偏移的标本其肿瘤组织中有额外条带出现 ,而且两个瘤结节具有相同改变 .结论 此研究为在国内开展非放标 AR克隆性检测奠定了基础 ,同时还证实我们以前的研究结果 。