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河南鲁山五大温泉古细菌多样性分析 被引量:3
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作者 张科 刘丽 +3 位作者 郑新华 王瑜 张俊峰 李冰洁 《信阳师范学院学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2019年第2期221-227,共7页
河南省平顶山市鲁山县有上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤等五大温泉,采用Illumina Hisiq2500PE250技术对鲁山五大温泉(上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤)古细菌的16S r DNA基因V4-5变异区序列进行测序,应用Uparse、Mothur、SILVA、MUSCLE和Qi... 河南省平顶山市鲁山县有上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤等五大温泉,采用Illumina Hisiq2500PE250技术对鲁山五大温泉(上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤)古细菌的16S r DNA基因V4-5变异区序列进行测序,应用Uparse、Mothur、SILVA、MUSCLE和Qiime等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析物种的丰度和多样性.上汤、中汤、温汤、下汤和碱汤分别获得87 993、67 326、44400、48 611、48 495条有效reads,聚类为520、280、678、451、437个OUTs.古细菌分类分析表明,河南鲁山五大温泉的古细菌可以归入11个门,其中奇古菌门(Thaumarchaeota)占95.25%,是优势菌群;在属分类阶元上,上汤、中汤和温汤的优势菌属为Candidatus-Nitrosocaldus; unidentified-Thaumarchaeota是下汤和碱汤的优势菌属.对河南鲁山五大温泉开展古细菌多样性的研究发现,温泉水中含有较高的参与氨氧化过程的奇古菌门,为后续深入研究和利用河南鲁山五大温泉水中的古细菌资源提供了基础资料. 展开更多
关键词 温泉 古细菌 16S RDNA基因 HiSeq2500 pe250
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基于高通量测序技术分析恩施州淡豆豉的细菌多样性 被引量:3
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作者 马上超 程超 +3 位作者 田成 陈业 莫开菊 汪兴平 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第10期156-161,共6页
以恩施州不同产地5种细菌型淡豆豉作为实验对象,利用Illumina PE250高通量测序技术,对5种淡豆豉的细菌群落结构及多样性进行研究。结果表明:5种恩施州豆豉的微生物组成多样,共鉴定出17门、24纲、43目、78科、152属以及93种。其中核心优... 以恩施州不同产地5种细菌型淡豆豉作为实验对象,利用Illumina PE250高通量测序技术,对5种淡豆豉的细菌群落结构及多样性进行研究。结果表明:5种恩施州豆豉的微生物组成多样,共鉴定出17门、24纲、43目、78科、152属以及93种。其中核心优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes),其次为变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),优势菌属为芽孢杆菌属(Bacillus)的嗜热淀粉芽孢杆菌(Bacillus thermoamylovorans)和史密斯芽孢杆菌(Bacillus smithii)。各样品间,优势菌属相同,但相对丰度差异较大,其余次要菌属的种类和相对丰度均存在较大差异,显示出恩施淡豆豉菌群结构的多样性。 展开更多
关键词 细菌型 淡豆豉 Illumina pe250 多样性 群落结构
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树鼩大肠内容物细菌的群落多样性分析 被引量:7
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作者 郭玉倩 角建林 +3 位作者 袁鑫 吴超 王利梅 郑红 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2018年第9期7-13,32,共8页
目的应用高通量测序技术分析树鼩大肠细菌的结构与组成。方法采集3只雄性树鼩大肠内容物,用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3~V4区,采用Illumina PE250平台测序。结果共获得160 157条有效序列,聚类后得437个运算分类单位(operational taxonom... 目的应用高通量测序技术分析树鼩大肠细菌的结构与组成。方法采集3只雄性树鼩大肠内容物,用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3~V4区,采用Illumina PE250平台测序。结果共获得160 157条有效序列,聚类后得437个运算分类单位(operational taxonomic units,OTUs)。树鼩大肠中的细菌有9个门、19个纲、37个目、68个科、137个属和194个种。其中,(1)厚壁菌门和变形菌门的丰度最高,分别为63.30%和28.52%;(2)优势纲是芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲(51.46%、28.02%);(3)乳杆菌目和肠杆菌目的丰度最高,为45.33%和27.51%;(4)优势科是乳杆菌科(35.30%)和肠杆菌科(27.51%);(5)乳杆菌属和埃希氏菌属为优势属(35.30%、27.49%);(6)在种的水平,可培养细菌的丰度为37.10%,未分类细菌27.69%,不可培养细菌35.21%。可培养细菌中,唾液链球菌的丰度最高(26.66%)。在丰度最高的20个种中,8种细菌(40%)未分类,为以往未被发现的新种。个体间细菌群落存在一定差异。结论树鼩大肠内容物中的细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。 展开更多
关键词 树鼩 大肠细菌 ILLUMINA pe250 多样性
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Archaea Diversity of Five Hot Springs in Lushan from Henan
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作者 Ke ZHANG Li LIU +8 位作者 Xuyang ZHANG Shufang ZHANG Xinhua ZHENG Yu WANG Junfeng ZHANG Bingjie LI Yunxia ZHOU Fuan WANG Xichao XIA 《Meteorological and Environmental Research》 CAS 2020年第1期48-52,共5页
There are five hot springs named separately SHANGT,ZHONGT,WENT,XIAT and SHENT in Lushan County,Pingdingshan City,Henan Province.The archaeal diversity of the five hot springs was investigated and analyzed.16 S rD NA v... There are five hot springs named separately SHANGT,ZHONGT,WENT,XIAT and SHENT in Lushan County,Pingdingshan City,Henan Province.The archaeal diversity of the five hot springs was investigated and analyzed.16 S rD NA v4-5 genes of archaea were sequenced by Illumina Hisiq2500 PE250 technology.The numbers of sample sequences and OTUs were sorted by using Uparse,Mothur,SILVA,MUSCLE and Qiime software.Finally,the archaeal abundance and diversity in the five hot springs were analyzed.87993,67326,44400,48611 and 48495 effective reads have been obtained from SHANGT,ZHONGT,WENT,XIAT and SHENT respectively,and 520,280,678,451 and 437 OTUs have been acquired.The analysis of archaeal classification showed that the archaea from the five hot springs could be classified into 11 phyla,in which Thaumarchaeota accounted for 95.25%and was the dominant archaea.In the genera level,the dominant archaea of the SHANGT,ZHONGT and WENT was Candidatus-Nitrosocaldus,and unidentified-Thaumarchaeota was the dominant archaea in XIAT and SHENT.The results showed that the five hot springs in Lushan are rich in microbial resources.The research provided basic data for further research and utilization of the archaea resources in the five hot springs of Lushan. 展开更多
关键词 HOT spring ARCHAEA 16S RDNA GENES Hisiq2500 pe250
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Acer双用平板电脑强劲登场
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《信息系统工程》 2003年第10期45-45,共1页
关键词 Acer公司 平板电脑 系统配置 技术规格 TRAVELMATE 250PE
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宏碁双用平板电脑TravelMate 250PE上市
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作者 温馨 陆颖 《广东电脑与电讯》 2003年第10M期58-58,共1页
宏碁近日抽用户推出低价位,全内置并结合了平板电脑功能优势的Trave1Mate 250PE。这是在继成功推出双用平板电脑Trave1Mate C100系列,以及全球首部迅驰双用平板电脑Trave1Mate C110系列后,宏碁推出的又一款平板电脑产品。
关键词 宏碁公司 平板电脑 Trave1Mate250PE 操作系统 硬件配置
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宏基新款Tablet“兼容”笔记本
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《个人电脑》 2003年第11期156-156,共1页
关键词 宏基公司 笔记本电脑 ACER TRAVELMATE 250PE 数字转换器 TABLET PC操作系统
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河南鲁山五大温泉水细菌多样性分析 被引量:7
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作者 刘丽 张科 +5 位作者 李冰洁 李明灿 陈秋 郑新华 王福安 周云霞 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1219-1227,共9页
【背景】位于河南中部的平顶山市含有丰富的温泉资源,对温泉水中的微生物多样性和群落结构进行研究有助于更好地开发利用温泉资源。【目的】探究河南鲁山五大温泉水中(上汤、中汤、下汤、温汤和神汤)细菌多样性。【方法】采用Illumina H... 【背景】位于河南中部的平顶山市含有丰富的温泉资源,对温泉水中的微生物多样性和群落结构进行研究有助于更好地开发利用温泉资源。【目的】探究河南鲁山五大温泉水中(上汤、中汤、下汤、温汤和神汤)细菌多样性。【方法】采用Illumina Hi Seq2500 PE250技术对鲁山五大温泉水细菌的16S r RNA基因V3-V4变异区序列进行测序,应用UPARSE、Mothur、Silva、MUSCLE和QIIME等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)数量,最后分析五大温泉水中细菌的丰度和多样性。【结果】上汤、中汤、下汤、温汤和神汤分别获得56 017、68 319、65 247、59 340、68 825条有效Tags,聚类为670、287、337、598、381个OTU。细菌分类分析表明,五大温泉水的细菌超过40个门,变形菌门(Proteobacteria)占84.12%,是优势菌;在属分类阶元上,五大温泉水的细菌超过239个属,上汤的优势菌是不动杆菌属(Acinetobacter),中汤的优势菌是Tepidimonas,下汤的优势菌是Vogesella和不动杆菌属(Acinetobacter),温汤的优势菌是Sphingopyxis和新鞘脂菌属(Novosphingobium),神汤的优势菌是Aquabacterium。【结论】鲁山五大温泉水中含有丰富的微生物资源,为后续五大温泉水中的微生物资源开发奠定了基础。 展开更多
关键词 五大温泉 细菌多样性 16S RRNA基因 HI Seq2500 pe250
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基于高通量测序的树鼩不同肠道部位菌群结构分析 被引量:1
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作者 陆姜利 郭玉倩 +3 位作者 曾跃勤 王利梅 郑红 角建林 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2020年第5期514-519,共6页
目的观察树鼩不同肠道部位菌群的多样性及构成。方法采集3只雄性树鼩回肠、盲肠、结肠内容物,提取DNA,利用Illumina PE250高通量测序平台扩增肠道菌16S rDNA V4区域,分析菌群结构和丰富度。结果树鼩回肠、盲肠、结肠菌群的优化序列数差... 目的观察树鼩不同肠道部位菌群的多样性及构成。方法采集3只雄性树鼩回肠、盲肠、结肠内容物,提取DNA,利用Illumina PE250高通量测序平台扩增肠道菌16S rDNA V4区域,分析菌群结构和丰富度。结果树鼩回肠、盲肠、结肠菌群的优化序列数差异无统计学意义。α多样性分析,树鼩肠道3个部位菌群的Chao1指数、PD指数、Simpson指数、Shannon-Wiener指数差异无统计学意义,相对于回肠,盲肠与结肠菌群多样性的相似性较高。Rank-Abundance曲线显示,回肠菌群的丰富度较高且分布较均匀。β多样性分析,树鼩回肠菌群结构差异性较小,盲肠与结肠菌群结构差异较大。树鼩肠道菌群共检出26个门,17个门在3个组共存。互养菌门(Synergistetes)、Rokubacteria门、奇古菌门(Thaumarchaeota)、TA06门仅见于回肠;衣原体门(Chlamydiae)为盲肠中特有;迷踪菌门(Elusimicrobia)仅在结肠中发现。共获得414个属,结肠、盲肠、回肠中独有属分别为15个、7个、3个。共发现530个种,其中唾液乳杆菌(Lactobacillus salivarius)丰富度最高。Random Forest分析结果显示,在树鼩回肠、盲肠、结肠中发现7个生物标记物。结论树鼩回肠、盲肠、结肠肠道菌群多样性差异无显著性,但相对于结肠与盲肠,回肠菌群丰富度较高且分布较均匀。树鼩3个肠道部位具有各自独特的菌群。 展开更多
关键词 肠道菌群 树鼩 高通量测序 Illumina pe250
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双用平板电脑添新军 Acer TravelMate 250PE
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作者 苏锋 《微电脑世界》 2003年第18期106-106,共1页
关键词 Acer公司 双用平板电脑 TRAVELMATE 250PE 852GME芯片组 双网模式 手写输入
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