POLE/POLD1突变对结直肠癌预后及免疫治疗影响的生物信息学分析

[目的]利用生物信息学方法对结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中的DNA聚合酶ε(POLE)和DNA聚合酶δ1(POLD1)的突变情况进行分析,并探索两者对CRC预后及免疫治疗的影响。[方法]基于TCGA数据库的数据集,利用c BioPortal工具对所有癌症中的POLE/POLD1的改变及其预后进行分析,利用MSIsensor、MANTIS两种评分系统对POLE/POLD1野生型和突变型的CRC患者微卫星不稳定性进行评价,并利用TIMER数据库分析CRC的免疫细胞浸润以及免疫检查点表达与POLE/POLD1突变之间相关性。[结果]在CRC中POLE/POLD1基因的改变频率为6%,且均以错义突变为主。在泛癌中POLE的突变后患者无进展生存期(P<0.001)、无病生存期(P<0.001)及疾病特异性生存期(P=0.017 8)均显著延长。POLE/POLD1突变型CRC患者的微卫星不稳定性占比相比较于野生型患者显著提高(P<0.001),且免疫检查点相关基因CD274、HAVCR2、PDCD1、CTLA4、LAG3、TIGIT和PDCD1LG2的表达均显著上升。CRC中POLE和POLD1基因表达均与肿瘤突变负荷显著相关。此外,CRC中POLE/POLD1突变还与CD8^(+)T细胞、中性粒细胞、树突状细胞等免疫细胞的浸润相关。[结论]POLE/POLD1基因的改变在CRC中较为常见,在泛癌中POLD1突变与患者预后相关。POLE/POLD1基因突变后可能造成微卫星不稳定性增高、免疫检查点的表达上调和免疫细胞浸润程度增加,其可能成为免疫治疗的新靶点。

POLD1基因突变型子宫内膜癌的免疫特征分析

探讨POLD1(DNA polymeraseδ,Polδ)基因突变型子宫内膜癌(EC)的免疫特征。方法 基于TCGA数据库,分析POLD1基因突变的免疫浸润情况,主要包括CD4、CD8、PD-L1 mRNA的表达及相关预后分析。结果 基于TCGA数据集,与POLD1野生型EC相比,POLD1突变型的趋化因子家族(如CXCL9、CXCL13)、同源异型盒家族(EN2、HOXC10)及免疫应答基因的表达有显著差异(均P<0.05)。POLD1突变型样本中,主要富集的信号途径包括免疫调控、细胞周期、DNA复制等(均P<0.01)。相较于POLD1野生型,POLD1突变型EC样本中CD8+ T细胞、髓样树突状细胞的丰度较高(均P<0.05)。TISIDB平台分析表明,POLD1突变状态下,显著驱动了免疫细胞的生物学行为,包括树突状细胞、NK细胞、T细胞等免疫细胞的募集和活化、淋巴细胞归巢等。另外,POLD1突变型样本中,多种免疫检查点抑制基因(包括PD-L1、PD-1、LAG等)显著高表达。基于TCGA数据库对免疫细胞标记物亚组的预后分析显示:免疫细胞标记物(CD4、T-bet、IFN-γ、CD8A、EOMES)或PD-L1高表达且POLD1突变型亚组生存期最长,免疫细胞标记物(CD4、T-bet、IFN-γ、CD8A、EOMES)或PD-L低表达且POLD1野生型亚组生存期最短,均具有统计学意义(P<0.05)。结论 EC患者中,免疫细胞浸润丰度、PD-L1表达情况对POLD1突变型的预后或治疗有重要的临床价值。