基于Illumina MiSeq高通量测序的燕麦种带细菌多样性及功能分析

采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分类单元(OTUs),主要归属于33个门、180个目和435个属。2)基于OTUs的丰度及注释信息,7份燕麦种带细菌群落中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门和蓝菌门为优势菌门,立克次氏体目和鞘脂单胞菌目为优势菌目,鞘氨醇单胞菌属、Solibacter和假节杆菌属为优势菌属。3) Alpha多样性和Beta多样性表明不同燕麦品种的细菌群落多样性和群落结构具有较大差异,其中LXY-5具有最大的Alpha多样性。LEFSe分析更进一步显示不同的燕麦品种生物标记的物种不同。4) PICRUSt和FAPROTAX功能预测分析表明,燕麦种带细菌群落主要有代谢、有机系统和人类疾病3个代谢通路,分属于有42个KEGG和24个COG的二级代谢途径;FAPROTAX功能注释后共获得52个生态功能。研究结果为明确燕麦种带细菌多样性及开发新型基因资源提供了理论依据。

利用三代测序技术鉴定c.586T>C突变导致的Bel亚型

目的利用PacBio三代测序技术鉴定c.586T>C突变导致的Bel亚型,并分析Bel亚型家系的血型血清学特点。方法ABO血型表型检测使用血清学方法,对ABO正反定型不符的家系标本进行ABO基因第6、7号外显子Sanger测序。利用PacBio三代技术对先证者及其子女的3例样本进行ABO基因全长单体型分析。结果先证者血清学表型为Bel亚型,测序技术鉴定ABO基因序列第7外显子存在c.586T>C位点突变,三代测序单体型鉴定先证者ABO基因型为ABO^(*)BEL(c.586T>C)/O01.02,其长子和长女基因型为:ABO^(*)A1.02/BEL(c.586T>C)、ABO^(*)B.01/BEL(c.586T>C)。结论c.586T>C位点突变是导致本例Bel的分子基础,PacBio三代测序技术能够精准鉴定ABO亚型单体型。

扬子鳃蛭线粒体基因组全序列测定及其系统学地位——基于Pacbio和Illumina技术

利用Illumina和Pacbio测序技术对扬子鳃蛭(Ozobranchus jantseanus)线粒体基因组全序列进行测序及注释,并与NCBI数据库中蛭纲(Hirudinea)其他物种的线粒体全序列的排列方式和系统进化关系进行了比较,以确定其系统学地位.结果显示:获得的线粒体基因组序列长度为14868 bp,蛋白编码基因存在2种起始密码子,分别为ATG和ATT;终止密码子共有4种,分别为TAA,TAG,TA和T;蛭纲10个物种的线粒体基因组全序列基因排序可分为2种类型,其差异表现在tRNAs的互换和长非编码区的长度的不同;扬子鳃蛭所属的吻蛭目(Rhynchobdellida)均为b型,绝大部分无吻蛭目(Arhynchobdellida)的排列方式为a型.基于蛭纲物种的13个蛋白编码基因(PCGs)的Neighbor-Joining(NJ)树进化分析显示,扬子鳃蛭与其他吻蛭目物种聚类.

基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装

【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试验动物,基于BGI MGISEQ构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术组装及构建汶上芦花鸡全基因组信息数据库,利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装和功能注释。【结果】试验共获得BGI二代测序数据量59.70 Gb;获得PacBio三代测序数据量31.13 Gb,reads平均长度为15362 bp;获得Hi-C数据量95.37 Gb;拼接和初步组装得到基因组大小为1.12 Gb,经Hi-C辅助组装后,共有1.07 Gb的序列挂载到41条染色体上,挂载率95.62%,基因组contigs N50为9.61 Mb,scaffold N50为91.29 Mb,BUSCO评估为98.50%,基因组连续性和完整度良好;预测基因组有22.57%的重复序列,有426个tRNAs、56个rRNAs、260个miRNAs和308个snRNAs;共预测得到蛋白编码基因17338个,其中96.00%的基因在数据库中得到了功能注释;组装获得汶上芦花鸡Z染色体长度约88.23 Mb,预测并注释到蛋白编码基因742个,这些基因显著富集于氨基酸、脂肪等代谢相关通路,在汶上芦花鸡Z染色体上准确定位了TYRP 1、CDKN 2 A、SLC 45 A 2等羽色相关基因。【结论】研究获得了汶上芦花鸡高质量染色体水平基因组,丰富了家鸡基因组遗传信息,准确定位了Z染色体上一些羽色相关基因。研究结果可为从全基因组水平挖掘汶上芦花鸡优异性状调控机制奠定基础。

基于Illumina PE300高通量测序的海南糟粕醋微生物多样性分析

目的研究海南糟粕醋中微生物的多样性,分析海南糟粕醋在自然条件下贮藏时的优势菌及风险菌。方法采用Illumina PE300高通量测序技术对海南糟粕醋中细菌和真菌群落进行多样性分析,扩增糟粕醋中细菌的16S rDNA和真菌的ITS序列。结果细菌多样性测序获得306,600条序列,130,745,424碱基(base pair,bp),505操作分类单元(operational taxonomic units,OTU),可归属为23门(phylum)、51纲(class)、115目(order)、191科(family)、312属(genus)、432种(species);真菌多样性测序获得612,015条序列,132,784,567 bp,27 OTU,可归属为3 phylum、7 class、12 order、18 family、24 genus、25 species。糟粕醋在自然条件下贮藏时,主要细菌属为:乳酸菌属(Lactobacillus)、棒杆菌属(Corynebacteriums)、乳酪短杆菌属(Brevibacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus)、葡萄球菌属(Staphylococcus);主要真菌属为:哈萨克斯坦酵母(Kazachstania)、伊萨酵母属(Issatchenkia)。未经灭菌的糟粕醋可能存在的风险菌为:炭疽杆菌(Bacillus anthracis)、伯克霍尔德菌(Burkholderia cepacia)、布鲁氏菌(Brucella)、肉毒杆菌(Clostridium botulinum)。结论在糟粕醋中细菌的组成更为复杂,但真菌对糟粕醋品质的影响较大,本研究获得糟粕醋在自然放置条件下微生物菌群的变化,为糟粕醋的贮藏提供理论支持。

基于PacBio三代测序的茯茶加工过程真菌群落分析

茯茶是陕西省地理标志产品,具有重要商业价值。目前茯茶生产过程中的真菌群落组成变化情况尚不清楚。为了解茯茶生产过程中真菌群落变化情况,为生产过程的微生物安全控制提供数据支撑,文章以茯茶生产过程中主要阶段的制品样品为研究对象,采用PacBio三代测序技术分析原毛茶、渥堆期、发花期、干燥期和陈化期真菌群落多样性及组成。结果表明样品测序获得的序列数范围从12771到13110,获得序列的平均长度分别为554 bp。样品香农指数随着序列数的增加趋于平稳,覆盖率均达到1,测序结果反映了实际的群落组成,且测序深度已经基本覆盖到样品中的所有物种。从茯茶原毛茶到渥堆期,再到发花期,真菌群落多样性不断减少,干燥期和陈化期群落多样性和组成与发花期基本相似,原毛茶时期表征真菌群落多样性的香农指数高达1.99,渥堆期降为1.06,而发花期、干燥期和陈化期分别为0.15、0.11和0.21。在群落组成方面,原毛茶比发酵茯茶含有相对丰度较高的节担菌纲种群(Wallemiomycetes),相对丰度约为27.3%。在渥堆期,银耳纲(Tremellomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)和锤舌菌纲(Leotiomycetes)相比其他时期丰度增加。在随后的生产过程中,包括发花期、干燥期、陈化期,主要优势菌种是冠突散囊菌(Eurotiomycetes)中的曲霉属(Aspergillus),相对丰度达到98%以上,是这三个时期的生物标记种群。以上研究结果为茯茶标准化生产中微生物控制提供了数据基础。

Illumina MiSeq高通量测序分析核桃内生细菌多样性

应用Illumina Mi Seq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性。获得了用于分析的有效序列63 183条,OTU数为103。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。核桃样品的Chao1指数为105.143,Shannon多样性指数为1.823。核桃内生细菌主要分布于鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,27.27%)、盐单胞菌属(Halomonas,27.27%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,45.45%),这3个属是核桃内生细菌优势菌属。

Illumina测序16S rRNA标签法分析细菌性阴道病患者阴道菌群多样性

目的从菌群总体角度分析和比较健康育龄期女性和细菌性阴道病(BV)患者阴道菌群差异。方法采集临床Amsel标准及Nugent评分筛选的37例BV患者及37例健康育龄期女性阴道穹窿分泌物标本,提取总基因组DNA,对16S rRNA V6区基因进行扩增,所有扩增的PCR产物经IIlumina测序后,通过BIPES、UCHIME、TSC、GAST最终得到样品的物种信息。结果健康育龄期女性阴道分泌物乳酸杆菌占95%以上,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者比例相当,同时存在少量加德纳氏菌属,颗粒链球菌属,链球菌属,普氏菌菌属,埃希氏杆菌属和其它菌属;30例BV患者阴道菌群Alpha多样性明显增加(P<0.001),Beta多样性也发生了明显变化,表现为乳酸杆菌明显减少,其相对比例从45%到1%(24例),以惰性乳酸杆菌为主,部分患者(6例)甚至未检出,同时加德纳氏菌属,普氏菌菌属,颗粒链球菌属,厌氧球菌,微单胞菌属,Peptoniphilus.harei-消化链球菌属,戴阿李斯特杆菌属等相对丰富度增加,不同于既往研究的是7例BV患者以少见的格氏乳杆菌,嗜酸乳杆菌为优势菌群,约占75%～50%。结论健康育龄女性阴道菌群以乳酸杆菌占绝对优势,单独以惰性乳酸杆菌或卷曲乳酸杆菌为主,或者两者相当,并与多种微生物并存;大部分BV患者阴道菌群表现为乳酸杆菌显著减少甚至缺失,小部分BV患者以少见的格氏乳酸杆菌、嗜酸乳酸杆菌为优势菌群。

基于Illumina高通量测序的泡桐转录组研究

利用新一代高通量测序技术平台Illumina Solexa对泡桐进行转录组测序和数据denovo组装,并对得到的unigene进行功能注释、分类及代谢通路分析。结果表明,N50值为2278bp、平均长度为1410bp的泡桐unigene共有188019条,将其与NCBI的Nr和Swiss-Prot数据库比对后发现,分别有120808条和85880条unigene与其他物种的基因具有同源性。利用COG数据库可将有关的41914条泡桐unigene分成25类,KEGG数据库分析发现共有43553个unigene参与215种代谢通路。找到与木质素合成相关的泡桐unigene。

基于纯培养方法和PacBio三代测序技术研究蒙古国传统酸马奶中乳酸菌多样性

通过纯培养方法结合PacBio三代测序技术对采自蒙古国的12份传统酸马奶中的乳酸菌多样性进行研究。应用传统的纯培养技术从12份传统酸马奶样品中分离出62株乳酸菌,通过16S rRNA基因序列分析和系统进化关系研究,62株乳酸菌被鉴定为5个属,6个种,分别是:25株瑞士乳杆菌、20株植物乳杆菌、7株产马乳酒乳杆菌、5株屎肠球菌、3株嗜热链球菌和2株粪肠球菌。采用PacBio SMRT测序技术研究其中8份样品中乳酸菌的多样性,宏基因组测序得到的优势菌为乳酸菌,同时也检测到一些痕量的其它种属细菌。共检测到5个乳酸菌的属,分别是:乳杆菌属、乳球菌属、链球菌属、明串珠菌属和肠球菌属,20个乳酸菌的种,即:瑞士乳杆菌、乳酸乳球菌、副乳链球菌、棉子糖乳球菌、肠膜阴串珠球菌和产马乳酒乳杆菌。宏基因组测序相对含量表明:蒙古国酸马奶样品中乳酸菌优势属为乳杆菌属(95.56%),优势种为瑞士乳杆菌(94.64%),纯培养方法和宏基因组三代测序方法都表明瑞士乳杆菌为蒙古国传统酸马奶中的优势菌种。宏基因组测序技术除检测到纯培养获得的菌株外,还获得14个低丰度乳酸菌,如棉籽糖乳球菌、肠膜明串珠球菌和开菲尔乳杆菌等,这些菌在酸马奶中含量较少。通过PacBio SMRT测序技术可以全面了解酸马奶中乳酸菌的多样性,为通过纯培养方法获得低丰度乳酸菌提供指导。

采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

本试验旨在采用Illumina MiSeq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina MiSeq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P<0.10)。2)不同日龄健康幼兔盲肠微生物各菌门的相对丰度差异不显著(P>0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P<0.05)。3)健康幼兔盲肠中均存在乳杆菌属,且相对丰度在各日龄组间差异不显著(P>0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。

Illumina测序技术在母血检测胎儿非整倍体中应用

目的研究Illumina测序技术在母血中检测胎儿非整倍体的可行性,及其在无创性产前诊断中的应用前景。方法 68例孕12-39周具有产前诊断指征的单胎妊娠孕妇抽取外周血进行离心、提取血浆中游离DNA,运用Illumina Hiseq2000测序技术进行DNA测序及统计分析。结果 68例孕妇通过Illumina测序技术检测出3例21三体,2例18三体、1例13三体及1例47,XYY。因为濒死胎儿羊水脱落细胞活力极低而致羊水培养失败,传统型染色体核型分析未检测出1例21三体。结论 Illumina测序作为一种无创性产前诊断技术,可准确地筛查21、18、13、X、Y等染色体非整倍体异常,具有安全、准确率高及假阳性率低的优点,值得临床推广。

Illumina MiSeq高通量测序降解黑龙江绥化地区玉米秸秆细菌菌群的研究

以研究黑龙江绥化地区农产废弃物玉米秸秆细菌降解菌群为目的,采用Illumina MiSeq微生物多样性测序的方法,对2015～2017年玉米秸秆的菌群多样性进行测序。采用生物信息学的方法对低温自然降解秸秆细菌群落中主要降解菌进行分析,并筛选了2015～2017年玉米秸秆中两株丰度最高的纤维素降解细菌,经多次分离纯化并结合刚果红染色法验证其低温降解纤维素的功能。结果表明,测序获得61564385 bp,质控后共141219条16S rDNA序列,Silva数据库比对到14门、29纲、70目、136科、282属。其中假单胞菌属(Pseudomonas)、根瘤菌属(Rhizobium)、德沃西亚菌属(Devosia)、黄杆菌属(Flavobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)和链霉菌属(Streptomyces)等是降解秸秆的主要细菌菌株,即该地区玉米秸秆细菌菌群多样性丰富,且研究筛选出的两株细菌具有纤维素降解能力。

利用Illumina MiSeq测序平台分析沐川乌骨黑鸡空肠微生物多样性

为探索沐川乌骨鸡肠道微生物多样性,采用Illumina MiSeq测序平台对10羽沐川乌骨鸡的空肠内容物样本中微生物的16S rDNA-V4变异区进行测序,利用UPARSE等软件分析和统计样品中的操作分类单元(OTUs)数量,并进行物种注释及丰度分析,揭示样品的物种构成。结果表明,共获得667466条tags,在97%相似水平上进行OTU分类,被归类于3154个OTUs,且由稀释曲线可知此次测序结果较全面地覆盖了沐川乌骨黑鸡空肠微生物群落。门水平上,占优势的门主要有厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria),但这3种优势菌门在不同样品中所占比例均有所差异。在属水平上,在10个样品中所占比例均大于1%的菌属有乳杆菌属(Lactobacillus)和Romboutsia菌属。

采用Illumina测序技术检测非小细胞肺癌驱动基因关键位点突变

肺癌尤其是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancers,NSCLC)是许多国家常见且病死率位于首位的恶性肿瘤[1]。目前认为NSCLC是由一系列驱动基因突变形成的恶性肿瘤,包括EGFR、ALK、KRAS、NRAS、BRAF、HER-2、ROS1、RET、MET和PIK3CA等基因。现阶段手术、化疗、放疗等治疗手段效果均不理想[2],针对以上10个基因突变的分子靶向治疗的出现给患者带来了新曙光,但前提是必须有精确的分子学信息,这就要求有合适的分子检测方法。Illumina测序技术已应用于多种常见肿瘤基因的检测,如乳腺癌、胰腺癌等。本文现介绍采用Illumina测序技术在检测和分析NSCLC以上10个驱动基因关键位点突变的应用。

基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析利川酱豆真菌多样性

该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门(Ascomycota)(96.79%)和担子菌门(Basidiomycota)(2.63%);核心真菌属为毕赤酵母属(Pichia)(37.46%)、曲霉属(Aspergillus)(29.48%)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)(3.92%)、假丝酵母属(Candida)(2.86%)、Starmerella(2.62%)、节担菌属(Wallemia)(2.19%)和镰刀菌属(Fusarium)(1.03%),且核心真菌之间的相关性均不显著(P>0.05)。

应用Illumina Miseq测序技术分析传统酸马奶细菌多样性

利用Illumina Miseq高通量测序并结合数理统计对传统酸马奶的细菌多样性进行分析。结果表明,其优势细菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),两者相对丰度之和可达98%;在属水平检出78个细菌属,其主要为乳杆菌属(Lactobacillus)和链球菌属(Streptococcus),两者相对丰度可达70%~82%。此外,发现牧民手工酿造酸马奶样品的细菌多样性要显著高于农场生产样品,且两者的细菌群落结构存在明显差异。该研究全面了解传统酸马奶的细菌种群分布,为工业化生产提供理论依据及筛选潜在价值的益生菌提供数据参考。

基于Illumina高通量测序的马来熊(Helarctos malayanus)粪便菌群多样性初探

应用新一代高通量测序技术Illumina Miseq对上海动物园3只马来熊的12个粪便样本中的菌群结构及其多样性进行检测和分析。样中共检测到884 522条序列,共检测到15个菌门,主要有7个优势菌门,按照多样性高低依次是:厚壁菌门(Firmicutes)(54.70%)、变形菌门(Proteobacteria)(41.90%)、梭杆菌门(Fusobacteria)(1.80%)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)(0.70%)、放线菌门(Actinobacteria)(0.20%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和未定门(TM7)。粪便样本中能够确定到菌属的序列占73.10%,以链球菌属(Streptococcus),大肠杆菌/志贺菌属(Escherichia-Shigella)和梭状杆菌属(Clostridium)为优势菌属。3只马来熊粪便菌群多样性比较:LS02粪便菌群多样性最高,其次是LS01,和LS03。结论:马来熊粪便菌群存在个体差异,但同一个体的优势菌群组成非常相似,年龄和性别可能会对马来熊粪便菌群产生影响。

基于illumina测序技术的IGROV-1/CP细胞中miRNA种类鉴定及相对丰度分析

从正常培养的IGROV-1/CP细胞中提取小RNA,构建小RNA的cDNA文库,然后用illum ina通用测序平台对上述cDNA文库进行测序。从测序获得的序列数据中去除冗余数据后,与已知人类m iRNA序列数据库进行比对,获得IGROV-1/CP细胞m iRNA表达谱。以所获的序列长度与已知人类m iRNA数据库中序列长度差异不大于2和无碱基错配为限制条件,共找到53种已知m iRNA。按在cDNA文库测序中的出现频率计算,出现频率不大于10的低拷贝m iRNA最多,占检测到所有m iRNA种类的56.6%。说明illum ina通用测序技术能够在检测细胞内的各种小RNA序列的同时反应相对丰度信息,该研究利用上述新技术获得了顺铂耐药性IGROV-1/CP细胞系m iRNA表达种类和相对丰度的实验数据。

采用Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响

本研究旨在基于Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响。试验分为6组,以500 g精粗比为40∶60的全混合日粮为发酵底物,分别添加0(对照)、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 g/kg的葡萄籽原花青素。体外发酵24 h后提取各发酵液总DNA,采用Illumina MiSeq PE300高通量测序平台进行测序。结果表明:1)与对照组相比,添加0.1、0.2 g/kg葡萄籽原花青素降低了产甲烷菌的分类操作单元(OTUs)数量,添加0.3、0.4、0.5 g/kg葡萄籽原花青素增加了产甲烷菌的OTUs数量,但差异并不显著(P>0.05);葡萄籽原花青素添加量对Chao1指数和Shannon指数均无显著影响(P>0.05),即对产甲烷菌的多样性没有显著影响。2)在门水平上,与对照组相比,添加0.3、0.4、0.5 g/kg葡萄籽原花青素显著降低了广古菌门的丰度(P<0.05)。在科水平上,与对照组相比,甲烷杆菌科的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加有降低的趋势,且在添加量为0.4 g/kg时丰度显著降低(P<0.05); Methanomassiliicoccaceae的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而增加,且当添加量为0.3、0.4 g/kg时显著增加(P<0.05)。在属水平上,与对照组相比,甲烷短杆菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.4 g/kg时显著降低(P<0.05),当添加量为0.5 g/kg时有回升的趋势,但是仍低于对照组;甲烷杆菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.4、0.5 g/kg时显著降低了该属的丰度(P<0.05); Candidatus_Methanoplasma的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加有上升趋势,且当添加量为0.3、0.4 g/kg时显著增加了该属的丰度(P<0.05);甲烷球形菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.3、0.4、0.5 g/kg时显著降低了该属的丰度(P<0.05)。由此可知,添加葡萄籽原花青素在门、科、属水平上均对奶牛体外瘤胃产甲烷菌区系有一定的影响。