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达格列净保护PDK1基因敲除心衰小鼠表达谱系研究
1
作者
刘海浪
姜爱侠
+1 位作者
魏忠诚
徐海燕
《西部医学》
2023年第3期341-347,353,共8页
目的探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法将PDK1敲除HF小鼠分为对照组(KO组,n=10)和达格列净治疗组(KO+DAPA...
目的探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法将PDK1敲除HF小鼠分为对照组(KO组,n=10)和达格列净治疗组(KO+DAPA组,n=15);使用Arraystar小鼠lncRNA微阵列通过测序和筛选分析lncRNA表达谱;实时定量PCR验证差异表达的LncRNA;构建lncRNA-mRNA共表达网络。结果KO+DAPA组显著延长HF小鼠生存期;两组表达水平变化>1.5倍lncRNAs有2653个;生信分析表明lncRNAs参与能量代谢过程;差异表达大于3倍以上且人鼠同源的7个LncRNAs构建lncRNA-mRNA共表达网络提示uc.347和uc.321分别关联141个mRNA和108个mRNA;uc.347在心肌细胞中的过表达促进了ATP能量的产生。结论本研究揭示了达格列净影响PDK1基因敲除心衰小鼠lncRNA表达谱,差异表达的LncRNA可能参与能量代谢过程,从而改善心衰预后。
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关键词
SGLT2抑制剂
达格列净
LncRNA
pdk1基因
敲除
心力衰竭
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职称材料
东北林蛙PDK1基因的克隆及生物信息学分析
2
作者
巩珊珊
邵婕
+3 位作者
曲俐俐
柴龙会
张晶钰
肖向红
《野生动物学报》
北大核心
2017年第4期641-647,共7页
PDK1是PI3K/Akt信号通路中的一个重要的激酶。在哺乳动物中,PI3K/Akt信号通路是一条保守的通路,通过激活下游的因子对糖代谢、脂肪代谢以及蛋白质代谢,细胞的增殖、分化、凋亡等起调节控制作用。本研究基于东北林蛙转录组数据,从中鉴定...
PDK1是PI3K/Akt信号通路中的一个重要的激酶。在哺乳动物中,PI3K/Akt信号通路是一条保守的通路,通过激活下游的因子对糖代谢、脂肪代谢以及蛋白质代谢,细胞的增殖、分化、凋亡等起调节控制作用。本研究基于东北林蛙转录组数据,从中鉴定出PDK1基因3条Unigene序列,并通过RACE法克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为rdPDK1,其全长为1 990 bp,开放阅读框长1 674 bp,编码557个氨基酸。进行生物信息学分析,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量63.7 kD,等电点为7.21。该蛋白第82~344个和443~549个氨基酸是2段保守结构域STKc激酶域和PH调节结构域。同源性分析表明rdPDK1蛋白与HsPDK1蛋白氨基酸序列一致率为79%,相似率为100%;与MmPDK1蛋白氨基酸序列一致率为80%,相似率为100%。本研究结果有望为进一步研究东北林蛙PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。
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关键词
东北林蛙
pdk1基因
基因
克隆
生物信息学分析
下载PDF
职称材料
葱蝇PDK1基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
3
3
作者
申力
郝友进
+1 位作者
罗钱春
陈斌
《重庆师范大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期30-36,135,共8页
3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)是磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3kinase,PI3K)/蛋白激酶B(PKB/Akt)信号通路中一个关键的激酶。该通路在人(Homo sapiens)、黑腹果蝇(Drosoph...
3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)是磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3kinase,PI3K)/蛋白激酶B(PKB/Akt)信号通路中一个关键的激酶。该通路在人(Homo sapiens)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中是一条保守的通路,通过激活下游的因子对代谢、细胞分化、寿命等产生重要调节作用。本研究基于葱蝇(Delia antiqua)转录组数据通过生物信息学分析从其中鉴定出PDK1基因4条Unigene序列,并通过PCR技术克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为DaPDK1,其全长为3 215bp,开放阅读框长2 730bp,编码909个氨基酸。采用生物信息学的方法,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量为100.3kD,等电点为8.53。该蛋白第87~109氨基酸是跨膜区,第284~627和744~833氨基酸是两个保守结构域STKc和PH。同源性分析表明DaPDK1蛋白与地中海实蝇(Ceratitis capitata)PDK1蛋白氨基酸序列相似性最高(一致率为53.1%,相似率为63.2%)。本研究结果有望为进一步研究葱蝇PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。
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关键词
葱蝇
pdk1基因
克隆
生物信息学分析
原文传递
常染色体显性多囊肾病家系的PDK1基因变异检测与产前诊断
被引量:
1
4
作者
李慧君
曹培暄
+3 位作者
朱湘玉
朱雨捷
吴星
李洁
《中华医学遗传学杂志》
CAS
CSCD
2022年第9期932-937,共6页
目的探讨8个多囊肾病家系的致病变异位点,为常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)的遗传咨询和产前诊断提供理论依据。方法应用全外显子组测序和高通量测序技术检测8个独立家系中先证者的PKD1、P...
目的探讨8个多囊肾病家系的致病变异位点,为常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)的遗传咨询和产前诊断提供理论依据。方法应用全外显子组测序和高通量测序技术检测8个独立家系中先证者的PKD1、PKD2基因,通过Sanger测序进行位点验证和家系分析,结合多囊肾疾病数据库和蛋白变异预测软件进行生物信息学分析。结果检测出8个PDK1变异,包括5个无义变异和3个错义变异。其中4个无义变异PDK1:c.7555C>T,c.7288C>T,c.4957C>T和c.11423G>A已报道为ADPKD的致病变异,1个错义变异PDK1:c.2180T>G(p.Leu727Arg)报道为可能致病的变异;3个变异位点未见报道,c.6781G>T(p.Glu2261*),c.109T>G(p.Cys37Gly),c.8495A>G(p.Asn2832Ser),其中无义变异PDK1 c.6781G>T(p.Glu2261*)为致病变异,错义变异PDK1 c.109T>G(p.Cys37Gly)和c.8495A>G(p.Asn2832Ser)为可能致病的变异。2个家系的产前诊断结果显示家系1胎儿携带与先证者相同的变异,家系2胎儿未携带与先证者相同的变异。结论鉴定出8个ADPKD家系的PDK1基因变异,其中包括3个未见报道的新变异,丰富了PDK1基因变异谱。以鉴定出的变异为理论依据,成功对2个家系进行产前诊断,为临床ADPKD出生缺陷提供咨询。
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关键词
常染色体显性多囊肾病
pdk1基因
基因
变异
产前诊断
原文传递
题名
达格列净保护PDK1基因敲除心衰小鼠表达谱系研究
1
作者
刘海浪
姜爱侠
魏忠诚
徐海燕
机构
南京医科大学附属淮安第一医院心内科
出处
《西部医学》
2023年第3期341-347,353,共8页
基金
南京医科大学科技发展基金(NMUB2018157)。
文摘
目的探讨钠-葡萄糖协同转运蛋白2(SGLT2)抑制剂达格列净(DAPA)对3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)基因敲除心力衰竭(HF)小鼠中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱的影响。方法将PDK1敲除HF小鼠分为对照组(KO组,n=10)和达格列净治疗组(KO+DAPA组,n=15);使用Arraystar小鼠lncRNA微阵列通过测序和筛选分析lncRNA表达谱;实时定量PCR验证差异表达的LncRNA;构建lncRNA-mRNA共表达网络。结果KO+DAPA组显著延长HF小鼠生存期;两组表达水平变化>1.5倍lncRNAs有2653个;生信分析表明lncRNAs参与能量代谢过程;差异表达大于3倍以上且人鼠同源的7个LncRNAs构建lncRNA-mRNA共表达网络提示uc.347和uc.321分别关联141个mRNA和108个mRNA;uc.347在心肌细胞中的过表达促进了ATP能量的产生。结论本研究揭示了达格列净影响PDK1基因敲除心衰小鼠lncRNA表达谱,差异表达的LncRNA可能参与能量代谢过程,从而改善心衰预后。
关键词
SGLT2抑制剂
达格列净
LncRNA
pdk1基因
敲除
心力衰竭
Keywords
SGLT2 inhibitor
DAPA
LncRNA
pdk
1
gene knockout
Heart failure
分类号
R541.6 [医药卫生—心血管疾病]
下载PDF
职称材料
题名
东北林蛙PDK1基因的克隆及生物信息学分析
2
作者
巩珊珊
邵婕
曲俐俐
柴龙会
张晶钰
肖向红
机构
东北林业大学野生动物资源学院
出处
《野生动物学报》
北大核心
2017年第4期641-647,共7页
基金
国家自然科学基金项目(31672309)
文摘
PDK1是PI3K/Akt信号通路中的一个重要的激酶。在哺乳动物中,PI3K/Akt信号通路是一条保守的通路,通过激活下游的因子对糖代谢、脂肪代谢以及蛋白质代谢,细胞的增殖、分化、凋亡等起调节控制作用。本研究基于东北林蛙转录组数据,从中鉴定出PDK1基因3条Unigene序列,并通过RACE法克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为rdPDK1,其全长为1 990 bp,开放阅读框长1 674 bp,编码557个氨基酸。进行生物信息学分析,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量63.7 kD,等电点为7.21。该蛋白第82~344个和443~549个氨基酸是2段保守结构域STKc激酶域和PH调节结构域。同源性分析表明rdPDK1蛋白与HsPDK1蛋白氨基酸序列一致率为79%,相似率为100%;与MmPDK1蛋白氨基酸序列一致率为80%,相似率为100%。本研究结果有望为进一步研究东北林蛙PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。
关键词
东北林蛙
pdk1基因
基因
克隆
生物信息学分析
Keywords
Rana dybowskii
pdk
1
gene
Gene cloning
Bioinformatics analysis
分类号
Q959.5 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
葱蝇PDK1基因的克隆及生物信息学分析
被引量:
3
3
作者
申力
郝友进
罗钱春
陈斌
机构
重庆师范大学昆虫与分子生物学研究所重庆市动物生物学重点实验室
出处
《重庆师范大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期30-36,135,共8页
基金
美国国立卫生研究院NIH项目(No.R01AI095184)
国家自然科学基金(No.31071968
+3 种基金
31372265)
重庆市科技攻关重点项目(No.CSTC2012GG-YYJSB80002)
"两江学者"计划专项经费
重庆市科委项目(No.CSTC2011BB1002)
文摘
3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1(3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1,PDK1)是磷脂酰肌醇3-激酶(Phosphatidylinositol-3kinase,PI3K)/蛋白激酶B(PKB/Akt)信号通路中一个关键的激酶。该通路在人(Homo sapiens)、黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)、秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)中是一条保守的通路,通过激活下游的因子对代谢、细胞分化、寿命等产生重要调节作用。本研究基于葱蝇(Delia antiqua)转录组数据通过生物信息学分析从其中鉴定出PDK1基因4条Unigene序列,并通过PCR技术克隆了PDK1基因的全长cDNA,命名为DaPDK1,其全长为3 215bp,开放阅读框长2 730bp,编码909个氨基酸。采用生物信息学的方法,推测该基因编码的蛋白质相对分子质量为100.3kD,等电点为8.53。该蛋白第87~109氨基酸是跨膜区,第284~627和744~833氨基酸是两个保守结构域STKc和PH。同源性分析表明DaPDK1蛋白与地中海实蝇(Ceratitis capitata)PDK1蛋白氨基酸序列相似性最高(一致率为53.1%,相似率为63.2%)。本研究结果有望为进一步研究葱蝇PI3K/Akt信号通路中PDK1基因的特性及功能奠定基础。
关键词
葱蝇
pdk1基因
克隆
生物信息学分析
Keywords
Delia antiqua
pdk
1
gene
cloning
bioinformatics analysis
分类号
Q963 [生物学—昆虫学]
原文传递
题名
常染色体显性多囊肾病家系的PDK1基因变异检测与产前诊断
被引量:
1
4
作者
李慧君
曹培暄
朱湘玉
朱雨捷
吴星
李洁
机构
南京大学医学院附属鼓楼医院妇产科
出处
《中华医学遗传学杂志》
CAS
CSCD
2022年第9期932-937,共6页
基金
2020年江苏省"双创计划"双创博士项目(苏人才办2020-2号)。
文摘
目的探讨8个多囊肾病家系的致病变异位点,为常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)的遗传咨询和产前诊断提供理论依据。方法应用全外显子组测序和高通量测序技术检测8个独立家系中先证者的PKD1、PKD2基因,通过Sanger测序进行位点验证和家系分析,结合多囊肾疾病数据库和蛋白变异预测软件进行生物信息学分析。结果检测出8个PDK1变异,包括5个无义变异和3个错义变异。其中4个无义变异PDK1:c.7555C>T,c.7288C>T,c.4957C>T和c.11423G>A已报道为ADPKD的致病变异,1个错义变异PDK1:c.2180T>G(p.Leu727Arg)报道为可能致病的变异;3个变异位点未见报道,c.6781G>T(p.Glu2261*),c.109T>G(p.Cys37Gly),c.8495A>G(p.Asn2832Ser),其中无义变异PDK1 c.6781G>T(p.Glu2261*)为致病变异,错义变异PDK1 c.109T>G(p.Cys37Gly)和c.8495A>G(p.Asn2832Ser)为可能致病的变异。2个家系的产前诊断结果显示家系1胎儿携带与先证者相同的变异,家系2胎儿未携带与先证者相同的变异。结论鉴定出8个ADPKD家系的PDK1基因变异,其中包括3个未见报道的新变异,丰富了PDK1基因变异谱。以鉴定出的变异为理论依据,成功对2个家系进行产前诊断,为临床ADPKD出生缺陷提供咨询。
关键词
常染色体显性多囊肾病
pdk1基因
基因
变异
产前诊断
Keywords
Autosomal dominant polycystic kidney disease
PKD
1
gene
Genetic variant
Prenatal diagnosis
分类号
R692 [医药卫生—泌尿科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
达格列净保护PDK1基因敲除心衰小鼠表达谱系研究
刘海浪
姜爱侠
魏忠诚
徐海燕
《西部医学》
2023
0
下载PDF
职称材料
2
东北林蛙PDK1基因的克隆及生物信息学分析
巩珊珊
邵婕
曲俐俐
柴龙会
张晶钰
肖向红
《野生动物学报》
北大核心
2017
0
下载PDF
职称材料
3
葱蝇PDK1基因的克隆及生物信息学分析
申力
郝友进
罗钱春
陈斌
《重庆师范大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2014
3
原文传递
4
常染色体显性多囊肾病家系的PDK1基因变异检测与产前诊断
李慧君
曹培暄
朱湘玉
朱雨捷
吴星
李洁
《中华医学遗传学杂志》
CAS
CSCD
2022
1
原文传递
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