基于多组学数据分析PUF家族基因在肝癌中的表达及其临床意义

目的 探讨PUF家族基因(PUM1、PUM2、PUM3)作为肝癌的潜在预后标志物及其可能的分子调控机制。方法 TCGA数据库分析PUM1、PUM2、PUM3在正常肝组织、癌旁组织和肝癌组织中的表达及差异;Kaplan-Meier曲线分析PUM1、PUM2、PUM3表达与肿瘤患者预后;c Bio Portal数据库分析PUM1、PUM2、PUM3在肝癌中的突变情况;String网站及Cytoscape软件构建PUM1、PUM2、PUM3共表达基因的蛋白互作网络;GO/KEGG对PUM1、PUM2、PUM3共表达基因进行功能富集分析;TIMER 2.0数据库分析PUM1、PUM2、PUM3与肿瘤免疫细胞浸润的相关性。结果 PUM1、PUM2、PUM3在肝癌组织的表达高于癌旁组织及正常肝组织(P均<0.001);PUM1、PUM2、PUM3阳性蛋白表达主要集中于细胞核或细胞质;PUM1表达与患者年龄、BMI及组织学分级相关(P均<0.05);PUM2表达与患者性别、年龄及病理分期相关(P均<0.05);PUM3表达与肿瘤T分期及病理分期相关(P均<0.05);PUM1、PUM2、PUM3高表达的肝癌患者预后差(P<0.05);PUMs共表达基因主要富集于RNA剪切、P53类介质对信号转导的正向调节作用、剪接体组装、转录因子复合体、钙粘蛋白(Ecadherin)结合、P53结合位点及细胞周期等通路。同时PUM1、PUM2、PUM3表达与辅助性T细胞、中枢记忆性T细胞、辅助性T细胞2及嗜酸性粒细胞浸润水平呈正相关关系。结论 PUM1、PUM2、PUM3在肝癌发生发展过程中发挥重要作用,可作为潜在的分子治疗靶点和预后评价标志物。

PUF家族蛋白表达及功能研究进展

PUF家族蛋白是一类高度保守的RNA结合蛋白,在真核生物的基因转录后调控中起着重要的作用,同时对于低等动物和哺乳动物,PUF同源基因在生殖细胞和配子的发育过程中也起着重要的作用。PUF蛋白具有多种典型的特征和生物功能。目前关于果蝇和线虫PUF蛋白的研究有很多,但是对哺乳动物PUF蛋白在各个器官组织表达的研究还比较少,PUF蛋白在哺乳动物生长和发育过程中的功能还不明确。