PCR-SSP基因分型技术检出HLA-B新等位基因B＊5516一例

目的 识别确认中国人群的HLA新等位基因。方法 使用PCR SSP以及以测序为基础的分型技术 ,分析HLA新等位基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异及血清学方法分析特异性。结果 在四川成都骨髓供者中检测出一例新的HLA B等位基因。该基因和B 5 5 0 2基因顺序的差异 ,只是在外显子 2区域中 97C >A一个碱基取代 ,导致相应的密码子 33由酪氨酸变为组氨酸。血清学分析表明B 5 5 16与B2 2特异性相关。并由此建立起PCR SSP方法鉴定B 5 5 16基因。结论 四川成都骨髓库中检出的HLA B等位基因是HLA新等位基因 ,2 0 0 3年 8月已被世界卫生组织 (WHO)命名为HLA B 5 5 16。在大约 14 0 0例随机骨髓供者中 ,未发现其他带有B 5 5 16基因的个体。

HLA-DRB1基因芯片与PCR-SSP分型的比较

目的 比较基因芯片和PCR SSP用于汉族南方人群HLA DRB1基因分型的结果 ,评价分型芯片的准确性。方法 77份待分型样本 ,分别用等位基因特异的PCR SSP和基因分型芯片对DRB1分型。芯片分型通过组间特异引物扩增基因组DNA ,扩增中用荧光标记。扩增标记后的产物与分型芯片的探针杂交 ,通过杂交产生的荧光信号确定样品的HLA DRB1基因亚型 ,比较两种方法分型所获得的结果 ,不吻合的样本全部经第三方验证或测序。结果 77份样本 ,两种方法分型全部成功。分型结果的吻合率为 93 %。不吻合样本 6份 ,其中SSP定型纯合子 4份 ,芯片分型全部为杂合子。经第三方验证 ,证实芯片对纯合子和杂合子的分型全部正确。另外 2份不吻合的样本经测序 ,证实SSP分型错误 1份 ,芯片分型错误 1份。芯片的重复率为 96%。结论 基因芯片是一种理想的分型方法 ,具有特异性高、重复性好、操作简便、所需样本量少。

PCR-SSP法检测华南地区汉族人群Duffy血型的基因分型研究

目的 填补Duffy血型基因型分布在国内的空白。方法 采用分了生物学技术(PCR-SSP)进行DNA水平的检测。结果 华南地区汉族人群Duffy基因型的基因频率分别为Fy^a=0.95,Fy^b=0.05;检出2例Fy(a-b-)个体。结论 PCR-SSP法检测Duffy基因型准确且成本降低;进一步的调查对Fy基因可望有新的认识。

PCR-SSP技术对广东汉族人HLA-DR基因分型

探索具有高分辨率、高特异性和简捷快速的方法对ＨＬＡ－ＤＲ基因分型，为临床器官移植配型和疾病相关性分析提供实用的方法和基础资料．利用ＤＲ１～ＤＲｗ１８序列特异性的１９组引物及１对内参照引物进行ＰＣＲ扩增即ＰＣＲ－ＳＳＰ对ＨＬＡ－ＤＲ进行基因分型，扩增产物经琼脂糖凝胶电泳，溴乙锭染色，在紫外光下观察分型结果．每个被检个体的ＤＲ型别可由特异引物扩增出现的电泳谱带直接判断．双盲检测２２例的结果１００％正确．在１０２例中国广东地区汉族人中，ＤＲ９和ＤＲ２的基因频率最高，分别为０．２２０５和０．１９１２，ＤＲ１０为最低（０．００９８）．与用ＰＣＲ－ＳＳＯ方法分型获得的结果比较，基因型别分布基本一致，但一些等位基因的频率有差异，表明ＨＬＡ－ＤＲ基因频率的分布在不同地区、不同种族的人群间存在着差异．ＰＣＲ－ＳＳＰ法分辨率和特异性虽不及ＰＣＲ－ＳＳＯ法但比血清学方法精细，分型的全过程只需２～４ｈ能满足临床器官移植配型的要求．基因频率调查结果为器官移植配型和疾病相关性分析提供了基础资料．

用PCR-SSP方法对血小板抗原-1基因分型

人类血小板特异性抗原（ｈｕｍａｎｐｌａｔｅｌｅｔａｎｔｉ－ｇｅｎ，ＨＰＡ）的分型对于诊断同种免疫血小板减少性紫癜、输血后紫癜以及血小板输注无效等具有重要意义［１］。已发现的ＨＰＡ至少有１６个，其中血小板特异性抗原系统－１（ＨＰＡ－１）的对偶抗原有ａ、...

应用PCR-SSP进行HLA-AB基因分型及与血清学方法的比较

目的 建立HLAI类基因分型技术并应用于骨髓配型。方法 采用序列特异性聚合酶链反应 (PCR SSP)进行HLA AB基因分型 ,并与HLAI类血清学分型 (微量淋巴细胞毒试验 )进行比较。结果 运用PCR SSP技术共对 2 2例需骨髓移植的病人和 48例供者进行基因分型 ,2例病人确认了HLA完全匹配的亲缘骨髓供者 ,其中 1例已成功进行了骨髓移植 ;基因分型和血清分型比较 ,43例结果完全一致 (6 1.4% ) ,血清分型错误率高达 38.6 % (2 7/ 70 )。结论 PCR SSP分型技术具有准确性高 ,简便快速等优点 。

PCR-SSP在人类血小板抗原1—6、15系统基因分型中的应用

目的探索PCR-SSP技术在人类血小板抗原(HPA)-1、2、3、4、5、6、15系统的基因分型中的应用。方法合成23条序列特异性引物,通过调节引物浓度、Mg2+离子浓度和探索最佳PCR扩增条件,建立HPA-1—6、15系统同步扩增基因分型方法。用该法盲检100名献血者HPA-1—6、15系统的基因分型结果,与用美国G&T公司的HPA-1—6、15系统的基因分型试剂所测试的这100名献血者的基因分型结果进行比较。结果该分型方法和美国G&T公司试剂同时检测100名随机献血者,其HPA-1—6、15分型结果完全一致,符合率达100%,基因频率分别是:HPA-1a和1b为1和0,HPA-2a和2b为0.98和0.02,HPA-3a和3b为0.63和0.37,HPA-4a和4b为0.997和0.003,HPA-5a和5b为0.997和0.003,HPA-6a和6b为1和0,HPA-15a和15b为0.548和0.450。结论该分型方法具有简便、快速、准确的特点,适合常规HPA基因分型。

HLA类基因PCR-SSP分型技术在骨髓移植配型中的应用

目的建立快速、准确的 HL A基因分型方法 ,满足临床移植配型的需要。方法通过序列特异性引物聚合酶链反应 (PCR- SSP) ,对拟行骨髓移植的 10例血液病患者及 12名相关供者的 HL A- 类基因 DRB1,DQB1位点扩增 ,琼脂糖凝胶电泳分析 PCR产物并确定其基因型。结果发现 2例患者与其相关供者 HL A- DRB1,DQB1基因全相同 ,其中 1例成功进行了骨髓移植。结论该方法具有快速准确、特异性高、简便省时的特点。

应用PCR-SSP和SSOP对HLA-I类进行基因分型

目的 :探讨序列特异性引物 -聚合酶链反应 (polymerasechainreaction sequence specificprimer ,PCR SSP)方法和多聚酶链反应序列特异性寡聚核苷酸探针 (PCR sequence specificoligonucleotideprobes ,PCR SSOP)技术在HLA I类基因分型的应用价值。方法 :研究样本 3 0份 ,为等待肾移植供、受者外周血。采用PCR SSOP反向杂交技术对HLA I进行基因分型 ,并将两种方法分型结果进行比较研究。结果 :所有样本进行HLA I分型均获得成功 ,分型结果PCR SSOP与PCR SSP相符率为 93 3 % ,SSOP分辨率较SSP高。结论 :PCR SSP方法快捷简便 ,适用于少量标本。PCR SSOP分型方法准确率与SSP接近 ,分辨率高 ,虽检测单份标本耗时较长 ,却可同时检测大批量的样本 。

HLA-DQB1 PCR-SSP基因分型技术

HLA-Ⅱ(DR,DQ,DP)配型对提高异基因骨髓移植存活率减少GVHD有重要意义。既往HLA-DQ采用血清学技术检定表型,近年国外转向基因分型,不少实验室已将其列为常规。国内近年来有人报告聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)。

人类血小板抗原1～6和Gov系统的PCR-SSP同步基因分型

目的：采用序列特异性引物PCR（PCR—SSP）对人类血小板抗原（HPA）1-6、Gov系统进行同步基因分型，以确定中国大陆汉族人群中的HPA等位基因频率。方法：随机采集100名中国大陆汉族无偿献血者外周血标本，采用酚／氯仿方法提取基因组DNA。设计合成21条序列特异性引物，在相同的PCR循环条件下对HPA-1-6和Gov进行PCR-SSP同步基因分型。结果：100名随机供血者中观察到的基因频率分别是HPA-1a和1b为1．000和0．000，HPA-2a和26为0．995和0．005，HPA-3a和36为0．655和0．345，HPA-4a和46为1．000和0．000，HPA-5a和56为0．990和0．010，HPA-6a和66为0．980和0．020，Gov^a和Gov^b为0．515和0．485。中国人HPA—1．6、Gov的基因频率与亚洲其他人群相一致，HPA-3a／3b和Gov^a／Gov^b基因频率在包括高加索人在内的不同人群中基本相等。结论：中国大陆汉族人群中Gov和HPA-3等位基因分布有其自身特点。

人类血小板抗原HPA-15系统PCR-SSP基因分型技术的建立

本研究目的是采用PCR-SSP技术建立人类血小板抗原HPA-15系统的基因分型方法,并应用于血小板供者库的HPA基因定型。采用第11届国际输血协会(ISBT)血小板血清学与基因分型协作组推荐的序列特异性引物,调节引物浓度、Mg2+离子浓度和探索最佳PCR扩增条件,建立HPA-15系统基因分型技术。该分型技术的准确性和可靠性,采用第11届ISBT血小板协作组提供的质控样本进行验证,同时采用本研究合成的引物及商品化试剂盒,对50名随机的汉族血小板捐献者进行HPA-15系统基因分型,作为平行对照。应用本研究的方法,对第11届ISBT送检的10份考核样本进行基因分型。结果表明:基因分型结果与ISBT公布的结果完全一致。50名随机的血小板志愿捐献者,经本研究的方法及美国G&T公司的试剂检测,基因分型的结果相符合;观察到的基因频率:HPA-15a和-15b分别为0.5100和0.4900。结论:本研究建立的HPA基因分型技术具有简便、快速、准确的特点,适合于常规HPA基因分型,具有广泛的应用前景。

PCR-SSP／PCR-SBT-HLA高分辨等位基因分型比较

【目的】为了预测无关捐献者干细胞移植(HSCT)后GVHD的发生及程度和选择相容的干细胞捐献者,通过同时采用PCR-序列特异性引物扩增技术(sequence specific primer,PCR-SSP)和PCR-直接碱基序列分析基因分型技术(sequence based genotyping,PCR-SBT)的方法,提高HLA基因分型的准确性和分辨水平。【方法】采用PCR-SSP和PCR-SBT分别对57份捐献者血样进行HLA-A、B和DRB1位点的高分辨等位基因分型(即识别基因的编码达到*后4位数)。【结果】PCR-SBT实验中有27份DNA的基因分析结果模棱两可,PCR-SSP实验中有10份DNA的基因分析结果模棱两可。经两种方法相互佐证实验后,57份样本均获得结果一致、清楚和精确的HLA-A、B、DRB1位点高分辨基因分型。【结论】PCR-SSP和PCR- SBT是HLA高分辨基因分析的标准方法,两种方法具有实验互补意义,若同时应用两种方法能够有效改善HLA等位基因高分辨分型的准确性和重复一致率。

新疆地区249例RhD变异型基因分型研究

目的研究分析新疆地区RhD变异型标本的RHD基因分型特征。方法收集2006年1月—2023年6月常规RhD阴性确认工作中RhD抗原盐水法阴性或弱阳性、间接抗人球蛋白试验(IAT)阳性的RhD变异型标本249例,并做RhCE抗原分型,提取血液基因组DNA,采用PCR-SSP或qPCR方法对RHD基因进行分型,必要时用基因测序验证。结果249例RhD变异型标本中,检出弱D15型(RHD*15)155例(62.25%)、DⅥtype 3型(RHD*06.03.01)30例(12.05%),弱D1型(RHD*01W.1)7例(2.81%)、弱D17型(RHD*01W.17)2例(0.80%)、DⅥtype 4型(RHD*06.04)3例(1.20%)、DⅤtype 2型(RHD*05.02)9例(3.61%)、DⅢa型(RHD*03.01)1例(0.40%),以及DEL1227A(RHD*01EL.01)6例(2.41%),未能确定RHD等位基因型别,有待进一步基因测序分析的标本有36例。RHD*15的常见Rh表型为ccEe。结论新疆地区RhD变异型的RHD基因以RHD*15为最常见,并存在丰富的遗传多态性。

三江源地区鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型及流行特征研究

目的了解三江源地区鼠疫菌株分布情况,进行规律间隔成簇短回文重复序列(Clustered regularly in-terspaced short palindromic repeats)基因分型研究,为该地区鼠疫疫源地菌株鉴定溯源、科学防控提供理论依据。方法选取三江源地区310株鼠疫菌提取DNA,分别PCR扩增、测序3个CRISPR的位点YPa、YPb和YPc,所测得CRISPR序列与CRISPR Dictionary数据库最新数据进行比对,鉴定CRISPR spacer阵列并对三江源地区鼠疫菌进行基因分型。对310株鼠疫菌结合CRISPR基因型和分离宿主信息进行统计分析。结果310株鼠疫菌共发现26种spacer,分别为YPa15种、YPb8种、YPc3种;310株鼠疫菌被分成16个不同CRISPR基因型,G22型和G22-a1′型分布于整个三江源地区包括称多县、治多县、玉树市、曲麻莱县、囊谦县、杂多县、玛多县、玛沁县、同仁县、泽库县、共和县、同德县、贵德县;G24型分布于泽库县、玛多县、囊谦县、称多县;G26-a1′型主要分布于共和县、兴海县、贵德县、玛多县、称多县、杂多县,16个基因型归类为7个CRISPR类群:Cb4、Cb4′、Ca7、Ca7′、Ca8、Ca35′、Cc3′。结论三江源地区鼠疫菌CRISPR基因型具有多样性,不同疫源地基因型分布特征显著,且不同菌株基因型存在差异。

血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的性能评价

目的分析血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的应用。方法对106例ABO疑难血型实施血清学检测(吸收放散试验)等,同时对其实施基因分型检测(荧光定量PCR试验),以基因测序结果为金标准,评估血清学检测和基因分型所得结果与基因测序一致性,比较两种检查方式灵敏度、特异度。结果以基因测序为金标准,血清学检测所得结果一致性为中度,基因分型检测所得结果一致性很好。通过比较血清学检测和基因分型灵敏度、特异度可知,两种检查方式所得特异度、灵敏度差异有统计学意义,基因分型灵敏度、特异度更高(P<0.05)。结论基因分型检测和血清学检测有各自的优缺点,但总体上来说,基因分型检测具有更高的准确性和可靠性,更快速、高效。

血小板特异性抗原(HPA)的PCR-SSP基因分型研究

血小板是最常用的血液成分之一，在临床上具有重要意义。血小板特异性抗原（Ｈｕｍａｎｐｌａｔｌｅｔｓｐｅｃｉｆｉｃａｌｏａｎｔｉｇｅｎｓ，ＨＰＡ）是人类血小板所独有的抗原系统。目前ＨＰＡ的检测，包括其相应抗体的检测，主要还是血清学方法。但血清学试验有很...

HLA-DR快速基因分型PCR-SSP方法的建立

目的：探讨应用于器官移植配型及疾病相关性分析的方法及基本数据，建立一种高分辨率、高特异性、简单、快速、方便的ＨＬＡＤＲ基因分析方法。方法：利用ＤＲ１～ＤＲ１８序列特异性引物及１对内对照引物，采用序列特异性引物聚合酶链式反应（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅｃｈａｉｎｒｅａｃｔｉｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｐｅｃｉｆｉｃｐｒｉｍｅｒｓ，ＰＣＰＳＳＰ）技术对２２份国际标准细胞株ＤＮＡ及２０例未知ＤＲ型别的临床血液标本进行ＨＬＡＤＲ基因分析，扩增条件为：变性９４℃，６０ｓ；退火６５℃，６０ｓ；延伸７２℃，６０ｓ。２５个循环后，７２℃保温７ｍｉｎ。结果：对各个标准ＤＮＡ的分型结果显示，准确率及重复率均为１００％，无假阳性及假阴性。结论：该方法快速、简便、灵敏、重复性好，结果易于判断，适合临床器官移植组织配型、疾病相关性分析、法医鉴定及人类学研究等。