DGGE法检测稻田蓝细菌及硅藻的遗传多态性

运用对蓝细菌和硅藻 16SrRNA特异的引物对 ,将稻田土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后 ,通过DGGE技术对PCR产物进行分析 .结果表明 ,在水稻生长的不同时期 ,稻田蓝细菌及硅藻种群也在变化 ,田间不同位置蓝细菌及硅藻种类也有所不同 。

DGGE法与常规培养法对稻田蓝细菌多态性分析结果比较

研究运用蓝细菌和硅藻16SrDNA特异引物,将晚季水稻生长后期稻田土壤中提取的总DNA进行PCR扩增后,以DGGE技术对PCR产物进行分析结果表明,14条DGGE带经克隆测序,经NCBI基因库比对得晚季水稻生长后期存在10种蓝细菌,包括4种Leptolyngbya、1种Chamaesiphon、1种Nostoc、1种Oscillatoria、2种Syne-chococcus和1种Chroococcidiopsis。同层不同位置土壤中蓝细菌种群亦有所不同,但每个取样点都有一些特有的蓝细菌种类。用常规方法对同一稻田土壤样品进行分离培养,根据蓝细菌鉴定图谱观察到类似Lyngbya、Oscillatori-a、Chroococcidiopsis及Nostoc的蓝细菌,但显微镜下无法准确分类。比较结果表明采用DGGE法比常规培养法能更准确进行蓝细菌多态性鉴定。

PCR-DGGE技术解析东北稻田蓝藻群落结构

[目的]明确东北稻田生态系统蓝藻群落结构组成变化及主要驱动因子。[方法]采用蓝藻特异性引物GC-Cya-b-F371和Cya-R783对采自东北不同土壤类型稻田土壤及田面水提取的DNA进行PCR扩增,采用DGGE电泳和条带测序技术解析稻田蓝藻群落结构。[结果]多样性指数表明,土壤中蓝藻群落结构比田面水体丰富。图谱冗余分析(RDA)显示,稻田土壤中蓝藻群落结构具有明显的地域差异,土壤碳氮比值是驱动土壤蓝藻分布的主要环境因素;而田面水体蓝藻群落结构地域差异不明显,p H值是驱动水体蓝藻分布的主要环境因素。DGGE条带测序发现,稻田蓝藻群落结构组成以丝状颤藻亚纲蓝藻(Oscillatoriophycideae)为主,一些条带基因序列与已知蓝藻相似度低于97%。[结论]东北稻田生态系统蓝藻群落结构复杂多样,生存着一些未知的蓝藻种群。