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过表达线粒体蛋白磷酸酶2C对人肾小管上皮细胞转录组的影响
1
作者
张丽
杨文君
+4 位作者
桑晓红
韩媛媛
冒智捷
王顺
陆晨
《中国组织工程研究》
CAS
北大核心
2024年第1期68-73,共6页
背景:课题组前期研究发现相较于野生型小鼠,线粒体蛋白磷酸酶2C(protein phosphatase 2Cm,PP2Cm)基因缺失小鼠明显发生肾功能衰竭的症状,因此推测PP2Cm可能在肾脏纤维化发展过程中发挥重要保护作用,然而其分子机制尚不明确。目的:探究PP...
背景:课题组前期研究发现相较于野生型小鼠,线粒体蛋白磷酸酶2C(protein phosphatase 2Cm,PP2Cm)基因缺失小鼠明显发生肾功能衰竭的症状,因此推测PP2Cm可能在肾脏纤维化发展过程中发挥重要保护作用,然而其分子机制尚不明确。目的:探究PP2Cm基因对于人肾小管上皮细胞转录组的影响。方法:培养人肾小管上皮细胞,用质粒将PP2Cm基因转染进入人肾小管上皮细胞,荧光定量PCR实验和Western blot实验检测细胞中PP2Cm的表达,随后分别提取细胞RNA进行转录组测序,寻找转染组和对照组之间的差异性表达基因,利用生物信息学方法进一步对所得的差异基因进行GO分析和KEGG分析。结果与结论:通过测序分析,与未转染空白细胞相比,在转染PP2Cm基因的人肾小管上皮细胞中存在796个差异性表达基因,其中553个下调基因,243个上调基因,GO分析结果显示,上调表达的基因显著富集在细胞生物合成过程、蛋白质翻译、内在凋亡信号通路等;下调表达的基因显著富集在内皮细胞增殖、细胞黏附等信号通路;KEGG分析结果显示,显著上调表达的基因富集在氨基酸代谢、生物合成等代谢相关信号通路;下调表达的基因显著富集在泛酸和辅酶A的生物合成等信号通路。结果表明,PP2Cm过表达可以影响肾小管上皮细胞的一系列生物学过程相关的多条信号通路,可能在氨基酸代谢、生物合成等代谢相关信号通路中起重要作用。
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关键词
肾小管上皮细胞
pp2cm
转录组测序
富集分析
信号通路
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题名
过表达线粒体蛋白磷酸酶2C对人肾小管上皮细胞转录组的影响
1
作者
张丽
杨文君
桑晓红
韩媛媛
冒智捷
王顺
陆晨
机构
新疆医科大学第一附属医院肾脏病中心
新疆肾脏替代治疗临床研究中心
国家肾脏疾病临床医学研究中心新疆分中心
新疆维吾尔自治区血液净化质量控制中心
新疆维吾尔自治区肾脏病研究所
出处
《中国组织工程研究》
CAS
北大核心
2024年第1期68-73,共6页
基金
国家自然科学基金(81960145),项目负责人:张丽。
文摘
背景:课题组前期研究发现相较于野生型小鼠,线粒体蛋白磷酸酶2C(protein phosphatase 2Cm,PP2Cm)基因缺失小鼠明显发生肾功能衰竭的症状,因此推测PP2Cm可能在肾脏纤维化发展过程中发挥重要保护作用,然而其分子机制尚不明确。目的:探究PP2Cm基因对于人肾小管上皮细胞转录组的影响。方法:培养人肾小管上皮细胞,用质粒将PP2Cm基因转染进入人肾小管上皮细胞,荧光定量PCR实验和Western blot实验检测细胞中PP2Cm的表达,随后分别提取细胞RNA进行转录组测序,寻找转染组和对照组之间的差异性表达基因,利用生物信息学方法进一步对所得的差异基因进行GO分析和KEGG分析。结果与结论:通过测序分析,与未转染空白细胞相比,在转染PP2Cm基因的人肾小管上皮细胞中存在796个差异性表达基因,其中553个下调基因,243个上调基因,GO分析结果显示,上调表达的基因显著富集在细胞生物合成过程、蛋白质翻译、内在凋亡信号通路等;下调表达的基因显著富集在内皮细胞增殖、细胞黏附等信号通路;KEGG分析结果显示,显著上调表达的基因富集在氨基酸代谢、生物合成等代谢相关信号通路;下调表达的基因显著富集在泛酸和辅酶A的生物合成等信号通路。结果表明,PP2Cm过表达可以影响肾小管上皮细胞的一系列生物学过程相关的多条信号通路,可能在氨基酸代谢、生物合成等代谢相关信号通路中起重要作用。
关键词
肾小管上皮细胞
pp2cm
转录组测序
富集分析
信号通路
Keywords
renal tubular epithelial cell
pp2cm
transcriptome sequencing
enrichment analysis
signaling pathway
分类号
R459.9 [医药卫生—治疗学]
R318 [医药卫生—生物医学工程]
R692.6 [医药卫生—泌尿科学]
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作者
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1
过表达线粒体蛋白磷酸酶2C对人肾小管上皮细胞转录组的影响
张丽
杨文君
桑晓红
韩媛媛
冒智捷
王顺
陆晨
《中国组织工程研究》
CAS
北大核心
2024
0
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参考文献
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