PTGS2/PLA2G4A基因多态性与精神分裂症的关系

目的 :在中国北方汉族人群中探讨 PTGS2 / PL A2 G4 A基因多态性与精神分裂症的关系。方法 :采用PCR 技术和限制性内切酶片段长度多态性 (RFL P)的方法 ,检测中国北方汉族 16 8个核心家系的基因型。结果 :PTGS2基因的两个 SNPs(SNP1和 SNP2 )与 PL A2 G4 A基因的一个 SNP(SNP3)的等位基因和基因型在病例组和对照组的频数分布差异无显著性 (P>0 .0 5 )。结论 :在中国北方汉族人群中 PTGS2 / PL A2 G4 A基因多态性与精神分裂症的发病可能无关。

RAW264.7细胞Rhoa和Ptgs2基因真核表达载体构建及生物信息学分析

为深入研究Ras同源基因家族成员A(Ras homolog gene family,member A,Rhoa)和环氧合酶2(cyclooxygenase 2,Ptgs2)分子在布鲁菌逃逸机体免疫中发挥的作用,试验对RAW264.7细胞Rhoa和Ptgs2基因进行扩增与克隆,构建真核表达载体并预测生物信息学功能。根据GenBank数据库中公布的RAW264.7细胞Rhoa和Ptgs2基因CDS区序列(登录号:JN971019.1和NM_011198)设计引物,提取RAW264.7细胞总RNA并反转录为cDNA,经RT-PCR扩增Rhoa和Ptgs2片段并测序,将纯化的Rhoa和Ptgs2片段分别与线性化pcDNA3.1质粒相连接,对重组质粒进行测序分析和双酶切鉴定后,利用LipofectamineTM2000转染293T细胞,经实时荧光定量PCR和Western blotting验证Rhoa和Ptgs2基因的表达情况,并应用生物信息学软件对Rhoa和Ptgs2基因进行预测分析。结果显示,试验成功构建了RAW264.7细胞Rhoa和Ptgs2基因的真核表达质粒;实时荧光定量PCR检测均在转录水平上表达;Western blotting可见Ptgs2蛋白在70 ku处有一明显条带,而Rhoa蛋白未出现条带。生物信息学预测显示,Rhoa和Ptgs2基因核苷酸序列相似性较高,在不同物种之间较为保守;Rhoa不具有信号肽,为不稳定蛋白,而Ptgs2在第17-18位氨基酸处存在信号肽,为稳定蛋白;Rhoa和Ptgs2蛋白分别有12和53个潜在的磷酸化位点;二级结构、三级结构均以无规则卷曲为主。本研究成功构建了RAW264.7细胞Rhoa和Ptgs2基因的真核表达载体,均在转录水平上表达,并分析了其生物学功能,为后续开展RAW264.7细胞Rhoa和Ptgs2基因在布鲁菌免疫机制方面的研究提供了工具。

大白猪PTGS2基因外显子2多态性及其与繁殖性状的关联分析

试验旨在研究前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2)基因的单核苷酸多态性,并将其与大白猪的繁殖性状进行关联分析,为猪分子遗传标记提供依据。以美系及法系纯种大白猪基因组DNA为模板,构建DNA混合池,通过克隆测序比对,检测猪PTGS2基因的遗传变异;采用PCR-RFLP技术对多态性位点进行基因分型,并与目标性状进行关联分析。结果显示,在猪PTGS2基因外显子2上存在1个g.86A>G碱基突变,并具有MspⅠ酶切位点多态性,且在大白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;哈迪-温伯格平衡检验结果显示,在法系大白猪群体中,PTGS2基因g.86A>G多态性分布达到遗传平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,在美系大白猪群体中,AA基因型初产母猪弱仔数显著少于AG基因型(P<0.05),AA基因型经产母猪初生窝重显著高于AG基因型(P<0.05);在法系大白猪群体中,GG基因型个体总产仔数、健仔数和初生窝重均高于AA和AG基因型,但未达到显著水平(P>0.05)。PTGS2基因外显子2g.86A>G多态性位点显著影响初生窝重和弱仔数,可作为猪分子标记辅助选择育种的潜在位点。

绵羊ADPN基因和PTGS2基因多态性与产羔数相关性研究

实验旨在研究ADPN基因和PTGS2基因与湖羊和杜泊羊产羔数的相关性,采用直接测序法检测65只湖羊和60只杜泊羊的ADPN基因的第3外显子以及PTGS2基因的第3外显子到第5外显子的多态性,并分析其与产羔数的相关性。结果表明:湖羊在ADPN基因第3外显子的133 bp处突变的密码子由GAT转变成AAT,并使编码的氨基酸由D(天冬氨酸)转变成N(天冬酰胺);在594bp处突变的密码子由AGA转变为AAA,使编码的氨基酸由R(精氨酸)转变为K(赖氨酸);湖羊在PTGS2基因第3外显子的77 bp位点的密码子由AAA转变为CAA,并使编码的氨基酸由K(赖氨酸)转变为Q(谷氨酰胺);但在杜泊羊群体中并没有发现基因的突变。因此推测ADPN基因和PTGS2基因可能是引起湖羊高繁殖力的基因。

大白母猪PTGS2基因内含子3的SNP检测及其与繁殖性状的关联分析

【目的】为揭示PTGS2基因多态性与母猪繁殖性状的关联。【方法】采用PCR产物直接测序法对401头大白母猪PTGS2基因第3内含子的SNP位点进行检测,结合1 786窝母猪繁殖性能记录,采用最小二乘模型分析了各多态位点基因型及其单倍型组合对5个繁殖性状的影响。【结果】大白猪PTGS2基因第3内含子区域存在3个紧密连锁的SNP位点:G227A、A392C和T409C,分别以等位基因G、A、T及其纯合子(GG、AA和TT)、GAT单倍型及GAT/GAT组合的频率最高,各位点杂合度在0.320 9～0.353 6之间,遗传多样性较为丰富;G227A位点的GA基因型、A392C位点的AC基因型、T409C位点的TC基因型及GAT单倍型具有显著提高母猪总产仔数、产活仔数和仔猪21日龄成活数的效应(P<0.05或P<0.01),AA、CC和CC基因型及GCC/GCC单倍型组合具有显著提高仔猪21日龄窝重的效应(P<0.05或P<0.01)。【结论】研究结果丰富了猪PTGS2基因的SNP标记,初步证实PTGS2基因对母猪繁殖性状有显著影响,但其具体效应可能会因品种(或猪群)及具体性状的不同而有一定差异。

山羊前列腺素内过氧化物合酶2基因的多态性检测及生物信息学分析

本试验以贵州省3大地方山羊品种贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊和2个省外地方品种关中奶山羊和内蒙古绒山羊为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对山羊前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin-endoperoxide synthase2,PTGS2)基因进行单核苷酸多态性检测。结果表明,在5个山羊品种中共检测到6个SNPs位点:A96G、C20T、A239G、T192C、T164A和G91C,其中,A96G和T164A分别位于外显子7和外显子8中,且均为同义突变,其余4个变异位点位于内含子中。生物信息学分析显示,外显子7和8中的2个SNPs位点均导致了mRNA二级结构的改变。

基于网络药理学与GEO差异基因芯片数据分析小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制

目的利用网络药理学结合GEO基因芯片分析的方法以及细胞实验研究小白菊内酯治疗宫颈癌的分子机制。方法首先利用GEO数据库获取宫颈癌芯片数据,再通过R软件获得其差异基因,同时绘制火山图。利用Swiss Target Prediction、SuperPred和HERB数据库收集小白菊内酯的作用靶点。通过GEO差异基因、Malacards、PharmGkb、CTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集宫颈癌的疾病靶基因,利用Cytoscape 3.7.2软件制作药物–活性成分–靶点–疾病网络图,通过String数据库和Cytoscape3.7.2软件对交集基因进行蛋白相互作用(PPI)网络富集分析。利用R语言的clusterfiler程序包对小白菊内酯治疗宫颈癌的潜在作用靶标进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后,通过人宫颈癌HeLa细胞模型验证小白菊内酯的作用机制。结果获取88个小白菊内酯靶基因,8167个宫颈癌的疾病靶点,26个差异基因,3个在宫颈癌中表达上调,23个在宫颈癌中表达下调。PPI网络以及拓扑分析结果显示,Toll样受体4(TLR4)、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、人细胞色素p450家族成员2C9(CYP2C9)、细胞色素P4503A4酶(CYP3A4)、组蛋白脱乙酰基酶2(HDAC2)、溴结构域包含蛋白2(BRD2)和溴结构域包含蛋白4(BRD4)是小白菊内酯治疗宫颈癌的7个核心基因。GO富集分析得出小白菊内酯影响的生物学过程(BP)有452个,包括对外源性刺激的反应、雌激素代谢过程等,作用的细胞组合(CC)有43个,包括组蛋白脱乙酰酶复合物、组蛋白甲基转移酶复合物等,作用的分子功能(MF)有41个;KEGG通路富集分析结果显示小白菊内酯治疗宫颈癌可能涉及药物代谢–细胞色素P450、细胞色素P450对异种物质的代谢及Toll样受体信号通路等信号通路。MTT实验证明,小白菊内酯以剂量相关的方式抑制HeLa细胞的增殖,IC50值为6μmol/L。结论小白菊内酯能够明显抑制Hela细胞增殖,作用机制可能涉及多个靶点和多条通路。