基于数据挖掘分析POLR2A基因在脑胶质瘤的表达及意义

目的:基于数据挖掘分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤及正常脑组织中的表达情况,进一步探讨POLR2A基因对低级别脑胶质瘤患者的预后意义。方法:利用Oncomine和GEPIA数据库对POLR2A基因mRNA在正常脑组织和低级别脑胶质瘤组织中的表达进行分析;通过cBioportal分析POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中的突变情况;利用Onco Lnc数据库对POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者生存率做Kaplan-Meier生存分析;使用String-DB数据库探索真核生物表达调控过程中的POLR2A相关蛋白。结果:与正常脑组织相比,低级别脑胶质瘤组织中的POLR2A基因mRNA水平呈显著高表达(P≤0.05);POLR2A基因的表达水平与低级别脑胶质瘤患者的总生存时间无明显相关性;POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中存在高突变率;真核生物RNA聚合酶POLR2E、POLR2F、POLR2G、POLR2K、POLR2L等与POLR2A有明显的相互作用。结论:数据库中荟萃了POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中表达的相关信息,证实POLR2A基因在低级别脑胶质瘤组织中呈高表达。

POLR2J作为低级别胶质瘤预后标志物的可能性及其作用机制的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法分析POLR2J(RNA polymeraseⅡsubunit J,POLR2J)基因的表达水平与低级别胶质瘤(lower-grade glioma,LGG)患者预后之间的关系,并预测其作用机制。方法 利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、基因型组织表达(Genotypic Tissue Expression,GTEX)、中国胶质瘤基因组图谱(Chinese Glioma Genome Atlas,CGGA)、人类蛋白质和图谱(Human Proteins And Atlas,HPA)、临床蛋白质组学肿瘤分析协会(Clinical Proteomics Tumor Analysis Association,CPTAC)、肿瘤免疫单细胞中心(Tumor Immune Single Cell Center,TISCH2)等数据库分析POLR2J在泛癌、泛细胞、单细胞层面的基因表达和蛋白水平,使用免疫印迹分析POLR2J基因在LGG癌细胞系中的表达情况;GSE68848验证POLR2J在LGG中的表达量;使用R语言分析POLR2J与临床指标和生存预后的关系;使用TIP数据库分析POLR2J与肿瘤免疫微环境之间的关系,使用0Metascape进行功能注释分析,应用sparkle数据库分析POLR2J对LGG免疫治疗的预测效果。结果 POLR2J在LGG中高表达,POLR2J的表达量与LGG患者的不良预后正相关,受试者工作特征曲线(receiver operating characteristics curve,ROC)和COX回归分析证明POLR2J是LGG的独立预后因子;POLR2J高表达的LGG患者免疫浸润更复杂,免疫通路的激活程度也更高,也拥有更高的肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)和基因组拷贝数变异;通路富集分析显示,POLR2J高表达的LGG患者的蛋白质代谢、氧化应激、缺氧调控、细胞迁徙等通路被显著激活。POLR2J高表达的LGG患者能够更好地响应免疫治疗。结论 LGG中高表达的POLR2J是患者预后生存的危险因素,其表达与缺氧和免疫浸润密切正相关。

RNA聚合酶Ⅱ催化亚基POLR2A自身表达调控及其在肿瘤中作用研究进展

RNA聚合酶Ⅱ转录真核生物基因组中所有的蛋白质编码基因和许多非编码RNA. POLR2A是RNA聚合酶Ⅱ的关键催化亚基,在基因表达中具有不可替代的作用. POLR2A自身的表达调控对细胞中基因转录至关重要,且近年来研究表明, POLR2A与肿瘤等多种疾病密切相关.本文从转录、pre-m RNA剪接、m RNA稳定性,以及蛋白质降解等方面对POLR2A的自身表达调控进行综述,并总结了POLR2A在肿瘤等多种疾病中的作用和靶向POLR2A的肿瘤治疗进展,以期为RNA聚合酶Ⅱ的研究与应用提供参考.