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烟草抗感南方根结线虫品种根部差异表达mRNA的PPI网络分析
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作者 陈小翔 张文军 +4 位作者 翟争光 徐志强 刘化冰 钟永健 江智敏 《浙江农业科学》 2024年第2期395-400,共6页
基于品种间的差异表达基因,选取烟草抗病品种K326与感病品种长脖黄为试验材料,利用生物信息学分析方法筛选出与抗感染相关的关键基因,通过蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)以及Gene Ontology(GO)功能分类分析(包括Bio... 基于品种间的差异表达基因,选取烟草抗病品种K326与感病品种长脖黄为试验材料,利用生物信息学分析方法筛选出与抗感染相关的关键基因,通过蛋白互作网络分析(Protein-Protein Interaction,PPI)以及Gene Ontology(GO)功能分类分析(包括Biological Process分析与KEGG通路分析)对差异表达基因进行生物学功能注释,并找出PPI网络中的重要基因以及作用通路一致的基因,并对这些基因加以解析,以明确抗南方根结线虫烟草品种抗性机制,为研究烟草抗南方根结线虫的分子机制提供理论依据。结果表明,差异表达基因主要在细胞代谢、胞内体转运、RNA介导的基因沉默等9条与抗感染相关的通路中显著富集,并且筛选出Fab1b、Fab1c、Fab1d、Glu1、Dcl1、Dcl2、Dcl4共7个同时构成PPI网络的关键基因。 展开更多
关键词 烟草 南方根结线虫 ppi网络分析 GO分类 关键基因
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鞭毛蛋白诱导表达差异基因的分析 被引量:1
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作者 李双 杨泽敏 +1 位作者 廖义潇 杨颖 《饲料研究》 CAS 北大核心 2023年第4期69-74,共6页
试验旨在分析鞭毛蛋白刺激机体基因表达谱的特征,揭示鞭毛蛋白佐剂的作用机制。从GEO数据库筛选目标微阵列GSE46421和GSE72016及其差异表达基因(DEGs),经DAVID分析DEGs参与的GO功能注释和KEGG信号通路、String构建DEGs的蛋白质-蛋白质... 试验旨在分析鞭毛蛋白刺激机体基因表达谱的特征,揭示鞭毛蛋白佐剂的作用机制。从GEO数据库筛选目标微阵列GSE46421和GSE72016及其差异表达基因(DEGs),经DAVID分析DEGs参与的GO功能注释和KEGG信号通路、String构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络、Cytoscape可视化PPI网络并筛选高连通度的PPI子模块和hub基因。结果显示,共筛选出182个DEGs,包含上调基因161个、下调基因121个。DEGs参与GO生物过程主要有信号转导、免疫应答、炎症反应、细胞凋亡等,参与分子功能包含激酶激活、受体结合、细胞因子激活、膜信号转导。DEGs参与KEGG通路涵盖细胞因子-细胞因子受体相互作用、TNF信号通路、NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路等免疫相关途径。分析DEGs的PPI网络发现,2个重要的PPI子模块和10个关键基因(IL-10、IL-6、CCL2、CXCL2、NFKBIA、MyD88等)。研究表明,鞭毛蛋白通过识别TLR5和NOD样受体,触发MyD88依赖性和MyD88非依赖性途径发出信号,激活转录因子NF-κB,这些信号通过级联反应激活机体免疫系统、诱导机体产生多种细胞因子和趋化因子,发挥佐剂效应。 展开更多
关键词 鞭毛蛋白佐剂 GO分析 KEGG分析 ppi分析 hub基因
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意大利蜜蜂乙醇胺激酶1蛋白的结构域、空间结构和互作蛋白分析
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作者 董云龙 张呈豪 +3 位作者 张新怡 夏文丽 袁博 李桂林 《蜜蜂杂志》 2023年第5期6-11,共6页
蜜蜂是优秀的传粉者,它能够为多种农作物和野生植物授粉,在生态系统服务中扮演关键角色。然而,蜜蜂在觅食、繁殖过程中常遭受到热、农药、病虫害等胁迫因子的影响,其种群数量已呈现出锐减趋势。为了缓解这一问题,我们对意大利蜜蜂体内... 蜜蜂是优秀的传粉者,它能够为多种农作物和野生植物授粉,在生态系统服务中扮演关键角色。然而,蜜蜂在觅食、繁殖过程中常遭受到热、农药、病虫害等胁迫因子的影响,其种群数量已呈现出锐减趋势。为了缓解这一问题,我们对意大利蜜蜂体内的抗逆因子进行了筛选,发现乙醇胺激酶1(Ethanolamine kinase 1,ETNK1)受到阿维菌素的诱导表达。旨在利用生物信息学工具,对意大利蜜蜂ETNK1的结构域、空间结构和互作蛋白网络进行构建和分析。结果显示,ETNK1具有保守的ETNK-euk结构域,属于PK-like超家族。其二级结构包含15个α螺旋、9个β折叠和多个无规则卷曲。根据蛋白质互作分析结果,ETNK1与乙醇胺磷酸胞苷酰转移酶和磷酸胆碱胞苷酰转移酶A可能有互作关系。有望为培养恶劣环境下高抗逆性蜂种提供思路。 展开更多
关键词 乙醇胺激酶1 意大利蜜蜂 结构域 空间结构 ppi网络分析
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BAZ2A在子宫颈癌和肝癌中促癌的共同机制研究
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作者 王俊丽 郭纪敏 +2 位作者 董凤琳 王淑青 刘岩 《中国卫生标准管理》 2024年第15期144-148,共5页
目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选... 目的研究毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A(bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2,BAZ2A)促进子宫颈癌和肝癌发展的共同机制。方法通过转录组测序获得子宫颈癌组和肝癌组的转录组数据。应用R语言的“limma”包分别筛选子宫颈癌组DEGs和肝癌组DEGs,并取交集获得其共有DEGs。通过“ggplot2”和“clusterProfiler”包对DEGs进行GO和KEGG功能注释分析。应用STRING数据库在线工具构建子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs的PPI网络分析图。使用Cytoscape软件对PPI网络分析图进行进一步处理,鉴定出核心基因。结果对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行KEGG富集,三者共有的通路涉及细胞凋亡、抗原加工与呈递、类固醇生物合成。对子宫颈癌DEGs、肝癌DEGs和共有DEGs分别进行GO富集,前两者共有的生物过程(biological process,BP)条目涉及凋亡信号通路、免疫反应、生物黏附,三者共有的BP条目为细胞-底物黏附。子宫颈癌DEGs的核心基因为EP300。EP300对癌症细胞凋亡、迁移有调控作用。肝癌DEGs的核心基因为HSP90AB1。HSP90AB1可介导细胞程序性死亡、炎症和自身免疫、迁移等过程。共有DEGs的核心基因为RPS3。RPS3是一种核糖体蛋白,可通过影响核糖体的生物发生而影响癌细胞的生长、增殖和转移。结论BAZ2A可通过调节细胞凋亡、免疫反应、细胞运动、迁移而影响子宫颈癌、肝癌的发展,这为癌症的靶向治疗提供了新思路。 展开更多
关键词 毗邻锌指结构域的溴结构域蛋白2A 差异表达基因 GO富集分析 KEGG富集分析 ppi网络分析 致癌机制
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阿尔茨海默病相关基因受高脂饮食调控的肝脏转录组学分析
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作者 杨滔 王阳 +5 位作者 鲁艳柳 谭道鹏 张倩茹 杜艺玫 秦琳 何芋岐 《遵义医科大学学报》 2020年第2期165-173,共9页
目的研究阿尔兹海默症相关基因在肝脏中受高脂饮食的调控。方法通过提取肝脏总RNA进行测序,深入分析MS小鼠肝脏AD通路基因的表达变化,并通过PPI网络分析挖掘AD通路关键节点基因,利用荟萃分析检验关键节点基因在MS人群中的表达情况,结合m... 目的研究阿尔兹海默症相关基因在肝脏中受高脂饮食的调控。方法通过提取肝脏总RNA进行测序,深入分析MS小鼠肝脏AD通路基因的表达变化,并通过PPI网络分析挖掘AD通路关键节点基因,利用荟萃分析检验关键节点基因在MS人群中的表达情况,结合mRNA水平与生化指标的相关性阐明MS诱导AD发病的机制。结果与正常小鼠比较,MS小鼠肝脏AD通路基因的表达模式明显不同。利用PPI网络分析发现高节点度基因Uqcrh、Cyc1和Uqcrq。荟萃分析结果表明三个关键节点基因在MS人群体内的表达会发生显著改变。结论高脂饮食对AD通路基因的影响可能是包括肝脏等外周器官在内全身性的而并非仅仅局限于大脑,Uqcrh、Cyc1、Uqcrq等高节点度基因可能成为研究MS诱发AD的重要靶点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 代谢综合征 RNA测序 ppi网络分析 荟萃分析
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胃萎缩性炎症恶变过程中基因表达谱的变化 被引量:5
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作者 丁西平 毛玉娣 +2 位作者 汪朝靓 周欢 程前 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第3期402-407,共6页
目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路... 目的研究胃萎缩性炎恶变至胃癌过程中基因表达谱的变化。方法收集5例重度萎缩胃炎伴肠上皮化生组织和5例进展期胃癌组织进行基因芯片检测,筛选差异性表达的基因。通过生物信息学分析的方法对差异性表达的基因富集的生物过程、信号通路、基因编码蛋白之间相互关系进行分析。结果通过基因芯片检测,筛选出2 779个差异性表达的基因,并对变化最明显的前15个上调及前15个下调的基因进行总结,其中包括CPA2、HCAR3、BCL2A1、ITGAX等新发现的胃癌相关基因。此外,生物信息学分析显示了差异性表达基因所代表的生理意义,如炎症反应、细胞迁移、TNF信号通路、NF-kappa B信号通路、Toll样受体信号通路、趋化因子信号通路等。结论萎缩性胃炎恶变至胃癌过程中基因表达谱发生明显变化,并代表了相应的生理意义。 展开更多
关键词 炎症恶化 胃癌 萎缩性胃炎 基因表达谱 GO分析 KEGG信号通路 ppi网络分析
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