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2001—2022年鸽圆环病毒的遗传变异分析
1
作者 郎雯 陈煜杰 +3 位作者 吴敏慧 苏梦容 阮莲 吕其壮 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第1期109-116,共8页
鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是近几年发现的一种能引起感染鸽免疫抑制的病毒,属于圆环病毒科圆环病毒属。为研究PiCV的流行特征和遗传进化规律,试验从GenBank中选取208株PiCV全基因组序列,利用生物信息学软件,通过构建PiCV全基... 鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是近几年发现的一种能引起感染鸽免疫抑制的病毒,属于圆环病毒科圆环病毒属。为研究PiCV的流行特征和遗传进化规律,试验从GenBank中选取208株PiCV全基因组序列,利用生物信息学软件,通过构建PiCV全基因组系统发育树,进行核苷酸同源性比较、氨基酸序列比对分析、抗原表位分析和基因重组等方式对其进行遗传变异分析。结果表明:基于构建的系统发育树可将208株PiCV毒株分为A(54.81%,114/208)和B(45.19%,94/208)两个基因型,其中A基因型可进一步分为A-1、A-2、A-3、A-4、A-55个不同的亚群,B基因型可进一步分为B-1、B-2、B-3、B-44个不同的亚群。208株PiCV全基因组序列的相似性为83.8%~100%。PiCV Cap蛋白氨基酸序列上存在氨基酸的点突变、缺失和插入等情况。208株PiCV全基因组序列中存在大量重组事件(44个),涉及A基因型序列中所包含的遗传物质的直接交换及ORF C1基因小片段的转移。说明PiCV的变异具有多样性。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒(PiCV) 遗传变异分析 重组分析 系统发育树 氨基酸序列分析
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人类免疫缺陷病毒膜蛋白基因(env)F亚型毒株在中国的首例发现 被引量:24
2
作者 潘品良 曾常红 +4 位作者 范秀娟 姚均 邢辉 冯毅 邵一鸣 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第2期97-101,共5页
1998年广东某戒毒所HIV阳性感染者的血样,经PCR扩增未培养细胞内HIV前病毒基因并对C2-V3区进行测序和分析,发现两例感染者与巴西F亚型毒株BZ163的基因离散率小于4%;Neighbor-joining系统... 1998年广东某戒毒所HIV阳性感染者的血样,经PCR扩增未培养细胞内HIV前病毒基因并对C2-V3区进行测序和分析,发现两例感染者与巴西F亚型毒株BZ163的基因离散率小于4%;Neighbor-joining系统树表明,它们与F亚型聚在一起;通过异源双链泳动技术分析法(HMA)分析,这两例感染者与F亚型形成明显的异源二聚体。上述各项研究结果表明,F亚型HIV-1已传入我国。 展开更多
关键词 HMA HIV 艾滋病 PCR 膜蛋白基因
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群体遗传学研究中STR数据的统计方法应用 被引量:4
3
作者 桂宏胜 杨丽 李生斌 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第12期1443-1448,共6页
STR作为遗传多态性较高的标记,被广泛地运用于群体遗传学的研究。对于STR分型产生的基因型频率及等位基因频率数据,文章总结了各种参数指标的计算及分析方法。其中参数指标包括杂合度、多态信息量、连锁不平衡系数、近交系数、遗传距离... STR作为遗传多态性较高的标记,被广泛地运用于群体遗传学的研究。对于STR分型产生的基因型频率及等位基因频率数据,文章总结了各种参数指标的计算及分析方法。其中参数指标包括杂合度、多态信息量、连锁不平衡系数、近交系数、遗传距离以及固定指数等;分析方法包括主成分分析、系统发生树、分子方差分析、R矩阵、地理信息系统以及空间自相关分析。通过这些参数指标及分析方法的使用,可以既直观又科学地揭示群体遗传结构、群体间遗传分化以及人类起源与进化等群体遗传学中研究的关键问题。 展开更多
关键词 STR 群体遗传学 主成分分析 系统发生树 AMOVA R矩阵 GIS 空间自相关
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AFLP技术的改进及其在果树上的应用 被引量:2
4
作者 刘勇 吴波 +2 位作者 刘德春 黄家权 孙中海 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 2004年第6期923-927,共5页
AFLP分子标记技术是一种基于PCR的高分辨DNA指纹分析方法,和其它标记技术相比,它具有相对简便、快速、可靠、便宜的优点。综合有关文献资料就AFLP的原理、试验技术方面的改进及其在果树遗传多样性检测、种质资源鉴定、亲缘关系分析和遗... AFLP分子标记技术是一种基于PCR的高分辨DNA指纹分析方法,和其它标记技术相比,它具有相对简便、快速、可靠、便宜的优点。综合有关文献资料就AFLP的原理、试验技术方面的改进及其在果树遗传多样性检测、种质资源鉴定、亲缘关系分析和遗传图谱的构建等方面的应用和进展进行阐述。 展开更多
关键词 AFLP 改进后AFLP 遗传多样性检测 亲缘关系分析 种质鉴定 遗传图谱构建 果树
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红曲菌株的RAPD多态性分析 被引量:2
5
作者 丁红梅 葛尔宁 王泽时 《浙江中医药大学学报》 CAS 2007年第5期613-614,617,共3页
[目的]研究红曲分离株的遗传多样性和亲缘关系,为种质鉴定、保护和利用提供参考。[方法]用随机引物对10个红曲菌株进行RAPD分析,从中筛选出63特征性好,多态性高的RAPD图谱,用NTSYS-PC-2.1软件进行同一性和差异性分析并根据遗传距离构建... [目的]研究红曲分离株的遗传多样性和亲缘关系,为种质鉴定、保护和利用提供参考。[方法]用随机引物对10个红曲菌株进行RAPD分析,从中筛选出63特征性好,多态性高的RAPD图谱,用NTSYS-PC-2.1软件进行同一性和差异性分析并根据遗传距离构建系统进化树。[结果]红曲分离株间的同一性平均73.32%,表明它们的遗传背景具有很大的相似性;RAPD聚类结果与菌株的形态差异相关,表明RAPD分子标记进行菌株鉴别与传统形态分类鉴别结果基本一致,鉴别能力较强。[结论]基于RAPD多态性的遗传分析能从分子水平上揭示红曲菌的遗传背景差异,为分类鉴定、种质起源和系统进化提供辅助手段和技术依据。 展开更多
关键词 红曲菌 RAPD分析 遗传同一性 系统进化树
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猪流行性腹泻病毒HB201602株的分离鉴定及S1基因序列分析 被引量:2
6
作者 刘威 袁芳艳 +7 位作者 周丹娜 刘泽文 杨克礼 段正赢 郭锐 高婷 梁婉 田永祥 《湖北农业科学》 2019年第24期227-231,共5页
从湖北地区规模化养殖场疑似腹泻病料中成功检测并分离获得了一株猪流行性腹泻病毒,分离毒株感染Vero细胞可引起明显的细胞病变,病毒效价达1.0×10^5.6TCID50/0.1 mL。间接免疫荧光结果显示HB201602感染细胞后,能被抗PEDV S蛋白的... 从湖北地区规模化养殖场疑似腹泻病料中成功检测并分离获得了一株猪流行性腹泻病毒,分离毒株感染Vero细胞可引起明显的细胞病变,病毒效价达1.0×10^5.6TCID50/0.1 mL。间接免疫荧光结果显示HB201602感染细胞后,能被抗PEDV S蛋白的特异性单克隆抗体所识别,进一步证实所分离毒株为PEDV病毒。基于S1基因构建了系统发育树,表明2011年后分离的毒株大多以G2型变异毒株为主,HB201602属于G2-a亚型(变异毒株)簇。S1基因遗传变异分析发现G1-b亚型毒株与其他簇毒株相比存在9个特异的氨基酸突变,G1-a亚型经典毒株存在4个特异的氨基酸突变,S1基因的变异分析将有助于了解PEDV的遗传变异趋势,为新型疫苗的研发提供依据。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻 分离鉴定 序列分析 系统发育树 遗传变异
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1株类NADC30与类JXA1重组的猪繁殖与呼吸综合征病毒基因组遗传特征分析 被引量:5
7
作者 郭振华 阮海宇 +4 位作者 耿瑞 陈鑫鑫 乔松林 邓瑞广 张改平 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1677-1687,共11页
旨在分析本实验室2017年从临床病料中分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子遗传特征,测定了其全基因组序列,并运用生物信息学软件对其遗传特点进行了分析。结果显示,该... 旨在分析本实验室2017年从临床病料中分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的分子遗传特征,测定了其全基因组序列,并运用生物信息学软件对其遗传特点进行了分析。结果显示,该毒株基因组全长15054 bp,与代表性毒株VR-2332、NADC30、CH-1a、JXA1和QYYZ的核苷酸相似性分别为84.5%、93.4%、84.2%、83.9%和82.1%。系统进化树分析显示,该毒株与NADC30-like毒株处于同一进化分支,属于lineage 1。基于GP5和Nsp2蛋白的氨基酸序列分析显示,分离株GP5蛋白糖基化位点位于34位、44位和51位;在37—45 aa的线性表位区较为保守,在27—30 aa和37—45 aa的线性表位区存在特异的氨基酸位点变异;Nsp2蛋白存在NADC30-lke毒株特征性的131个(323—433位、483位、504—522位)不连续氨基酸的缺失。基因重组分析显示,该毒株以类NADC30为主要亲本、以类JXA1为次要亲本,在Nsp2的氨基端(1340—2082 nt)发生了基因重组。本研究成功绘制了1株NADC30-like毒株的基因组遗传特征,确定了其在Nsp2区域发生了基因重组,提示PRRSV通过基因重组在不断发生遗传演化,开展持续的PRRSV流行及遗传变异监测对于该病的防控具有重要意义。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 同源性分析 系统进化树 遗传变异 基因重组
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泉州市无偿献血者4例HTLV-1毒株膜基因系统树分析 被引量:6
8
作者 林毅胜 吴福林 张志珊 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2004年第5期406-409,416,共5页
目的 HTLV的感染人群分布有明显的区域性特点 ,福建东南沿海是我国HTLV的主要流行区之一 ,输血是HTLV的主要传播途径。因此 ,调查泉州市无偿献血者HTLV - 1感染情况 ,了解该地区HTLV - 1毒株亚型、感染来源、基因特点 ,对阐明我国HTLV ... 目的 HTLV的感染人群分布有明显的区域性特点 ,福建东南沿海是我国HTLV的主要流行区之一 ,输血是HTLV的主要传播途径。因此 ,调查泉州市无偿献血者HTLV - 1感染情况 ,了解该地区HTLV - 1毒株亚型、感染来源、基因特点 ,对阐明我国HTLV - 1分布、起源和传播过程具有重要意义。方法 用PCR法扩增HTLV - 1毒株的外膜基因gp4 6片段 (envgp4 6 ) ,自动测序仪测序 ,并进行同源性比较和系统树分析。结果 获得了泉州无偿献血者 4例HTLV - 1envgp4 6部分氨基酸序列。结论 泉州市 4例HTLV - 1与来自日本、台湾HTLV - 1氨基酸序列接近 ,都属C亚型。 展开更多
关键词 献血者HTLV-1 基因亚型 聚合酶链反应 序列分析 系统树分析
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黄瓜疫霉菌ITS及β-tubulin的扩增和序列分析 被引量:1
9
作者 丁婧 吴晓金 +1 位作者 雷颖 易图永 《中国农学通报》 2015年第32期48-53,共6页
为研究不同来源地黄瓜疫霉菌的系统发育关系以及遗传多样性,从湖南省内5个黄瓜种植区采集具有典型症状的黄瓜疫病病株分离纯化,利用形态学方法观察孢子囊形态。再运用PCR技术分别进行ITS以及β-tubulin扩增测序并与Genbank的中相关序列... 为研究不同来源地黄瓜疫霉菌的系统发育关系以及遗传多样性,从湖南省内5个黄瓜种植区采集具有典型症状的黄瓜疫病病株分离纯化,利用形态学方法观察孢子囊形态。再运用PCR技术分别进行ITS以及β-tubulin扩增测序并与Genbank的中相关序列构建系统发育树。经形态学初步鉴定22株黄瓜疫霉菌株,ITS-PCR序列长度约为780 bp,β-tubulin-PCR序列长度约为800 bp,所有测得序列与下载自Genbank的相关序列存在不同程度的相似性。ITS序列的系统发育分析,用于构建系统发育树的序列分为2个大的聚类I和II,黄瓜疫霉菌均位于I组内,由于来源地差异,不同地区的黄瓜疫霉菌又被聚在不同小类;β-tubulin序列在系统发育分析中被分为4个聚类,22个P.melonis序列与下载的P.melonis序列均在聚类组I中。聚类分析结果表明:疫霉属种群间具有明显的亲缘关系,不同地域的黄瓜疫霉菌遗传多样性表现出差异,但总体趋势是相同来源地的菌株亲缘性比较接近。 展开更多
关键词 黄瓜疫霉菌 遗传多样性 系统发育树 ITS Β-TUBULIN 序列分析
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SifaInDel 45plex体系在我国汉族和蒙古族人群中的应用
10
作者 杨光远 袁春艳 +10 位作者 陶瑞旸 夏若成 王亚丽 董新宇 柴思雨 吴黎明 蒋志伟 蒋婷婷 陈开琴 李成涛 陈丽琴 《法医学杂志》 CAS CSCD 2022年第6期733-738,746,共7页
目的 调查SifaInDel 45plex体系所含InDel位点在我国江苏汉族和内蒙古蒙古族人群中的遗传多态性,并评估该体系的法医学应用效能。方法 应用SifaInDel 45plex体系对上述2个民族共398名无关个体血样进行等位基因分型检测,分别计算2个研究... 目的 调查SifaInDel 45plex体系所含InDel位点在我国江苏汉族和内蒙古蒙古族人群中的遗传多态性,并评估该体系的法医学应用效能。方法 应用SifaInDel 45plex体系对上述2个民族共398名无关个体血样进行等位基因分型检测,分别计算2个研究人群的等位基因频率和群体遗传学参数;以gnomAD数据库中8个不同洲际人群为参考群体,基于27个常染色体InDel位点的等位基因频率,计算2个研究人群与8个参考人群间的遗传距离,并构建系统发育树和多维尺度分析图。结果 2个研究人群中,27个常染色体InDel、16个X染色体InDel位点间均不存在连锁不平衡,等位基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。27个常染色体InDel位点在2个研究人群中的CDP均高于0.999 999 999 9,CPE_(trio)均小于0.999 9。16个X染色体InDel位点在江苏汉族和内蒙古蒙古族女性群体和男性群体中的CDP分别为0.999 997 962、0.999 998 389和0.999 818 940、0.999 856 063,CMEC_(trio)均小于0.999 9。群体遗传学研究结果表明,江苏汉族、内蒙古蒙古族与东亚人群间遗传关系较近,聚为一支;其他7个洲际人群聚为另一支;上述3个人群与其他7个洲际人群间遗传关系较远。结论 SifaInDel 45plex体系中的遗传标记在本研究2个民族人群中具有良好的遗传多态性,可用于法医学个体识别或作为亲权鉴定的有效补充,并可用于区分不同洲际人群。 展开更多
关键词 法医遗传学 遗传多态性 插入/缺失 遗传距离 系统发育树 多维尺度分析
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基于SLAF-seq技术的石斛兰SNP标记开发及亲缘关系分析 被引量:2
11
作者 崔学强 黄昌艳 +3 位作者 邓杰玲 李先民 李秀玲 张自斌 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期141-148,共8页
利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析,为新品种选育亲本选择提供理论依据。以60份石斛兰种质资源为对象,用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析。通过对各样品的测序数据进行... 利用SNP标记技术对收集的石斛兰种质资源进行亲缘关系分析,为新品种选育亲本选择提供理论依据。以60份石斛兰种质资源为对象,用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)对种质进行SNP标记开发及亲缘关系分析。通过对各样品的测序数据进行统计,共获得157.34 Mb Clean Reads数据,各样本Reads数据在576 195-5 359 710之间。样本平均测序质量值Q30为93.85%,平均GC含量为40.16%。通过测序数据分析,共获得1 337 217个SLAF标签,标签的平均测序深度为9.63×,其中具多态性的SLAF标签有1 049 638个。共开发得到11 248 186个群体SNP标记,每个样品的SNP标记数目介于694 015-6 367 379之间,SNP标记完整度为2.71%-24.89%,杂合率为1.13%-5.74%。对群体SNP过滤,共获得31 499个高度一致性的有效SNP标记。利用筛选获得的SNP标记构建系统发育树,60份石斛兰种质资源被分为3个亚群,这3个亚群分别包含材料为Q1:3份,Q2:21份,Q3:36份。种质聚类结果与形态学分类结果基本一致。利用SLAF-seq技术能高效、精确地开发出适用于石斛兰种质遗传分析的SNP标记,开发的SNP标记可为石斛兰育种、遗传图谱构建、品种鉴定以及农艺性状的关联分析等研究提供分子基础。 展开更多
关键词 石斛兰 SLAF-seq SLAF标签 SNP标记 群体结构 发育树 亲缘关系 遗传分析
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一株猪繁殖与呼吸综合征病毒野毒株的基因序列分析 被引量:1
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作者 刘道泉 吴波平 《中国动物检疫》 CAS 2016年第7期86-89,共4页
为了解福建省福州市的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学情况,对从一例猪繁殖与呼吸综合征临床疑似病例中分离的PRRSV,特异性扩增了其ORF3、ORF5、NSP2片段,然后进行基因测序和分析。结果表明:该毒株NSP2编码区、ORF3基因... 为了解福建省福州市的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学情况,对从一例猪繁殖与呼吸综合征临床疑似病例中分离的PRRSV,特异性扩增了其ORF3、ORF5、NSP2片段,然后进行基因测序和分析。结果表明:该毒株NSP2编码区、ORF3基因、ORF5基因与国内流行的PRRSV变异株核苷酸同源性分别在94.9%~97.7%、95.2%~97.7%和96.1%~96.7%。由此推断,该株由国内流行的变异毒株演化而来。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 基因序列分析 进化树
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猪塞内卡病毒全基因组分析及系统进化树构建
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作者 崔慧绮 赵司淼 +1 位作者 冉旭华 闻晓波 《现代畜牧兽医》 2021年第10期5-10,共6页
研究对目前发现的典型A型塞内卡病毒(SVA)毒株进行遗传进化分析,旨在了解该病毒的进化路线,为相关疫苗开发和疾病防控提供参考。研究从NCBI网站中选取220株SVA全基因组序列作为分析对象,使用RDP5软件剔除重组病毒,利用MEGA7和MrBayes软... 研究对目前发现的典型A型塞内卡病毒(SVA)毒株进行遗传进化分析,旨在了解该病毒的进化路线,为相关疫苗开发和疾病防控提供参考。研究从NCBI网站中选取220株SVA全基因组序列作为分析对象,使用RDP5软件剔除重组病毒,利用MEGA7和MrBayes软件将符合要求的184条全基因组序列构建进化树。结果显示,SVA遗传进化历程以时间跨度分为3个进化支。随着时间推移,每个进化分支中的毒株数量逐渐增加,流行扩大化。研究表明,SVA的进化树体现了地域上的屏障,每个国家的SVA分离株大多聚类在一起;该病毒由美国始发,向加拿大、巴西、哥伦比亚、中国、泰国等地扩散,并有向其他国家流行的趋势。 展开更多
关键词 塞内卡病毒 全基因组 遗传进化分析 发育树
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不同来源水稻品种badh2基因的同源性分析 被引量:1
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作者 何婷婷 柴军红 +2 位作者 杨紫薇 陈瑜欣 李雪 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期16-21,共6页
香味基因是香稻育种的关键。本研究采用香味基因Xiang7F/7R对来源于辽宁省农科院和牡丹江市场的9个水稻品种进行序列分析。结果表明:(1)9个水稻品种在近400 bp处均出现一条带。(2)序列同源性分析发现,稼禾1号和龙粳香1号出现8 bp的片段... 香味基因是香稻育种的关键。本研究采用香味基因Xiang7F/7R对来源于辽宁省农科院和牡丹江市场的9个水稻品种进行序列分析。结果表明:(1)9个水稻品种在近400 bp处均出现一条带。(2)序列同源性分析发现,稼禾1号和龙粳香1号出现8 bp的片段缺失和3 bp的碱基突变。(3)日本晴与NCBI上发布的日本晴在该基因位点上存在5个碱基的插入/缺失,同源相似性达到99%。(4)遗传距离和系统发育树均表明,稼禾1号和龙粳香1号的遗传距离为0,聚为同一分支。以上结果表明,香味基因对不同水稻品种具有较高的灵敏度,可用于香稻品种的筛选,进而为后续的香稻品种选育奠定基础。 展开更多
关键词 水稻 香味基因 序列分析 遗传距离 系统发育
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中药白头翁及混伪品的DNA条形码分子鉴定 被引量:9
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作者 张丹纯 宫璐 黄志海 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期896-899,共4页
目的:应用ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL 4条DNA条形码区分白头翁药材及混伪品(委陵菜、翻白草、白鼓钉)。方法:提取样品总DNA,对目的条带进行PCR扩增和双向测序获得序列。通过软件MEGA6.06对序列进行比对、遗传距离分析和进化树构建。... 目的:应用ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL 4条DNA条形码区分白头翁药材及混伪品(委陵菜、翻白草、白鼓钉)。方法:提取样品总DNA,对目的条带进行PCR扩增和双向测序获得序列。通过软件MEGA6.06对序列进行比对、遗传距离分析和进化树构建。采用相似性搜索法(BLAST)评估各序列鉴定成功率。结果:4条DNA条形码最大种内遗传距离均远小于其与混伪品的最小种间遗传距离,PCR扩增效率和测序成功率均为100%,ITS2序列种、属水平鉴定成功率均为100%;进化树显示ITS2、psbA-trnH与matK序列能有效将白头翁药材及混伪品明显区分开,而rbcL序列仅可鉴别出白鼓钉,且ITS2、psbA-trnH从种水平上对白头翁的鉴定能力大于matK序列。结论:ITS2与psbA-trnH序列可对白头翁及混伪品进行鉴别,确认了条形码在白头翁及混伪品中的普适性,为质量标准建立提供了依据。 展开更多
关键词 白头翁 混伪品 DNA条形码 鉴定 遗传距离分析 进化树 聚类分析 二级结构
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深圳市龙华区一起输入性登革热疫情的分子流行病学研究
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作者 许少坚 任燕 +13 位作者 赖晓玲 赵琼 全德甫 蔡妙森 陈宏标 周小峰 方捷 甘中胤 罗经伟 周世权 刘丽珍 彭伟军 王金明 林启辉 《中国热带医学》 CAS 2017年第11期1077-1080,共4页
目的对2017年深圳市龙华区一起输入性登革热病原体进行分子遗传学分析。方法利用C6/36细胞从病人血清中分离登革热病毒(Dengue virus,DENV),对分离得到的DENV的E基因进行测定和系统发生树构建,结合现场流行病学资料对其分子遗传学进行... 目的对2017年深圳市龙华区一起输入性登革热病原体进行分子遗传学分析。方法利用C6/36细胞从病人血清中分离登革热病毒(Dengue virus,DENV),对分离得到的DENV的E基因进行测定和系统发生树构建,结合现场流行病学资料对其分子遗传学进行分析。结果成功分离得到1株DENV-1,命名为SZLH_17JB00855_2017。E基因的扩增获得两条目的产物,分别为1 010 bp和829 bp。目的产物经测序拼接后,最终得到长为1 485 bp DNA序列;NCBI数据库多序列在线比对结果显示SZLH_17JB00855_2017毒株E基因与越南2007、2008及2011年分离毒株E基因序列的覆盖率在99%~100%之间;系统发生树分析结果显示,SZLH_17JB00855_2017与VNBID-V1686/2007、VNBID-V1691/2007、VNBID-V3908/2008、VNBID-V3909/2008、VN09DX879/2011亲缘性最近,与近年来广东省各地市暴发的分离株亲缘性较远。结论现场流行病资料和实验室分子遗传学分析都提示本案例报告的登革热病例属于输入性病例,输入地极有可能是越南。 展开更多
关键词 登革热病毒 系统发生树构建 进化分析
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基于简化基因组测序的籽叶两用茶树遗传分析
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作者 李朵姣 江丽 +2 位作者 袁名安 胡新荣 郑寨生 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2023年第5期1610-1617,共8页
为明确42份籽叶两用茶树资源间的遗传关系,本研究采用双酶切RAD测序技术(ddRAD-seq)对其SNP进行了鉴定。测序数据统计显示:测序质量值Q30的均值为92.43%,GC含量均值为44.04%,共获得28 781 383个高质量SNP,其中纯合突变率均值为25.97%,... 为明确42份籽叶两用茶树资源间的遗传关系,本研究采用双酶切RAD测序技术(ddRAD-seq)对其SNP进行了鉴定。测序数据统计显示:测序质量值Q30的均值为92.43%,GC含量均值为44.04%,共获得28 781 383个高质量SNP,其中纯合突变率均值为25.97%,杂合突变率均值为74.03%,表明其基因组杂合度高;通过SNP变异类型统计发现的6种变异类型以碱基转换为主;基于鉴定到的SNP进行的系统发育树、主成分分析以及遗传结构分析的结果基本一致,结果发现42份资源可以分为2个类群——云南亚种和武夷亚种,两个类群的资源间的亲缘关系较远,遗传多样性差异较大。 展开更多
关键词 籽叶两用茶树 SNP 系统发育树 PCA 遗传结构
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