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水牛PNPLA8基因编码区克隆、表达分析及催乳素对该基因的调节作用
1
作者
马小娅
庞春英
+5 位作者
陆杏蓉
段安琴
梁莎莎
梁燕银
邓廷贤
梁贤威
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第9期2715-2723,共9页
为了探究磷脂酶patatin样域包含蛋白8(patatin-like phospholipase domain containing 8,PNPLA8)在水牛乳腺脂质代谢中的作用,试验根据GenBank中公布的奶牛PNPLA8基因序列(登录号:XM_005205444.4)设计引物,应用PCR扩增并克隆水牛PNPLA8...
为了探究磷脂酶patatin样域包含蛋白8(patatin-like phospholipase domain containing 8,PNPLA8)在水牛乳腺脂质代谢中的作用,试验根据GenBank中公布的奶牛PNPLA8基因序列(登录号:XM_005205444.4)设计引物,应用PCR扩增并克隆水牛PNPLA8基因编码区(CDS),应用生物信息学软件分析序列及蛋白质结构;抽提水牛不同组织及不同泌乳期乳腺组织RNA,利用实时荧光定量PCR检测PNPLA8基因在不同组织间和不同泌乳期的表达;利用不同浓度的催乳素处理水牛乳腺上皮细胞,通过定量检测催乳素对PNPLA8基因表达的影响。结果显示,水牛PNPLA8基因CDS长2355 bp,编码784个氨基酸,与牦牛、山羊等PNPLA8基因具有较高的同源性;PNPLA8基因在所检测的水牛11个组织中有不同水平的表达,在肺脏和乳腺中表达量相对较高,在脂肪和肌肉组织中表达量较低;在整个泌乳期内PNPLA8基因的表达呈现“低—高—低”趋势;催乳素处理水牛乳腺上皮细胞结果显示,随着催乳素浓度升高,PNPLA8基因表达量逐渐下降。本研究成功克隆了水牛PNPLA8基因,并发现PNPLA8基因是参与乳腺泌乳的一个功能基因,为进一步研究PNPLA8基因在水牛乳腺中的功能奠定基础。
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关键词
水牛
pnpla8
基因
克隆
泌乳
乳腺上皮细胞
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职称材料
应用“GSEA-WGCNA-验证”整合策略分析类风湿关节炎肝肾亏虚证的生物标志物研究
被引量:
2
2
作者
陈文佳
巩勋
+5 位作者
刘蔚翔
李培豪
姜泉
刘维
林娜
张彦琼
《北京中医药大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期599-606,共8页
目的应用基因集富集分析(GSEA)和加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现类风湿关节炎(RA)肝肾亏虚证的候选生物标志物,并进行临床验证,探讨RA肝肾亏虚证的生物学基础。方法临床收集RA肝肾亏虚证(3例)、7个非肝肾亏虚证(各3例)及健康志愿者(...
目的应用基因集富集分析(GSEA)和加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现类风湿关节炎(RA)肝肾亏虚证的候选生物标志物,并进行临床验证,探讨RA肝肾亏虚证的生物学基础。方法临床收集RA肝肾亏虚证(3例)、7个非肝肾亏虚证(各3例)及健康志愿者(4名)的全血样本,开展转录组学测序。以健康志愿者为对照,筛选RA肝肾亏虚证的差异表达基因集进行富集分析和功能注释。以RA非肝肾亏虚证患者和健康志愿者为对照,对转录组表达谱开展GSEA和WGCNA联用挖掘,将获取的关键差异表达基因作为RA肝肾亏虚证的候选生物标志物。利用独立临床验证集样本(每组≥12例)对候选生物标志物的表达水平进行qPCR检测,采用受试者操作特征(ROC)曲线等评价其辨证效能。结果RA肝肾亏虚证的差异表达基因富集于“免疫-炎症”相关通路、细胞调控相关通路和代谢相关通路,同时,还参与肝肾发育和代谢等生物过程。转录组表达谱的GSEA富集结果表明,与非肝肾亏虚证组相比,肝肾亏虚证组的差异表达基因更明显地参与肝功能(脂质、血液)代谢调节,肾功能(水盐、激素)代谢调节和神经系统调节相关的作用通路。WGCNA分析使转录组表达谱的17010个基因被分为了19个特征模块,其中3个特征模块与肝肾亏虚证呈明显正相关(r>0.300,P<0.05),其生物功能以“免疫-炎症”调节为主。整合GSEA和WGCNA分析结果后,选取变异系数、作用通路和生物模块代表性均排名前50%的3个关键基因[花生四烯酸5-脂氧合酶(ALOX5)、含Patatin样磷脂酶结构域蛋白8(PNPLA8)及抗沉默功能1(ASF1A)]作为RA肝肾亏虚证的候选生物标志物。验证结果显示:ALOX5、PNPLA8和ASF1A的辨证敏感度分别为88.89%、100.00%和100.00%,特异度分别为84.51%、76.47%和78.69%,准确度分别为85.00%、79.49%和80.00%,精确度分别为88.89%、100.00%和100.00%,ROC曲线下面积值分别为0.860、0.910和0.900。结论应用“GSEA-WGCNA-验证”整合策略,发现了RA肝肾亏虚证的新型生物标志物,有助于提高RA核心证候临床精准化诊断的水平和证候客观化研究的深度。
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关键词
类风湿关节炎
肝肾亏虚证
转录组学
基因集富集分析
加权基因共表达网络分析
花生四烯酸5-脂氧合酶
含Patatin样磷脂酶结构域蛋白8
抗沉默功能1
原文传递
题名
水牛PNPLA8基因编码区克隆、表达分析及催乳素对该基因的调节作用
1
作者
马小娅
庞春英
陆杏蓉
段安琴
梁莎莎
梁燕银
邓廷贤
梁贤威
机构
中国农业科学院广西水牛研究所
隆安县动物疫病预防控制中心
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第9期2715-2723,共9页
基金
广西水牛研究所基本科研业务费项目(水牛基180501、水牛基201905007、水牛基201905006、水牛基200513)
广西壮族自治区农业农村厅自筹项目——水牛分子遗传育种创新团队能力建设(Z201948)。
文摘
为了探究磷脂酶patatin样域包含蛋白8(patatin-like phospholipase domain containing 8,PNPLA8)在水牛乳腺脂质代谢中的作用,试验根据GenBank中公布的奶牛PNPLA8基因序列(登录号:XM_005205444.4)设计引物,应用PCR扩增并克隆水牛PNPLA8基因编码区(CDS),应用生物信息学软件分析序列及蛋白质结构;抽提水牛不同组织及不同泌乳期乳腺组织RNA,利用实时荧光定量PCR检测PNPLA8基因在不同组织间和不同泌乳期的表达;利用不同浓度的催乳素处理水牛乳腺上皮细胞,通过定量检测催乳素对PNPLA8基因表达的影响。结果显示,水牛PNPLA8基因CDS长2355 bp,编码784个氨基酸,与牦牛、山羊等PNPLA8基因具有较高的同源性;PNPLA8基因在所检测的水牛11个组织中有不同水平的表达,在肺脏和乳腺中表达量相对较高,在脂肪和肌肉组织中表达量较低;在整个泌乳期内PNPLA8基因的表达呈现“低—高—低”趋势;催乳素处理水牛乳腺上皮细胞结果显示,随着催乳素浓度升高,PNPLA8基因表达量逐渐下降。本研究成功克隆了水牛PNPLA8基因,并发现PNPLA8基因是参与乳腺泌乳的一个功能基因,为进一步研究PNPLA8基因在水牛乳腺中的功能奠定基础。
关键词
水牛
pnpla8
基因
克隆
泌乳
乳腺上皮细胞
Keywords
buffalo
pnpla8
gene
cloning
lactation
mammary epithelial cell
分类号
S829.9 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
应用“GSEA-WGCNA-验证”整合策略分析类风湿关节炎肝肾亏虚证的生物标志物研究
被引量:
2
2
作者
陈文佳
巩勋
刘蔚翔
李培豪
姜泉
刘维
林娜
张彦琼
机构
中国中医科学院中药研究所
中国中医科学院广安门医院
天津中医药大学第一附属医院
出处
《北京中医药大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期599-606,共8页
基金
国家重点研发计划项目(No.2018YFC1705201)
国家自然科学基金重点项目(No.81630107)。
文摘
目的应用基因集富集分析(GSEA)和加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现类风湿关节炎(RA)肝肾亏虚证的候选生物标志物,并进行临床验证,探讨RA肝肾亏虚证的生物学基础。方法临床收集RA肝肾亏虚证(3例)、7个非肝肾亏虚证(各3例)及健康志愿者(4名)的全血样本,开展转录组学测序。以健康志愿者为对照,筛选RA肝肾亏虚证的差异表达基因集进行富集分析和功能注释。以RA非肝肾亏虚证患者和健康志愿者为对照,对转录组表达谱开展GSEA和WGCNA联用挖掘,将获取的关键差异表达基因作为RA肝肾亏虚证的候选生物标志物。利用独立临床验证集样本(每组≥12例)对候选生物标志物的表达水平进行qPCR检测,采用受试者操作特征(ROC)曲线等评价其辨证效能。结果RA肝肾亏虚证的差异表达基因富集于“免疫-炎症”相关通路、细胞调控相关通路和代谢相关通路,同时,还参与肝肾发育和代谢等生物过程。转录组表达谱的GSEA富集结果表明,与非肝肾亏虚证组相比,肝肾亏虚证组的差异表达基因更明显地参与肝功能(脂质、血液)代谢调节,肾功能(水盐、激素)代谢调节和神经系统调节相关的作用通路。WGCNA分析使转录组表达谱的17010个基因被分为了19个特征模块,其中3个特征模块与肝肾亏虚证呈明显正相关(r>0.300,P<0.05),其生物功能以“免疫-炎症”调节为主。整合GSEA和WGCNA分析结果后,选取变异系数、作用通路和生物模块代表性均排名前50%的3个关键基因[花生四烯酸5-脂氧合酶(ALOX5)、含Patatin样磷脂酶结构域蛋白8(PNPLA8)及抗沉默功能1(ASF1A)]作为RA肝肾亏虚证的候选生物标志物。验证结果显示:ALOX5、PNPLA8和ASF1A的辨证敏感度分别为88.89%、100.00%和100.00%,特异度分别为84.51%、76.47%和78.69%,准确度分别为85.00%、79.49%和80.00%,精确度分别为88.89%、100.00%和100.00%,ROC曲线下面积值分别为0.860、0.910和0.900。结论应用“GSEA-WGCNA-验证”整合策略,发现了RA肝肾亏虚证的新型生物标志物,有助于提高RA核心证候临床精准化诊断的水平和证候客观化研究的深度。
关键词
类风湿关节炎
肝肾亏虚证
转录组学
基因集富集分析
加权基因共表达网络分析
花生四烯酸5-脂氧合酶
含Patatin样磷脂酶结构域蛋白8
抗沉默功能1
Keywords
rheumatoid arthritis
liver⁃kidney deficiency pattern
transcriptomics
gene set enrichment analysis
weighted gene co⁃expression network analysis
ALOX5
pnpla8
ASF1A
分类号
R255.6 [医药卫生—中医内科学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
水牛PNPLA8基因编码区克隆、表达分析及催乳素对该基因的调节作用
马小娅
庞春英
陆杏蓉
段安琴
梁莎莎
梁燕银
邓廷贤
梁贤威
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020
0
下载PDF
职称材料
2
应用“GSEA-WGCNA-验证”整合策略分析类风湿关节炎肝肾亏虚证的生物标志物研究
陈文佳
巩勋
刘蔚翔
李培豪
姜泉
刘维
林娜
张彦琼
《北京中医药大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
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