西安荷斯坦奶牛群5个基因座位遗传多态性的PCR-RFLP分析

应用PCR RFLP方法对西安荷斯坦牛的κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、CSN1S2、IGFBP 3 共5 个基因座位进行了多态性分析。结果表明,在西安荷斯坦牛群中,没有发现携带CSN1S2F 等位基因的个体,其多态信息含量为0。κcn基因座位呈现低度多态(PIC=0 236 6),βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 基因座位的多态信息含量分别为0 316 8、0 368 9、0 443 9,均呈现中度多态。κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3、CSN1S2 基因座位的杂合度和DNA多态度分别为0 274 2、0 394 7、0 487 9、0 489 1、0和0 025 5、0 011 6、0 033 3、0 011 2、0。而且,在西安荷斯坦牛群中,κcn、βlg、βlg 5′侧翼区、IGFBP 3 共4 个基因座位均处于Hardy Weinberg平衡状态,CSN1S2 基因座位处于纯合状态。

奶牛乳铁蛋白基因启动子区PCR-RFLP分析与乳房炎的相关性

采用CMT方法检测奶牛的乳房炎发病情况.筛选 90头分别设为对照组(健康奶牛)、隐性乳房炎组 (试验组Ⅰ )和临床乳房炎组(试验组Ⅱ),每组 30头.检测每头奶牛的NAGase活性,并用限制性片段长度多态性 (RFLP)分析技术,检测乳铁蛋白(Lf)基因启动子区域的RFLP多态性.结果表明:不同组别的奶牛之间NAGase活性差异显著 (P<0. 01),且Lf基因启动子区域存在RFLP多态性,说明该多态性与乳房炎存在一定关系,可能是奶牛乳房炎的一个分子标记.

三叶草、猪屎豆和含羞草植物根瘤菌16S rDNA PCR-RFLP分析和数值分类研究

采用 16SrDNAPCR -RFLP分析和表型数值分类 ,对分离自三叶草 (Trifolium)、猪屎豆 (Crotalaria)和含羞草(Mimosa) 3属植物的根瘤菌进行了分类研究。 16SrDNAPCR -RFLP分析表明 ,在 80 %的相似性水平上 ,6 7株待测菌株和 18株参比菌株归属到慢生根瘤菌属 (Bradyrhizobium)、中慢生根瘤菌属 (Mesorhizobium)、土壤杆菌属 (Agrobac terium)和根瘤菌属 (Rhizobium)与中华根瘤菌属 (Sinorhizobium) 4个系统发育分支。进一步对其中 5 6株待测菌株和14株参比菌株进行表型性状数值分类研究 ,在 84 %的相似性水平上 ,得到 6个独立的类群 :群Ⅰ、Ⅳ和Ⅵ为新群 ,没有与参比菌株聚在一起 ;群Ⅱ包含慢生大豆根瘤菌 (Bradyrhizobiumjaponicum) ;群Ⅲ含根瘤菌属 (Rhizobium) 2个已知的代表菌株 ;群Ⅴ含土壤杆菌属 (Agrobacterium) 2个已知种的代表菌株。以上结果表明 ,分离自这 3属植物的根瘤菌菌株具有表型和遗传型多样性 ,同时新发现分离自三叶草的根瘤菌的慢生和中慢生菌株 ;分离自含羞草的根瘤菌的慢生菌株和分离自猪屎豆的根瘤菌的快生菌株 。

28S rDNA PCR-RFLP分析在侧耳属系统发育研究中的应用

对侧耳属 18个种 5 2个菌株及 3个其它属的菌株的 2 8SrDNA 5’端进行PCR扩增 ,得到长度约为 1.4 6kb的片段。对该片段分别用 7种限制性内切酶AluⅠ、BamHⅠ、HaeⅢ、HhaⅠ、HinfⅠ、MspⅠ、TaqⅠ酶切 ,结果表明 ,MspⅠ酶切片段多态性最高 ,AluⅠ对侧耳属无酶切多态性。聚类分析结果表明 ,菌株间的相似系数为 0 .5 6 9～ 1.0 0 0 ,在 92 %相似水平可将侧耳分为 5大类 :Ⅰ .红平菇和桃红侧耳 ;Ⅱ .鲍鱼菇和囊盖侧耳 ;Ⅲ .具核侧耳 ;Ⅳ .金顶侧耳 ;Ⅴ .

22种丝状异型胞固氮蓝细菌的16S rDNA的PCR-RFLP分析

用 1对引物CYA10 6F及 781R(a)从 2 3种蓝细菌的DNA中扩增出一条 6 0 0bp的 16SrDNA PCR片段 .对该片段进行的限制性酶切长度多态性 (RFLP)分析表明 :可将其中 2 1种自生或共生的丝状异型胞固氮蓝细菌的样品分为 2个类群组 ,基本上对应于形态分类上的Anabaena及Nostoc属 .但有 1种被认为是Anabaena的蓝细菌以及作为对照的 1种聚球藻 (Synechococcus)蓝细菌样品被明显区分出来 ,并发现Anabaena属的蓝细菌也可同被子植物根乃拉草 (Gunnera)

含羞草、山蚂蟥等几种豆科植物根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP分析

为揭示云南省豆科植物根瘤菌的资源多样性,采用数值分类、16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析技术对云南省8个地区含羞草、山蚂蝗等几种不同豆科植物分离的48株根瘤菌菌株进行了遗传和表型多样性研究。16S rDNA PCR产物经HinfⅠ、MspⅠ、RsaⅠ和HaeⅢ4种内切酶消化后产生22种遗传图谱类型;数据经MVSP3.0软件聚类后,所有供试菌株在70%的相似性水平上分为4个分支,经16S rDNA全序列分析,确定分支Ⅰ为伯克霍尔德属(Burkholderia)类群,含1株菌株;分支Ⅱ为贪铜菌属(Cupriavidus)类群,含5株菌株;分支Ⅳ为根瘤菌属(Rhizobium)类群,包括29株菌株;而分支Ⅲ没有和参比菌株聚在一起,经测序为狭长平胞属(Stenotrophomonas)类群。通过对菌株的抗生素抗性、耐盐性、生长温度范围、BTB产酸产碱反应以及对3-酮基乳糖利用情况共计28个表型性状测定,结果显示所有菌株耐盐性较强,多数菌株可耐受60℃的高温。实验表明,分离自云南省的这些菌株具有丰富的遗传和表型多样性。

不同品种猪LPL基因的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP技术,对东北民猪、大白猪、长白猪和杜洛克等4个猪种的LPL基因的多态性进行了检测。结果表明:LPL基因片段经EcoRⅠ内切酶消化后获得3种基因型:AA型(1901bp)、AB型(1901bp/1223bp/678bp)和BB型(1223bp/678bp),卡方检验结果表明各基因型的分布在各猪种间差异不显著(P>0.05)。

PCR-RFLP分析用的梨基因组DNA提取

采用改良CTAB法,提取了23个梨品种基因组DNA。结果表明:所提取DNA产率在200μg/g鲜叶以上,大部分梨品种OD260/OD280在1.8左右,用于PCR-RFLP分析时,PCR扩增产物谱带清晰,且PCR扩增产物能被相应的限制性内切酶酶切。

载脂蛋白E基因PCR-RFLP分析方法的建立

目的 为研究新疆地区老龄人群载脂蛋白E(ApoE)基因多态性与阿尔茨海默病发病之间的关系而建立一种快速、简便、敏感的对ApoE基因进行多态性分析的方法。方法 从抗凝血中提取人全基因组DNA ,聚合酶链式反应 (PCR)高效扩增ApoE基因 ,酶切后进行 8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 ,凝胶银染色后进行ApoE基因型分析。结果 限制性内切酶酶切图谱证实可特异性对ApoE基因进行分型 ,PCR -RFLP方法在ApoE基因型检测中得到成功建立。

西部某些根瘤菌的数值分类和16SrDNA PCR-RFLP分析

选用 6 1株分离自我国西北地区的野豌豆、棘豆、苜蓿和草木樨根瘤菌和 4株已知参比菌株 ,进行了营养利用、抗生素抗性和耐逆性等 1 3 2个表型性状研究 ,通过MINTS软件分析 ,得到了数值分类树状图 ,发现全部供试菌株在 79%的相似性水平上 ,分为 5个群。对 5 7株未知菌株和 1 0株参比菌株进行了 1 6SrDNAPCR RFLP分析 ,发现共具有 2 0个遗传图谱类型 ,聚类分析树状图表明所有菌株共分为 5个系统发育分支 ,与数值分类结果有较好的一致性。

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。

中国樱桃的PCR-RFLP分析

采用三因素五水平正交组合设计,探讨了野生中国樱桃的PCR-RFLP扩增条件及限制性内切酶酶切反应体系,并用PCR-RFLP技术对中国樱桃进行了分子亲缘地理学研究。结果表明,利用42种引物/酶组合,在13个中国樱桃居群中检测出多态位点比率为99.48%;在所有酶切片段中,发现了5种cpDNA单倍型(H1、H2、H3、H4、H5);根据单倍型的地理分布格局,将所研究的中国樱桃居群划分为4个地理单元,地理单元间的基因分化系数(GST)值为0.397,cpDNA基因流(Nm)为0.758;中国樱桃cpDNA总的遗传多样性(Ht)为0.166,地理单元内的cpD-NA遗传多样性(Hs)为0.005。分析结果说明,当第四纪冰川来临时,中国樱桃向南迁移并避难于云南省东南部山区、秦岭南坡及大巴山的东部等地区;当冰期结束、气候缓和时,避难于云南省东南部山区的中国樱桃分别向东北、西北方向回迁,避难于大巴山东段的中国樱桃则向东北方向迁移,形成现今的分布格局。

三大不同品种马mtDNA Cytb基因PCR-RFLP分析

用BamHⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ、RsaⅠ和HincⅡ5种限制性内切酶通过PCR-RFLP技术检测了包括引入品种、培育品种和地方品种的6个类型(纯血马、三河马、乌珠穆沁马、锡尼河马、乌审马和矮马)共256匹马的mtDNACytb基因部分序列多态性。用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将酶切产物分离,并用银染法显色。结果BamHⅠ和TaqⅠ表现出多态,5种酶共检测到7种态型,归纳为3种单倍型,以单倍型Ⅰ和Ⅲ为主体单倍型,但通过一个特殊的酶型BamHⅠ-B分析推测所研究的马可能起源于一个母系祖先。

三品种外种猪SLA-DQA基因的PCR-RFLP分析

对杜洛克、长白猪和大白猪的SLA-DQA第1和第2内含子部分序列以及完整的第2外显子进行群体分析,PCR-RFLP分型。结果表明:三品种猪在EcoRⅠ酶切位点上,基因型频率BB(0.5604)高于AB(0.3626)和AA(0.0769),B等位基因频率较高;在AluⅠ酶切位点上,基因型频率NN(0.6154)高于MN(0.3407)和MM(0.0440),N等位基因频率较高。三品种猪仅在EcoRⅠ酶切位点上达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),各组合基因型频率差异均不显著(P>0.05)。在2个酶切位点上,杜洛克的杂合度最高为0.4966,依次为大白猪0.2774和长白猪0.1467。

六个鲫鱼品系线粒体Cytb基因PCR-RFLP分析

从6个鲫鱼品系肝组织中提取总DNA,采用特异引物扩增细胞色素b基因。利用5种限制性内切酶(HinfI,HaeIII,MspI,TaqI,HindIII)对细胞色素b基因进行单酶切,结果显示HinfI和MspI2种酶在品系间存在限制性片段长度多态性,同时在红鲫、金鲫这2个品系内也存在限制性片段长度多态性,在6个品系的120个个体中,共检测到4种组合单倍型。经数据统计分析,这6个鲫鱼品系的细胞色素b基因大小基本在1260bp左右,根据限制性片段长度共享度,分别计算出4种单倍型和6个品系的群体遗传距离,并进行聚类分析,结果表明野鲫和黑龙睛的遗传距离为0,高背鲫与彭泽鲫的为0,野鲫与红鲫为0 00039,其次是金鲫,然后是高背鲫、彭泽鲫。

红豆杉科及相关类群rbcL基因PCR-RFLP分析

运用RFLP方法对红豆杉科及相关类群 1 4种植物叶绿体rbcL基因PCR产物进行限制酶酶切分析 ,共获 2 9个酶切变异位点。采用PHYLIP软件包对限制位点变异数据进行极大简约法分析得到 1 8个步长为 6的最简约树并求得一致树 ,结果显示 :(1 )红豆杉科和三尖杉科属单系群 ;(2 )穗花杉属Amento taxus以置于红豆杉科内为宜 ,不支持将穗花杉属独立成科的处理方式 ;(3 )白豆杉应为红豆杉科内一个属Pseudotaxus;(4)三尖杉属内篦子三尖杉地位特殊 ,可设篦子三尖杉组 ;(5 )不赞同将竹柏类从罗汉松属中分离出去成立新科 ;(6 )红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科三者间 ,前两者的关系更为接近。

猪线粒体DNA D-loop PCR-RFLP分析

对太湖猪（二花脸）、大约克猪、北京黑猪、五指山猪、香猪、长白猪、杜洛克猪以及太湖猪与7个品种猪的正反交杂交家系线粒体DNAD－loopPCR－RFLP分析，发现猪的线粒体DNAD－loop约为1500bp，长白猪及部分大约克猪与其他猪品种在AccⅠ酶切位点存在多态性；太湖猪、大约克猪的正反交后代的线粒体DNAD－loop在AccⅠ酶切位点存在多态性，其遗传方式遵循母系遗传特性。

斜茎黄芪根瘤菌结瘤基因nod A PCR扩增及PCR-RFLP分析

对采自我国北方地区的16株斜茎黄芪根瘤菌代表菌株的共同结瘤基因nodA进行了PCR扩增及PCR-RFLP分析研究。来自Mesorhizobium和Rhizobium系统发育分支的代表菌株都得到了nodA PCR扩增产物;而来自Agrobacterium系统发育分支的代表菌株都没有得到nodA PCR扩增产物。进一步的nodAPCR-RFLP分析结果表明斜茎黄芪根瘤菌具有很大的nodA基因遗传多样性,具有4种不同的16S rDNAPCR-RFLP遗传图谱类型的12株斜茎黄芪根瘤菌具有8种不同的nodA PCR-RFLP遗传图谱类型。但是斜茎黄芪根瘤菌nodA基因遗传多样性随种群而变化,来自M.septentrionale的具有相同的16S rDNA PCR-RFLP遗传图谱类型的4个代表菌株具有4种不同的nodA PCR-RFLP遗传图谱类型;而来自M.tempera-tum的具有相同的16S rDNA PCR-RFLP遗传图谱类型3个代表菌株则具有相同的nodA PCR-RFLP遗传图谱类型。此外,来自不同种的具有不同16S rDNA PCR-RFLP遗传图谱类型的菌株却具有相同的nodA PCR-RFLP遗传图谱类型,说明nodA基因可能在根瘤菌的不同种间发生了水平转移。