牛PRKAA2基因SNP检测及与其生长和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川牛、南阳牛、鲁西牛和安格斯牛共630头个体的单磷酸腺苷激活的蛋白激酶α2亚基(AMPKα2)基因PRKAA2的多态性,并分析其多态性与200头秦川牛生长及肉质性状的关联性。【方法】利用PCRSSCP、DNA测序、飞行质谱(MALDI-TOF)等技术,分析检测4个品种牛PRKAA2基因6个外显子的单核酸多态性(SNPs);采用生物信息学方法结合统计分析软件,分析秦川牛各多态位点的遗传变异特性与体尺及肉质性状的关联性。【结果】PRKAA2基因第2、4、6、7、8、9外显子中,只检测到第4外显子27G>C和60T>C 2个突变位点;关联分析表明,27G>C位点与秦川牛背膘厚和眼肌面积显著关联(P<0.05);60T>C位点与秦川牛体斜长极显著相关(P<0.01),与体高、尻长、腰角宽、坐骨端宽、眼肌面积显著相关(P<0.05)。【结论】PRKAA2基因对秦川牛部分体尺及肉质性状有极显著或显著影响,可作为秦川肉牛新品种早期选择的候选基因和分子辅助标记。

摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因SNPs检测及遗传多样性分析

为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2(protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2)基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点(c.462G>A),PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点(IVS3.557T>C、IVS3.560C>T和IVS3.565G>A)。经遗传多样性分析表明,在c.462G>A位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557T>C和IVS3.560C>T位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565G>A位点杂合型为优势基因型。IVS3.565G>A位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462G>A位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462G>A、IVS3.557T>C位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560C>T、IVS3.565G>A位点为中度多态。IVS3.557T>C位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565G>A位点和尼里-拉菲水牛c.462G>A位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557T>C位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。

PRKAA2基因多态性与恩必普对脑梗死患者疗效的关系

目的研究PRKAA2基因多态性与恩必普对脑梗死患者疗效的关系。方法选取235例脑梗死患者为研究对象,全部服用恩必普胶囊30 d后予NIHSS评分观察恢复情况。应用直接基因测序方法,研究AMPKa2基因7个单倍型标记单核苷酸多态性(tag-SNPs)与脑梗死患者疗效的关系。结果 (1)SNP rs1124900基因型分布频率有显著差异,失效组GG基因型患者分布频率较高,但等位基因频率比较无显著差异,且显效组GG基因型检出率较低。rs17848595位点基因型分布频率有显著差异,失效组AA基因型分布频率较显效组高,但等位基因频率比较无显著差异。rs1418442基因型及等位基因分布频率有显著差异,显效组C等位基因频率显著高于失效组,该位点多态性与恩必普治疗的LAA患者预后有相关获益趋势。结论 AMPK的活化可能是脑缺血缺氧后康复的重要因素。

PRKAA2基因SNP与HIIT干预心肺耐力及糖脂代谢敏感性的关联性研究

目的:研究单磷酸腺苷激活的蛋白激酶α2亚基(PRKAA2)基因区的单核苷酸多态性(SNP)对高强度间歇训练(HIIT)干预后心肺耐力及糖脂代谢水平的影响,筛选HIIT干预效果敏感的候选基因标记。方法:对259名普通大学生进行为期12周的HIIT干预训练(3次/周),测定干预前后心肺功能以及糖脂代谢指标。提取受试者基因组DNA进行基因分型,Plink软件分析干预前后指标变化值与基因型之间的关联。对多位点相关联的表型,进行多基因遗传易感性评分(GPS),分析GPS与表型之间的相关性;分析多位点可能形成的单体型与指标变化量的关联性。全基因组关联分析(GWAS)平台检索有关联性多态位点的特征,3D SNP在线软件预测位点可能的生物学功能。结果:1)PRKAA2基因区rs706468与HIIT训练后最大摄氧量(VO2max)、肺通气量(VE)变化之间显著相关(P<0.05),AA纯合子为优势基因型;rs3738565与HIIT训练后低密度脂蛋白(LDL)变化之间显著相关(P<0.05),G等位基因为优势基因型;rs17848596与HIIT训练后肺通气量变化之间显著相关(P<0.05),T等位基因为优势基因型。2)rs706468、rs17848596两个位点的总基因分数与肺通气量变化之间显著相关(R^(2)=0.043,P<0.05),回归方程为:△VE=6.144+1.092×GPS_(W)。3)多位点可能形成的单体型与所有指标变化量无显著性关联。4)软件预测显示,rs706468位点具有较强的基因表达增强作用,rs3738565位点在物种间的保守性较强。结论:1)PRKAA2基因SNP位点rs706468-AA、rs3738565-G、rs17848596-T基因型与HIIT干预后训练效果相关联,可作为预测HIIT训练效果的遗传分子标记候选位点。2)多基因遗传易感性评分对HIIT训练后肺通气量指标训练敏感性的评价效果良好,可解释4.3%的肺通气量增加。3)多位点SNP之间未形成与训练敏感性相关的单体型,其生物学机制尚需进一步实验研究。

甘肃地区PRKAA2基因单核苷酸多态性与2型糖尿病及脂联素、抵抗素关系的研究

目的探讨甘肃地区PRKAA2基因rs2746342(G/T)单核苷酸多态性与T2DM及血清脂联素(APN)、抵抗素(Resistin)的关系。方法甘肃地区T2DM患者163例和正常对照组86名,两组年龄、性别匹配,采用聚合酶链反应/DNA限制性片段长度多态性(PCR/RFLP)、酶联免疫分析(ELISA)检测其基因多态性、空腹C肽(FCP)、APN、Resistin,同时测身高、体重、血压、BMI、空腹血糖、血脂等。结果 (1)T2DM组与正常对照组的基因型和等位基因频度分布存在显著差异(P<0.05);(2)T2DM组各基因型T/T、G/T、G/G中Resistin、TG、TC、LDL-C、FC-P依次降低,APN、HDL-C依次增高(P<0.05);(3)APN水平在糖尿病超重组低于糖尿病正常体重组和对照组,Resistin水平在糖尿病超重组高于糖尿病正常体重组和对照组(P<0.05);(4)相关分析表明APN水平与BMI、血压负相关,与C肽正相关(P<0.05),Resistin水平与BMI、血压正相关,与C肽负相关(P<0.05);(5)T2DM超重组较T2DM正常体重组和正常对照组TG、LDL-C水平升高(P<0.05),HDLC水平降低(P<0.05)。结论甘肃地区PRKAA2基因rs2746342(G/T)单核苷酸基因多态性可能与T2DM及胰岛素抵抗、血清APN、Re-sistin水平关联。