摩拉水牛PRKAA2基因多态性与生长性状的关联分析

试验旨在探讨PRKAA 2基因在摩拉水牛群体中的遗传多态性及其与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为摩拉水牛的分子标记辅助选择提供理论依据。利用DNA测序法等技术进行候选基因PRKAA 2外显子4及部分内含子3单核苷酸多态性(SNPs)检测,并采用生物信息学方法结合统计软件分析PRKAA 2基因与摩拉水牛生长性状的关联性。结果显示,摩拉水牛PRKAA 2基因中共检测到4个SNPs位点:c.462 G>A、IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡。4个SNPs位点在水牛群体中均为中度多态,可以构建3种单倍型,T-C-G-G为优势单倍型,其中IVS3.560 C>T与c.462 G>A位点之间存在完全连锁不平衡,关联分析结果显示,单倍型H2与摩拉水牛体斜长和腰角宽呈显著相关(P<0.05)。c.462 G>A位点与摩拉水牛体高、十字部高、尻长、坐骨端宽和腰角宽呈显著相关,其中GG和AA基因型个体的体高和十字部高均显著高于GA基因型个体,GG基因型个体的尻长显著高于GA和AA基因型个体,AA基因型个体的坐骨端宽和腰角宽显著高于GA基因型个体(P<0.05);IVS3.557 T>C位点与摩拉水牛的生长性状指标未达到显著相关(P>0.05);IVS3.560 C>T位点与摩拉水牛体高、十字部高和尻长呈显著相关,其中CC和TT基因型个体的体高和十字部高均显著高于CT基因型个体,CC基因型个体的尻长显著高于CT基因型个体(P<0.05);IVS3.565 G>A位点与体斜长呈显著相关,其中GG和GA基因型个体的体斜长显著高于AA基因型个体(P<0.05)。综上,PRKAA 2基因的c.462 G>A、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A位点对摩拉水牛部分生长性状均有显著影响,可作为摩拉水牛品种早期选育的候选基因和分子辅助标记。

摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因SNPs检测及遗传多样性分析

为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2(protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2)基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点(c.462G>A),PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点(IVS3.557T>C、IVS3.560C>T和IVS3.565G>A)。经遗传多样性分析表明,在c.462G>A位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557T>C和IVS3.560C>T位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565G>A位点杂合型为优势基因型。IVS3.565G>A位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462G>A位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462G>A、IVS3.557T>C位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560C>T、IVS3.565G>A位点为中度多态。IVS3.557T>C位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565G>A位点和尼里-拉菲水牛c.462G>A位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557T>C位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。