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PIWI蛋白相互作用RNA-47851在胃腺癌中的表达及其对增殖的影响 被引量:1
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作者 朱锦丽 乔欣悦 +1 位作者 严雪冰 王成海 《实用临床医药杂志》 CAS 2024年第1期20-27,36,共9页
目的探讨PIWI蛋白相互作用RNA-47851(piR-47851)在胃腺癌中的表达、临床病理意义及其对增殖的影响。方法通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检查79例胃腺癌组织中piR-47851的表达情况,分析piR-47851的表达水平与临床特征和生存预后... 目的探讨PIWI蛋白相互作用RNA-47851(piR-47851)在胃腺癌中的表达、临床病理意义及其对增殖的影响。方法通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检查79例胃腺癌组织中piR-47851的表达情况,分析piR-47851的表达水平与临床特征和生存预后的关系。通过细胞增殖实验观察piR-47851对胃癌细胞增殖活性的影响。应用信息学网站预测piR-47851的下游靶基因。建立MAPK1基因3′非翻译区(UTR)的野生型和突变型质粒,应用双荧光素酶报告系统验证piR-47851与MAPK1基因3′UTR结合从而抑制MAPK1蛋白合成。应用Rescue实验确认piR-47851对MAPK1直接调控作用,并探讨piR-47851/MAPK1对胃癌细胞增殖的影响。通过实验性裸鼠皮下荷瘤实验观察降低piR-47851表达对移植瘤体积和质量的影响;通过增殖指标Ki-67染色观察降低piR-47851表达对移植瘤细胞增殖活力的影响。结果qRT-PCR实验结果提示,79例胃腺癌组织中piR-47851的表达水平显著高于癌旁正常胃组织(P<0.05)。piR-47851表达水平与肿瘤大小、分化程度和生存预后密切相关(P<0.05)。生物信息学提示piR-47851与MAPK1基因3′UTR有互补的结合位点。双荧光素酶报告基因实验得出在MAPK1野生型转染组中,piR-47851能显著抑制荧光酶活性,而在MAPK1突变组中无抑制作用。CCK-8增殖活性实验表明,过表达piR-47851后,胃癌细胞增殖活性升高;降低piR-47851后,细胞增殖活性下降,差异均有统计学意义(P<0.05)。Rescue实验提示,在改变piR-47851和(或)MAPK1的表达后再通过qRT-PCR检测MAPK1的表达水平,MAPK1都能受到piR-47851的调控。在功能上过度表达MAPK1可以降低piR-47851对胃癌细胞的增殖促进作用,而减低MAPK1表达可进一步提升胃癌细胞的增殖活性。在裸鼠荷瘤实验中,降低piR-47851表达后肿瘤生长体积和质量显著减小(P<0.05)。增殖指数Ki-67染色表明减低piR-47851表达后增殖活性细胞数目显著低于对照组(P<0.05),验证了piR-47851能促进细胞增殖。结论胃腺癌组织中piR-47851表达水平升高,与肿瘤大小和生存预后密切相关。piR-47851通过与MAPK1的3′UTR结合来下调MAPK1蛋白表达,从而促进胃癌的细胞增殖。 展开更多
关键词 胃腺癌 piwi蛋白相互作用rna-47851 细胞增殖 增殖指数 生存预后
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Piwi蛋白相互作用RNA-823在胃癌中的表达及临床意义 被引量:1
2
作者 顾曦 王程 +2 位作者 许锁保 时常乐 刘健红 《癌症进展》 2021年第12期1238-1241,共4页
目的检测胃癌组织中Piwi蛋白相互作用RNA-823(piRNA-823)的表达情况,分析其临床意义。方法选取76例胃癌患者的胃癌组织及癌旁正常组织(距肿瘤组织﹥5 cm)标本,检测piRNA-823表达水平,分析其与患者临床特征的关系以及对远处转移的影响。... 目的检测胃癌组织中Piwi蛋白相互作用RNA-823(piRNA-823)的表达情况,分析其临床意义。方法选取76例胃癌患者的胃癌组织及癌旁正常组织(距肿瘤组织﹥5 cm)标本,检测piRNA-823表达水平,分析其与患者临床特征的关系以及对远处转移的影响。结果76例胃癌患者胃癌组织中piRNA-823表达水平为(2.34±0.68),低于癌旁正常组织的(3.51±0.71),差异有统计学意义(P﹤0.05)。以胃癌组织中piRNA-823检测值﹤癌旁正常组织的患者(50例)为低表达组,另外26例为高表达组。piRNA-823低表达组患者的总生存期短于高表达组,差异有统计学意义(P﹤0.05)。piRNA-823高表达与低表达胃癌患者浸润深度、淋巴结转移情况、TNM分期比较,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。多因素分析显示,TNM分期是胃癌侵袭转移的影响因素(P﹤0.01),而piRNA-823表达情况非胃癌侵袭转移的影响因素(OR=1.01,95%CI:0.89~3.98)。结论piRNA-823在胃癌组织中低表达,与肿瘤的抑制作用有关,可当作胃癌的诊断指标之一以及靶向治疗的依据。 展开更多
关键词 胃癌 短链非编码rna piwi蛋白相互作用rna-823 侵袭 转移
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长链非编码RNA OPA相互作用蛋白5反向转录序列1靶向调控微RNA-128-3p对结直肠癌细胞增殖、侵袭和转移的影响
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作者 郑留昌 崔发财 +1 位作者 郑培明 赵伟锋 《安徽医药》 CAS 2024年第2期259-265,共7页
目的探究长链非编码RNA OPA相互作用蛋白5反向转录序列1(lncRNA OIP5-AS1)在结直肠癌中的表达情况及靶向调控微RNA-128-3p(miR-128-3p)对结直肠癌细胞增殖、侵袭和转移的影响。方法采用实时荧光定量PCR(qPCR)定量分析2017年1月至2018年1... 目的探究长链非编码RNA OPA相互作用蛋白5反向转录序列1(lncRNA OIP5-AS1)在结直肠癌中的表达情况及靶向调控微RNA-128-3p(miR-128-3p)对结直肠癌细胞增殖、侵袭和转移的影响。方法采用实时荧光定量PCR(qPCR)定量分析2017年1月至2018年12月在郑州大学人民医院住院并进行手术治疗的38例结直肠癌病人癌组织及相应癌旁组织、结直肠癌细胞系(SW480、SW620、HT-29和LoVo)及人正常结直肠黏膜细胞FHC中lncRNA OIP5-AS1和miR-128-3p的表达。将SW620细胞设为si-OIP5-AS1组、si-NC组、miR-128-3p mimic组、mimic-NC组、miR-128-3p inhibitor+si-OIP5-AS1组和inhibitor-NC+siOIP5-AS1组,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)实验和克隆形成实验检测细胞增殖能力,采用划痕实验和transwell实验检测细胞侵袭与迁移能力,采用蛋白质印迹法检测E2F1、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、波形蛋白(Vimentin)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)和E-钙黏蛋白(E-cadherin)蛋白表达,采用双萤光素酶报告实验验证lncRNA OIP5-AS1与miR-128-3p的靶向关系。结果与癌旁组织相比较,lncRNA OIP5-AS1在结直肠癌组织中表达显著升高(1.42±0.40比0.98±0.29,P<0.05),miR-128-3p表达显著降低(0.72±0.21比1.52±0.39,P<0.05),且两者在结直肠癌组织中的表达呈负相关;与FHC细胞(1.05±0.10)相比较,lncRNA OIP5-AS1在结直肠癌细胞株[SW480(1.60±0.25)、SW620(2.19±0.33)、HT-29(1.62±0.23)和LoVo(1.95±0.20)]中的表达显著增高(均P<0.05),miR-128-3p表达(0.70±0.15、0.46±0.03、0.59±0.14、0.74±0.09比1.02±0.11)显著降低(均P<0.05)。lncRNA OIP5-AS1与miR-128-3p为相互作用靶基因,lncRNA OIP5-AS1表达下调或miR-128-3p表达上调均能降低vimentin、N-cadherin、E2F1和cyclin D1蛋白表达,增高E-cadherin蛋白表达,抑制SW620细胞的增殖、侵袭和迁移。在转染si-OIP5-AS1的同时转染miR-128-3p inhibitor可增加vimentin、N-cadherin、E2F1和cyclin D1蛋白表达,降低E-cadherin蛋白的表达,逆转lncRNA OIP5-AS1表达下调对SW620细胞增殖、侵袭和迁移的抑制作用。结论lncRNA OIP5-AS1在结直肠癌中高表达,并靶向调控miR-128-3p参与结直肠癌的增殖、侵袭和迁移过程,lncRNA OIP5-AS1和miR-128-3p能为结直肠癌的诊断和靶向治疗提供潜在的应用价值。 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 侵袭 转移 rna-128-3p 长链非编码rna Opa相互作用蛋白5-反向rna1
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慢性心力衰竭患者血清环状RNA同源域相互作用激酶3和转录因子GATA结合蛋白4与心室重构及心功能的相关性 被引量:3
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作者 解乔木 李影 杨喜山 《中国心血管病研究》 CAS 2023年第11期982-987,共6页
目的探究慢性心力衰竭(CHF)患者血清环状RNA同源域相互作用激酶3(circHIPK3)和转录因子GATA结合蛋白4(GATA4)与心室重构及心功能的相关性。方法选取2021年6月至2023年6月河南科技大学第一附属医院收治的152例慢性心力衰竭(CHF)患者为观... 目的探究慢性心力衰竭(CHF)患者血清环状RNA同源域相互作用激酶3(circHIPK3)和转录因子GATA结合蛋白4(GATA4)与心室重构及心功能的相关性。方法选取2021年6月至2023年6月河南科技大学第一附属医院收治的152例慢性心力衰竭(CHF)患者为观察对象,作为CHF组,选取同期健康体检者110例,作为对照组,参照纽约心脏病协会(NYHA)心功能分级标准将CHF患者分为Ⅰ~Ⅱ级(53例)、Ⅲ级(50例)、Ⅳ级(49例),采用实时荧光定量PCR法检测血清样本中circHIPK3表达水平,酶联免疫吸附法检测血清中GATA4蛋白水平,彩色多普勒超声心动图检测心室重构及心功能指标:左心室质量指数(LVMI)、左心室重构指数(LVRI)、左心室后壁厚度(LVPW)、左室舒张内径(LVEDD)、左心室短轴缩短率(LVFS)、心输出量(CO)、左心室射血分数(LVEF),多因素logistic回归分析CHF患者心功能分级的影响因素,Pearson法分析CHF患者血清circHIPK3、GATA4与LVMI、LVRI、LVPW、LVEDD、LVFS、CO、LVEF的相关性。结果与对照组比较,CHF患者血清中circHIPK3[(1.14±0.25)比(1.89±0.59)]、GATA4[(17.26±2.52)pg/ml比(26.94±4.24)pg/ml]水平显著升高,差异存在统计学意义(t=12.538、21.363;P<0.05),circHIPK3、GATA4水平随心功能分级的增加而升高。circHIPK3、GATA4、LVMI是心功能分级为Ⅲ~Ⅳ级的独立危险因素,CO、LVEF是保护因素(P<0.05)。CHF患者血清中circHIPK3、GATA4水平与LVMI、LVPW、LVEDD呈正相关,与LVRI、LVFS、CO、LVEF呈负相关(P<0.05);CHF患者血清中circHIPK3与GATA4呈正相关(P<0.05)。结论circHIPK3、GATA4在CHF患者血清中呈现高表达,与心室重构、心功能指标存在一定关联性,可能对该病的诊治、预后评估有重要参考价值。 展开更多
关键词 慢性心力衰竭 环状rna同源域相互作用蛋白激酶3 转录因子GATA结合蛋白4 心室重构 心功能
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PIWI相互作用RNA:结直肠癌诊断和预后的生物标志物 被引量:3
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作者 闻杰 李雪婷 李百祥 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第10期1450-1455,共6页
PIWI相互作用RNA(PIWI-interacting RNA,piRNA)是一种新型小分子非编码RNA,它通过与PIWI蛋白形成复合体发挥调节作用,主要存在于哺乳动物(人类、小鼠等)的干细胞与生殖细胞中。越来越多的研究表明,piRNA可以通过表观遗传改变来调节基因... PIWI相互作用RNA(PIWI-interacting RNA,piRNA)是一种新型小分子非编码RNA,它通过与PIWI蛋白形成复合体发挥调节作用,主要存在于哺乳动物(人类、小鼠等)的干细胞与生殖细胞中。越来越多的研究表明,piRNA可以通过表观遗传改变来调节基因表达,包括转座子沉默、DNA甲基化和染色质修饰等,在肿瘤的发生中起关键性作用。因此,piRNA具有作为生物标志物的可能,为癌症诊断与预后监测提供新的方法。文章综述了piRNA在结直肠癌中的生物学作用,为结直肠癌的发病机制和寻找其有效生物标志物的研究工作提供线索。 展开更多
关键词 piwi相互作用rna 结直肠癌 生物标志物 肿瘤
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环状RNA核受体相互作用蛋白1对肿瘤发生发展的调控机制研究进展
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作者 高欣 于永波 +2 位作者 王海存 姜兴明 王志东 《基础医学与临床》 2023年第5期827-832,共6页
环状RNA(circRNA)是一类广泛表达于真核细胞的单链共价闭合性非编码RNA分子。近来研究发现circRNA参与调控细胞增殖、分化、凋亡等生物学过程,是肿瘤发生发展的关键调节因子。环状RNA核受体相互作用蛋白1(circ_NRIP1)作为一种环状RNA,... 环状RNA(circRNA)是一类广泛表达于真核细胞的单链共价闭合性非编码RNA分子。近来研究发现circRNA参与调控细胞增殖、分化、凋亡等生物学过程,是肿瘤发生发展的关键调节因子。环状RNA核受体相互作用蛋白1(circ_NRIP1)作为一种环状RNA,在诸多人类肿瘤中呈现异常表达并能够调控肿瘤增殖和侵袭迁移等恶性生物学行为。阐明circ_NRIP1在肿瘤发生发展中的调控机制,能够为肿瘤诊断和治疗指明新的方向。 展开更多
关键词 环状rna 环状rna核受体相互作用蛋白1(circ_NRIP1) 肿瘤发生发展 调控机制
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PIWI相互作用RNA017724在肝细胞癌中的表达及其对细胞增殖、凋亡、侵袭和迁移的影响
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作者 吴依靖 王婕 +6 位作者 王浩 陈琳 王慧璇 居林玲 袁柳霞 李民 王峰 《交通医学》 2023年第3期235-241,共7页
目的:分析PIWI相互作用RNA017724在肝细胞癌组织、人肝癌细胞系中的表达及其对细胞增殖、凋亡、侵袭及迁移的影响。方法:采用实时定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)检测肝细胞癌组织和肝癌细胞系中PIWI相互作用RNA017724的... 目的:分析PIWI相互作用RNA017724在肝细胞癌组织、人肝癌细胞系中的表达及其对细胞增殖、凋亡、侵袭及迁移的影响。方法:采用实时定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)检测肝细胞癌组织和肝癌细胞系中PIWI相互作用RNA017724的表达水平。将PIWI相互作用RNA017724模拟物和抑制剂转染SMMC-7721和PLC/PRF/5细胞,采用CCK-8法和细胞集落形成实验检测各组细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞凋亡率,Transwell实验检测各组细胞迁移和侵袭能力。结果:肝癌组织中PIWI相互作用RNA017724表达水平显著低于匹配的相邻正常肝组织,差异有统计学意义(P<0.05);PIWI相互作用RNA017724低表达患者的生存期较短。PIWI相互作用RNA017724抑制剂促进SMMC-7721和PLC/PRF/5细胞的增殖、迁移和侵袭,而模拟物抑制SMMC-7721和PLC/PRF/5细胞的增殖、迁移和侵袭。PIWI相互作用RNA017724对细胞凋亡无明显作用。结论:PIWI相互作用RNA017724抑制HCC细胞的增殖、迁移和侵袭。 展开更多
关键词 肝细胞癌 piwi相互作用rna017724 增殖 迁移 侵袭 凋亡
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毛细管电泳研究HIV抑制剂、Tat蛋白与RNA的相互作用 被引量:3
8
作者 齐小花 丁里 +3 位作者 张新祥 常文保 林伟 杨铭 《分析化学》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期214-216,共3页
利用毛细管区带电泳法对新型HIV抑制剂(β 咔啉类药物)、HIVTat蛋白与HIVTARRNA竞争作 用中的反应物和产物进行分离,研究了这种新型HIV抑制剂与RNA的相互作用,证明了其结合比为1∶1,并 进一步测定了该反应的结合常数为2.76×104... 利用毛细管区带电泳法对新型HIV抑制剂(β 咔啉类药物)、HIVTat蛋白与HIVTARRNA竞争作 用中的反应物和产物进行分离,研究了这种新型HIV抑制剂与RNA的相互作用,证明了其结合比为1∶1,并 进一步测定了该反应的结合常数为2.76×104L/mol,与Tat蛋白和RNA的结合常数相近,说明这种抑制剂可 与蛋白竞争性地结合RNA,从而有效抑制病毒复制。此结果与生物学方法的结论一致。 展开更多
关键词 HIV rna TAT蛋白 抑制剂 病毒复制 毛细管区带电泳法 药物 结合常数 相互作用 毛细管电泳
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小RNA与蛋白质的相互作用 被引量:4
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作者 刘默芳 王恩多 《生命科学》 CSCD 2008年第2期178-182,共5页
小分子调控RNA,包括siRNA(small interfering RNA)、miRNA(microRNA)和piRNA(piwi interacting RNA)、hsRNA(heterochromatin associated small RNA)等,是当前生命科学研究的前沿热点。越来越多的证据表明,这些小分子R N A存在于几乎所... 小分子调控RNA,包括siRNA(small interfering RNA)、miRNA(microRNA)和piRNA(piwi interacting RNA)、hsRNA(heterochromatin associated small RNA)等,是当前生命科学研究的前沿热点。越来越多的证据表明,这些小分子R N A存在于几乎所有较高等的真核生物细胞中,对生物体具有非常重要的调控功能。它们通过各种序列特异性的RNA基因沉默作用,包括RNA干扰(RNAi)、翻译抑制、异染色质形成等,调控诸如生长发育、应激反应、沉默转座子等各种各样的细胞进程。随着对这些小分子调控RNA的发现,一些RNase III酶家族成员、Argonaute蛋白质家族成员及RNA结合蛋白质等先后被鉴定为小RNA的胞内蛋白质合作者,参与小RNA的加工成熟和在细胞内行使功能。本综述简介一些RNA沉默作用途径中重要组分的结构和功能的研究进展。 展开更多
关键词 小分子调控rna rna基因沉默 DROSHA DICER ARGONAUTE piwi rna结合蛋白
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马铃薯卷叶病毒P0蛋白抑制RNA沉默及其与AGO蛋白的相互作用 被引量:3
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作者 霍晓辉 申永梅 +1 位作者 刘国富 曹雪松 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期70-76,共7页
马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)P0是由开放阅读框1(ORF1)所编码,利用农杆菌介导的瞬时表达技术渗透注射转绿色荧光蛋白(GFP)基因的16c烟草叶片发现PLRV-P0能够抑制由GFP mRNA引起的基因沉默,结果表明PLRV-P0是马铃薯卷叶... 马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)P0是由开放阅读框1(ORF1)所编码,利用农杆菌介导的瞬时表达技术渗透注射转绿色荧光蛋白(GFP)基因的16c烟草叶片发现PLRV-P0能够抑制由GFP mRNA引起的基因沉默,结果表明PLRV-P0是马铃薯卷叶病毒编码的一个基因沉默抑制因子。通过序列分析发现PLRV-P0基因序列中含有两个重复的WG基序,我们将PLRV-P0基因序列中第87位和第140位的色氨酸(W)点突变为丙氨酸(A)(命名为P0WA),构建植物表达载体pCAMBIA1300-CE-P0,pCAMBIA1300-CE-P0WA,农杆菌渗透注射本氏(Nicotiana benthamiana)烟草叶片,通过荧光显微镜观察发现PLRV-P0和AGO共同注射后有绿色荧光出现而PLRV-P0WA和AGO共同注射后则没有绿色荧光出现。研究结果初步表明,PLRV-P0能够和AGO蛋白发生相互作用,重复的WG基序是其与AGO蛋白相互作用的关键氨基酸。 展开更多
关键词 马铃薯卷叶病毒(PLRV) P0蛋白 抑制rna沉默 AGO蛋白 相互作用
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RNA结合基序单链相互作用蛋白3在人乳头瘤病毒16型相关宫颈癌细胞和鳞状细胞癌组织中的表达 被引量:1
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作者 李航 崔静 +5 位作者 田明振 冯思佳 杨璐 赵二趁 原志庆 千新来 《新乡医学院学报》 CAS 2015年第8期722-724,727,共4页
目的探讨RNA结合基序单链相互作用蛋白3(RBMS3)在人乳头瘤病毒16型(HPV16)相关宫颈癌细胞和鳞状细胞癌组织中的表达。方法通过Western blotting方法检测RBMS3在HPV16 E7表达阳性和阴性宫颈癌细胞中的表达,通过免疫组织化学(IHC)染色方... 目的探讨RNA结合基序单链相互作用蛋白3(RBMS3)在人乳头瘤病毒16型(HPV16)相关宫颈癌细胞和鳞状细胞癌组织中的表达。方法通过Western blotting方法检测RBMS3在HPV16 E7表达阳性和阴性宫颈癌细胞中的表达,通过免疫组织化学(IHC)染色方法检测RBMS3在HPV16 E7表达阳性和阴性宫颈鳞状细胞癌组织中的表达,并分析RBMS3和HPV16 E7表达的关系。结果 Western blotting结果显示,HPV16 E7在宫颈癌C33-A细胞中不表达,而HPV16 E7在宫颈癌Si Ha细胞中表达;C33-A细胞中RBMS3的表达显著高于Si Ha细胞(P<0.01)。IHC结果显示,RBMS3在HPV16 E7表达阳性宫颈鳞状细胞癌组织中的表达显著低于HPV16 E7表达阴性宫颈鳞状细胞癌组织(P<0.01),RBMS3和HPV16 E7表达呈负相关(P<0.01)。结论 HPV16相关宫颈鳞状细胞癌组织中RBMS3的表达与HPV16 E7的表达呈负相关,RBMS3可能与HPV16相关宫颈癌的发生有关。 展开更多
关键词 宫颈鳞状细胞癌 人乳头瘤病毒 rna结合基序单链相互作用蛋白3
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基于序列预测蛋白质和RNA的相互作用
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作者 汪颖 李享云 《大连交通大学学报》 CAS 2015年第4期109-112,共4页
从计算的角度出发,考虑到当前蛋白质和RNA相互作用数据的实际情况,基于蛋白质和RNA的序列成分信息,构建预测模型.通过来自PDB的3149个蛋白质-RNA相互作用对得到的氨基酸三联体-核苷酸的相互作用倾向性值,定义了一个权重倾向性度量,用来... 从计算的角度出发,考虑到当前蛋白质和RNA相互作用数据的实际情况,基于蛋白质和RNA的序列成分信息,构建预测模型.通过来自PDB的3149个蛋白质-RNA相互作用对得到的氨基酸三联体-核苷酸的相互作用倾向性值,定义了一个权重倾向性度量,用来度量每一对蛋白质-RNA序列中三联体-核苷酸的相互作用倾向性.为了避免特征的冗余性,基于较高倾向性以及成分特征构建特征向量,用于预测蛋白质-RNA相互作用.计算结果显示文中预测模型(SVM模型)和算法的有效性. 展开更多
关键词 蛋白 rna 相互作用 相互作用倾向性
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RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术 被引量:6
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作者 陈伟 许馨 孙绍光 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期103-107,共5页
RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这... RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这些技术反之又推动了RNA领域的研究进程。本文对紫外交联免疫沉淀(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP),CLIP cDNA文库高通量测序(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP),光活化核苷增强的CLIP(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation,PAR-CLIP),单核苷酸分离CLIP(individual nucleotide resolution CLIP,i CLIP),TRIBE(targets of RNA-binding protein identified by editing),RNA标记,相互作用组捕获(interactome capture,IC)和Ser IC(serial RNA interactome capture)等RBPs-RNAs相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行综述。 展开更多
关键词 rna结合蛋白 紫外交联免疫沉淀 CLIP cDNA文库高通量测序 光活化核苷增强的CLIP rna结合蛋白免疫沉淀微阵列 TRIBE rna标记 相互作用组捕获
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MicroRNA-338与靶蛋白eiF4E3的相互作用研究 被引量:2
14
作者 何谦益 彭国平 +1 位作者 刘伟霞 罗本燕 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期583-588,共6页
目的:分析脑缺血再灌注损伤中MicroRNA-338的关键靶蛋白,并探讨MicroRNA调控其靶蛋白的作用及影响因素。方法:采用生物信息学软件预测microRNA-338的可能靶蛋白,根据所预测靶蛋白的mRNA3′UTR二级结构(RNAstructure 4.6软件预测)及其在... 目的:分析脑缺血再灌注损伤中MicroRNA-338的关键靶蛋白,并探讨MicroRNA调控其靶蛋白的作用及影响因素。方法:采用生物信息学软件预测microRNA-338的可能靶蛋白,根据所预测靶蛋白的mRNA3′UTR二级结构(RNAstructure 4.6软件预测)及其在脑缺血再灌注损伤中的作用,确定关键靶蛋白。通过双荧光酶报告系统检验microRNA-338与靶蛋白3′UTR的相互识别;采用Western blot检测实验组与对照组eiF4E3的表达变化。结果:eiF4E3可能是microRNA-338的关键靶蛋白,且其与microRNA-338识别的局部RNA二级结构保持不变。细胞荧光检测结果显示,萤火虫荧光在实验组的表达较对照组显著上升(P<0.01);而海肾荧光在实验组的表达与对照组相比较,差异无统计学意义(P>0.05)。Western blot显示,实验组和对照组eiF4E3的表达无并无显著性差异(P>0.05)。结论:microRNA-338可以识别eiF4E3 mRNA的3′UTR,但对eiF4E3的表达水平并无显著影响。在microRNA识别其目的靶蛋白mRNA后存在影响microRNA与靶蛋白mRNA相互作用的因素,而这种因素很可能与mRNA的三级结构有关。 展开更多
关键词 蛋白 相互作用 MICROrna 脑缺血再灌注损伤 实验组 对照组 表达 mrna 细胞荧光 相互识别 软件预测 rna二级结构 Western 无显著性差异 MICROrna调控 统计学意义 生物信息学 UTR structure 影响因素
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蛋白质-RNA相互作用鉴定技术研究进展 被引量:3
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作者 熊冰钰 叶玙璠 +3 位作者 崔凌云 郑天娇 李茹玉 徐永杰 《生物技术进展》 2020年第3期217-225,共9页
RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)是基因表达调控的关键因子,参与包括蛋白质复合物的协调与稳定、RNA的加工与成熟以及mRNA的转运、稳定、翻译和降解等重要的细胞生物学过程。而RBP和RNA之间的相互作用可以在它们各自的生物学过程... RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)是基因表达调控的关键因子,参与包括蛋白质复合物的协调与稳定、RNA的加工与成熟以及mRNA的转运、稳定、翻译和降解等重要的细胞生物学过程。而RBP和RNA之间的相互作用可以在它们各自的生物学过程中起到重要作用。因此,快速、准确检测RBP-RNA相互作用的技术对研究RBP和RNA的功能至关重要。对近些年发展起来的RNA纯化的染色质分离(chromatin isolation by RNA purification,ChIRP)、RNA靶标的捕获杂交分析(capture hybridization analysis of RNA targets,CHART)、三分子荧光互补技术(trimolecular fluorescence complementation,TriFC)、RNA免疫共沉淀(RNA immunoprecipitation,RIP)、紫外交联免疫沉淀(UV-crosslinking and immunoprecipitation,CLIP)、RNA Pull-down和RNA电泳迁移分析等主要RBP-RNA相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行了综述,旨在为新型技术的发现提供新的思路。 展开更多
关键词 rna结合蛋白 rna RBP-rna相互作用 紫外交联免疫沉淀
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基于异质网络的长非编码RNA和蛋白质相互作用的预测算法研究 被引量:1
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作者 郑肖雄 朱文琰 《计算机应用与软件》 2017年第3期227-232,共6页
长非编码RNA在生物过程中扮演着非常重要的角色,长非编码RNA可以与多种蛋白质结合发挥其生物功能,预测长非编码RNA和蛋白质的相互作用也成为了研究长非编码RNA功能的途径之一。由于长非编码RNA的低保守性,通过提取特征和用机器学习算法... 长非编码RNA在生物过程中扮演着非常重要的角色,长非编码RNA可以与多种蛋白质结合发挥其生物功能,预测长非编码RNA和蛋白质的相互作用也成为了研究长非编码RNA功能的途径之一。由于长非编码RNA的低保守性,通过提取特征和用机器学习算法预测它和蛋白质之间的相互作用将会不太合适。LPHeteSim算法是一种基于对称路径随机游走的方法,它可以衡量异质长非编码RNA和蛋白质相互作用网络中两者的相关性。在导质网络中,LPHeteSim算法可以有效地预测两者的相互作用,实验结果验证了算法的有效性。 展开更多
关键词 长非编码rna蛋白相互作用 随机游走 异质网络
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环状RNA同源域相互作用蛋白激酶3(circHIPK3)通过吸附miR-124-3p促进神经胶质瘤细胞增殖及转移 被引量:10
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作者 夏立军 衣服新 +1 位作者 翟旭 张洺源 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期609-615,共7页
目的探究环状RNA同源域相互作用蛋白激酶3(circHIPK3)通过海绵吸附微小RNA-124-3p(miR-124-3p)对神经胶质瘤细胞增殖和转移的影响。方法按照LipofectamineTM 3000试剂说明书将circHIPK3短发夹RNA(sh-circHIPK3)、pcDNA3.1-circHIPK3、mi... 目的探究环状RNA同源域相互作用蛋白激酶3(circHIPK3)通过海绵吸附微小RNA-124-3p(miR-124-3p)对神经胶质瘤细胞增殖和转移的影响。方法按照LipofectamineTM 3000试剂说明书将circHIPK3短发夹RNA(sh-circHIPK3)、pcDNA3.1-circHIPK3、miR-124-3p模拟物(miR-124-3p mimics)和pcDNA3.1-WEE1转染T98G细胞;实时荧光定量PCR检测circHIPK3和miR-124-3p在神经胶质瘤组织和细胞系中的表达情况;CCK-8法检测T98G细胞增殖情况;TranswellTM法检测T98G细胞侵袭能力;双荧光素酶报告基因验证miR-124-3p与circHIPK3和丝氨酸/苏氨酸激酶WEE1的靶向关系;Western blot法检测WEE1和上皮间质转化(EMT)相关蛋白[上皮钙黏素(E-cadherin)、神经钙黏素(N-cadherin)和波形蛋白(vimentin)]的表达情况;此外,circHIPK3和WEE1竞争性结合miR-124-3p后,采用CCK-8法检测T98G细胞增殖,TranswellTM检测T98G细胞侵袭。结果circHIPK3在神经胶质瘤组织和细胞中高表达,敲减circHIPK3抑制T98G细胞增殖和侵袭能力,并抑制其EMT;双荧光素酶报告基因结果证实miR-124-3p是circHIPK3的靶基因,WEE1是miR-124-3p的靶基因;同时过表达miR-124-3p与circHIPK3或WEE1,或共转染sh-circHIPK3和pcDNA3.1-WEE1可恢复过表达miR-124-3p对T98G细胞增殖、侵袭和EMT的抑制作用。结论circRNA-HIPK3与WEE1海绵吸附miR-124-3p促进神经胶质瘤细胞增殖、侵袭和EMT。 展开更多
关键词 环状rna同源域相互作用蛋白激酶3(circHIPK3) miR-124-3p 神经胶质瘤 细胞增殖 侵袭
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蛋白质与RNA相互作用的预测和研究
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作者 王彤 薛建新 杜奕 《上海第二工业大学学报》 2017年第3期227-230,共4页
确定蛋白质与RNA是否发生作用非常重要,因为它广泛存在于生物学过程中,在生物体细胞活动中起到至关重要的作用。特别是近几年随着蛋白质结构数据的增多,如果仍用传统的物理化学方法去测定会非常困难,找到能自动预测蛋白质与RNA的相互作... 确定蛋白质与RNA是否发生作用非常重要,因为它广泛存在于生物学过程中,在生物体细胞活动中起到至关重要的作用。特别是近几年随着蛋白质结构数据的增多,如果仍用传统的物理化学方法去测定会非常困难,找到能自动预测蛋白质与RNA的相互作用的方法迫在眉睫。首先采用Pse PSSM算法表达蛋白质序列,编码后的蛋白质特征向量维数很高;接着采用GPP流形学习方法对其进行维数约简,约简后的特征向量输入SVM分类器训练,训练好的分类器预测未知的蛋白质与RNA是否相互作用;最后,采用Jackknife测试方法检验预测准确率,测试结果表明,上述方法是十分有效的,为蛋白质与RNA是否相互作用的研究提供一条新的思路。 展开更多
关键词 蛋白质与rna相互作用 维数约简 预测
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一种可阻断致癌蛋白EW-FLI1与RNA解螺旋酶A相互作用抑制尤文氏肉瘤生长的小分子
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作者 王皓帆 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1940-1940,共1页
关键词 小分子化合物 尤文氏肉瘤 致癌蛋白 相互作用 螺旋酶 rna 阻断 HELICASE
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环状RNA同源域相互作用蛋白激酶3促进三阴乳腺癌细胞增殖和迁移的作用机制研究
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作者 丛佳 石杨 刘远远 《实用临床医药杂志》 CAS 2022年第13期93-99,共7页
目的探讨环状RNA同源域相互作用蛋白激酶3(circHIPK3)促进三阴乳腺癌(TNBC)细胞增殖和迁移的作用机制。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测circHIPK3在TNBC细胞系HCC1806、MDA-MB-231、HCC-70和人正常乳腺细胞系MCF-10A中... 目的探讨环状RNA同源域相互作用蛋白激酶3(circHIPK3)促进三阴乳腺癌(TNBC)细胞增殖和迁移的作用机制。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测circHIPK3在TNBC细胞系HCC1806、MDA-MB-231、HCC-70和人正常乳腺细胞系MCF-10A中的表达水平。将circHIPK3高表达的TNBC细胞系分为sh-NC组、sh-circHIPK3组,分别转染NC敲减质粒、circHIPK3敲减质粒;将circHIPK3低表达的TNBC细胞系分为oe-NC组、oe-circHIPK3组,分别转染NC过表达质粒、circHIPK3过表达质粒。采用qRT-PCR检测各组细胞中circHIPK3表达水平,通过细胞增殖实验(MTS)检测各组细胞增殖活性,采用Transwell实验检测各组细胞迁移能力,采用TOP/FOP Flash双荧光素酶报告基因检测各组细胞荧光素酶活性,并通过蛋白质印迹法(Western blotting)检测各组细胞中Wnt/β-catenin信号通路相关蛋白Wnt3a、β-连环蛋白(β-catenin)、c-MYC和基质金属蛋白酶2(MMP-2)的表达。结果circHIPK3在3种TNBC细胞系中的表达水平(MDA-MB-231细胞中表达水平最高,HCC-70细胞中表达水平最低)均高于人正常乳腺细胞系MCF-10A,差异有统计学意义(F=30.110,P<0.001)。qRT-PCR结果显示,circHIPK3在sh-circHIPK3组中的相对表达量为(0.36±0.06),低于sh-NC组的(0.98±0.03),差异有统计学意义(t=16.008,P<0.001);circHIPK3在oe-circHIPK3组中的相对表达量为(6.29±0.71),高于oe-NC组的(0.99±0.05),差异有统计学意义(t=12.897,P<0.001)。sh-circHIPK3组MDA-MB-231细胞增殖活性和迁移能力均低于sh-NC组,oe-circHIPK3组HCC-70细胞增殖活性和迁移能力均高于oe-NC组,差异有统计学意义(P<0.05或P<0.001)。sh-circHIPK3组MDA-MB-231细胞荧光素酶活性低于sh-NC组,oe-circHIPK3组HCC-70细胞荧光素酶活性高于oe-NC组,差异有统计学意义(P<0.001)。sh-circHIPK3组MDA-MB-231细胞Wnt3a、β-catenin、c-MYC和MMP-2蛋白表达均低于sh-NC组,oe-circHIPK3组HCC-70细胞Wnt3a、β-catenin、c-MYC和MMP-2蛋白表达均高于oe-NC组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论circHIPK3通过调控Wnt/β-catenin信号通路促进TNBC细胞的增殖和迁移。 展开更多
关键词 三阴乳腺癌 环状rna同源域相互作用蛋白激酶3 增殖 迁移 Wnt/β-catenin信号通路
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