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猪PPARGC1A基因的遗传变异检测及与胴体性状的关联分析 被引量:3
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作者 韩雪蕾 刘榜 +2 位作者 彭勇波 刘雪颖 张庆德 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期587-590,共4页
采用PCR-SSCP方法检测PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪及其杂交群体中的遗传变异,并分析其对胴体性状的影响。猪PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪(n=24)、瑞典长白猪(n=26)、英国大白猪(n=23)、长大通(n=43)、大长通(n... 采用PCR-SSCP方法检测PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪及其杂交群体中的遗传变异,并分析其对胴体性状的影响。猪PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪(n=24)、瑞典长白猪(n=26)、英国大白猪(n=23)、长大通(n=43)、大长通(n=40)存在多态分布,在长白猪中只有AA基因型。基因型频率分析表明国外品种中CC基因型频率低于国内地方品种;性状关联分析结果表明:CC基因型个体的胸腰椎背膘厚、肩部背膘厚和三点平均背膘厚显著高于AA基因型个体,等位基因C是胸腰椎背膘厚和三点平均背膘厚的增效等位基因。 展开更多
关键词 ppargc1a PCR-SSCP 关联分析
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中国荷斯坦奶牛PPARGC1A基因内含子9的SNP与产奶性状的相关分析 被引量:3
2
作者 王杰 原清会 +2 位作者 张明 曾长军 赖松家 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2010年第2期219-222,共4页
采用PCR产物直接测序的方法,对213头中国荷斯坦奶牛的PPARGC1A基因进行单核苷酸多态性分析,并研究不同基因型与产奶性状的相关关系。结果表明,PPARGC1A基因内含子9存在C>T SNP位点,可分为有CC、CT和TT这3种基因型,基因型频率分别为0.... 采用PCR产物直接测序的方法,对213头中国荷斯坦奶牛的PPARGC1A基因进行单核苷酸多态性分析,并研究不同基因型与产奶性状的相关关系。结果表明,PPARGC1A基因内含子9存在C>T SNP位点,可分为有CC、CT和TT这3种基因型,基因型频率分别为0.3568、0.6291和0.0141;该位点突变偏离Hardy-Weinberg平衡状态且中度多态;CC基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂肪率显著相关。PPARGC1A基因可以作为研究中国荷斯坦奶牛泌乳性状的候选基因。 展开更多
关键词 中国荷斯坦奶牛 ppargc1a基因 单核苷酸多态性 产奶量 乳脂率 乳蛋白率
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荷斯坦母牛PPARGC1A基因多态性与产奶性状关联分析 被引量:1
3
作者 王凭青 何玺 +3 位作者 储明星 方丽 狄冉 安永福 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期601-608,共8页
设计18对引物,采用PCR-RFLP、PCR-PAGE及PCR-SSCP技术检测过氧化物酶增殖激活受体γ辅激活蛋白1α(peroxisome proliferator activated receptor gamma coactivator 1 alpha,PPARGC1A)基因在435头荷斯坦母牛中的多态性,分析该基因对荷... 设计18对引物,采用PCR-RFLP、PCR-PAGE及PCR-SSCP技术检测过氧化物酶增殖激活受体γ辅激活蛋白1α(peroxisome proliferator activated receptor gamma coactivator 1 alpha,PPARGC1A)基因在435头荷斯坦母牛中的多态性,分析该基因对荷斯坦母牛5个产奶性状(305 d产奶量、蛋白率、乳脂率、乳糖率、干物质率)的影响。结果表明仅引物P1、P2、P16和P18扩增片段存在多态性。引物P1扩增片段经HaeⅢ酶切产生CC、CT、TT3种基因型;TT和CT基因型乳脂率最小二乘均值显著高于CC基因型所对应的值(P<0.05),TT和CT基因型乳脂率最小二乘均值差异不显著(P>0.05)。引物P2扩增片段经NheⅠ酶切产生AA、AC、CC 3种基因型;AA和AC基因型蛋白率最小二乘均值显著高于CC基因型所对应的值(P<0.05),AA和AC基因型蛋白率最小二乘均值差异不显著(P>0.05)。对于引物P16扩增片段,检测到EE、EF、FF 3种基因型;EE、EF和FF基因型5个产奶性状最小二乘均值差异均不显著(P>0.05)。对于引物P18扩增片段,检测到GG、GH、HH3种基因型;GG、GH和HH基因型5个产奶性状最小二乘均值差异均不显著(P>0.05)。本研究结果初步表明PPARGC1A基因C85330T多态位点的T等位基因是提高奶牛乳脂率的一个潜在DNA标记,A103592C多态位点的A等位基因是提高奶牛乳蛋白率的一个潜在DNA标记。 展开更多
关键词 荷斯坦母牛 ppargc1a基因 多态性 产奶性状
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三个品种马PPARGC1A基因PCR-SSCP多态性分析 被引量:1
4
作者 刘婷婷 孟军 +7 位作者 王建文 姚新奎 韩煜茹 晏华春 张亚昂 曾亚琦 王宁 朱文强 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期1926-1931,共6页
【目的】研究三个品种马PPARGC1A基因的多态性,为马分子育种奠定一定基础。【方法】以焉耆马、伊犁马、纯血马共161匹马为对象,用PCR-SSCP、DNA测序等技术研究分析马PPARGC1A基因的多态性。【结果】焉耆马和伊犁马PPARGC1A基因均有多态... 【目的】研究三个品种马PPARGC1A基因的多态性,为马分子育种奠定一定基础。【方法】以焉耆马、伊犁马、纯血马共161匹马为对象,用PCR-SSCP、DNA测序等技术研究分析马PPARGC1A基因的多态性。【结果】焉耆马和伊犁马PPARGC1A基因均有多态性,在75682碱基处发生G→A的突变,导致等位基因A变为等位基因B,产生从、BB、AB 3种基因型,基因频率计算结果显示,焉耆马,伊犁马处于Hardy-Weinberg非平衡状态。【结论】PPARGC1A基因在焉耆马与伊犁马中均存在多态性。 展开更多
关键词 ppargc1a基因 PCR—SSCP 遗传多态性
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PPARGC1A/NRF1/TFAM通路核心基因在湖羊睾丸发育过程中的表达变化 被引量:9
5
作者 安世钰 张国敏 +6 位作者 尤佩华 孟繁星 刘建玲 张婷婷 杨花 樊懿萱 王锋 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期345-351,共7页
[目的]本试验旨在探究PPARGC1A/NRF1/TFAM通路核心基因在湖羊性成熟前后的表达变化。[方法]选取体况良好和系谱清楚的雄性湖羊18只(3和9月龄,各9只),颈静脉采血后进行阉割处理。ELISA检测血样中睾酮(T)、瘦素、胰岛素及胰岛素样生长因子... [目的]本试验旨在探究PPARGC1A/NRF1/TFAM通路核心基因在湖羊性成熟前后的表达变化。[方法]选取体况良好和系谱清楚的雄性湖羊18只(3和9月龄,各9只),颈静脉采血后进行阉割处理。ELISA检测血样中睾酮(T)、瘦素、胰岛素及胰岛素样生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)的浓度;免疫组化法检测睾丸组织中PPARGC1A/NRF1/TFAM通路相关蛋白的表达定位; RT-qPCR和Western blot检测睾丸组织中PPARGC1A/NRF1/TFAM通路相关基因与蛋白的表达变化。[结果]与3月龄湖羊相比,9月龄湖羊外周血中T、瘦素、胰岛素及IGF-Ⅰ的浓度显著升高(P<0.05)。免疫组化法检测发现PPARGC1A、NRF1和TFAM蛋白在3月龄和9月龄湖羊睾丸组织的多种细胞内均呈时空特异性表达。此外,与3月龄湖羊相比,9月龄湖羊睾丸组织中PPARGC1A、NRF1和TFAM m RNA和蛋白表达水平均显著升高(P<0.05)。[结论]PPARGC1A/RNF1/TFAM通路相关基因可能与湖羊睾丸发育和性成熟过程密切相关。 展开更多
关键词 湖羊 睾丸 性成熟前后 ppargc1a/RNF1/TFAM通路
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PPARGC1A基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病患者肾脏疾病风险的研究 被引量:4
6
作者 刘鹏 赵海玲 +3 位作者 马亮 申正日 邱新萍 李平 《中国中西医结合肾病杂志》 2020年第10期866-870,共5页
目的:探讨糖尿病(diabetes mellitus,DM)患者中PPARGC1A rs8192678(G>A)基因多态性与糖尿病肾病(Diabetic kidney disease,DKD)风险的相关性。方法:利用TaqMan SNP基因分型分析DM与DKD患者rs8192678基因多态性,进行卡方检验和多变量... 目的:探讨糖尿病(diabetes mellitus,DM)患者中PPARGC1A rs8192678(G>A)基因多态性与糖尿病肾病(Diabetic kidney disease,DKD)风险的相关性。方法:利用TaqMan SNP基因分型分析DM与DKD患者rs8192678基因多态性,进行卡方检验和多变量逻辑回归分析,评估rs8192678与DKD易感性之间的关联。结果:次要等位基因(A)与DKD低风险之间存在显著相关性(P<0.02)。在显性模型中,与GG基因型相比,GA+AA基因型的DKD风险显着降低(P=0.007);在加性模型中,与GG基因型相比,GA和AA基因型的DKD风险显着降低(P=0.027)。在亚组分析中,TC正常组显性模型GG较GA+AA基因型的DKD风险显着降低(P=0.018);在TG正常组显性模型中,GG较GA+AA基因型的DKD风险显着降低(P=0.001);在加性模型中,GG较GA和AA基因型的DKD风险显着降低(P=0.001)。结论:中国汉族人群糖尿病患者中PPARGC1A rs8192678等位基因A与DKD的低风险显著相关。 展开更多
关键词 ppargc1a基因 rs8192678 糖尿病肾病 糖尿病 基因多态性
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3种警犬不同肌肉中PPARGC1A基因的发育性表达研究 被引量:1
7
作者 李静 万九生 +4 位作者 陈超 邓卫东 岳锐 熊和丽 黎立光 《安徽农业科学》 CAS 2021年第4期92-95,共4页
[目的]探究PPARGC1A基因mRNA在昆明犬、马里努阿犬、德国牧羊犬不同肌肉组织中的发育性表达规律,为研究犬的肌肉和运动能力形成机理提供理论参考。[方法]采用实时荧光定量PCR技术检测昆明犬、马里努阿犬、德国牧羊犬3种警犬在6月龄、1... [目的]探究PPARGC1A基因mRNA在昆明犬、马里努阿犬、德国牧羊犬不同肌肉组织中的发育性表达规律,为研究犬的肌肉和运动能力形成机理提供理论参考。[方法]采用实时荧光定量PCR技术检测昆明犬、马里努阿犬、德国牧羊犬3种警犬在6月龄、1岁龄的臀腿肌肉组织中PPARGC1A基因mRNA表达量。[结果]随着年龄的增长,PPARGC1A基因在3种警犬肌肉中呈现逐渐上升的表达趋势。马里努阿犬在6月龄和1岁龄时臀腿肌中的表达量极显著高于昆明犬和德国牧羊犬(P<0.01)。[结论]PPARGC1A基因在肌肉发育和肌内脂肪沉积过程中起着很重要的作用。该研究结果可为探索肌肉发育及肌内脂肪沉积相关研究提供理论参考和研究基础。 展开更多
关键词 昆明犬 ppargc1a基因 发育性表达 肌肉组织
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PPARGC1A通过影响肿瘤微环境中免疫成分改善肾透明细胞癌的预后 被引量:1
8
作者 储昭阳 朱向明 +5 位作者 江峰 刘表虎 李国杰 龚儒杰 马平川 徐凯慧 《右江民族医学院学报》 2020年第6期716-722,共7页
目的通过分析肿瘤微环境(TME),确定与肾透明细胞癌(KIRC)关键基因相关的肿瘤浸润免疫细胞(TICs)的组成,揭示关键基因的独立预后价值。方法应用CIBERSORT和ESTIMATE计算方法,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中计算了611例KIRC患者免疫和基... 目的通过分析肿瘤微环境(TME),确定与肾透明细胞癌(KIRC)关键基因相关的肿瘤浸润免疫细胞(TICs)的组成,揭示关键基因的独立预后价值。方法应用CIBERSORT和ESTIMATE计算方法,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中计算了611例KIRC患者免疫和基质成分的数量和TICs的比例。通过对差异表达基因(DEGs)进行了分析并进行Cox回归分析和构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)。然后,通过单因素Cox与PPI的交集分析,确定过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子-1A(PPARGC1A)为预后因子。进一步对PPARGC1A的表达进行差异分析、生存分析、临床相关性分析、基因集富集分析(GSEA)、TICs组成比例及相关性分析。结果PPARGC1A的表达与临床病理特征(临床分期、远处转移)呈负相关,与KIRC患者的生存呈正相关。GSEA显示,高表达PPARGC1A组的基因主要富集于代谢途径和免疫相关活性。对TICs比例的CIBERSORT分析表明,幼稚B细胞、巨噬细胞M2与PPARGC1A表达呈正相关,但调节性T细胞(Treg)和T细胞滤泡辅助因子(Tfh)与PPARGC1A表达呈负相关,提示PPARGC1A可能负责调控TME的免疫成分。结论PPARGC1A的表达水平可能有助于改善KIRC患者的预后,特别可能通过影响TME的免疫成分发挥作用,同时也揭示了PPARGC1A作为免疫治疗发展的潜在靶点和生物标志物。 展开更多
关键词 ppargc1a 肿瘤微环境 ESTIMATE CIBERSORT 肿瘤浸润免疫细胞 肾透明细胞癌
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PPARGC1A基因Thr394Thr/Gly482Ser多态性与2型糖尿病的关联研究 被引量:5
9
作者 苏燕 彭姝彬 +1 位作者 李智琼 黄青阳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期304-308,共5页
对344例2型糖尿病患者和307名正常人PPARGC1A基因单核苷酸多态性rs2970847(Thr394Thr)和rs8192678(Gly482Ser)与2型糖尿病的关系进行了单标记和单体型关联分析以及Logistic回归分析。在单标记分析解中,对照组与病例组Thr394Thr的基因型... 对344例2型糖尿病患者和307名正常人PPARGC1A基因单核苷酸多态性rs2970847(Thr394Thr)和rs8192678(Gly482Ser)与2型糖尿病的关系进行了单标记和单体型关联分析以及Logistic回归分析。在单标记分析解中,对照组与病例组Thr394Thr的基因型和等位基因频率有显著差异(基因型,P=0.006;等位基因,P<0.001);Logistic回归分析和单标记分析表明,Thr394Thr的AA基因型及Thr394(ACA)-Ser482单体型增加患2型糖尿病的风险。Gly482Ser的基因型和等位基因频率在对照组与病例组间都无显著差异。认为PPARGC1A基因是湖北汉人的一个2型糖尿病易感基因。 展开更多
关键词 2型糖尿病 过氧化物酶体增殖活化受体γ协同激活因子 多态性 单体型 关联
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金华猪PPARGC1A基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究 被引量:5
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作者 刘玉芳 郭思武 +3 位作者 张清阳 张鑫 杨俊琦 白莹 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第3期696-705,共10页
试验旨在研究过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α(PPARGC1A)在金华猪和大白猪中的遗传特征和表达情况,探究PPARGC1A基因在mRNA水平和蛋白质水平的表达模式。以金华猪和大白猪为试验动物,分别提取背脂组织的总RNA,根据GenBank... 试验旨在研究过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α(PPARGC1A)在金华猪和大白猪中的遗传特征和表达情况,探究PPARGC1A基因在mRNA水平和蛋白质水平的表达模式。以金华猪和大白猪为试验动物,分别提取背脂组织的总RNA,根据GenBank中公布的猪PPARGC1A基因序列(登录号:NM_213963.2)设计编码区和实时定量PCR引物,以猪GAPDH基因和β-actin蛋白作为内参,应用多种生物信息学方法对PPARGC1A基因编码蛋白进行功能分析,并通过实时荧光定量PCR及Western blotting检测其在金华猪背脂中的表达水平。结果表明,金华猪PPARGC1A基因CDS区全长2361 bp,编码786个氨基酸,该蛋白分子大小90336.01 u,其中丝氨酸(ser)所占比例最高(13.7%),色氨酸(Trp)所占比例最低(0.8%)。同源性比对结果显示,金华猪PPARGC1A基因与山羊、牛和绵羊的同源性较高,分别为95.0%、94.9%和94.9%,在物种进化中具有较强的保守性;金华猪PPARGC1A蛋白不稳定指数为74.88,属于不稳定亲水蛋白,无跨膜结构,其二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角及无规则卷曲4种结构组成,所占比例分别为26.59%、5.73%、5.73%和61.96%,PPARGC1A蛋白同源建模经折叠、弯曲等一系列复杂的过程获得三级结构模型;实时荧光定量PCR试验和Western blotting试验结果一致,显示PPARGC1A基因在背脂较厚的金华猪中表达量显著低于瘦肉型的大白猪(P<0.05)。本研究为探明PPARGC1A基因对猪脂肪沉积的分子生物学功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 金华猪 ppargc1a基因 生物信息学分析 组织表达 脂肪沉积
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PPARGC1A rs8192678 G>A polymorphism affects the severity of hepatic histological features and nonalcoholic steatohepatitis in patients with nonalcoholic fatty liver disease 被引量:2
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作者 Rui-Nan Zhang Feng Shen +3 位作者 Qin Pan Hai-Xia Cao Guang-Yu Chen Jian-Gao Fan 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2021年第25期3863-3876,共14页
BACKGROUND The association between PPARGC1A rs8192678 and nonalcoholic fatty liver disease(NAFLD)requires further confirmation.In addition,it is still unknown whether PPARGC1A rs8192678 is associated with hepatic hist... BACKGROUND The association between PPARGC1A rs8192678 and nonalcoholic fatty liver disease(NAFLD)requires further confirmation.In addition,it is still unknown whether PPARGC1A rs8192678 is associated with hepatic histological features in NAFLD in the Chinese population.AIM To investigate the interaction between PPARGC1A rs8192678 and nonalcoholic steatohepatitis(NASH),and whether this polymorphism is associated with hepatic histological features.METHODS Fifty-nine patients with liver biopsy-proven NAFLD and 93 healthy controls were recruited to a cohort representing the Chinese Han population.The SAF(steatosis,activity,and fibrosis)scoring system was used for hepatic histopathological evaluation.The polymorphisms of PPARGC1A rs8192678 and patatin-like phospholipase domain-containing protein 3(PNPLA3)rs738409 were genotyped.The intrahepatic mRNA expression of PPARGC1A was evaluated by real-time polymerase chain reaction.RESULTS Thirty-seven patients with NAFLD had NASH,of which 12 were nonobese.The PPARGC1A rs8192678 risk A allele(carrying GA and AA genotypes)had the lowest P value in the dominant model;the odds ratio(OR)for NAFLD was 2.321[95%confidence interval(CI):1.121-4.806].After adjusting for age,sex,and the PNPLA3 rs738409 risk G allele,the PPARGC1A rs8192678 A allele was a risk factor for NAFLD(OR 2.202,95%CI:1.030-4.705,P=0.042).The genetic analysis showed that patients with NAFLD,moderate-to-severe steatosis(S2-3),and Activity 2-4(A≥2)were more likely to carry A in PPARGC1A rs8192678(OR 5.000,95%CI:1.343-18.620,P=0.012;and OR 4.071,95%CI:1.076-15.402,P=0.031).The multivariate logistic regression analysis showed that PPARGC1A rs8192678 risk A allele was also independently associated with S2-3,A≥2,and NASH(OR 6.190,95%CI:1.508-25.410,P=0.011;OR 4.506,95%CI 1.070-18.978,P=0.040;and OR 6.337,95%CI:1.135-35.392,P=0.035,respectively)after adjusting for age,sex,body mass index,and PNPLA3 rs738409 risk G allele.The results also showed that this polymorphism was associated with nonobese NASH(OR 22.000,95%CI:1.540-314.292,P=0.021).The intrahepatic expression of PPARGC1A mRNA was significantly lower in the group of patients who carried the risk A allele(P=0.014).CONCLUSION The PPARGC1A rs8192678 risk A allele is associated with NAFLD,and with S2-3,A≥2 and NASH in NAFLD patients,independent of PNPLA3 rs738409,and may be associated with nonobese NASH. 展开更多
关键词 Nonalcoholic fatty liver disease Nonalcoholic steatohepatitis ppargc1a rs8192678 polymorphism STEATOSIS ACTIVITY
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猪PPARGC1A和CAPNS1基因多态性及其与肉质性状的关联性分析 被引量:2
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作者 G.Gandolfi 晋大鹏 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第10期44-44,共1页
试验旨在研究猪PPARGC1A和CAPNS1基因多态性及其与肉质性状的相关性。结果发现,PPARGC1A基因存在4个多态位点,CAPNS1基因存在3个多态位点。PPARGC1A基因突变位点c.1288T>A与杜洛克×皮特兰杂交F2代(DuPi,n=313)猪肉质pH和蒸煮损... 试验旨在研究猪PPARGC1A和CAPNS1基因多态性及其与肉质性状的相关性。结果发现,PPARGC1A基因存在4个多态位点,CAPNS1基因存在3个多态位点。PPARGC1A基因突变位点c.1288T>A与杜洛克×皮特兰杂交F2代(DuPi,n=313)猪肉质pH和蒸煮损失显著相关(P<0.05),与大白猪(ILW,n=380)和长白猪(ILA,n=158)肉质pH显著相关(P<0.05);CAPNS1基因突变位点c.429A>C与杜洛克×皮特兰杂交猪pH、导电率显著相关(P<0.05),与长白猪肉质色度显著相关(P<0.05)。PPARGC1A基因mRNA表达与蒸煮损失呈极显著相关(P<0.01);CAPNS1基因mRNA表达与蒸煮损失也存在一定相关性,但差异不显著(P=0.06)。CAPNS1基因表达调控中没有发生启动子甲基化。因此,PPARGC1A和CAPNS1基因与猪肉质性状存在显著关联,且由于物种间差异,可作为候选基因用于猪肉质性状的改良。 展开更多
关键词 ppargc1a CAPNS1 肉质性状 DNA多态性 基因表达
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昆明犬PPARGC1A基因编码区克隆及生物信息学分析
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作者 李静 万九生 +3 位作者 邓卫东 陈超 岳锐 黎立光 《饲料博览》 2020年第7期1-10,共10页
文章旨在获得昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析。根据Gen Bank中公布的序列设计一对特异性引物,采集昆明犬的肌肉组织提取总RNA,反转录成c DNA。以c DNA为模板进行RT-PCR扩增,并获得目的基因片段,将其插... 文章旨在获得昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析。根据Gen Bank中公布的序列设计一对特异性引物,采集昆明犬的肌肉组织提取总RNA,反转录成c DNA。以c DNA为模板进行RT-PCR扩增,并获得目的基因片段,将其插入载体,利用生物信息学软件对所获序列进行分析。试验成功克隆出昆明犬基因,cds长度为2 246 bp,共编码724个氨基酸序列。比对结果显示,昆明犬PPARGC1A基因与参考序列的同源性为100%。同源性比对结果昆明犬PPARGC1A基因的同源性与赤狐(登录号:XM025997319.1)、野牦牛(登录号:XM005897079.2)、牛(登录号:NM177945.3)、人(登录号:NM013261.5)、家鼠(登录号:NM008904.2)、卡氏小鼠(登录号:XM021162167.2)、欧亚野猪(登录号:NM213963.2)的同源性分别为99.6%、95%、95%、95.4%、91.7%、91.6%、95%。系统进化树分析发现,昆明犬与家犬的遗传距离最近,与小鼠遗传关系最远。PPARGC1A蛋白分子质量0971.82 ku,理论等电点p I为11.20。氨基酸组成亮氨酸Leu(L)占比最高,比例为11.3%。PPARGC1A蛋白不稳定性指数(Ⅱ)为59.16,这表明PPARGC1A基因编码蛋白质分类是不稳定的。脂肪指数为81.60,平均亲水系数(GRAVY)为-0.336,表明此蛋白亲水性差,脂溶性强。昆明犬PPARGC1A编码蛋白存在1个跨膜结构,二级结构预测昆明犬PPARGC1A蛋白中α螺旋、延伸链、β转角及无规则卷曲分别占28.04%、20.99%、6.77%、48.62%,三级结构与二级结构相一致。试验成功克隆出昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析,为研究PPARGC1A基因对警犬的肌肉形成机理和产能等影响提供理论依据。 展开更多
关键词 昆明犬 ppargc1a基因 克隆 生物信息学分析 同源性分析
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成都地区汉族人群PPARGC1A基因Thr394Thr位点G/A多态性与2型糖尿病及胰岛素抵抗的相关性研究 被引量:2
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作者 宋洁 刘圆圆 +7 位作者 龙洋 田浩明 刘瑞 李秀钧 陈涛 张翔迅 喻红玲 任艳 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期550-553,共4页
目的 了解中国成都地区汉族人群过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子-1α基因(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,coactivator 1 alpha,PPARGC1A;又名PGC-1α)Thr394Thr位核苷酸G/A的基因型分布,探讨该多态性与... 目的 了解中国成都地区汉族人群过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子-1α基因(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,coactivator 1 alpha,PPARGC1A;又名PGC-1α)Thr394Thr位核苷酸G/A的基因型分布,探讨该多态性与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)、胰岛素抵抗及其他代谢异常的关系.方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性技术检测151例无亲缘关系的T2DM患者和156名糖耐量正常对照者PPARGC1A基因Thr394Thr位核苷酸G/A多态性.所有研究对象均测定血糖、胰岛素、血脂,测量身高、体重、腰围、血压.结果 与正常对照组相比,T2DM组的体重指数、腰围、血压、甘油三酯水平均显著增高(P<0.05),而高密度脂蛋白胆固醇(high density lipoprotein-cholesterol,HDL-C)水平显著降低(P<0.05).A等位基因的频率在T2DM及正常对照组分别为22.5%、18.6%,AG基因型频率在两组分别为43.7%、37.2%,差异无统计学意义.在T2DM组中,AA+AG基因型的空腹胰岛素、稳态模型评估法胰岛素抵抗指数(homeostasis model aseessment-insulin resistance,HOMA-IR)及腰围明显高于GG基因型,HDL-C显著低于GG基因型(P<0.05).无论T2DM和正常对照,A等位基因携带者HOMA-IR明显高于GG者.结论 PPARGC1A基因Thr394Thr位核苷酸G/A多态性与胰岛素抵抗存在明显相关,并可能与T2DM患者中心性肥胖及低HDL-C水平相关,其与T2DM发病的关系有待进一步研究. 展开更多
关键词 ppargc1a基因 Thr394Thr多态性 2型糖尿病 胰岛素抵抗
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猪PPARGC1A基因多态性与生长性状的关联分析及其表达 被引量:1
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作者 白莹 张清阳 +4 位作者 韩海银 张伟峰 杨俊琦 张辉 刘玉芳 《畜牧与兽医》 北大核心 2020年第11期1-6,共6页
本研究通过直接测序检测PPARGC1A基因启动子区多态位点g.17949513G>A在535头杜洛克猪、长白猪以及大约克猪中的遗传结构,并与达到目标体重日龄、平均日增重等生长性状进行关联分析。利用实时荧光定量PCR检测PPARGC1A基因在大约克猪... 本研究通过直接测序检测PPARGC1A基因启动子区多态位点g.17949513G>A在535头杜洛克猪、长白猪以及大约克猪中的遗传结构,并与达到目标体重日龄、平均日增重等生长性状进行关联分析。利用实时荧光定量PCR检测PPARGC1A基因在大约克猪和金华猪背脂和背最长肌组织中的表达量。结果表明,在试验群体中G等位基因的频率高于A等位基因。在长白猪中基因型频率最高的是GG,而杜洛克猪和大约克猪中GA基因型的频率最高。GG基因型个体达到目标体重日龄低于AA基因型和GA基因型,平均日增重高于AA基因型。不同基因型个体之间的100 kg体重活体背膘厚和料重比差异不显著(P>0.05)。PPARGC1A基因mRNA水平在大约克猪中显著高于金华猪(P<0.05)。综上所述,PPARGC1A基因g.17949513G>A位点与生长性状显著关联,该基因的差异表达对生长发育具有一定的影响,可作为猪生长性状选育的潜在分子标记。 展开更多
关键词 ppargc1a基因 生长性状 关联分析 基因表达
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广东汉族人群PPARGC1A基因rs6821591和rs2970847位点单核苷酸多态性与2型糖尿病遗传易感性的关联研究 被引量:2
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作者 徐霖 林春文 +6 位作者 饶佳为 杨辉煌 谢宇荀 丁元林 孔丹莉 潘海燕 于海兵 《中国糖尿病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期241-245,共5页
目的探讨T2DM遗传易感性与广东汉族人群PPARGC1A基因rs6821591和rs2970847位点单核苷酸多态性(SNP)的关联。方法采用病例对照设计,运用SNPscan^(TM)分型技术检测T2DM组和正常对照组(NC)PPARGC1A基因rs6821591和rs2970847位点的基因型,... 目的探讨T2DM遗传易感性与广东汉族人群PPARGC1A基因rs6821591和rs2970847位点单核苷酸多态性(SNP)的关联。方法采用病例对照设计,运用SNPscan^(TM)分型技术检测T2DM组和正常对照组(NC)PPARGC1A基因rs6821591和rs2970847位点的基因型,比较两组基因型及等位基因频率分布。结果NC、T2DM组rs6821591位点T、C等位基因频率分别为67.31%、32.69%/67.57%、32.43%,rs2970847为23.91%、76.09%/23.95%、76.05%,两组双位点等位基因频率分布及TT/CT/CC基因型频率分布比较,差异无统计学意义(P>0.05)。调整协变量前后,两组rs6821591和rs2970847位点的隐性、显性、共显性及超显性遗传模型比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论T2DM遗传易感性可能与广东汉族人群PPARGC1A基因rs6821591和rs2970847位点SNP无明显关联。 展开更多
关键词 糖尿病 2型 单核苷酸多态性 过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α
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基于表达谱芯片挖掘鸡骨骼肌不同类型肌纤维的差异表达基因 被引量:7
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作者 束婧婷 姬改革 +6 位作者 单艳菊 章明 肖芹 屠云洁 盛中伟 张笛 邹剑敏 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第14期2826-2836,共11页
【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻... 【目的】肌纤维类型的差异是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素,红肌纤维比例高的肌肉肉品质要显著优于白肌纤维比例高的肌肉,然而,目前对于鸡骨骼肌纤维类型形成及转换的分子调控机制尚不明确。本究以中国优良的地方品种清远麻鸡为研究对象,首次对其骨骼肌中不同类型肌肉的转录组差异进行了研究,以期挖掘在鸡肌纤维生成和类型转换中发挥调控作用的关键因子。【方法】采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对清远麻鸡骨骼肌表型差异较大的比目鱼肌和趾长伸肌中与肌纤维类型组成和转换相关的候选基因进行系统筛查,采用荧光定量PCR对芯片筛选出的差异表达基因进行验证,采用慢病毒质粒包装系统构建特异靶向鸡PPARGC1A基因的RNA干扰慢病毒载体进行基因功能研究。【结果】芯片结果共发现差异倍数在2倍及以上的基因1 224个(P<0.05,FC≥2),以趾长伸肌作为参照,比目鱼肌中上调基因为654个,下调基因为570个,尽管芯片和荧光定量PCR两种方法得出的差异倍数并不完全一致,但所选基因的表达趋势是一致的,表明芯片结果是可靠的。对差异表达基因进行GO(GO ontology)功能分类,共发现了74个显著性GO,主要分为生物学过程、分子功能和细胞组分等3大类。基于KEGG Pathway分析发现,一些已知的与肌纤维类型转换、肌肉发育以及脂质代谢相关的信号通路在两种类型的肌肉中被显著富集。综合差异基因的GO、KEGG Pathway和共表达网络分析,推测PRKAG3,ATP2A2以及PPARGC1A可能是与肌纤维类型性状紧密关联的关键基因。进一步对PPARGC1A基因进行功能研究发现,PPARGC1A基因的敲低,引起了PPP3CA,MEF2C以及SM等慢肌纤维标志基因以及与肌纤维发育与转换相关基因表达水平的显著降低,而快肌纤维标志基因FWM的表达水平则显著上升。【结论】揭示了鸡红肌和白肌两种不同类型肌肉间的转录组差异,证明了PPARGC1A基因能够与钙离子信号通路相关基因协同从而在鸡肌纤维类型组成和转换中发挥着重要作用,从而为中国地方鸡肉品质性状的遗传改良提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 表达谱芯片 转录组差异 肌纤维类型 ppargc1a
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藏猪背最长肌中过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活因子1α基因表达的发育性变化
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作者 蒋岸岸 李明洲 +2 位作者 顾以韧 张凯 李学伟 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2010年第5期1-3,共3页
采用实时荧光定量PCR方法检测了藏猪背最长肌组织中过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活因子1α(PPARGC1A)基因mRNA表达量在2、4、6月龄和8月龄间的差异。结果表明:藏猪背最长肌中PPARGC1A基因mRNA的表达量在2月龄时最低,至4月龄时表达... 采用实时荧光定量PCR方法检测了藏猪背最长肌组织中过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅激活因子1α(PPARGC1A)基因mRNA表达量在2、4、6月龄和8月龄间的差异。结果表明:藏猪背最长肌中PPARGC1A基因mRNA的表达量在2月龄时最低,至4月龄时表达量极显著上升(P<0.01),6月龄时表达量逐渐下降,但较4月龄差异不显著(P>0.05),至8月龄时表达量又极显著上升到最高水平(P<0.01)。本研究初步揭示了藏猪PPARGC1A基因的发育表达模式,为进一步研究PPARGC1A基因对猪肉质性状的影响提供基础数据。 展开更多
关键词 背最长肌 ppargc1a 荧光实时定量PCR
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中国北方地区汉族男性PPARGC1基因多态性与耐力训练效果的关联性研究 被引量:8
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作者 何子红 胡扬 +2 位作者 刘刚 席翼 文立 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期156-160,共5页
目的:探讨中国北方平原地区汉族男子过氧化物酶体增殖受体γ辅激活因子α(PPARGC1)基因多态性分布特点以及与耐力训练效果的关联性。方法:102名无训练史的健康男子进行18周有氧耐力训练,测试训练前后的最大摄氧量、跑节省化。用PCR-RFL... 目的:探讨中国北方平原地区汉族男子过氧化物酶体增殖受体γ辅激活因子α(PPARGC1)基因多态性分布特点以及与耐力训练效果的关联性。方法:102名无训练史的健康男子进行18周有氧耐力训练,测试训练前后的最大摄氧量、跑节省化。用PCR-RFLP法分析PPARGC1基因的G482S、A2962G和T394T多态性。结果:(1)3个多态位点分布频率均符合H-W平衡,且有显著的种族差异。(2)A2962G多态性与ΔVO2max(ml/min/wt)可能关联,GG基因型群体显著性高于AG和AA,但GG基因型频率仅为3%;未发现其他单点多态性和单体型与训练敏感性有较强的关联。结论:PPARGC1基因的G482S和T394T多态性不是预测个体耐力训练敏感性的基因标记;对于A2962G,则有必要加大样本进一步确认。 展开更多
关键词 过氧化物酶体增殖受体γ辅激活因子α 有氧能力 中国北方地区 汉族男性 PPARGC1基因 基因多态性 耐力训练
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Cancer metastasis: issues and challenges 被引量:8
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作者 Chao-Nan Qian Yan Mei Jian Zhang 《Chinese Journal of Cancer》 SCIE CAS CSCD 2017年第3期108-111,共4页
Metastasis is the major cause of treatment failure in cancer patients and of cancer?related deaths.This editorial discusses how cancer metastasis may be better perceived and controlled.Based on big?data analyses,a col... Metastasis is the major cause of treatment failure in cancer patients and of cancer?related deaths.This editorial discusses how cancer metastasis may be better perceived and controlled.Based on big?data analyses,a collection of150 important pro?metastatic genes was studied.Using The Cancer Genome Atlas datasets to re?analyze the effect of some previously reported metastatic genes—e.g.,JAM2,PPARGC1A,SIK2,and TRAF6—on overall survival of patients with renal and liver cancers,we found that these genes are actually protective factors for patients with cancer.The role of epithelial–mesenchymal transition(EMT)in single?cell metastasis has been well?documented.However,in metastasis caused by cancer cell clusters,EMT may not be necessary.A novel role of epithelial marker E?cadherin,as a sensitizer for chemoresistant prostate cancer cells by inhibiting Notch signaling,has been found.This editorial also discusses the obstacles for developing anti?metastatic drugs,including the lack of high?throughput technologies for identifying metastasis inhibitors,less application of animal models in the pre?clinical evaluation of the leading com?pounds,and the need for adjustments in clinical trial design to better reflect the anti?metastatic efficacy of new drugs.We are confident that by developing more effective high?throughput technologies to identify metastasis inhibitors,we can better predict,prevent,and treat cancer metastasis. 展开更多
关键词 METASTASIS E-CADHERIN EMT JAM2 ppargc1a SIK2 TRAF6
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