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拟南芥POT基因密码子使用特性分析 被引量:4
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作者 汪福源 唐宁 杨平 《湖北农业科学》 北大核心 2013年第4期956-958,963,共4页
运用CodonW程序对拟南芥(Arabidopsis thaliana)POT基因密码子组成、同义密码子使用频率和全长编码区密码子进行分析。结果表明,拟南芥POT基因密码子适应指数(CAI)与同义密码子第三位碱基含量(C3s)、密码子偏爱指数(CBI)均呈显著正相关(... 运用CodonW程序对拟南芥(Arabidopsis thaliana)POT基因密码子组成、同义密码子使用频率和全长编码区密码子进行分析。结果表明,拟南芥POT基因密码子适应指数(CAI)与同义密码子第三位碱基含量(C3s)、密码子偏爱指数(CBI)均呈显著正相关(P<0.05),与最优密码子使用频率(FOP)呈极显著正相关(P<0.01)。有效密码子数(ENC)与同义密码子第三位碱基含量(C3s)呈显著正相关(P<0.05),与GC3s呈极显著正相关(P<0.01),与同义密码子第三位碱基含量(T3s)呈极显著负相关(P<0.01)。拟南芥POT基因密码子使用相对概率(RSCU)>1的密码子多以碱基A或T结尾。 展开更多
关键词 拟南芥(Arabidopsis thaliana) pot基因 密码子
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培养的人癌细胞株(系)pot1基因exon12突变筛选
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作者 侯敢 黄迪南 姜英华 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期991-993,共3页
目的对培养的人癌细胞株(系)中pot1(protectionoftelomeres1)基因exon12进行突变筛选。方法从27株培养的人癌细胞株(系)提取染色体组DNA,用PCR方法扩增hpot1基因exon12,PCR产物纯化后直接测序,测序结果与GenBank和NCBI数据库中pot1基因... 目的对培养的人癌细胞株(系)中pot1(protectionoftelomeres1)基因exon12进行突变筛选。方法从27株培养的人癌细胞株(系)提取染色体组DNA,用PCR方法扩增hpot1基因exon12,PCR产物纯化后直接测序,测序结果与GenBank和NCBI数据库中pot1基因的数据比较,对培养的人癌细胞株(系)中hpot1基因exon12进行突变分析。结果测序结果显示,人宫颈癌Hela细胞株和人卵巢癌细胞株(高转移)HO8910-PM等5个来源于女性生殖系统癌细胞株中的4个,在hpot1基因exon12区有相同的置换突变(G17722→C),为错义突变,对应于cDNA的G1385→C,多肽链的Leu454→Phe;而其余23个不同来源的癌细胞株(系)均无突变。结论提示hpot1基因exon12(17722碱基)是突变热点区,并且这种突变可能具有女性生殖系统肿瘤特异性。 展开更多
关键词 pot1基因 人癌细胞株 DNA序列分析 基因突变
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骨髓增生异常综合征患者骨髓中端粒保护蛋白TIN2和POT1的mRNA表达 被引量:1
3
作者 叶芳 何玉梅 +4 位作者 李国霞 王丽娜 贾宁 马瑞霞 马艳萍 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期110-115,共6页
本研究旨在探讨端粒保护蛋白TIN2、POT1的mRNA表达与骨髓增生异常综合征(MDS)发病的关系。采用实时荧光定量PCR方法检测51例初发MDS患者和10例正常人端粒保护蛋白TIN2和POT1的mRNA表达情况。结果表明,WHO分组中RA/RARS/RCMD/MDS-U、RAE... 本研究旨在探讨端粒保护蛋白TIN2、POT1的mRNA表达与骨髓增生异常综合征(MDS)发病的关系。采用实时荧光定量PCR方法检测51例初发MDS患者和10例正常人端粒保护蛋白TIN2和POT1的mRNA表达情况。结果表明,WHO分组中RA/RARS/RCMD/MDS-U、RAEB-1及RAEB-2组TIN2 mRNA的表达量均高于正常对照组,差异有显著性(P<0.05);RA/RARS/RCMD/MDS-U、RAEB-1及RAEB-2组POT1 mRNA的表达量均低于正常对照组,差异有显著性(P<0.05)。IPSS分组中,TIN2 mRNA的表达量在高危组、中危-2及中危-1均高于对照组,差异有显著性(P<0.05),低危组与对照组间差异没有显著性;POT1 mRNA的表达量在高危组、中危-2及中危-1均低于对照组,差异有显著性(P<0.05),低危组与对照组间差异没有显著性。MDS中正常染色体核型患者TIN2 mRAN的表达量低于异常染色体核型的患者,与对照组相比差异没有显著性;MDS中正常染色体核型患者POT1 mRAN的表达量高于异常染色体核型的患者,与对照组相比差异没有显著性。结论:TIN2、POT1 mRNA的表达异常可能参与MDS患者端粒动力学的调节,引起MDS患者端粒长度的改变,进而导致疾病的发生。 展开更多
关键词 骨髓增生异常综合征 TIN2基因 pot1基因 端粒保护蛋白
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人POT1基因实时荧光PCR相对定量法的建立 被引量:1
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作者 林国洪 李一荣 +4 位作者 陈凤花 沈长新 周志明 王琳 胡丽华 《临床血液学杂志(输血与检验)》 CAS 2008年第3期301-304,共4页
目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人POT1基因的方法。方法:依据人POT1基因及参照基因TBP基因序列设计引物,以人类乳腺癌细胞系MCF-7总RNA逆转录合成的cDNA为模版,以TBP基因为参照基因,应用SYBR GreenI实时荧光定量PCR检测POT... 目的:建立SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR定量检测人POT1基因的方法。方法:依据人POT1基因及参照基因TBP基因序列设计引物,以人类乳腺癌细胞系MCF-7总RNA逆转录合成的cDNA为模版,以TBP基因为参照基因,应用SYBR GreenI实时荧光定量PCR检测POT1基因的表达。结果:POT1和TBP基因熔解曲线为单峰,无杂峰及二聚体。POT1基因及参照基因TBP基因扩增效率相同(直线斜率0.0171<0.1)。POT1基因批内变异与批间变异分别为1.3%和2.1%;TBP基因批内变异与批间变异分别为1.2%和2.6%。结论:建立了SYBR Green Ⅰ实时定量检测人类POT1基因的方法,该方法简单快速,经济,灵敏度高,特异性和重复性好,可用于人类POT1基因的定量分析。 展开更多
关键词 pot1基因 相对定量 实时荧光定量PCR
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放射抗拒细胞模型基因表达异常对比研究 被引量:3
5
作者 周福祥 周云峰 +5 位作者 骆志国 谢丛华 代静 曹振 於海军 廖正凯 《中华放射医学与防护杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期526-529,共4页
目的研究已建立的放射抗拒细胞对比模型基因表达谱差异,初步分析放射抗拒的相关基因。方法Hep-2细胞重复照射12次后,传代培养至细胞形态、增殖状态稳定,筛选得到抗拒细胞株Hep-2R。从亲代Hep-2细胞和Hep-2R细胞提取总RNA,选用2张各... 目的研究已建立的放射抗拒细胞对比模型基因表达谱差异,初步分析放射抗拒的相关基因。方法Hep-2细胞重复照射12次后,传代培养至细胞形态、增殖状态稳定,筛选得到抗拒细胞株Hep-2R。从亲代Hep-2细胞和Hep-2R细胞提取总RNA,选用2张各含基因14000个的基因表达谱cDNAV芯片检测。筛选2张芯片差异相同的基因,计算Hep-2R细胞与Hep-2细胞基因表达的比值。结果Hep-2R与Hep-2的放射生物学参数分别为SF2=0.6798,D0=3.24、α=0.2951、β=0.0363,及SF2=0.4148、Do=2.06、α=0.1074、β=0.0405,Hep-2R获得了明显的抗拒性(SF2的x^2=63.957,P〈0.001)。Hep-2R细胞中上调基因22个,下调基因19个,主要基因类别为:蛋白质合成基因11个、DNA损伤修复基因9个、细胞结构基因6个、凋亡相关基因3个、癌基因与抑癌基因2个、细胞周期基因2个、代谢基因2个、信号通路受体基因2个、其他类基因4个。端粒保护蛋白基因POT1表达在所有上调基因中变化最显著(上调3.348倍)。结论不同放射敏感性的对比模型细胞基因表达谱不同,POT1基因变化最显著,有可能成为放射增敏的靶点。 展开更多
关键词 放射敏感性 基因表达谱 端粒保护蛋白基因pot1
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