四川牦牛PPARGC1B基因SNP位点筛选及生物信息学分析

采用PCR产物直接测序法检测四川牦牛过氧化物酶增殖激活受体γ辅激活因子-1β(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,coactivator 1 beta,PPARGC1B)基因SNP位点,同时通过PCR扩增和测序获得四川牦牛PPARGC1B基因编码区,并对编码蛋白和mRNA二级结构进行了生物信息学预测分析。结果显示,本试验通过四川牦牛PPARGC1B基因的单核苷酸多态性检测结果,筛选出E9-189 A→C、E9-387 G→A、E9-542 C→T和E9-554 T→C共4个外显子SNP突变位点,其中E9-387 G→A和E9-554 T→C位点与四川牦牛肉品质性状中的剪切力和背膘厚具有显著相关性;对4个突变位点的生物信息学分析结果显示,PPARGC1B蛋白属于酸性、不稳定、非跨膜和非分泌型亲水蛋白,有卷曲螺旋结构,不存在信号肽和跨膜区域,主要在细胞核中发挥生物学作用,有106个磷酸化位点和1个糖基化位点,1个保守结构RRM结构,二级结构主要α-螺旋和无规则卷曲为主;PPARGC1B基因突变前后蛋白结构未发生变化,mRNA二级结构出现了显著差异。结果表明,PPARGC1B基因SNP位点可作为影响四川牦牛肉品质性状的分子标记,并应用于肉牛的标记辅助选择,同时对PPARGC1B基因相关SNP位点的生物信息学分析也为深入探讨该基因的生物学功能奠定基础。

大白菜BrCYP83B1基因的克隆及表达分析

【目的】细胞色素P450家族是十字花科植物硫苷合成重要的酶系,其中CYP83亚家族主要参与核心结构的合成,旨在探究大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)CYP83B1基因的功能。【方法】利用RT-PCR技术克隆BrCYP83B1基因,通过生物信息学软件分析其编码蛋白理化性质、同源性及启动子顺式作用元件,利用RT-qPCR技术分析BrCYP83B1的表达模式,并构建其植物超表达载体。【结果】BrCYP83B1 cDNA序列全长为1500 bp,编码499个氨基酸,编码蛋白属于细胞色素P450超家族,主要定位于细胞质,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,与甘蓝型油菜、青花菜的CYP83B1蛋白具有较高的同源性。启动子分析表明,该基因启动子区域包含水杨酸、脱落酸及茉莉酸甲酯等激素响应的顺式作用元件,说明BrCYP83B1基因表达可能受激素调控。RT-qPCR分析结果表明,BrCYP83B1基因在大白菜的根、茎、叶、花和果中均有表达,且以叶中的表达量最高;茉莉酸甲酯够显著促进该基因的表达,而水杨酸处理对其表达具有一定的抑制作用,脱落酸处理下基因先上调后又下调。【结论】BrCYP83B1可能参与大白菜对激素的响应调控。

奥比帕利联合达塞布韦治疗基因1b型慢性丙型肝炎患者疗效研究

目的探讨应用奥比帕利联合达塞布韦治疗基因1b型慢性丙型肝炎(CHC)患者的疗效。方法2020年1月~2022年1月我院收治的106例基因1b型CHC患者,其中观察组53例接受奥比帕利联合达塞布韦治疗,对照组53例接受达塞布韦单药治疗,两组治疗持续12周。采用实时荧光定量RT-PCR法检测血清HCV RNA载量,考核超快速病毒学应答(SRVR)、快速病毒学应答(RVR)、治疗结束病毒学应答(ETVR)和随访12周时持续病毒学应答(SVR)。结果观察组SRVR、RVR、ETVR和SVR分别为88.7%、94.3%、100.0%和100.0%,显著高于对照组(67.9%、75.4%、83.0%和90.5%,P<0.05);在治疗12周结束时,观察组血清ALT和AST水平分别为(30.8±4.6)U/L和(29.7±2.4)U/L,均显著低于对照组【分别为(52.2±5.1)U/L和(48.1±3.6)U/L,P<0.05】;在治疗期间,观察组不良反应发生率为18.7%,显著高于对照组的9.4%(P<0.05)。结论应用奥比帕利联合达塞布韦治疗基因1b型CHC患者疗效确切,可有效改善肝功能,提高血清HCV RNA转阴率,且安全性尚可。

龙麦系列部分品种(系)Wx-B1b基因检测与淀粉特性分析

小麦品质改良是东北春麦区强筋小麦育种的主要目标之一,小麦籽粒淀粉特性是决定面条品质的重要因素。淀粉特性与直链淀粉含量密切相关,Wx-B1b基因为控制小麦直链淀粉含量的主效基因。为明确该基因在龙麦系列品种(系)中的分布情况,从而为面包面条兼用型强筋小麦育种和品质改良提供有用信息,利用Wx-B1b基因特异性分子标记检测了153份小麦品种(系),并对该基因在东北春麦区强筋小麦遗传背景下淀粉特性的影响进行分析。结果表明,该特异性标记能准确鉴定Wx-B1b基因,在检测的153份材料中,82份材料含有Wx-B1b基因,占比为53.6%;黏度仪的峰值黏度在Wx-B1b和Wx-B1a基因型间差异达到显著水平(P<0.05),为淀粉特性改良的主效基因。因此在东北春麦区为进一步提高面包面条兼用型强筋小麦新品种选育效率,在亲本组配、后代选择及稳定品系处理中应加强Wx-B1b基因的应用和选择。

SLCO1B1和ApoE基因多态性检测指导急性脑梗死患者他汀药物个性化应用效果分析

目的 分析联合应用SLCO1B1和载脂蛋白E(ApoE)基因多态性检测在急性脑梗死患者个性化使用他汀药物中的临床效果。方法 选取2020年8月至2023年7月我院收治的80例急性脑梗死患者为研究对象,随机分为对照组和观察组各40例。均接受常规急性脑梗死治疗,对照组口服阿托伐他汀钙片治疗,观察组根据SLCO1B1和ApoE基因多态性结果给予适宜种类和剂量的他汀类药物进行个性化治疗。两组均连续治疗1个月。比较两组患者临床疗效、不良反应以及治疗前后NIHSS评分、mRS评分和血清中主要血脂指标。结果 治疗后,观察组NIHSS评分、mRS评分、血清TC、TG、LDL-C水平显著低于对照组,HDL-C显著高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。观察组治疗总有效率为92.50%,高于对照组的72.50%,不良反应总发生率为2.50%,低于对照组的20.00%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 根据SLCO1B1和ApoE基因多态性检测结果指导他汀药物用药能够显著提高急性脑梗死患者治疗效果,改善神经功能、生活能力以及脂代谢,减轻不良反应。

自噬相关基因微管相关蛋白1A/1B轻链3B在结肠癌中的表达及临床意义

目的:探讨自噬相关基因微管相关蛋白1A/1B轻链3B(MAP1LC3B)在结肠癌中的表达及临床意义。方法:采用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中提供的临床和RNA-seq数据,以预测MAP1LC3B水平与结肠癌的关系。再利用免疫组织化学染色(IHC)、Western印迹等技术对人群样本(结肠癌组织40例,癌旁组织20例)中MAP1LC3B表达情况进行检测,验证其表达情况与临床病理参数包括肝转移与否、淋巴结转移与否及组织分化等的关系。结果:MAP1LC3B在结肠癌组织中的表达阳性率为72.5%,明显高于癌旁组织组,差异具有统计学意义(P=0.001);在MAP1LC3B阳性组中,21例(72.41%)合并肝转移(P=0.001),且患者的TNM分期多为Ⅴ期患者,占79.31%,与MAP1LC3B阴性组比较差异具有统计学意义(P=0.001),但MAP1LC3B的表达与结肠癌组织的分化程度(P=0.056)和淋巴结转移情况比较,差异无统计学意义(P=0.265)。与TCGA数据库等分析结果有所差异,但Kaplan-Meier生存分析表明,MAP1LC3B高表达与预后不良显著相关,差异有统计学意义(P<0.01),且MAP1LC3B表达水平与CD8+T细胞的功能最为密切。结论:自噬相关基因MAP1LC3B在结肠癌组织中异常表达,并参与介导了肿瘤的恶性生物学行为,影响患者预后。

LKB1基因突变型非小细胞肺癌的临床特点及治疗药物应用研究进展

非小细胞肺癌(NSCLC)占肺癌类型的大部分,目前晚期NSCLC多采用免疫治疗及化学治疗,但LKB1基因突变型NSCLC对免疫治疗耐药。LKB1基因是一种重要的抑癌基因,在维持细胞能量平衡方面起重要作用,其编码的肝激酶B1(LKB1)可调节细胞代谢、细胞增殖、细胞极性和细胞迁移等过程。LKB1基因突变型NSCLC具有易发生转移和侵袭性强、对免疫治疗耐药、预后欠佳等临床特点。由于LKB1基因突变型NSCLC不能从免疫治疗中获益,故研究者们从LKB1信号通路上寻找治疗靶点和改善耐药等方面寻找突破口,AMPK激动剂、mTOR抑制剂、PARP抑制剂、CDK4/6抑制剂等药物成为研究热点,但目前多处于临床前阶段,各种方案对于LKB1基因突变型NSCLC的疗效仍需要进一步论证。

SLCO1B1基因多态性对瑞舒伐他汀有效性和安全性影响的Meta分析

目的 研究SLCO1B1基因(521T>C和388A>G)多态性与瑞舒伐他汀有效性和安全性的相关性。方法 在PubMed、Embase、Cochrane Library、PharmGKB、中国知网和万方数据库中检索521T>C和388A>G基因多态性对瑞舒伐他汀有效性和安全性影响的研究,检索时限为建库起至2023年12月,用RevMan 5.3软件对所纳入的数据进行分析。结果 共纳入16篇相关研究。Meta分析结果显示,521T>C基因多态性与瑞舒伐他汀疗效有显著相关性——在显性基因模型下,与TT基因型相比,CC+TC基因型能显著提高瑞舒伐他汀升高高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)的疗效[MD=2.38,95%CI(0.61,4.16),P=0.009 0];在纯合子基因模型下,与TT基因型相比,CC基因型能显著提高瑞舒伐他汀降低总胆固醇的疗效[MD=-7.50,95%CI(-13.05,-1.95),P=0.008 0];在杂合子基因模型下,与TT基因型相比,TC基因型能显著提高瑞舒伐他汀降低低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)[MD=-5.14,95%CI(-9.74,-0.53),P=0.03]和升高HDL-C[MD=5.67,95%CI(2.61,8.73),P=0.000 3]的疗效。388A>G基因多态性与瑞舒伐他汀疗效亦有显著相关性——在显性或纯合子基因模型下,与AA基因型相比,GG+AG基因型[MD=-6.88,95%CI(-7.46,-6.30),P<0.000 1]或GG基因型[MD=-9.23,95%CI(-9.41,-9.04),P<0.000 1]能显著提高瑞舒伐他汀降低LDL-C的疗效;在杂合子基因模型下,与AA基因型相比,AG基因型能显著提高瑞舒伐他汀降低LDL-C[MD=-3.00,95%CI(-3.19,-2.82),P<0.000 1]、总胆固醇[MD=-5.80,95%CI(-6.00,-5.59),P<0.000 1]和甘油三酯[MD=-11.79,95%CI(-19.57,-4.02),P=0.003 0]的疗效;在隐性基因模型下,与AA+AG基因型相比,GG基因型能显著提高瑞舒伐他汀降低LDL-C[MD=-4.31,95%CI(-8.47,-0.14),P=0.040 0]和升高HDL-C[MD=4.49,95%CI(2.20,6.77),P=0.000 1]的疗效。4种基因模型下,521T>C基因多态性与瑞舒伐他汀相关ADR发生概率之间均存在显著相关性(P<0.05),但并未发现388A>G基因多态性与瑞舒伐他汀相关ADR发生概率之间存在显著相关性(P>0.05)。结论 521T>C基因多态性与瑞舒伐他汀的降脂疗效和安全性显著相关,C等位基因可能是导致瑞舒伐他汀降脂疗效增强和ADR增多的因素之一;388A>G基因多态性与瑞舒伐他汀的降脂疗效显著相关,但与其安全性无关联性。

短期大气颗粒物暴露和MTNR1B基因多态性对甘油三酯-葡萄糖指数影响的家系研究

目的:利用北京房山家系队列研究资料,探索短期大气颗粒物(particulate matter,PM)暴露和褪黑素受体1B(melatonin receptor 1B,MTNR1B)基因多态性对甘油三酯-葡萄糖(triglyceride-glucose,TyG)指数的影响。方法:纳入来自北京市房山区9个乡镇的先证者及其亲属作为研究对象,使用混合线性模型评估短期PM暴露和MTNR1B基因rs10830963位点多态性与TyG指数的关联,进一步利用最大似然法进行基因-环境交互作用分析,探索rs10830963位点多态性在PM与TyG指数关联中的效应修饰作用。结果:共纳入来自2084个家系的4395名参与者,研究对象平均年龄(58.98±8.68)岁,女性占比53.90%。关联分析结果显示,PM 2.5浓度每升高10μg/m 3,TyG指数升高0.017(95%CI:0.007~0.027),而PM 10每升高10μg/m 3,TyG指数升高0.010(95%CI:0.003~0.017),且关联均存在滞后效应。此外,rs10830963位点与TyG指数存在阳性关联。每增加一个风险等位基因G,TyG指数升高0.040(95%CI:0.004~0.076)。与CC基因型携带者相比,GG基因型携带者的TyG指数高0.079(95%CI:0.005~0.152)。未发现该位点多态性与PM暴露的交互作用具有统计学意义。结论:PM 2.5和PM 10短期暴露与较高的TyG指数相关,MTNR1B基因的rs10830963位点G等位基因与TyG指数升高相关联。

葡萄VvCCD1b基因克隆及与其启动子互作的转录因子筛选

【目的】筛选葡萄类胡萝卜素裂解双加氧酶(CCD)基因VvCCD1b启动子互作的转录因子,挖掘参与调控葡萄类胡萝卜素代谢的潜在因子,为深入探究葡萄类胡萝卜素的代谢调控网络提供理论参考。【方法】克隆VvCCD1b基因的cDNA及其启动子序列,利用生物信息学软件对VvCCD1b基因的染色体位置、启动子顺式作用元件及其编码蛋白的理化性质、保守结构域等进行预测分析。基于转录组数据分析不同葡萄品种及不同处理下葡萄CCD家族成员表达模式。通过酵母单杂交技术筛选与VvCCD1b基因启动子互作的转录因子,并进行点对点验证。【结果】通过PCR克隆获得VvCCD1b基因序列全长1641 bp,位于13号染色体上,编码546个氨基酸残基,为亲水性蛋白,二级结构由α-螺旋(16.67%)、β-折叠(5.49%)、延伸链(24.54%)和无规则卷曲(53.30%)构成,具有RPE65保守结构域。VvCCD1b基因启动子含有光响应元件(G-box、3-AF1 binding site、GATA-motif、TCT-motif)、水杨酸(SA)响应元件(SARE)、脱落酸(ABA)响应元件(ABRE)及AP2/ERF、WRKY、MADS-box转录因子结合元件。VvCCD1b基因表达水平随果实发育逐渐升高且受光照与逆境胁迫的影响。以VvCCD1b基因启动子为诱饵,初步筛选出VvRAP2-4、VvWRKY4、VvBHLH137转录因子及葡萄液泡加工酶、葡萄糖苷酶等18个功能蛋白,其中VvRAP2-4、VvWRKY4转录因子与VvCCD1b基因启动子间存在互作。【结论】VvCCD1b为亲水性蛋白,基因表达水平随果实发育逐渐升高,且受到干旱、高温、水涝胁迫和光照的影响。通过酵母单杂交技术筛选出与VvCCD1b启动子互作的候选转录因子。

斑马鱼notch1a和notch1b对hsp70基因的调控作用

研究旨在通过双荧光素酶报告基因实验探究斑马鱼notch1a和notch1b基因对hsp70的调控作用。通过NCBI数据库检索获取了斑马鱼notch1a和notch1b基因的CDS序列,对其胞内段(Notch1a/Notch1b intracellular domain,N1aICD/N1bICD)进行克隆并构建pCMV-N1aICD和pCMV-N1bICD真核表达载体,在人胚肾细胞(HEK293T)中用Western Blot和亚细胞定位检测N1aICD和N1bICD的表达。通过生信分析并克隆斑马鱼hsp70启动子序列,构建pGL3-hsp70-pro报告基因,并在HEK293T中检测该报告基因的双荧光素酶活性。之后在HEK293T细胞中过表达notch1a和notch1b基因,通过双荧光素酶报告基因实验检测pGL3-hsp70-pro的活性变化,以此探究notch1a和notch1b对hsp70基因的调控作用。实验结果显示真核表达载体pCMV-N1aICD和pCMV-N1bICD构建成功,Western Blot显示pCMV-N1aICD和pCMV-N1bICD可正常表达,亚细胞定位显示N1aICD和N1bICD蛋白表达在HEK293T的细胞核中;双荧光素酶实验显示pGL3-hsp70-pro报告基因在HEK293T细胞中具有活性,是阴性对照质粒的3.7倍;在HEK293T细胞中pCMV-N1aICD和pCMV-N1bICD真核表达载体能够显著增强pGL3-hsp70-pro的活性,分别为对照组的4.9倍和5.1倍。实验结果表明斑马鱼notch1a和notch1b基因可显著增强hsp70基因的表达,为进一步研究Notch分子通过Hsp70进行抗感染免疫的分子机制提供了实验材料并奠定了理论基础。

虹鳟Scarb1基因克隆、生物信息学及组织表达分析

清道夫受体B类成员1(scavenger receptor class B member 1,Scarb1)作为细胞表面的膜受体蛋白,在动物体色形成过程中发挥重要作用。为了解Scarb1基因在虹鳟(Oncorhynchus mykiss)体色形成中的作用,通过RACE技术克隆虹鳟Scarb1基因的cDNA全长,并运用生物信息学方法分析该基因及其序列结构特征,同时使用实时定量PCR(qRT-PCR)检测Scarb1基因在虹鳟、金鳟及其杂交F_(1)代不同发育阶段和不同组织中的表达情况。结果显示,Scarb1基因cDNA序列全长为2032 bp,开放阅读框1479 bp,编码492个氨基酸,预测分子质量为55.59 ku,且存在保守的CD36结构域和2个跨膜区。序列同源性分析显示,虹鳟与其他硬骨鱼类的氨基酸序列相似度为71.69%~98.58%;进化分析发现虹鳟与大马哈鱼亲缘关系最近,与哺乳动物和两栖动物亲缘关系最远。qRT-PCR检测结果表明,在虹鳟与金鳟胚胎期及出膜后各发育阶段中Scarb1基因均有不同程度表达,且表现为受精期至桑葚期的表达显著高于其他时期(P<0.05),对虹鳟与金鳟同一时期的差异分析发现该基因在胚胎期及7 dph(days post hatch)、1 M(month post hatch)、2 M和3 M时期中表达存在显著差异(P<0.01)。Scarb1基因在虹鳟与金鳟背部皮肤和背部肌肉等色素沉着性组织中表达量较高,其中在金鳟背部皮肤的表达量显著高于虹鳟(P<0.01)。此外,Scarb1基因在杂交F_(1)代不同发育时期中的表达规律与双亲一致;在不同组织中,该基因在杂交F_(1)代背部皮肤中的表达量介于双亲之间。研究结果表明,Scarb1基因与虹鳟体色形成有着密切关系,且可能在金鳟黄色体色形成过程中发挥重要作用。

GP1BA、PTGS1、LTC4S、ITGB3基因多态性检测指导阿司匹林使用

目的对陕西宝鸡地区阿司匹林药物相关基因的基因型分布进行回顾性分析,明确与阿司匹林药物相关基因的突变率。方法选取2022年1月至2023年5月在宝鸡市中医医院心内科接受阿司匹林治疗并进行相关基因检测的住院患者475例,采用飞行时间质谱仪对阿司匹林药物相关的4个基因[血小板膜糖蛋白Ⅰbα多肽(GP1BA)基因、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)基因、白三烯C4合酶(LTC4S)基因、糖蛋白Ⅲa(ITGB3)基因]进行检测,然后进行基因多态性分析。结果各基因分布频率符合Hardy-Weinberg平衡定律,GP1BA c.482C>T基因型分布频率CC>CT>TT,ITGB3 c.176T>C基因型分布频率TT>TC>CC,PTGS1 c.-842A>G基因型分布频率AA>AG>GG,LTC4S c.-444A>C基因分布频率AA>AC>CC;不同性别、年龄的各基因型分布比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论对阿司匹林药物治疗患者进行阿司匹林药物相关基因检测,可以为临床医生对患者制订个体化治疗方案提供辅助性的指导,具有重要的临床价值。

白细胞介素1B基因连锁不平衡与原发性冻结肩的易感性

背景:国内外大量文献证实白细胞介素1β的升高与原发性冻结肩相关,白细胞介素1B(IL-1B)基因多态性能够影响白细胞介素1β相关基因的转录及蛋白表达,使得体内细胞因子水平发生改变,从而改变原发性冻结肩的发生率。拟通过对白细胞介素1B基因多态性与原发性冻结肩易感性的研究,从分子生物学角度为原发性冻结肩的发病机制探索新的突破口,寻找原发性冻结肩的易感基因。目的:探索白细胞介素1B基因中3个基因位点连锁不平衡与原发性冻结肩易感性的关联性。方法:采用病例对照研究,将研究对象分为2组,一组为184例原发性冻结肩患者,另一组为260名健康对照人群。通过聚合酶链反应和限制性片段长度多态性方法检测两组白细胞介素1B基因位点-511C/T(rs16944)、+3954C/T(rs1143634)和-31C/T(rs1143627)的基因型,并比较分析这3个位点连锁不平衡概率以及形成单倍体与原发性冻结肩患病风险率之间的相关性。结果与结论:经非条件Logistic回归分析发现,在原发性冻结肩中rs1143634位点和rs1143627位点CT基因型比例明显增加且差异有显著性意义;连锁不平衡分析显示对照组中rs16944、rs1143634、rs1143627位点趋于平衡(D’值<0.1),而原发性冻结肩组中rs1143627与rs1143634位点之间存在一定程度上的连锁不平衡(D’值=0.595);单倍体型TTT相较于CCT型可使得原发性冻结肩风险增加6.66倍(TTT,OR=6.66,95%CI=1.59-27.88,P=0.0097)。结果表明,在原发性冻结肩患者中白细胞介素1B基因rs1143627与rs1143634位点之间存在一定程度上的连锁不平衡;由3个基因位点形成的单倍体型TTT可能会增加罹患原发性冻结肩的风险。

CYP1B1*3药物基因检测在紫杉醇个体化用药中的应用研究

目的探究肿瘤患者CYP1B1*3基因多态性与紫杉醇不良反应的相关性,同时检验该基因指导安全用药的效果,为紫杉醇在临床精准使用提供科学依据。方法本研究共分为两个部分:①选取我院2019年8月~2021年12月接受紫杉醇化疗的肿瘤患者104例作为研究对象,采用荧光原位杂交技术(FISH)检测CYP1B1*3(1294 C>G)基因型,观察、收集、记录其药物不良反应(ADR)发生情况,通过药品关联性评价找出紫杉醇导致的ADR,分析ADR和CYP1B1*3基因多态性的相关性;②选取我院2022年1~4月接受紫杉醇化疗的60例肿瘤患者为研究对象,随机分为个体化给药组和常规治疗组,各30例,个体化给药组行CYP1B1*3(1294 C>G)基因检测并根据基因结果及患者个体情况调整给药剂量,常规治疗组无基因筛查,直接按照标准剂量给药,比较两组不良反应发生情况。结果基因相关性研究中,CYP1B1*3野生型基因的肿瘤患者骨髓抑制、胃肠道反应发生率明显高于突变型基因患者,差异有统计学意义(P<0.05);个体化给药研究中,个体化给药组紫杉醇不良反应发生率明显低于常规治疗组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论CYP1B1*3基因多态性与紫杉醇不良反应具有关联性,CYP1B1*3基因检测可提升肿瘤患者紫杉醇的用药安全性。

基于荧光定量PCR技术的ADH1B基因多态性分型教学实验设计

该实验设计旨在指导学生使用不同的PCR衍生技术进行基因分型检测。实验设计了高分辨率熔解曲线分析(PCR-HRM)、等位基因特异性PCR(AS-PCR)和TaqMan探针三种PCR方法,检测了ADH1B rs1229984位点的基因多态性。三种PCR检测结果与Sanger测序结果一致。通过该实验,学生能够学习基因多态性的分子机制和相关检测技术,提高动手实操能力,还能学习利用软件和算法设计复杂PCR引物和探针方法及其在临床诊断中的应用。

急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因检测结果分析

目的探讨急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因多态性分布,为个体化药物治疗提供理论依据。方法选取2020-2022年该院收治的急性脑梗死患者400例作为研究对象,采用PCR-荧光探针方法对急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因多态性进行检测,分析基因多态性分布的情况。结果在急性脑梗死患者中,CYP2C19基因表型中EM型占比为44.25%,PM型占比为9.75%;MTHFR基因C677T位点突变型(CT型+TT型)占比为78.50%,CC型占比为21.50%;SLCO1B1基因型中的78.75%为Ⅰ类野生表型,1.50%为Ⅲ类纯合突变型;APOE基因表型中E2型和E3型占比为84.25%,E4型占比为15.75%。结论对400例急性脑梗死患者CYP2C19、MTHFR、SLCO1B1和APOE基因多态性的分布进行了分析,对指导急性脑梗死患者人群个体化用药提供数据支持,对实现安全用药具有重要意义。

接受达拉他韦和阿舒瑞韦治疗的初治基因1b型慢性丙型肝炎患者疗效评价

目的观察应用达拉他韦(DCV)联合阿舒瑞韦(ASV)治疗初治的基因1b型慢性丙型肝炎(CHC)患者的临床疗效。方法2019年10月~2021年10月我院诊治的初治的基因1b型CHC患者53例,均接受DCV和ASV联合治疗24周,随访24周。采用RT-PCR法检测血清HCV RNA载量,采用测序法分析HCV NS5A耐药相关突变(RAS),采用放射免疫分析法检测血清透明质酸(HA)、Ⅲ型前胶原(Pc-Ⅲ)、Ⅳ型胶原(Ⅳ-c)和层粘连蛋白(LN)水平。结果在治疗1周、2周、4周、8周、12周、24周和随访时,53例CHC患者血清HCV RNA转阴率分别为3.7%、9.4%、43.3%、69.8%、83.0%、94.3%和94.3%,血清HCV RNA载量分别为(5.8±0.1)lg IU/ml、(5.3±0.6)lg IU/ml、(3.5±0.5)lg IU/ml、(2.2±0.6)lg IU/ml、(1.0±0.2)lg IU/ml、(0.7±0.5)lg IU/ml和(0.7±0.4)lg IU/ml,均显著低于基线水平【(6.1±0.4)lg IU/ml,P<0.05】;在治疗24周和随访时,血清AST水平分别为(22.7±11.4)U/L和(20.9±9.9)U/L,显著低于基线水平【(63.5±6.6)U/L,P<0.05】,血清ALT水平分别为(19.3±10.7)U/L和(19.2±8.5)U/L,均显著低于基线水平【(80.2±65.3)U/L,P<0.05】;在治疗过程中,估算的肾小球滤过率(eGFP)和血常规指标无显著性变化;在治疗结束和随访时,血清Pc-Ⅲ、HA和Ⅳ-c水平均显著低于基线水平(P<0.05);3例(5.6%)患者出现NS5A耐药位点突变,其中1例(1.8%)患者同时存在L31Y和Y93H位点突变,2例(3.7%)患者存在Y93H突变。结论DAC联合ASV治疗初治治疗的基因1b型感染的CHC患者近期疗效良好,无肾功能损伤表现。个别病例出现的NS5A耐药位点突变的意义还需要进一步研究。

ApoE和SLCO1B1基因多态性分析及临床意义

目的 研究载脂蛋白E(ApoE)和有机阴离子转运多肽1B1(SLCO1B1)基因多态性在河北地区的分布情况,以及基因多态性与血脂水平关键指标的相关性,为他汀类药物临床合理用药提供依据。方法 收集2019年8月至2023年8月于沧州市人民医院进行ApoE和SLCO1B1基因检测的315例河北地区患者,统计并分析其ApoE和SLCO1B1总体及不同性别基因多态性分布和基因型分布情况。结果 315例患者中共检出6种ApoE基因型,由多到少依次为E3/E3(66.98%),E3/E4(18.41%),E2/E3(13.02%),E2/E4(0.95%),E4/E4(0.32%)及E2/E2(0.32%)。共检出6种SLCO1B1基因型,由多到少分别为^(*)=1b/^(*)=1b(40.64%),^(*)=1a/^(*)=1b(33.97%),^(*)=1b/^(*)=15(13.33%),^(*)=1a/^(*)=1a(7.30%),^(*)=1a/^(*)=15(4.44%)和^(*)=15/^(*)=15(0.32%)。ApoE各基因型及各基因表型在不同性别分布间的比较,差异有统计学意义(χ^(2)=11.40,9.11,P<0.05),SLCO1B1各基因型及基因表型在不同性别分布间的比较,差异有统计学意义(χ^(2)=13.05,7.83,P<0.05)。在各血脂水平方面,ApoE基因多态性与血脂水平LDL-C具有相关性(r=0.167,P<0.05),SLCO1B1基因表型与各血脂指标水平均无明显相关性(P>0.05)。结论 河北地区人群的ApoE和SLCO1B1基因多态性分别以E3型和I类正常代谢基因型为主,且不同性别中ApoE、SLCO1B1的各基因型及基因表型存在差异,ApoE基因表型会影响LDL-C水平。

斑马鱼TYRP1b基因SNPs筛查及其与体色性状的关联分析

【目的】探究酪氨酸酶相关蛋白1b(tyrosinase-related protein 1b,TYRP1b)基因变异与斑马鱼体色性状的相关性。【方法】以体色表型存在显著差异的红色、黄色和蓝色斑马鱼共计219个样本的肌肉组织DNA为模板,设计3对引物,采用PCR扩增、Sanger测序技术筛查TYRP1b基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并将SNPs与斑马鱼体色性状进行关联分析。【结果】获得的斑马鱼TYRP1b基因外显子2、部分内含子3、外显子4、内含子4、外显子5、内含子5、外显子6和外显子7长度分别为134、212、168、135、180、113、150、171 bp。SNPs筛查显示,3种体色斑马鱼群体共筛查到18个SNPs,部分内含子3存在11个SNPs位点:g.2125G>A、g.2150G>A、g.2152G>T、g.2161C>A、g.2175A>T、g.2180G>T、g.2185A>T、g.2192A>C、g.2200A>T、g.2201A>C和g.2213T>C;内含子4检测到4个SNPs位点:g.7C>A、g.65A>G、g.84T>A和g.103C>T;内含子5存在1个SNPs位点:g.61G>T;外显子4、6分别存在1个SNPs位点:g.125G>T和g.80T>A,且均为同义突变;外显子2、5和7均未检测到SNPs。关联分析表明,TYRP1b基因内含子3中g.2152G>T、g.2175A>T、g.2180T>G、g.2192A>C、g.2200A>T、g.2201A>C位点、内含子4中g.65A>G位点及外显子6中g.80T>A位点的基因型均与斑马鱼体色性状极显著相关(P<0.01)。【结论】斑马鱼TYRP1b基因内含子3、4及外显子6存在8个与体色表型存在关联的SNPs,可能影响斑马鱼体色性状或与之紧密连锁。