目的基于生物信息学研究PKMYT1基因在乳腺癌进展中的作用及影响以及在乳腺癌各细胞系中的表达情况。方法将癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)乳腺癌RNA转录组数据中的PKMYT1进行单基因分析,其中包括差异分析、配对差异分析...目的基于生物信息学研究PKMYT1基因在乳腺癌进展中的作用及影响以及在乳腺癌各细胞系中的表达情况。方法将癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)乳腺癌RNA转录组数据中的PKMYT1进行单基因分析,其中包括差异分析、配对差异分析、临床相关性分析、GSEA富集分析及生存分析,同时还利用GEPIA 2、TIMER2.0、The Human Protein Atlas及Kaplan-Meier Plotter数据库进行了多次验证。且通过实时荧光定量PCR检测了PKMYT1在乳腺癌各细胞系中的表达情况,为后续研究筛选合适的细胞系。结果经生物信息学分析发现在乳腺癌中与正常样本比较,PKMYT1在肿瘤样本中的表达明显升高(P<0.05);临床相关性分析结果表明,PKMYT1在乳腺癌中与年龄、肿瘤分期及原发肿瘤直径相关(P<0.05),而与性别、远处转移、淋巴结转移无显著相关性(P>0.05);GSEA富集分析显示在乳腺癌中PKMYT1高表达时,其功能富集与细胞周期、DNA复制、同源重组等功能密切相关,低表达时则与TGF-β信号通路、MAPK信号通路等相关;生存分析发现PKMYT1在乳腺癌中HR=1.22提示为高风险因素,且与生存相关(P<0.05)。同时细胞实验验证了PKMYT1在人乳腺癌细胞系中以正常乳腺细胞系为参照在MDA-MB-231中表达最高,在小鼠乳腺癌细胞系中4T1细胞系表达最高。结论PKMYT1是一种与乳腺癌恶性肿瘤相关的基因,是一种新的肿瘤标志物,或可成为乳腺癌新的治疗靶点。展开更多
文摘目的基于生物信息学研究PKMYT1基因在乳腺癌进展中的作用及影响以及在乳腺癌各细胞系中的表达情况。方法将癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)乳腺癌RNA转录组数据中的PKMYT1进行单基因分析,其中包括差异分析、配对差异分析、临床相关性分析、GSEA富集分析及生存分析,同时还利用GEPIA 2、TIMER2.0、The Human Protein Atlas及Kaplan-Meier Plotter数据库进行了多次验证。且通过实时荧光定量PCR检测了PKMYT1在乳腺癌各细胞系中的表达情况,为后续研究筛选合适的细胞系。结果经生物信息学分析发现在乳腺癌中与正常样本比较,PKMYT1在肿瘤样本中的表达明显升高(P<0.05);临床相关性分析结果表明,PKMYT1在乳腺癌中与年龄、肿瘤分期及原发肿瘤直径相关(P<0.05),而与性别、远处转移、淋巴结转移无显著相关性(P>0.05);GSEA富集分析显示在乳腺癌中PKMYT1高表达时,其功能富集与细胞周期、DNA复制、同源重组等功能密切相关,低表达时则与TGF-β信号通路、MAPK信号通路等相关;生存分析发现PKMYT1在乳腺癌中HR=1.22提示为高风险因素,且与生存相关(P<0.05)。同时细胞实验验证了PKMYT1在人乳腺癌细胞系中以正常乳腺细胞系为参照在MDA-MB-231中表达最高,在小鼠乳腺癌细胞系中4T1细胞系表达最高。结论PKMYT1是一种与乳腺癌恶性肿瘤相关的基因,是一种新的肿瘤标志物,或可成为乳腺癌新的治疗靶点。
