PPARG基因rs1801282位点多态性与2型糖尿病视网膜病变的相关性

目的研究PPARG基因rs1801282位点基因多态性与2型糖尿病视网膜病变(type 2 diabetic retinopathy,T2DR)的相关性。探讨PPARG基因参与T2DR发生发展的机制。方法收集2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)患者,根据眼底病变情况分为糖尿病视网膜病变[DR(+)]组和无糖尿病视网膜病变[DR(-)]组。收集患者年龄、性别、病程等一般情况及血糖、血脂、C肽等临床指标。检测两组患者外周血PPARG基因rs1801282位点基因型,比较两组PPARG基因型及等位基因的分布情况,分析PPARG基因rs1801282位点与T2DR的相关性以及PPARG基因转录物在T2DR发生发展中的机制。结果纳入T2DM患者27例,两组患者性别、年龄、收缩压、舒张压及体重指数比较均无统计学差异(P>0.05),病程比较差异有统计学意义(P<0.05)。[DR(+)]组PPARG基因rs1801282位点等位基因型有G/C和C/C两种,而DR(-)组的均为C/C,两组PPARG基因rs1801282位点等位基因分布数量比较差异有统计学意义(P<0.05)。使用miRTarBase数据库、Targetscan、miRDB数据库预测靶向PPARG的miRNA,对这4个miRNA进行靶基因预测分析,取交集得到105个靶基因,进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析提示PPARG可能参与细菌侵袭上皮细胞、AMPK信号通路、破骨细胞分化、粘合连接及PI3K-Akt等信号通路。利用String数据库验证PPARG与相关蛋白作用及可能参与的信号通路有甲状腺激素信号通路、AMPK信号通路、胰高血糖素信号通路、粘合连接等。结论PPARG基因rs1801282等位基因型G/C可能是T2DR预测因子。hsa-miR-27b-3p、hsa-miR-130a-3p、hsa-miR-130b-3p、hsa-miR-27a-3p等4个miRNA可能靶向PPARG参与AMPK信号通路及粘合连接信号通路调控T2DR的发生发展。

PPARG基因单核苷酸多态性与2型糖尿病血脂异常的相关性研究

目的研究PPARG基因单核苷酸多态性(SNPs)与中国汉族2型糖尿病(DM)及血脂异常的关系。方法测定593例2型DM患者及626名正常健康者SNPs rs1801282、rs12636454和rs11128597基因型,分析其与2型DM及血脂水平的关系。基因分型采用单碱基延伸法(SBE)。结果2型DM组SNPs rs1801282、rs12636454和rs11128597基因型及等位基因频率分布与对照组间差异均无统计学意义(P>0.05)。2型DM组中rs1801282 AB+BB基因型总胆固醇(TC)、血糖和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)水平显著高于AA基因型(P均<0.01)。rs12636454 AA基因型三酰甘油(TG)水平高于AB+BB基因型(P<0.05)。rs11128597 AA基因型血糖水平高于AB+BB基因型(P<0.01)。结论PPARG基因与中国汉族人2型DM无直接相关,但可能参与2型DM的血糖水平和脂质代谢的调节。

兰州大尾羊PPARG全长cDNA克隆及生物信息学分析

【目的】克隆兰州大尾羊过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARG)基因,分析其序列及编码蛋白的生物学特性,阐明PPARG基因在绵羊中的生物学作用,为生产应用提供理论依据。【方法】根据绵羊PPARG基因CDS序列设计特异性引物,利用RACE和RT-PCR技术克隆获得兰州大尾羊PPARG基因序列,结合生物信息学方法分析其生物学特性。【结果】克隆获得兰州大尾羊PPARG cDNA序列全长1 774 bp(GenBank序列号:KF727439),其CDS区片段长1 428 bp,编码475个氨基酸,编码区两侧翼分别具有5’-UTR 131 bp(1-131 nt)和3’-UTR 214 bp(1 560-1 774 nt)。预测兰州大尾羊PPARG蛋白分子量为54.40 kD,理论等电点为4.94。预测PPARG编码蛋白疏水性最大值为3.600,最小值为-2.744,为非跨膜的疏水性蛋白。亚细胞定位主要在细胞质(65.2%)和细胞核(21.7%)中,少量作用于细胞支架(4.3%)和过氧化物酶体(4.3%),无信号肽,不属于分泌蛋白。预测其氨基酸序列有26个磷酸化位点,无糖基化位点,含有1个ZnF_C4结构域、1个HOLI结构域和1个LCR结构域,二级结构以随机卷曲为主。同源性分析显示兰州大尾羊PPARG核苷酸序列与山羊、野牛、水牛、绵羊、虎鲸、野猪和人类核苷酸序列间的同源性分别为99%、98%、97%、99%、94%、92%和90%,兰州大尾羊PPARG氨基酸序列与山羊、野牛、水牛、绵羊、虎鲸、野猪和人类核苷酸序列间的同源性分别为100%、99.8%、100%、100%、98.7%、98.5%和97.5%。系统发育树表明,兰州大尾羊与山羊、绵羊和水牛的进化水平更为接近,与鱼类、人类和鼠类较远。其基因第486位发生碱基转换(C←→T),第828位发生碱基转换(C←→A),但其所编码氨基酸不变。【结论】兰州大尾羊与其他物种PPARG在结构上相似性较高,说明该基因具有高度的保守性。推测PPARG蛋白大部分在游离核糖体上合成,其功能与过氧化物酶体有关,该预测结果符合其过氧化物酶体增殖物激活受体的身份。PPARG氨基酸序列有26个可以成为蛋白质激酶磷酸化的位点,某些位点被磷酸化后,可导致一系列肥胖相关基因的功能失调和表达变化,如胰岛素增敏激素,脂联素(adiponectin)的表达减少。其序列包含的ZnF_C4锌指结构域具有与脂质结合的功能,HOLI即LBD配体结构域在激素信号转导过程中发挥重要作用,其中PPARG锌指结构域中的磷酸化位点Ser112,被MAPK磷酸化后,可以抑制PPARG同配体的结合,从而降低PPARG蛋白的活性,两个结构域均与成脂分化过程相关联。文章为进一步研究PPARG在成脂分化过程中的作用提供了参考。

水牛PPARG来源环状RNA的鉴定及表达谱分析

为鉴定前期转录组测序分析结果的可靠性,并从中挖掘水牛脂肪沉积潜在环状RNA(circular RNA,circRNA),本研究对10个来源于过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)基因的circRNA进行鉴定,根据测序获得的候选circRNA序列信息,设计对向引物进行半定量检测和普通测序以获得真实存在的circRNA,采用实时荧光定量PCR分析其在水牛不同组织和不同部位脂肪组织中的表达谱,半定量检测其在不同物种间的保守性。结果显示,10个候选circRNA中,有5个circRNA可以检测到,测序验证序列与转录组测序分析获得的序列一致,其中2个circRNA可设计出特异性的定量引物,这2个circRNA主要在脂肪组织中表达,且在不同部位脂肪组织中的表达量存在差异;另外3个circRNA在黄牛、牦牛、猪和小鼠的脂肪组织中均有表达,序列长度一致,序列相似度高。以上研究结果提示,转录组测序分析获得的结果可靠,其中有2个circRNA主要在脂肪组织中表达,且物种间保守,可作为研究水牛脂肪沉积的候选基因。

Haplotypes at the 5′-Flanking Region of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor γ Gene and Their Association with the Growth and Body Composition Traits in Chickens

Peroxisome proliferator-activated receptor g（PPARg） is an important regulator of chicken preadipocyte proliferation and differentiation.In this study,polymorphisms were detected by DNA sequencing,PCR-RFLP and some other methods and three polymorphisms（g.-1784_-1768del17,c.-1241GA and c.-75GA） were found in the 5＇ flanking region of PPARg gene.Growth and body composition traits were measured in the 8th-10th generation populations of the Northeast Agricultural University broiler lines were divergently selected for abdominal fat content.Polymorphisms among individuals were screened in the above populations.The haplotype-based association analysis on growth and body composition traits was carried out.The association analysis showed that haplotypes based on three polymorphisms at 5＇ flanking region of PPARg gene were significantly associated with abdominal fat weight（AFW）,abdominal fat percentage（AFP,AFW/BW7）,liver weight（LW）,liver weight percentage（LFP,LW/BW7）,shank length（ShL）,femur weight（FeW）,keel length（KeL）,and metatarsus circle（MeC）（P0.05） and suggestive significantly associated with pectoralis major weight（PMaW）,pectoralis minor weight（PMiW）,pectoralis minor weight percentage（PMiWP,PMiW/BW7）,and metatarsus length（MeL）（P0.2）.The least square analysis showed that the birds with BGA haplotype had significantly higher AFW and AFP than the birds with other haplotypes（P0.05）.The birds with AAG haplotype had significantly higher LW and LW/BW than the birds with other haplotypes（P0.05）.The birds with AAG haplotype had significantly higher PMiW and PMiW/BW than the birds with other haplotypes（P0.05）.The birds with AAG haplotype had significantly higher ShL,FeW,MeL,MeC and KeL than the birds with AGG haplotypes（P0.05）.The results in this study revealed that QTL affecting fatness traits may exist in 5＇ flanking region of PPARg gene in chickens and PPARg gene might be one of the genes having important influences on the growth and bone traits in chickens.

新疆柯尔克孜族过氧化物酶体增殖物激活受体基因单核苷酸多态性

目的：分析柯尔克孜族健康人群过氧化物酶体增殖物激活受体基因（P只4RG）的31个单核苷酸多态性（SNP）位点的遗传多态性；方法：利用HapMap软件筛选31个SNPs位点，利用质谱检测技术进行多态性检测并根据质谱峰图判读样本目标位点基因型，利用χ^2检验确定筛选的SNP位点是否符合Hardy-Weinberg平衡定律并分析柯尔克孜族与其他民族间基因型和等位基因频率差异。结果：在31个SNP位点中，23个位点的最小等位基因频率MAF≥0．05具有多态性；在23个SNPs中rs1175540、rs17036242、rs2881654、rs2959273、rs2972162、rs4135275、rs709151、rs9310401、rs1801282位点在柯尔克孜族和维吾尔族人群间基因型和等位基因分布频率差异均有统计学意义；rs2292101、rs3856806、rs7626560位点在柯尔克孜族和北京汉族人群、犹他州居民、伊巴丹尼日利亚人群间基因型频率差异有统计学意义；rs3856806、rs4135275、rs6782475、rs7626560位点在柯尔克孜族和北京汉族人群、犹他州居民、伊巴丹尼日利亚人群间等位基因频率差异有统计学意义。结论：PPARG基因23个SNP位点多态性在新疆柯尔克孜人群和不同种族问差异具有统计学意义，这种差异可能是导致某些疾病在不同种族问的发现率和临床表现存在显著不同的因素之一。

肥胖相关基因多态性与缺血性脑卒中的相关性研究进展

肥胖及其引起的2型糖尿病、心脑血管疾病、癌症等并发症已迅速发展成全球范围内的主要问题.虽然肥胖症在全球流行可以归因于生活方式的改变,但是又离不开遗传因素的影响,特别是一些肥胖相关基因在决定一个人的体质量中发挥着至关重要的作用.缺血性脑卒中是一种常见的缺血性脑血管病,它同样受遗传因素影响,并且是肥胖的主要并发疾病之一.因此,现对肥胖相关基因多态性与缺血性脑卒中的相关性研究进展进行综述,详细地介绍肥胖相关基因FTO、MC4R、APOE和PPARG的基因多态性与缺血性脑卒中及其危险因素的关系,这将为更有效的预防和治疗缺血性脑卒中提供新的策略.

新疆柯尔克孜族人群PPARG基因31个SNP位点的遗传多样性及其与2型糖尿病的关联

应用基质辅助激光解吸附电离飞行时间(MALDI-TOF-MS)质谱技术对SNP位点进行基因分型的方法,检测并分析100例(对照正常个体50例,糖尿病患者50例)无血缘关系的柯尔克孜族隔离人群过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)基因31个单核苷酸多态性(SNP)位点的遗传多样性,探讨PPARG基因31个SNP位点的遗传多样性及其与柯尔克孜族2型糖尿病(T2DM)的关联,筛查预测2型糖尿病的分子标记。结果发现,PPARG基因所选的31个SNP位点中有23个具有多态性(MAF≥0.05)。两组间分别在血压(SBP、DBP)、腰臀比值、血糖、总胆固醇、低密度脂蛋白水平有显著差异(P<0.01)。rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162位点基因分型在对照组和病例组中的分布均有显著性差异(P<0.01,P<0.05)。非条件Logistics回归分析显示,PPARG基因中rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162等位点变异等位基因频率组间比较差异均有统计学意义(OR值分别为2.639、2.639、1.774、2.639,均为P<0.05)。在男女对照组中rs1899951、rs2292101、rs2881654、rs1801282和rs6782475位点等位基因频率均有显著性差异(P<0.05),在男女病例组中rs4684846、rs7615916、rs9817428、rs4684846、rs709151、rs7615916位点等位基因频率均有显著性差异(P<0.05)。结果显示,PPARG基因的4个SNP(rs1801282、rs1899951、rs2881654、rs2972162)位点变异与柯尔克孜族人T2DM可能存在关联。