海绵Pachychalina sp.体内古菌多样性非培养技术分析

采用非分离培养分析方法 ,即 16SrDNA限制性酶切片段长度多态性 (ARDRA)和测序方法对南海湛江海域海绵Pachychalinasp .体内的古菌多样性进行了研究。从海绵体内直接提取古菌总DNA。以样品总DNA为模板 ,用古菌 16SrDNA通用引物进行PCR扩增获得 16SrDNA ,回收、纯化 16SrDNA产物并克隆到T Vector。进行第二次PCR扩增反应 ,且对扩增产物进行ARDRA。在古菌 16SrDNA的ARDRA图谱中 ,大多数克隆的酶切带谱上存在差异 ;随机挑选 8个克隆子进行测序 ,获得古菌 16SrDNA的部分序列 ,并对 16SrDNA序列进行聚类分析构建了系统进化树 ,结果发现海绵体内的古菌主要属于Methanogeniumorganophilum、Methanoplanuspetrolearius等古菌类。但它们与目前数据库中收录的古细菌间的相似性均不超过 90 % 。

温度对厚指海绵Pachychalina sp.体内真细菌的影响

温度是影响微生物多样性的重要因素之一。【方法】本研究采用16S rDNAs扩增产物酶切片段多态性(amplified rDNArestriction analysis,ARDRA)和16SrDNAs序列分析方法,对生长在16℃和30℃条件下厚指海绵Pachychalinasp.体内真细菌(eubacteria)的多样性进行了研究,【目的】探讨温度对海绵体内细菌的影响。【结果】根据ARDRA聚类分析,16℃条件下海绵体内100个真细菌的16SrDNAs克隆片断被分成34个类群,而30℃条件下,海绵体内100个细菌的16SrDNAs克隆片断则被分为32个类群,说明在不同温度条件下,海绵体内真细菌的组成与群落结构有所变化,但研究发现温度没有明显改变海绵体内真细菌总的群落结构。【结论】根据厚指海绵Pachychalinasp.体内真细菌的16SrDNAs序列分析结果发现:在16℃和30℃条件下,海绵体内的真细菌均属于α、γ、δ-变形菌、硫细菌、硫还原菌和烃类分解菌,此外还有少数放线菌。16℃条件下海绵体内的优势菌为γ-变形菌,而且体内的硫细菌和硫还原菌主要是耐寒细菌,而30℃条件下海绵体内的优势菌为α-变形菌。该研究还发现:同一ARDRA类型的克隆序列分析表明在同一ARDRA群内各组分间彼此关系比较密切。