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PTEN基因编码蛋白及上皮钙粘蛋白和层粘连蛋白受体与胃癌浸润转移的关系 被引量:7
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作者 李晓玲 王艳萍 +2 位作者 吴东瑛 张素敏 辛彦 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第7期599-601,共3页
关键词 pten基因编码蛋白 上皮钙粘蛋白 层粘连蛋白受体 胃癌 浸润 转移
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绿原酸通过基因编码基质相互作用分子/钙释放激活钙调节蛋白通路改善糖尿病小鼠动脉粥样硬化的机制
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作者 杨得奖 李新明 +2 位作者 龚欢 谭彧 周凤 《中国当代医药》 CAS 2024年第20期9-13,共5页
目的探讨绿原酸(CGA)通过基因编码基质相互作用分子1(Stim1)/钙释放激活钙调节蛋白1(Orai1)通路改善糖尿病小鼠动脉粥样硬化(AS)的机制。方法将30只C57BL/6J雄性小鼠随机分为对照组、模型组、CGA组,每组各10只。采用高脂饲料饲养加腹腔... 目的探讨绿原酸(CGA)通过基因编码基质相互作用分子1(Stim1)/钙释放激活钙调节蛋白1(Orai1)通路改善糖尿病小鼠动脉粥样硬化(AS)的机制。方法将30只C57BL/6J雄性小鼠随机分为对照组、模型组、CGA组,每组各10只。采用高脂饲料饲养加腹腔注射50 mg/kg的链脲佐霉素(STZ)建立糖尿病AS小鼠模型,对照组采用普通饲料+等量生理盐水,CGA组建立模型后给予CGA干预,模型组给予等量生理盐水。HE染色、油红O染色观察动脉斑块情况;CCK-8检测主动脉血管平滑肌细胞(VSMCs)增殖活力;qPCR检测Stim1、Orai1表达水平。结果CGA组、模型组的斑块沉积面积大于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);而CGA组的斑块沉积面积小于模型组,差异有统计学意义(P<0.05)。模型组、CGA组的VSMCs增殖率高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);而CGA组的VSMCs增殖率低于模型组,差异有统计学意义(P<0.05)。模型组、CGA组的Stim1、Orai1水平高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);而CGA组的Stim1、Orai1水平低于模型组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论CGA能够改善糖尿病AS及VSMCs增殖,其机制可能与调节Stim1/Orai1通路有关。 展开更多
关键词 糖尿病 小鼠 动脉粥样硬化 绿原酸 基因编码基质相互作用分子1 钙释放激活钙调节蛋白1
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pten敲除小鼠中转录上调基因pdd87编码蛋白定位于高尔基体 被引量:1
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作者 段瑞峰 李刚 +4 位作者 Matthias Groszer 胡迎春 项晓琼 吴虹 吴德昌 《生物技术通讯》 CAS 2004年第3期207-209,共3页
为了明确pten敲除小鼠中转录上调基因pdd87编码蛋白在细胞中的定位,构建PDD87与绿色荧光蛋白(GFP)的融合蛋白表达载体pEGFP-C1-pdd87,利用Lipofectamine2000转染该载体于体外培养的NIH3T3细胞中,采用高尔基体特异探针BODIPYTRC5-Ceramid... 为了明确pten敲除小鼠中转录上调基因pdd87编码蛋白在细胞中的定位,构建PDD87与绿色荧光蛋白(GFP)的融合蛋白表达载体pEGFP-C1-pdd87,利用Lipofectamine2000转染该载体于体外培养的NIH3T3细胞中,采用高尔基体特异探针BODIPYTRC5-Ceramide染色显示高尔基体,激光共聚焦显微镜下观察到PDD87-GFP融合蛋白定位于高尔基体,提示pdd87基因编码的蛋白定位于高尔基体。 展开更多
关键词 pten 小鼠 转录上调基因 蛋白 细胞 高尔基体 磷酸酶及张力蛋白同源体
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长链非编码RNA PTENP1通过miR-3611/PTEN基因途径调控宫颈癌进程的分子机制研究
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作者 包利利 赵达 +1 位作者 俞岩 周俏苗 《中国医药导报》 CAS 2024年第3期19-27,共9页
目的 探讨长链非编码RNA PTENP1 (以下简称“PTENP1”)在宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭的分子机制。方法 选取2019年1月至2022年12月海南省妇女儿童医学中心诊断的54例的癌组织与癌旁组织,另选取宫颈癌细胞系(HeLa、SiHa、C33A、Caski)和... 目的 探讨长链非编码RNA PTENP1 (以下简称“PTENP1”)在宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭的分子机制。方法 选取2019年1月至2022年12月海南省妇女儿童医学中心诊断的54例的癌组织与癌旁组织,另选取宫颈癌细胞系(HeLa、SiHa、C33A、Caski)和正常宫颈上皮细胞系(H8),采用实时荧光定量PCR、蛋白质印迹法检测PTENP1、miR-3611、PTEN基因、PTEN蛋白水平。选取合适的宫颈癌细胞系,比较PTENP1在细胞质和细胞核中的表达情况,并进一步将其分为空白组(无处理)、pcDNA3.1组(转染pcDNA3.1)、pcDNA3.1-PTENP1组(转染pcDNA3.1-PTENP1)、NC组(阴性对照,转染模拟物或抑制剂NC)、miR-3611抑制剂组(转染miR-3611抑制剂)、pcDNA3.1-PTENP1+NC组(转染pcDNA3.1-PTENP1和NC)和pcDNA3.1-PTENP1+miR-3611 mimics组(转染pcDNA3.1-PTENP1和miR-3611模拟物)。比较空白组、pcDNA3.1组、pcDNA3.1-PTENP1组PTENP1、miR-3611、PTEN基因、PTEN蛋白及上皮间质转化的相关指标,采用细胞活力检测及流式细胞仪检测细胞增殖和凋亡情况;比较空白组、NC组、miR-3611抑制剂组miR-3611、PTEN基因、PTENP1水平;比较pcDNA3.1-PTENP1+NC组和pcDNA3.1-PTENP1+miR-361 1 mimics组的细胞增殖情况及上皮间质转化的相关指标。采用双萤光素酶报告基因及RNA下拉实验验证miR-3611与PTENP1、PTEN基因的靶向关系。结果 癌组织PTENP1、PTEN基因、PTEN蛋白水平低于癌旁组织,miR-3611水平高于癌旁组织(P<0.05)。HeLa、SiHa、C33A、Caski细胞PTENP1、PTEN基因、PTEN蛋白水平低于H8细胞,miR-3611水平高于H8细胞(P<0.05),后续实验选择HeLa、Caski细胞进行,PTENP1在HeLa、Caski细胞质中高表达。pcDNA3.1-PTENP1组PTENP1、凋亡率、上皮钙黏素、PTEN基因高于空白组,细胞增殖活力(培养48、72、96h)及ZEB1、Snail、波性蛋白、miR-3611低于空白组(P<0.05)。miR-3611抑制剂组miR-3611低于空白组,PTEN基因、PTENP1高于空白组(P<0.05)。pcDNA3.1-PTENP1+miR-361 1 mimics组细胞增殖活力(培养48、72、96 h)、上皮钙黏素低于pcDNA3.1-PTENP1+NC组,ZEB1、Snail、波性蛋白高于pcDNA3.1-PTENP1+NC组(P<0.05)。野生型miR-3611转染生物素标记的HeLa、Caski细胞的PTENP1水平高于转染生物素标记的空白细胞和突变型miR-3611转染生物素标记的细胞,分别转染PTENP1或PTEN野生型和miR-3611模拟物的293T细胞的相对萤光活性低于仅转染PTENP1或PTEN野生型的293T细胞(P<0.05)。结论 PTENP1通过竞争性结合miR-3611调控PTEN表达影响宫颈癌细胞增殖、迁移和侵袭。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 微RNA 竞争性结合机制 pten基因 宫颈癌
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长基因间非蛋白编码RNA 472对阿尔茨海默病神经元铁死亡的作用机制研究
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作者 林萍 王建东 +2 位作者 李玉岩 李国锋 王英 《大医生》 2024年第21期1-5,共5页
目的探究长基因间非蛋白编码RNA 472(LINC00472)对阿尔茨海默病(AD)神经元铁死亡的作用机制,为临床治疗提供参考。方法选取雄性昆明种小鼠30只,随机分为空白组、模型组、模型+加药组,各10只。空白组小鼠腹腔注射等量的生理盐水和灌胃等... 目的探究长基因间非蛋白编码RNA 472(LINC00472)对阿尔茨海默病(AD)神经元铁死亡的作用机制,为临床治疗提供参考。方法选取雄性昆明种小鼠30只,随机分为空白组、模型组、模型+加药组,各10只。空白组小鼠腹腔注射等量的生理盐水和灌胃等量的双蒸水,模型组小鼠灌胃人β淀粉样蛋白1-42(Aβ1-42)5 mg/kg(双蒸水配制)建立AD模型,模型+加药组小鼠在模型组基础上腹腔注射环磷酸腺苷(camp)筛选出的抑制LINC00472靶向药物。比较3组小鼠迷宫测试结果,脑组织炎症因子水平、β淀粉样蛋白(Aβ)mRNA水平、微管相关蛋白(tau)mRNA水平、谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)mRNA水平、甲基转移酶3(METTL3)水平、凋亡信号调节激酶1(ASK1)水平及3组小鼠的Aβ、tau、GPX4免疫组化检测结果。结果空白组、模型+加药组小鼠Y形迷宫觅食时间、莫里斯水迷宫(MWM)逃逸时间均短于模型组,且空白组均短于模型+加药组;空白组、模型+加药组小鼠MWM有效区域停留时间均长于模型组,且空白组长于模型+加药组(均P<0.05)。空白组、模型+加药组小鼠白细胞介素-6(IL-6)、单核细胞趋化蛋白(MCP-1)、白细胞介素-1β(IL-1β)、AβmRNA、tau mRNA、METT3 mRNA、ASK1水平均低于模型组,且空白组均低于模型+加药组;空白组、模型+加药组小鼠GPX4 mRNA水平均高于模型组,且空白组高于模型+加药组(均P<0.05)。模型组小鼠海马体Aβ1-42沉积增加,模型+加药组Aβ1-42表达水平低于模型组;模型组小鼠海马体tau磷酸化增加,模型+加药组海马体tau磷酸化程度低于模型组;模型组小鼠海马体GPX4表达减少,模型+加药组海马体GPX4表达高于模型组。结论LINC00472抑制有助于减轻神经炎症,减少Aβ沉积、tau磷酸化,并提高GPX4表达,进而通过抑制AD神经元铁死亡改善神经功能,且AD神经元铁死亡的作用机制与METT3/ASK1通路有关。 展开更多
关键词 基因间非蛋白编码RNA 472 阿尔茨海默病 铁死亡
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基于机器学习分析的浸润性乳腺癌蛋白质编码基因的标志物鉴定
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作者 武乐 闵开元 +4 位作者 柳江枫 梁万丰 杨晔宏 胡刚 杨俊涛 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期147-153,共7页
目的应用随机森林(RF)、极限梯度提升算法(XGBoost)、轻量的梯度提升机(LightGBM)、类别型特征提升(CatBoost)4种机器学习算法分析浸润性乳腺癌转录组表达数据,筛选与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物。方法通过癌症基因组图谱公共数... 目的应用随机森林(RF)、极限梯度提升算法(XGBoost)、轻量的梯度提升机(LightGBM)、类别型特征提升(CatBoost)4种机器学习算法分析浸润性乳腺癌转录组表达数据,筛选与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物。方法通过癌症基因组图谱公共数据库下载浸润性乳腺癌的表达数据,采用DESeq2程序包、t检验及Cox单因素分析,对人类浸润性乳腺癌样本中与生存预后相关的差异蛋白质编码基因进行筛选。基于RF、XGBoost、LightGBM、CatBoost等机器学习模型的构建与比较,挖掘浸润性乳腺癌预后相关的蛋白质编码基因标志物,并使用基因表达综合数据库的乳腺癌表达数据作为外部测试进行验证。结果共获得151个与生存预后相关的差异蛋白质编码基因,其中由C3orf80、UGP2和SPC253个基因构建的机器学习模型效果较好。结论筛选出3个(UGP2、C3orf80、SPC25)与浸润性乳腺癌预后相关的生物标志物,为诊断和治疗浸润性乳腺癌提供了新的方向。 展开更多
关键词 浸润性乳腺癌 生物标志物 蛋白编码基因 UGP2 C3orf80 SPC25
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长链非编码RNA母系表达基因8通过微小RNA-495-3p调控急性髓性白血病细胞高迁移率族蛋白A1表达及对细胞增殖、凋亡的作用机制研究
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作者 张璐 郭含梦 王庆义 《陕西医学杂志》 CAS 2024年第7期895-899,共5页
目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)母系表达基因8(MEG8)通过微小RNA-495-3p(miR-495-3p)调控急性髓性白血病细胞(AML)高迁移率族蛋白A1(HMGA1)表达及对细胞增殖、凋亡的机制。方法:选取50例经确诊为AML患者的骨髓活检标本与52例健康骨髓... 目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)母系表达基因8(MEG8)通过微小RNA-495-3p(miR-495-3p)调控急性髓性白血病细胞(AML)高迁移率族蛋白A1(HMGA1)表达及对细胞增殖、凋亡的机制。方法:选取50例经确诊为AML患者的骨髓活检标本与52例健康骨髓捐赠者骨髓标本,常规培养人AML细胞株HL-60,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法骨髓单个核细胞中lncRNA MEG8 mRNA表达。将HL-60细胞分为六组,即HL-60组(HL-60细胞)、si-NC组(转染si-NC)、si-lncRNA MEG8组(转染si-lncRNA MEG8)、mimic-NC组(转染mimic-NC)、miR-495-3p mimic组(转染miR-495-3p mimic)、si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组(转染si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic),CCK-8法检测培养24、48、72 h各组细胞增殖能力,流式细胞术检测细胞凋亡,Western blot法检测细胞中HMGA1表达,双荧光素酶报告基因实验验证lncRNA MEG8、miR-495-3p、HMGA1之间的关系。结果:与对照组相比,观察组lncRNA MEG8 mRNA表达升高(P<0.05)。与miR NC+MEG8 WT组比较,miR-495-3p mimic+MEG8 WT组荧光素酶活性下降(P<0.05),与miR NC+HMGA1 WT组比较,miR-495-3p mimic+HMGA1 WT组荧光素酶活性下降(P<0.05)。与HL-60组、si-NC组、mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8组、miR-495-3p mimic组和si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组24、48 h细胞增殖能力均显著下降,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组细胞增殖率最低(P<0.05)。与HL-60组、si-NC组和mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组HL-60细胞凋亡率高于si-lncRNA MEG8组和miR-495-3p mimic组(均P<0.05)。与HL-60组、si-NC组和mimic-NC组比较,si-lncRNA MEG8+miR-495-3p mimic组HMGA1蛋白表达低于si-lncRNA MEG8组和miR-495-3p mimic组(均P<0.05)。结论:沉默lncRNA MEG8可能通过上调miR-495-3p来下调HMGB1,来抑制HL-60细胞的恶性生物学行为,可为探索AML潜在治疗靶点提供了新思路。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 母系表达基因8 微小RNA-495-3p 急性髓性白血病细胞 高迁移率族蛋白1
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不同结构的蛋白编码基因的密码子偏性研究 被引量:40
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作者 顾万君 马建民 +2 位作者 周童 孙啸 陆祖宏 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期81-86,共6页
利用聚类分析方法 ,对两类具有不同三级结构的75个蛋白的编码基因的密码子使用偏性进行了分析。75个基因样本序列按照对应蛋白的三级结构被很清晰的分成了两类 ,从而发现密码子的使用与蛋白质的三级结构有很大的相关性。
关键词 蛋白编码基因 偏性 密码子 蛋白质三级结构 聚类分析 MRNA
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子宫内膜癌组织中PTEN基因突变及蛋白表达的检测 被引量:18
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作者 徐冰 姚勤 戴淑真 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第1期69-73,共5页
背景与目的:肿瘤抑制基因———第10染色体同源丢失性磷酸酶-张力蛋白基因(phosphataseandtensinhomologdeletedonchromosometen,PTEN)被称为子宫内膜的看家基因。但有关PTEN基因在子宫内膜癌发生发展中的确切作用尚不清楚。本研究旨在... 背景与目的:肿瘤抑制基因———第10染色体同源丢失性磷酸酶-张力蛋白基因(phosphataseandtensinhomologdeletedonchromosometen,PTEN)被称为子宫内膜的看家基因。但有关PTEN基因在子宫内膜癌发生发展中的确切作用尚不清楚。本研究旨在检测子宫内膜癌组织中PTEN基因的突变及蛋白表达情况。方法:应用聚合酶链反应-单链构象多态性分析(polymerasechainreaction-singlestranconformationpolymorphism,PCR-SSCP)和DNA序列分析法,检测52例子宫内膜癌组织和10例正常子宫内膜组织中PTEN基因第5和第8外显子的突变;免疫组织化学法检测PTEN蛋白的表达,并结合临床病理特征进行分析。结果:子宫内膜癌组织的PTEN基因突变率和蛋白缺失率分别为25%和60%,高于正常子宫内膜组织(0%),差异有显著性(P<0.05)。病理学分级为G1、G2及肌层浸润深度<1/2的组织的PTEN基因突变率高于病理学分级为G3及肌层浸润深度≥1/2者,而病理学分级为G1、G2组织的PTEN蛋白表达缺失率低于病理学分级为G3者,差异有显著性(P<0.05)。PTEN基因突变率和蛋白表达缺失率在子宫内膜样腺癌和其它组织类型之间比较,差异有显著性(P<0.05),而在不同手术分期之间差异无显著性(P>0.05)。 展开更多
关键词 子宫内膜癌 pten 基因突变 蛋白表达 检测 癌组织
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酵母双杂交技术筛选Hcbp6结合的肝细胞蛋白编码基因 被引量:29
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作者 王琳 李克 +7 位作者 成军 陆荫英 张健 陈天艳 洪源 刘妍 王刚 钟彦伟 《世界华人消化杂志》 CAS 2003年第4期385-388,共4页
目的:Hcbp6是与核心蛋白相结合的未知功能蛋白基因,为了初步提示他的生物学功能和在细胞中的存在形式,采用酵母双杂交体系寻找与他相互作用的肝细胞蛋白,探讨Hcbp6的生物功能。方法:应用酵母双杂交系统3,构建Hcbp6诱饵质粒并转化酵母AH1... 目的:Hcbp6是与核心蛋白相结合的未知功能蛋白基因,为了初步提示他的生物学功能和在细胞中的存在形式,采用酵母双杂交体系寻找与他相互作用的肝细胞蛋白,探讨Hcbp6的生物功能。方法:应用酵母双杂交系统3,构建Hcbp6诱饵质粒并转化酵母AH109,与含人肝细胞cDNA文库质粒的酵母Y187进行配合,在涂有x-α-gal营养缺陷型培养基(SD/Trp-Leu-His-Ade)上筛选生长。挑选蓝色克隆,提取此酵母克隆的质粒,转化大肠杆菌提取质粒DNA后进行测序,然后进行生物信息学分析。结果:筛选出4种与Hcbp6特异性相互作用的蛋白,包括Paralemmin(PALM)、Ran结合蛋白2(Ranbp2)、跨膜运输蛋白21(Tmp21)和血清白蛋白。结论:推测该蛋白可能为一分泌性蛋白,或与分泌蛋白的形成有关,进一步的生物学功能的研究需要更多的实验加以探讨。 展开更多
关键词 Hcbp6 酵母双杂交技术 筛选 肝细胞 编码基因 生物学 肝细胞蛋白 分泌蛋白 血清白蛋白 核心蛋白 蛋白基因 融合蛋白 肝细胞结合蛋白6 毒性肝炎
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Survivin基因与PTEN蛋白在结直肠腺癌组织中的表达及临床意义 被引量:19
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作者 杨冬 朱尤庆 齐健 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第3期306-309,共4页
背景与目的:结直肠腺癌的发生是多因素作用的结果,survivin基因和PTEN蛋白均参与其中。虽然两者均参与细胞周期调控和细胞凋亡,但两者生物学效应却是相反的。它们在结直肠腺癌中所起的作用及相互关系尚不明确。本研究旨在探讨survivin与... 背景与目的:结直肠腺癌的发生是多因素作用的结果,survivin基因和PTEN蛋白均参与其中。虽然两者均参与细胞周期调控和细胞凋亡,但两者生物学效应却是相反的。它们在结直肠腺癌中所起的作用及相互关系尚不明确。本研究旨在探讨survivin与PTEN在结直肠腺癌发病中的作用及其关系。方法:对42例结直肠腺癌及20例相应的癌旁正常组织用逆转录PCR方法检测survivinmRNA的表达,免疫组织化学SP法检测PTEN蛋白表达。结果:结直肠腺癌组织survivin基因阳性率为54.8%,癌旁正常组织均无表达。Survivin的表达与结直肠腺癌分化程度、Dukes分期有关,而与性别、淋巴结转移情况无关。PTEN蛋白在结直肠腺癌中的阳性率(47.6%)低于癌旁正常组织(90.0%),两者差异有统计学意义(P<0.01)。杨冬,等.Survivin基因与PTEN蛋PTEN蛋白的表达与患者的性别无关,但与肿瘤分化程度、淋巴结转移有较密切关系,与Dukes分期可能有关。随着肿瘤恶性程度加重,survivin表达上调,PTEN表达下降。结论:Survivin基因和PTEN蛋白表达与结直肠腺癌临床病理特征和生物学行为有密切关系,联合检测survivin和PTEN,对诊断大肠腺癌、判断其恶性程度及预后均有一定参考价值。 展开更多
关键词 SURVIVIN基因 pten蛋白 结直肠腺癌 基因表达 细胞周期 细胞凋亡
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日本血吸虫信号蛋白编码基因表达质粒的构建 被引量:6
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作者 李德发 沈继龙 +3 位作者 祖莹 王维 郭泽坤 余龙 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期123-124,共2页
关键词 日本血吸虫 信号蛋白 编码基因 质粒 构建 基因表达
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微小牛蜱铁蛋白编码基因的克隆和分析 被引量:11
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作者 白霞 周金林 +2 位作者 程天印 周勇志 刘毅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期66-69,共4页
从微小牛蜱克隆到1个新的铁蛋白编码基因,cDNA全长642bp,编码区为123 639bp,编码172个氨基酸残基,该蛋白预测的分子量为19 9ku,等电点为4 24。经过分析,其预测氨基酸序列与已报道的变异革蜱、非洲钝缘蜱和蓖子硬蜱铁蛋白同源性分别为93 ... 从微小牛蜱克隆到1个新的铁蛋白编码基因,cDNA全长642bp,编码区为123 639bp,编码172个氨基酸残基,该蛋白预测的分子量为19 9ku,等电点为4 24。经过分析,其预测氨基酸序列与已报道的变异革蜱、非洲钝缘蜱和蓖子硬蜱铁蛋白同源性分别为93 60%、88 37%和83 72%。且核苷酸序列在mRNA5′未翻译区(5′UTR)的茎环结构存在铁应答元件(IRE),其氨基酸序列上带有典型的亚铁氧化酶中心结构的保守序列。RT PCR分析表明,该基因在微小牛蜱卵、幼蜱、半饱血雌蜱、饱血雌蜱和雄蜱这几个阶段均有表达。 展开更多
关键词 蛋白 编码基因 微小牛蜱 克隆 表达 编码 氨基酸序列 硬蜱 保守序列 RT-PCR分析
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胃黏膜癌变过程中PTEN基因编码产物的表达及意义 被引量:8
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作者 李异玲 何向民 +4 位作者 郑华川 吴东瑛 杨雪飞 辛彦 傅宝玉 《世界华人消化杂志》 CAS 2003年第9期1294-1296,共3页
目的:观察抑癌基因PTEN编码产物在胃黏膜癌变过程中的表达,探讨PTEN表达与胃癌发生的关系。方法:选取胃镜下正常胃黏膜、慢性浅表性胃炎、萎缩性胃炎无肠化、萎缩性胃炎伴肠化、中度不典型增生、重度不典型增生标本各60例,选取手术后早... 目的:观察抑癌基因PTEN编码产物在胃黏膜癌变过程中的表达,探讨PTEN表达与胃癌发生的关系。方法:选取胃镜下正常胃黏膜、慢性浅表性胃炎、萎缩性胃炎无肠化、萎缩性胃炎伴肠化、中度不典型增生、重度不典型增生标本各60例,选取手术后早期胃癌、进展期胃癌标本各60例,应用S-P免疫组化方法检测各种胃黏膜病变中PTEN编码产物表达,比较其表达与胃癌发生的关系。结果:PTEN编码产物在正常胃黏膜、慢性浅表性胃炎、无肠化萎缩性胃炎、伴肠化萎缩性胃炎、中度异型增生、重度异型增生、早期胃癌和进展期胃癌中的阳性表达率分别为 100%,98.3%,91.6%,78.3%,75%,63.3%,61.7%,43.3%。在检测的 120例胃癌中,肠型胃癌76例,PTEN表达率为60.5%,弥漫型胃癌44例,PTEN表达率为 38.6%。结论:PTEN基因编码蛋白在胃癌发生过程中进行性下调,PTEN蛋白表达可作为判定胃癌生物学行为的客观指标。 展开更多
关键词 胃黏膜 癌变 pten基因 基因编码产物 肿瘤生物学 胃镜 S-P免疫组织化学
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我国四株狂犬病毒M和P基因序列分析和所编码蛋白的分析 被引量:9
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作者 张强 唐青 +2 位作者 李浩 王环宇 梁国栋 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期115-120,共6页
为了解我国狂犬病毒M、P基因序列和结构特点,用RT-PCR方法获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,计算机分析核苷酸和氨基酸序列及其功能区位点结构。结果显示四株病毒M基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.9%~99.5%和93.1%~99%,四株... 为了解我国狂犬病毒M、P基因序列和结构特点,用RT-PCR方法获得目的基因片段,测定核苷酸序列后,计算机分析核苷酸和氨基酸序列及其功能区位点结构。结果显示四株病毒M基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.9%~99.5%和93.1%~99%,四株狂犬病毒M蛋白上调节病毒RNA转录和复制功能的第58位氨基酸残基均为谷氨酰胺残基(E),与特异性细胞蛋白WW区域作用的PPxY结构序列均为PPEY保守序列;四株病毒P基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.6%~99.8%和87.2%~99%,P蛋白与胞浆动力蛋白轻链LC8相互作用的序列位于143~148位氨基酸残基,均为DKSTQT,四株病毒P基因与L蛋白、N蛋白作用位点序列显示未发生影响其生物学功能的变异。研究结果证实了这两种蛋白结构在病毒致病性中起重要作用的推论。 展开更多
关键词 狂犬病毒 M基因 P基因 测序分析 编码蛋白比较
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SARS病毒基因组所编码的E蛋白的二级结构和B细胞表位预测 被引量:48
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作者 吕燕波 万瑛 吴玉章 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期407-410,共4页
目的 预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位和二级结构。方法 以SARS病毒基因组序列为基础 ,采用Gar nier Robson方法、Chou Fasman方法和Karplus Schultz方法预测E蛋白质的二级结构 ;用Kyte Doolittle方案预测蛋白质的亲水性 ;用Emini方案... 目的 预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位和二级结构。方法 以SARS病毒基因组序列为基础 ,采用Gar nier Robson方法、Chou Fasman方法和Karplus Schultz方法预测E蛋白质的二级结构 ;用Kyte Doolittle方案预测蛋白质的亲水性 ;用Emini方案预测蛋白质的表面可能性 ;用Jameson Wolf方案预测氨基酸的抗原性指数。综合评判 ,预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位。结果 在SARS病毒E蛋白N 端的第 1~ 6、13~ 19、39~ 4 3、4 7~ 6 4区段和第 73~ 76区段有 β 折叠中心 ;第 6~ 12区段和第 6 7~ 6 9区段可能形成转角或无规则卷曲 ,是柔性区域。E蛋白N端第 2~ 13区段和第 6 1~ 74区段为B细胞优势表位区域。结论 用多参数预测SARS病毒E蛋白的二级结构和B细胞表位 。 展开更多
关键词 SARS病毒 基因编码 E蛋白 二级结构 B细胞表位 预测 严重急性呼吸综合征
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不同物种FABP3基因编码区及蛋白生物信息学分析 被引量:10
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作者 高红 彭静 +2 位作者 沈一飞 王颖 徐宁迎 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期31-36,共6页
利用生物信息学和比较基因组学方法对猪、小家鼠、褐家鼠、人、黑猩猩、牛、羊、原鸡、热带爪蟾、非洲爪蟾、斑马鱼、粗尾婴猴、东非狒狒、家猫、狗、野马、普通狨等21个物种的FABP3基因编码区及蛋白质进行分析,探究该基因在种内及种... 利用生物信息学和比较基因组学方法对猪、小家鼠、褐家鼠、人、黑猩猩、牛、羊、原鸡、热带爪蟾、非洲爪蟾、斑马鱼、粗尾婴猴、东非狒狒、家猫、狗、野马、普通狨等21个物种的FABP3基因编码区及蛋白质进行分析,探究该基因在种内及种间的遗传分化关系,并全面了解不同物种FABP3蛋白的理化性质、结构、功能位点等。结果表明:21个物种47条编码区共检测到210个多态位点、28种单倍型,不同物种间的核苷酸歧义度、净遗传距离和遗传分化指数的变化范围很大,FABP3基因编码区在种内及种间均存在遗传变异。FABP3蛋白为酸性蛋白,具疏水性,较稳定,是一种定位于细胞质或细胞器(除内质网和线粒体)基质中的非分泌蛋白,其二级结构主要为伊折叠、α-螺旋和自由卷曲。野猪FABP3蛋白的主要结构为10条反平行伊折叠,且有一个重复的+1拓扑结构包绕着一个配基结合位点,属于Calycin结构超家族。其功能保守区为第7~24位氨基酸,推测其主要功能为结合脂肪酸等疏水性分子或有机阴离子。 展开更多
关键词 不同物种 FABP3基因 编码 蛋白 生物信息学分析
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三角帆蚌GPX基因cDNA全序列的克隆及其编码蛋白的结构分析 被引量:5
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作者 李西雷 汪桂玲 +1 位作者 李家乐 袁一鸣 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期360-368,共9页
根据本实验室构建的三角帆蚌cDNA文库中已标注的EST序列,利用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPX)基因cDNA全序列。序列分析表明,该基因cDNA序列全长1286bp,包... 根据本实验室构建的三角帆蚌cDNA文库中已标注的EST序列,利用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPX)基因cDNA全序列。序列分析表明,该基因cDNA序列全长1286bp,包括5′端非翻译区(Untranslated Region)39bp、3′端非翻译区659bp和开放阅读框(Open reading frame,ORF)588bp,共编码195个氨基酸,分子量约为22.2kDa,理论等电点为8.44,属于含硒类GPX。该氨基酸序列具有GPX所有亚型中均高度保守的3个环状结构,对酶的三级结构起稳定作用。在线分析结果表明:GPX的氨基酸序列不存在明显的疏水区,也不存在信号肽序列。氨基酸相似性对比结果显示,三角帆蚌GPX氨基酸序列与脊椎动物GPX-2及GPX-1的序列相似度较高,为73.1%-80.8%,与其他型GPX相似度较小,相似度低于60%。构建的系统进化树显示三角帆蚌GPX与其他几种鱼类GPX聚为一类,与其他已发表的几种软体动物GPX相距较远,推测本实验克隆的三角帆蚌GPX基因和已发表的软体动物不属于同一种GPX类型。 展开更多
关键词 三角帆蚌 GPX基因 RACE 编码蛋白
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鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析 被引量:7
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作者 郭昱嵩 王中铎 +1 位作者 焦阳 刘楚吾 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第16期7355-7358,7360,共5页
[目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元... [目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元,最好的为ND6和cox2;好的序列为ND5和ND4;ND4L、ND3和ATP8差;包括Cyt b、cox1在内的其余6种基因为中等;在属内种间阶元,最好的为ATP6和cox2;好的序列为ND2和cox1;ND6、ND3和ATP8差;包括Cyt b在内的其余6种基因为中等。另外,分析揭示序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。[结论]线粒体DNA蛋白质编码基因的信息分布具不均一性,需分类阶元选择最佳基因和组合。 展开更多
关键词 鲈形目 线粒体DNA 蛋白编码基因 系统进化
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三株传染性法氏囊病病毒A节段全长基因组结构和编码蛋白的序列分析 被引量:6
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作者 于涟 黄耀伟 +2 位作者 李建荣 宋坤华 叶伟成 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期573-581,共9页
用长距离RT PCR方法分别克隆了浙江地区传染性法氏囊病病毒 (IBDV)细胞致弱株HZ2、弱毒疫苗株JD1和野毒株ZJ2 0 0 0的A节段基因组全长 ,三毒株的A节段均长 32 59bp ,都包含两个相互重叠的开放阅读框架和两端的 5′ ,3′ 非编码区 (NCR... 用长距离RT PCR方法分别克隆了浙江地区传染性法氏囊病病毒 (IBDV)细胞致弱株HZ2、弱毒疫苗株JD1和野毒株ZJ2 0 0 0的A节段基因组全长 ,三毒株的A节段均长 32 59bp ,都包含两个相互重叠的开放阅读框架和两端的 5′ ,3′ 非编码区 (NCR)。它们在核苷酸和推导的四种病毒蛋白VP2、VP3、VP4、VP5的氨基酸水平上高度同源 ,并具有位于VP2高变区的特征性氨基酸H2 53、N2 79、T2 84、R330 ,这些氨基酸是弱毒株和几个强毒株的标志。野毒株ZJ2 0 0 0的高强毒力可能与VP2高变区和VP2 VP4剪切位点附近的几个突变有关。序列比较进一步支持VP2并非是决定IBDV毒力的唯一因素。不同毒力表型毒株的两端NCR序列高度保守提示NCR可能与IBDV毒力并不直接相关。另外 ,根据VP5在十种不同表型毒株中高度保守 。 展开更多
关键词 传染性法氏囊病病毒A节段全长 编码 VP5 VP2 毒力 基因组结构 编码蛋白
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