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基于TCGA数据库分析肝细胞癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平对患者预后的影响 被引量:1
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作者 赵艺 卢秉久 《实用肝脏病杂志》 CAS 2021年第5期729-732,共4页
目的通过分析TCGA数据库肝细胞癌(HCC)组织基因组数据,分析差异基因,寻找影响肝癌患者预后的分子标志物。方法搜索癌症基因图谱(TCGA)数据库,查找HCC组织差异基因及临床和病理学资料,进行基因筛选和生存分析。根据差异基因水平,以fdr=0... 目的通过分析TCGA数据库肝细胞癌(HCC)组织基因组数据,分析差异基因,寻找影响肝癌患者预后的分子标志物。方法搜索癌症基因图谱(TCGA)数据库,查找HCC组织差异基因及临床和病理学资料,进行基因筛选和生存分析。根据差异基因水平,以fdr=0.05和lgFC=1为筛选依据,绘制生存曲线,选择基因集“c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt”行KEGG富集分析。结果在TCGA-LIHC数据库,收集374例HCC组织和50例癌旁组织所对应的临床和病理学参数;高风险组HCC患者总体生存率显著低于低风险组患者;研究筛选出具有显著水平性基因DNTM1、PRIM1和UCK2,进行GSEA富集分析,GSEA显示了许多显著丰富的信号通路,进一步证明了上述基因与HCC发生及与患者预后的显著性关系,从而揭示了HCC组织DNTM1、PRIM1和UCK2基因水平对生存有显著性影响。结论通过TCGA数据库筛选和验证,发现HCC患者癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平显著上调,而CYP2C9基因显著下调,它们可以作为肝癌的分子标志物而指导临床,判断预后。 展开更多
关键词 肝细胞癌 TCGA数据库 差异基因 COX回归模型 UCK2 prim1 DNTM1
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PRIM1干扰慢病毒载体构建
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作者 卢海 江金群 孟镔 《局解手术学杂志》 2018年第11期775-777,共3页
目的构建PRIM1基因的干扰慢病毒载体,供后续深入研究PRIM1基因在肿瘤形成中的机制。方法以PRIM1基因为模板,按照RNA序列设计原则,完成RNA干扰靶点设计后,构建RPIM1基因RNA干扰慢病毒成含干扰序列的单链DNA oligo,退火配对产生双链DNA;... 目的构建PRIM1基因的干扰慢病毒载体,供后续深入研究PRIM1基因在肿瘤形成中的机制。方法以PRIM1基因为模板,按照RNA序列设计原则,完成RNA干扰靶点设计后,构建RPIM1基因RNA干扰慢病毒成含干扰序列的单链DNA oligo,退火配对产生双链DNA;随后通过其两端酶切位点直接连入酶切后的慢病毒载体;将连接产物转入制备好的大肠杆菌感受态细胞,PCR鉴定阳性重组子,送测序验证,对测序结果比对正确的克隆进行质粒抽提。结果对RNA序列设计软件评估后选取的干扰靶点序列,经过退火配对得到具有带黏性末端的双链的DNA; Age I和EcoRI双酶切使GV115载体线性化;双链DNA oligo与线性化的载体连接的产物经PCR扩增后的序列与目标序列完全一致,获得测序结果正确的阳性克隆质粒。结论以PRIM1基因为模板,按照载体设计构建常规方法成功构建PRIM1干扰慢病毒载体。 展开更多
关键词 载体 慢病毒 干扰 prim1基因 肿瘤
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数据挖掘鉴定PRIM1与肝细胞癌不良预后相关
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作者 丁庆林 魏艳红 胡康洪 《湖北工业大学学报》 2022年第1期71-76,共6页
对DNA引物酶亚基1(DNA primase polypeptide 1,PRIM1)与肝细胞癌(Liver Hepatocellular Carcinoma,LIHC)不良预后的相关性进行生物信息学研究。作为关键的酶促成分,PRIM1对DNA的合成至关重要。在TIMER数据库中发现,PRIM1在多种癌症中失... 对DNA引物酶亚基1(DNA primase polypeptide 1,PRIM1)与肝细胞癌(Liver Hepatocellular Carcinoma,LIHC)不良预后的相关性进行生物信息学研究。作为关键的酶促成分,PRIM1对DNA的合成至关重要。在TIMER数据库中发现,PRIM1在多种癌症中失调,且在LIHC中显著上调,提示其可能参与人类癌症发生发展进程。基因表达综合数据库的LIHC相关数据集以及细胞系和组织证实了PRIM1高表达。经对UALCAN数据库亚组分析,不同种族和亚型的LIHC患者中PRIM1的表达均上调,可辅助判断患者临床病例特征。从cBioPortal数据库中发现PRIM1出现基因组改变,包括拷贝数扩增和意义不明的错义突变和截断突变可能与LIHC发展有关。对PRIM1共表达基因进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析,结果揭示了其涉及的生物学过程和功能。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析PRIM1的预后价值表明,高PRIM1表达与LIHC不良预后显著相关。数据挖掘揭示了PRIM1在LIHC中表达和突变的数据,且与LIHC不良预后相关。 展开更多
关键词 DNA引物酶亚基1 肝细胞癌 疾病预后
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