血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的性能评价

目的分析血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的应用。方法对106例ABO疑难血型实施血清学检测(吸收放散试验)等,同时对其实施基因分型检测(荧光定量PCR试验),以基因测序结果为金标准,评估血清学检测和基因分型所得结果与基因测序一致性,比较两种检查方式灵敏度、特异度。结果以基因测序为金标准,血清学检测所得结果一致性为中度,基因分型检测所得结果一致性很好。通过比较血清学检测和基因分型灵敏度、特异度可知,两种检查方式所得特异度、灵敏度差异有统计学意义,基因分型灵敏度、特异度更高(P<0.05)。结论基因分型检测和血清学检测有各自的优缺点,但总体上来说,基因分型检测具有更高的准确性和可靠性,更快速、高效。

黑龙江省沙门氏菌血清型鉴定及两种血清分型方法对比

目的:分析沙门氏菌血清型分子鉴定试剂盒的分型效果,探寻一种新型高效的血清型鉴定方法。方法:采用沙门氏菌血清分子鉴定方法和经典血清凝集法分别对从黑龙江省食品监测和食源性疾病人群分离得到的69株沙门氏菌、37株沙门氏菌标准菌株以及往年分离并保藏的100株不同血清型沙门氏菌进行分型鉴定,对比两种分型方法的结果一致性。结果:两种分型方法成功率均为100%,结果的符合率为99.5%。其中来自黑龙江省的疾病人群分离的69株沙门氏菌共有10个血清型。结论:沙门氏菌血清型分子鉴定试剂盒与经典分型方法的一致性较高,且操作简便、准确性高,有望得到广泛应用。

1株鹦鹉热衣原体的冻干、鉴定和分子分型研究

从国家兽医微生物菌(毒)种保藏中心领取1支鹦鹉热衣原体CVCC2410进行冻干和鉴定。将衣原体经卵黄囊接种SPF鸡胚进行复壮和传代,收获卵黄囊膜研磨后分装、冻干,并对冻干衣原体进行了无菌检验、真空度测定、染色特性和形态观察、特异性检验、16S rRNA鉴定、分子分型、衣原体含量测定。结果表明冻干衣原体CVCC24102203为C型鹦鹉热衣原体,含量为10^(5.50) ELD_(50)/0.2mL。本研究完善了该株衣原体的信息,为制定鹦鹉热衣原体的入库标准奠定基础。

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术对非结核分枝杆菌的鉴定与分型

应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS),对非结核分枝杆菌菌株实施鉴定并对其分型。方法 通过收集2018-2023年从临床分离不同感染部分的菌株展开分析,提前需要确认培养物自身的抗酸阳性,然后开始培养可疑样本,采用 MALDI-TOF MS对罗氏培养基上的新鲜菌落进行鉴定。结果 在本次通过应PCR鉴定结果作为金标准,其中经鉴定能力进行显示,本次通过对鉴定结果进行比较中,其中对NTM鉴定符合成功率为90%,鉴定失败率为10%。通过对数据库进行不同分枝杆菌鉴定菌种率的变化比较,DB-164-Mycobacteria Library 5.0平均分值,经比较,和Bruker MBT-DB5989平均分值具有统计学差异(p<0.05)。结论 对NTM鉴定中采用DB-164-Mycobacteria Library 5.0能够进行快速鉴定,同时也是不可或缺的实验方法,同时也需要其他方法进行辅助鉴别。

SNP分子标记及其在作物品种鉴定中的应用

作物品种鉴定是优良品种选育和推广的重要保障,而合适的检测方法是对品种进行准确鉴定的关键。随着分子标记技术的发展,第3代分子标记SNP逐渐应用到品种鉴定领域。本研究概述了SNP分子标记的特点,分析了高分辨率熔解曲线、竞争性等位基因特异性PCR、基因芯片、测序法、靶向测序基因型检测等5种作物研究中常用的高通量检测方法的特点及适用性,梳理总结了SNP标记在品种真实性鉴定、纯度检测和亲缘关系分析与分类等方面的研究与应用情况,以期为后续利用SNP分子标记进行品种鉴定提供技术参考。

多重荧光PCR方法与血清凝集方法对沙门氏菌分型鉴定的结果对比

目的 探讨多重荧光PCR方法和血清凝集方法在沙门氏菌分型鉴定结果中的意义。方法 选取扬州市邗江区疾病预防控制中心在2022年9月—2023年6月接诊的4940例进行门诊健康证筛查的患者,上述患者均接受血清凝集方法以及多重荧光PCR方法进行检测,探究两种检测方式在沙门氏菌中的检出率以及沙门氏菌分型鉴定结果。结果 多重荧光PCR方法检出效能与血清凝集方法检出效能间无统计学意义(P>0.05);在沙门氏菌分型鉴定结果中对比,多重荧光PCR鉴定方法所检测出的沙门氏菌分型中,肠炎沙门氏菌(1株),鼠伤寒沙门氏菌(1株),B群沙门氏菌(3株)较血清凝集鉴定方法检出率高,但组间对无统计学意义(P>0.05)。结论 多重荧光PCR方法和血清凝集方法在沙门氏菌检测和分型鉴定中各有优势,在特定的应用场景下可以选择适合的方法来提高检测效率和准确性,但本研究存在一定的局限性、年限短、样本量少,今后可加大样本量进一步研究。

我国中东部主要养猪地区死亡育肥猪呼吸道病原菌的流行病学调查及猪多杀性巴氏杆菌的特性鉴定

【目的】从我国中东部主要养猪地区因呼吸道疾病死亡的育肥猪病料中分离主要病原菌,并进行鉴定和分型,为近年流行的猪呼吸道病原菌的防控治疗提供流行病学依据。此外,对分离的猪多杀性巴氏杆菌(Pm)特性进行鉴定,为Pm疫苗研制提供参考。【方法】收集2021-2023年我国中东部主要养猪地区规模化猪场因呼吸道疾病死亡的育肥猪的病猪肺脏;用血琼脂和TSA培养基分离病原菌,通过微生物学和分子生物学方法鉴定分离菌株;合成adk、est、gdh、mdh、pgi、pmi和zwf基因引物,以分离的Pm为模板进行PCR,通过测序7对管家基因对Pm进行MLST分型;通过PCR对Pm进行荚膜分型和脂多糖分型;通过PCR对Pm的毒力因子进行检测;在ICR小鼠对单一分离的A型和部分D、F型Pm进行毒力鉴定;检测JS-65、JS-51和JS-34在ICR小鼠的LD_(50)。【结果】共分离Pm 73株,分离率为15.53%;分离猪链球菌(SS)71株、猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)29株和副猪格拉菌(GPS)10株,分离率分别为15.11%、6.17%和2.13%。分型结果表明,Pm主要为A:L3型,占55%;SS主要为9型,占38.03%;APP主要为15型,占51.72%;GPS主要为5/12型,占60%。混合感染包括Pm+SS,Pm+APP,SS+APP和Pm+APP+GPS,混合感染占总猪群的16.67%。共分离到3种Pm荚膜型:A(67%)、D(30%)和F(3%)型;2种脂多糖型:L3型(56%)和L6型(44%);9种ST分型:ST79、ST50、ST7、ST74、ST13、ST27、ST9、ST287和ST370,所占比例分别为33%、26%、16%、10%、4%、4%、3%、3%和1%。毒力基因检测结果表明:ptfA、fimA、hsf-2、exbB、exbD、tonB、fur、nanH、sodA和sodC的阳性率大于95%;hsf-1、pfhA、tadD、hgbA、hgbB、pmHAS、ompA、ompH、oma87和plpB阳性率在40%-90%之间;tbpA和nanB阳性率在10%-30%;未检出toxA。毒力鉴定结果表明A型菌株在剂量小于10^(2)CFU时导致小鼠全部死亡,D型菌株在10^(3)CFU剂量时小鼠死亡率为60%-100%,F型菌株在5×10^(3)CFU剂量时小鼠死亡率为60%。在ICR小鼠检测JS-65、JS-51和JS-34的LD_(50),结果表明JS-65 LD_(50)<10 CFU,JS-51 LD_(50)=6.3×10^(2)CFU,JS-34 LD_(50)=3.98×10^(3)CFU。【结论】2021-2023年我国中东部主要养猪地区病原菌分离结果表明,Pm、SS、APP和GPS是死亡育肥猪的主要呼吸道病原菌,Pm在肺脏中的分离率最高。采用RIRDC分型鉴定到一株ST370 Pm,拓展了猪Pm的MLST分型数据。Pm优势基因型为A:L3:ST79,其在ICR小鼠中毒力最强,最小致死量小于10 CFU,为后续Pm灭活疫苗研制奠定基础。

阪崎克罗诺杆菌鉴定分型方法的比较及耐药特征分析

目的开展乳粉原料中分离的阪崎克罗诺杆菌(Cronobacter sakazakii,C.sakazakii)鉴定分型比较研究及抗生素耐药基因特征分析。方法采用形态学观察、生理生化特征分析、基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱法、16S rDNA测序分析,和基于全基因组测序技术的平均核苷酸一致性分析、多位点序列分型和基于全基因组的多位点序列分型技术,建立了对分离的2株C.sakazakii的鉴定分型方法,并对不同的方法进行比较,同时预测O-血清型和抗生素抗性基因。结果本研究中分离菌株16-26、31-3经形态学、生理生化反应、16S rDNA、质谱和平均核苷酸一致性分析,均鉴定为C.sakazakii,可信度均在95%以上;MLST预测16-26为ST新型、31-3为ST4型,O血清型均为gnd 3型、galF 2型,均含有9种抗性基因,2株C.sakazakii分离株的抗性基因呈现出多样性。结论通过对分离的C.sakazakii进行鉴定分型比较研究,建立了一种基于表型和分子分型的食源性致病菌鉴定分型方法,为食源性致病菌的有效防控提供了有力的技术支撑和监管依据。

多杀性巴氏杆菌检测、鉴定和分型研究进展

多杀性巴氏杆菌(Pm)可以引起多种畜禽疾病,给养殖业造成巨大的经济损失。为了系统的了解Pm检测、鉴定和分型技术的发展,论文主要对Pm的分类地位、鉴定和分型的传统方法以及分子生物学方法,诸如种特异性PCR、荚膜分型PCR、产毒素Pm的PCR鉴定、16 S rRNA基因测序法、DNA杂交、大分子图谱、限制性酶切分析和核糖体分型、随机扩增DNA片段多态性、脉冲场凝胶电泳及其他各种基因分型技术等进行了综述。

多位点测序分型技术在病原微生物分型鉴定中的应用

多位点测序分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术是一种以核苷酸序列为基础的病原菌分型方法,它是高通量测序技术与成熟的群体遗传学相结合的产物。该方法简单易行,重复性强,可以通过国际互联网对某一致病菌株在全球范围内的传播分布情况进行追踪监控。目前,MLST技术已被广泛应用于原核病原菌及一些真核病原菌(如真菌)的分型鉴定中。主要对MLST技术的原理及其在一些常见病原菌分型鉴定中的应用进行了简要的阐述。

PCR-SSCP分支杆菌菌种初步鉴定方法的建立及其应用

建立一种简便、快速、灵敏和特异的分支杆菌菌种鉴定方法。方法 :通过聚合酶链反应 (PolymeraseChainReaction ,PCR) -单链构象多态性 (Single -strndedConformationPolymorphism ,SSCP)方法分析分支杆菌 16SrRNA ,根据其电泳图谱与标准株的相似性进行菌种初步鉴定。结果 :2 9种分支杆菌标准株中 ,除结核分支杆菌、牛结核分支杆菌和卡介苗之间及堪萨斯分支杆菌和胃分支杆菌之间SSCP电泳图谱相似外 ,其余各种分支杆之间电泳图谱均有显著差异。 70株BACTECTB4 60初步鉴定为结核分支杆菌复合群的临床分离株中 ,55株显示与结核分支杆菌SSCP电泳图谱相似 ,15例 (2 1.4 % )显示出与结核分支杆菌完全不同的电泳图谱 ;10株经传统方法鉴定为结核分支杆菌的分离株中 ,仅 1株显示出与结核分支杆菌不同的电泳图谱。结论 :PCR -SSCP有可能成为一种快速、有效的分支杆菌菌种初步鉴定方法。

弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析

利用营养琼脂、MaC培养基从草鱼肠道中分离到3株细菌,暂时编号为TC-1、TC-2和TC-3,通过形态学观察、生理生化特征、药敏试验、动物试验、构建系统发育进化树及PCR-SSCP分析等系统鉴定,结果表明3株菌株均为弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii),其中TC-2菌株对小鼠、斑马鱼有致病性;3株杆菌均对头孢噻肟、头孢曲松、洛美沙星、诺氟沙星等多种药物敏感;系统发育分析表明,3株弗氏柠檬酸杆菌16S rDNA序列与DSM30039模式株同源性分别为99.59%、99.47%和99.53%,且位于系统发育树的同一分支;进一步采用V3区PCR-SSCP分析结果显示弗氏柠檬酸杆菌SSCP图谱中菌株间带型存在差异。

双歧杆菌分子分型鉴定研究进展

综述了双歧杆菌属的分类学进展和16S rDNA、MLST、RAPD等分子生物学技术在双歧杆菌分型鉴定中的应用新进展,并分析了各类技术的原理、步骤和优缺点,展望了其发展趋势。

2012年我国部分省市规模化猪场副猪嗜血杆菌分离鉴定及菌株血清分型

为掌握2012年我国猪场副猪嗜血杆菌(Hps)感染的发病状况,在我国部分省市规模化猪场采集疑似副猪嗜血杆菌病猪的心包积液及发生纤维素性浆膜炎的肺脏等病料共168份,通过病原分离培养、形态及培养特性观察、生化试验、PCR扩增等方法进行鉴定,最终分离出51株副猪嗜血杆菌,分离率约为30.4%。对51株副猪嗜血杆菌用琼脂扩散法进行血清分型,得到4型的6株(11.8%),5型的9株(17.6%),13型9株(17.6%),12型、14型各2株,1型、6型、10型、11型各1株,未能确定血清型19株,4型、5型、13型占总比例的47.1%,占有毒力血清型(强毒和中等毒力血清型)比例80.0%,表明副猪嗜血杆菌4型、5型、13型菌株是我国的优势血清型。

副猪嗜血杆菌河南流行株的分离鉴定及分型

为了解河南省副猪嗜血杆菌病的流行情况,对2017—2018年采自河南省不同地区的45份疑似病料,进行细菌分离及形态学观察、培养特征鉴定、PCR鉴定及分型。结果显示,共分离鉴定出12株副猪嗜血杆菌,血清型为1、2、4、5、7、13型和不可分型。其中,血清型1型2株,分别命名为XX-3、HB-1;血清型2型1株,命名为XX-4;血清型4型1株,命名为ZJ-1;血清型5型4株,分别命名为LY-1、DF-1、XX-2、KF-1;血清型7型2株,分别命名为SQ-2、XX-1;血清型13型1株,命名为NY-1;还有1株不可分型,命名为SQ-1。可见,河南省存在多个副猪嗜血杆菌血清型,且不同地区血清型不一致,1、5、7型为优势血清型。

猪源多杀性巴氏杆菌的生物学鉴定与荚膜PCR分型

从表现猪萎缩性鼻炎临床症状的猪群中分离出13株多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida,Pm),采用Pm种特异性的KMT1-KMT2引物进行PCR扩增,结果与传统的生化反应鉴定完全一致。基于对甘露醇、卫茅醇、山梨醇、海藻糖的发酵能力和产生鸟氨酸脱羧酶的特性,Q_1、Q_3、Q_6、Q_7、Q_(10)、Q_(13)和C_(48-1)鉴定为Pm多杀亚种(Pm subsp.multocida);Q_2、Q_4、Q_5、Q_8、Q_9、Q_(11)、Q_(12)鉴定为Pm败血亚种(Pm subsp.septica)。对13株Pm分离物采用A型、B型和D型引物进行PCR扩增,8株鉴定为A血清型(61.5%);5株鉴定为D血清型(38.5%);没有发现B血清型的菌株。同时对金黄色葡萄球菌抑制试验、中性吖啶黄沉淀试验与荚膜PCR分型的相关性进行了讨论。

单增李斯特氏菌MALDI-TOF-MS鉴定与分型研究

为建立单增李斯特氏菌的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)快速鉴定与分型方法,实验收集37株单增李斯特氏菌分离株,应用MALDI-TOF-MS采集图谱,获取独特的蛋白质指纹图谱,汇总成标准图谱,建立单增李斯特氏菌鉴定数据库。采用单增李斯特氏菌标准菌株进行验证,表明鉴定结果的可信度很高。在数据库信息的基础上,对37株单增李斯特氏菌分离株进行聚类分型。分型结果表明,在蛋白质水平上,MALDI-TOF-MS可把37株单增李斯特氏菌分成9个型别。

Y-STR及HLA-A、-B、-DRB1基因分型在二联体亲子鉴定中的应用

目的研究增加Y-STR位点和HLA基因座的检测后,对二联体亲子鉴定亲子关系相对机会(RCP)值的影响。方法对二联体亲子鉴定案例除常规进行ABI AmpFLSTR IdentifilerTM试剂盒中的15个常染色体STR位点检测以外,增加ABI YfilerTM系统中的17个Y-STR或HLA-A、-B、-DRB1基因座的检测,并计算增加检测位点前后的亲子关系指数(PI)和RCP。结果经ABI IdentifilerTM试剂盒检测的135例二联体亲子鉴定,RCP值>99.99%案例为109例,占80.74%,其余的26例(19.26%)RCP值均>99.73%、但<99.99%,在这26例单亲案例中,18例"母-子"单亲案例增加HLA-A、-B、-DRB1基因座检测后,其中的15例RCP值>99.99%;8例"父-子"单亲案例增加了17个Y-STR检测后,RCP值则均超过了99.99%。结论增加Y-STR或HLA-A、-B、-DRB1基因座等遗传标记物的检测,可有效提高二联体亲子鉴定的RCP值,从而提高鉴定的准确性。