PGM5-AS1抑制miR-4728-5p对宫颈癌细胞侵袭、转移的影响

目的 研究长链非编码RNA(lncRNA)葡萄糖磷酸变位酶样蛋白5反义(PGM5-AS)1对微小RNA(miRNA)-4728-5p的靶向调控及对宫颈癌细胞侵袭、转移的影响。方法 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测宫颈癌组织中PGM5-AS1表达。在宫颈癌SiHa细胞中转染pcDNA3.1-PGM5-AS1或anti-miR-4728-5p。采用噻唑蓝(MTT)法检测SiHa细胞的增殖,平板克隆形成实验分析细胞的克隆形成,Transwell小室法评估细胞的侵袭迁移,Western印迹测定细胞中细胞增殖抗原Ki67、E钙黏蛋白(E-cadherin)、N钙黏蛋白(N-cadherin)蛋白表达。生物信息学预测与双荧光素酶报告实验验证PGM5-AS1对miR-4728-5p的靶向调控。qRT-PCR检测miR-4728-5p的表达。结果 宫颈癌组织中PGM5-AS1的表达量明显减少(P<0.05)。转染pcDNA3.1-PGM5-AS1显著降低SiHa细胞的细胞存活率、克隆形成数、迁移细胞数、侵袭细胞数、Ki67和N-cadherin蛋白水平,并明显提高E-cadherin蛋白水平(P<0.05)。PGM5-AS1靶向抑制miR-4728-5p的表达。转染anti-miR-4728-5p明显减少SiHa细胞的细胞存活率、克隆形成数、迁移细胞数、侵袭细胞数、Ki67和N-cadherin蛋白表达量,而显著增加高E-cadherin蛋白表达量(P<0.05)。结论 PGM5-AS1通过靶向miR-4728-5p,抑制宫颈癌细胞的增殖、侵袭、转移。

Ion Torrent PGM测序在87例无精子症Y染色体微缺失分析中的应用

目的:探究Ion Torrent PGM测序技术在Y染色体微缺失检测中的可行性。方法:收集非梗阻性无精子症患者87例作为实验对象,全部完成精液常规、生殖激素和染色体核型分析。以多重PCR法作为对照,用Ion Torrent PGM测序技术检测Y染色体微缺失,比较两种方法的检出率。结果:PGM测序法检出率为49.4%,多重PCR法检出率为12.6%,Ion Torrent PGM的检出率明显高于多重PCR,Ion Torrent PGM检出的AZF缺失患者包含全部多重PCR检出患者,且缺失位点完全一致。同时,在87例男性不育患者中,Ion Torrent PGM检出24例,共14种男性不育相关基因突变,总阳性率为27.59%。结论:对无精子症患者,采用Ion Torrent PGM测序检测AZF缺失,可明显提高检出率;同时PGM测序法可以检出更多的男性不育相关基因突变位点,为无精子症的诊断提供帮助。

Fe-PGMs合金废电解液溶析结晶制备硫酸亚铁

以Fe-PGMs合金电解精炼产生的废电解液为原料,无水乙醇作为溶析剂,使用溶析结晶法从废电解液中将硫酸亚铁结晶析出。考察了溶析时间、乙醇与水溶液体积比、溶析温度、搅拌速度、陈化时间、无水乙醇滴加方式对硫酸亚铁结晶率的影响。结果表明,在溶析时间60 min、无水乙醇与水溶液体积比为1:1、溶析温度10℃、搅拌速度200 r/min、陈化时间60 min、乙醇滴加方式为逐滴加入时硫酸亚铁结晶率达到最大92.98%。此工艺避免了电解过程中废电解液对环境的污染,实现了电解Fe-PGMs合金中电解液及Fe-PGMs合金酸浸液的循环利用。

Ion Torrent PGM测序技术在MPN患者临床诊断中的方法学建立

目的:探讨通过自主设计定制的MPN致病相关基因的多重PCR引物试剂盒,使用Ion Torrent PGM第二代测序平台快速和准确地获取MPN患者基因突变信息的可行性和可靠性。方法:收集2015年1月至2015年10月就诊于南方医院血液科,经Sanger测序法检测JAK2V617F+和(或)CALR+、Ph-的10例MPN患者骨髓标本,然后使用Ion Torrent PGM第二代测序复核检测骨髓并对比两种方法结果的一致性。结果:Ion Torrent PGM第二代测序检测JAK2V617F、CALR和MPL就这3个基因而言,所有样本CALR基因52 bp缺失均未被检测出,其余测序结果与Sanger测序结果完全一致。结论:Lon Torrent PGM测序平台检测MPN患者多个基因突变,方法上具有可行性,能满足临床检测需求。本研究方法在1-2 d内可完成23个基因突变检测,具有灵敏、特异、快速、高通量及低成本的优势。

鼠疫耶尔森菌pgm位点及其侧翼序列遗传变异的比较分析

目的 研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法 比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然分离株和 7株假结核耶尔森菌。结果 除锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株外 ,其他菌株均缺失了YP16 6 6的 70～ 87bp之间的 18bp碱基。 14 0 6bp处T的缺失仅存在于东方型菌株中。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点下游都没有IS10 0插入 ;锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株的色素沉着区有 1个IS2 85插入 ,在其下游 3kb区域还有 1个IS10 0插入。冈底斯山型和昆仑山A、B型菌株的 pgm位点上游侧翼区与其他菌株不同。36株菌的 pgm位点缺失 ,缺失的菌株主要集中在鄂尔多斯高原型 ,松辽平原B型 ,昆仑山A、B型 4种生态型菌株中。结论 北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株是中国鼠疫耶尔森菌中比较古老的菌株。锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株是一个独特的分支 ,建议归为第 4个生物型———田鼠型。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点 ,由于在其下游没有IS10 0插入 ,所以稳定、不易缺失?

地下水流模拟系统PGMS(1.0版)简介

地下水资源评价、规划和管理的核心是地下水动态的预测,当前地下水动态预测最有效的手段,甚至可以说唯一的手段,是数值模拟。国际上流行的地下水数值模拟的专业软件很多,如Visual MODFLOW、FEFLOW等。MODFLOW系列软件在国内外被普遍采用,它在可视化方面做得比较成功,但在地下水流的模拟上尚不尽人意。我国拟自行研制地下水模拟专业软件。在中国地质调查局地质大调查项目的支持下,集成开发者长期地下水模拟的研究基础,开发可视化的前后处理程序,形成了一个基于多边形网格的三维地下水流有限差分模拟系统(简称PGMS,即Polygon-grid finite-differencegroundwater modeling system)。

土壤微生物16S rDNA的Ion Torrent PGM高通量检测方法构建与应用

采用Ion Torrent Personal Genome Machine(PGM)测序平台,以16S rRNA基因V4-V5区为标靶,沼泽土壤和草坪土壤为材料,建立土壤微生物16S rDNA检测方法。结果表明,当测序序列数达到15 000条左右,两种土壤样品的Shannon曲线趋于平稳,而且沼泽土壤的多样性指数明显高于草坪土壤。在沼泽土壤和草坪土壤中分别检测到7 615和8 072个OTUs,分属于30门、53纲、93目、130科、182属和29门、52纲、88目、125科、183属。方差分析表明两类土壤存在着丰度差异显著的微生物类群和OTUs。根据样品间相似度分析,所有测试样本可明显分成两组,而且3个重复各自归为一组。可见,该试验所建立的Ion Torrent PGM土壤微生物16S rDNA检测法具有高通量、高灵敏度等优点,能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,从而可为土壤微生物群落结构研究提供强有力的检测工具。

Ion Torrent PGM^(TM)平台在儿童遗传性疾病诊断中应用初探

目的在PCR产物定量混合构建文库方法的基础上,探讨IonTorrentPGMTM平台二代测序应用于儿科常见遗传性疾病诊断的价值。方法采集临床诊断的2例肌营养不良、1例胆汁酸合成障碍和1例甲基丙二酸血症患儿的外周血,提取基因组DNA,分别针对DMD基因、HSD3B7基因、AMACR基因及MUT基因采用PCR反应进行编码区扩增,扩增产物定量混合制备成文库,在PGM上完成测序。使用NextGENe软件进行数据分析。同时采用Sanger测序方法,对上述基因进行全基因测序;肌营养不良病例采用多重连接探针扩增(MLPA)进行基因外显子拷贝数变异的检测。结果例1肌营养不良患儿DMD基因检测到6个变异,其中c.998C>A,p.333S>X为已知致病突变位点,4个为SNP(rs228406、rs1801187、rs1801188、rs1800280)。PGM检测到1个假阳性,为6个连续的T后面插入了1个T。例2肌营养不良患儿检测到DMD基因g.2788933943-2790543577共5个外显子的缺失,MLPA检测结果与二代测序结果相符合。例3胆汁酸合成障碍患儿HSD3B7基因和AMACR基因共检测到7个变异,其中HSD3B7基因复合杂合突变c.45-46delAG,FS;c.262G>G/C,p.88G>RG,5个为SNP(rs9938550、rs3195676、rs10941112、rs2278008、rs2287939)。例4甲基丙二酸血症患儿MUT基因检测到3个变异,1个为已知致病突变位点杂合突变c.728-729het-insTT,FS;2个为SNP(rs2229384、rs8589)。PGM检测到2个假阳性。结论基于PGMTM平台、采用PCR产物定量混合构建文库测序的方法,具有低成本、高通量、高灵敏度以及可灵活设计的特点,适合用于儿科临床常见遗传性疾病的检测。但由于二代测序技术可能带来的假阳性,对于检测到的变异需要Sanger直接测序法进一步验证。

pGM(1,1)预测模型及其参数估计

从分析GM ( 1,1)预测模型的背景值取值不足入手 ,根据误差处理理论 ,对GM ( 1,1)预测模型进行扩展 ,提出一种基于比例因子来确定背景值的pGM ( 1,1)预测模型。同时 ,讨论该模型参数的最佳估计方法。

鼠疫菌Vw Pgm突变与毒力的关系

研究了鼠疫菌ＶｗＰｇｍ突变与毒力的关系。青海疫源地内青藏高原型和祁连山型鼠疫菌ＶｗＰｇｍ的突变率无明显差异。经人工培养２０～２４代后，Ｖｗ＋菌株可能为Ｖｗ－，毒力明显降低，Ｐｇｍ＋菌株除１株转为Ｐｇｍ－，１株为Ｐｇ±，其余３株仍为Ｐｇｍ＋，Ｖｗ毒力因子具有更不稳定特点。测定了同一菌株中不同Ｐｇｍ特征的毒力，Ｐｇｍ＋细胞里强毒，Ｐｇｍ－鼠疫菌经１０代小白鼠传代，均无Ｐｇｍ＋细胞回复。

变形监测双重加权DPGM(1,1)预测模型的建立

针对GM(1,1)建模过程中背景值、时间因素两方面存在的不足,文中提出双重加权DPGM(1,1)预测模型,通过对背景值进行加权生成新的背景值,建立PGM(1,1)模型;在PGM(1,1)基础上考虑到时间因素在求解灰参数时进行第二次加权建立DPGM(1,1)模型。通过实例分析,比较GM(1,1)、PGM(1,1)、DPGM(1,1)三种模型在变形监测数据处理中的拟合和预测结果。表明,双重加权DPGM(1,1)模型拟合效果更好、预测精度更高。该模型具有前两种模型的优点,同时弥补了传统GM(1,1)的不足。

鄂温克人红细胞ESD和PGM_1表型分布及基因频率的研究

人类红细胞酯酶D(ESD)和葡萄糖磷酸变位酶-1(PGM_1)的多态性及其基因定位已被阐明。由于它们按孟德尔定律进行遗传,现已成为群体遗传学。

pGM(1,1)模型在变形预测中的应用

分析了GM (1,1)模型在背景值取值上的不足 ,提出了一种基于权的 pGM (1,1)模型。通过模型比较 ,表明pGM (1,1)模型具有更好的预测效果 。

中国北方五群体EsD、PGM、Hp型的分布比较

采用淀粉／琼脂糖混合凝胶电泳同步检测血痕和聚丙烯酸胺凝胶电泳的方法分别对鄂温克、鄂伦春、达斡尔，东部蒙古族和布里亚特蒙古人EsD、PGM和Hp表型分布进行了检测，计算了基因频率及其识别能力。并与不同地区，不同国家和不同民族进行比较研究。

Ion Torrent PGM^(TM)测序在急性髓系白血病检测中的应用

目的探讨Ion Torrent PGMTM测序平台用于急性髓系白血病(AML)患者基因突变检测的可行性。方法提取27例AML患者初次治疗前的骨髓DNA,用Ion Torrent PGMTM测序仪对50个常见的肿瘤基因热点突变区进行检测,同时用Sanger测序法检测FMS样酪氨酸激酶3(FLT3)和核仁磷蛋白1(NPM1)基因的突变情况以进行验证。结果 50个目标基因中检出17个基因共29个突变位点,单个基因有多种突变方式,以单碱基替换为主。突变频率最高的是NPM1(22.2%)和FLT3(18.5%)。用Sanger测序法验证,NPM1两种方法检测的吻合度为100%,在FLT3验证中,其中有1例Sanger测序为阳性,而Ion Torrent PGMTM检测为阴性。结论 Ion Torrent PGMTM能够在短时间内得到AML患者的基因突变谱,但其在检测长片段插入/缺失中的缺陷仍需改进。

时变参数PGM(1,1)变形预测模型及其应用

在GM(1, 1)模型的基础上,考虑参数随时间的变化,用多项式逼近模型参数,同时针对GM(1, 1)模型背景值取值方法的不足,引入背景值最佳生成系数,建立了时变参数PGM(1, 1)变形预测模型。多项式中的待定系数采用最小二乘法确定,背景值最佳生成系数采用搜索法确定。实例计算表明,时变参数PGM(1,1)变形预测模型具有较高的模拟精度和预测精度, 适合用于变形体的变形预测。

一种基于PGM的单速率组播拥塞控制方案

PGM(pragmatic general multicast)是一种在IP协议中广泛应用的可靠的组播传输协议.但PGM标准本身没有拥塞控制方案,不能实时响应网络需求,及时地调节源端发送速率.针对这个问题,在保证PGM协议可扩展性的基础上,在发送方与CLR(current limiting receiver)之间采用了一种新的闭环控制器来实时地调节源端的发送速率,使其逐渐趋于稳定,并具有较快的响应速度.而且在网络拓扑结构动态变化的情况下,对所提出的拥塞控制方案进行了仿真实验.仿真结果表明,所提出的算法具有较好的可扩展性、稳定性和较快的响应速度,控制方案使网络性能表现良好. PGM(pragmatic general multicast)是一种在IP协议中广泛应用的可靠的组播传输协议.但PGM标准本身没有拥塞控制方案,不能实时响应网络需求,及时地调节源端发送速率.针对这个问题,在保证PGM协议可扩展性的基础上,在发送方与CLR(current limiting receiver)之间采用了一种新的闭环控制器来实时地调节源端的发送速率,使其逐渐趋于稳定,并具有较快的响应速度.而且在网络拓扑结构动态变化的情况下,对所提出的拥塞控制方案进行了仿真实验.仿真结果表明,所提出的算法具有较好的可扩展性、稳定性和较快的响应速度,控制方案使网络性能表现良好.

pGM(1,1)模型权值p的精确求解及其性质分析

文章分析了灰色GM(1,1)模型的缺陷即白化响应式并不是灰微分方程的真正解,以pGM(1,1)模型白化响应式等于灰微分方程的真正解为条件,并由其背景值构造式推导出了权值p的精确表达式。由于p值不是有限小数,因此其取值精度对预测精度有影响,基于指数序列分析了p值的取值精度对预测结果的影响。

内蒙古布里亚特蒙古人和东部蒙古族人EsD和PGM1的基因频率研究

酯酶D(EsD)和磷酸葡萄糖变位酶(PGMl)的遗传多态性在法医学、遗传学、人类学、临床医学中均有应用价值。本文研究了内蒙古东部蒙古人和原苏联布里亚特蒙古人移民中EsD和PGMl表型分布及其基因频率。 材料和方法 东部蒙古人血样采自内蒙古呼伦贝尔盟海拉尔市小学生,共181份。布里亚特蒙古人血样采自呼伦贝尔盟鄂温克自治旗锡尼河索木,献血人207名。献血人员身体健康。

无偏直接PGM(1,1)模型及其优化

无偏直接GM(1,1)模型在原始数据为纯指数序列时能保持无偏性,但在原始数据为近似指数序列时,不是最佳无偏直接GM(1,1)模型.提出了一种无偏直接PGM(1,1)模型,并以模式搜索法求解最佳权值p,同时由于无偏直接GM(1,1)模型默认经过了初始点,因此对初始值进行了修正,结合具体数据将无偏直接GM(1,1)模型与无偏直接PGM(1,1)模型进行了比较,结果表明无偏直接PGM(1,1)模型优于无偏直接GM(1,1)模型.