利用PCR技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartii subsp.stewartii)

根据玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartiisubsp.stewartii)ITS基因序列,设计并合成了特异性PCR检测引物,对玉米细菌性枯萎病菌和非玉米细菌性枯萎病菌的标准菌株进行了PCR扩增反应.结果显示,玉米细菌性枯萎病菌的PCR产物出现301 bp的特异性扩增条带,而非玉米细菌性枯萎病菌均未出现扩增条带;其PCR检测的灵敏度为612 pg/μL.因此PCR技术是一种特异、灵敏、快速检测玉米细菌性枯萎病菌的方法.

利用巢式PCR检测玉米细菌性枯萎病菌

利用通用引物扩增了玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的转录间隔区并进行了序列测定。通过序列比较,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌的专化性引物,并对所有参试菌株进行扩增。结果显示:该对引物能从参试的玉米细菌性枯萎病菌中特异性地扩增出1条299bp的条带,而其他参试菌株没有扩增信号。与扩增细菌ITS区域的通用引物结合使用,建立了检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌的巢式PCR技术,其检测灵敏度可达到4个细菌细胞,可以准确、灵敏地检测和鉴定玉米细菌性枯萎病菌。

16S nested-PCR技术检测玉米细菌性枯萎病菌(英文)

玉米细菌性枯萎病是玉米上的重要种传病害,病原菌为Pantoea stewartiisubsp.stewartii。本研究设计了16S通用引物,扩增该病菌及其近似种的16S rDNA,通过序列测定和分析,针对该病菌设计了特异性引物,采用nested-PCR技术,能够准确地区别该病菌及其近似种,检测的灵敏度在DNA水平上达到10-3pg级,检测活菌则达到2 cfu。检测人工污染的玉米种子时,不受种子提取液中其它物质的干扰,灵敏度依然达到2 cfu。

玉米细菌性枯萎病菌16S rDNA基因克隆及TaqMan探针实时荧光PCR

为给农业和植物检疫部门提供一种特异性强、灵敏度高,可以快速、直接检测植物病原菌的方法,将玉米细菌性枯萎病菌16SrDNA基因克隆测序,根据该细菌与其他细菌菌株16SrDNA序列差异,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定点突变的特异性探针,除泛菌属3个种和欧氏菌属3个种外,还对假单胞菌属1个种,黄单胞菌属1个种,棒形杆菌属1个种,短小杆菌属1个种以及5种植原体进行了实时荧光PCR检测.结果表明:只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光,其他细菌和植原体都没有荧光产生.检测的灵敏度为104CFU/mL的菌悬浮液,相当于4个细菌细胞的基因,灵敏度高,也就是说,反应体系中只要有2个活细菌,实时荧光PCR就能检测到.相对灵敏度为107CFU/mL,而且整个检测过程只需2h,由于实验采用独特全封闭反应管及光电传导系统,不用凝胶电泳,降低了污染.

玉米细菌性枯萎病及其病原菌的检测技术

玉米细菌性枯萎病是影响玉米生产的重要病害 ,该病害通过带菌的种子进行远距离传播 ,对该病菌的检测成为防止和控制该病害的重要手段。介绍现有的检测该病菌的各种方法 ,即黑色素选择培养法、double sandwichELISA以及RAPD PCR ,LCR PCR ,Nested PCR ,multiplePCR和荧光实时PCR等分子生物学检测方法 ,并对这些方法的特性进行比较和探讨。

玉米细菌性枯萎病菌纳米磁标记免疫层析检测试剂与试纸条

分别以粒径为50和100 nm的羧基化纳米磁珠,通过碳二亚胺(EDC)/N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)交联法使磁珠与抗体偶联,制备出可特异性识别玉米细菌性枯萎病菌的两种纳米免疫磁珠试剂。基于双抗体夹心法,经实验条件优化,选用100 nm的羧基化纳米磁珠为磁标记探针,组装了玉米细菌性枯萎病菌磁标记免疫层析检测试纸条。该方法用于玉米种子中玉米细菌性枯萎病菌的检测,检出限为1.0×106CFU/m L,15 min内可通过肉眼判读结果,也可用超顺磁共振检测仪实现量化检测,具有简便、快速、现场化检测的优势。

基于锁式探针技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌

目的:建立一种检测玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的方法,为同时检测这2种检疫性细菌提供技术手段。方法:基于靶标序列设计2种检疫性细菌的锁式探针,与靶标菌进行连接消化反应,然后采用通用引物进行滚环扩增,其产物与偶联上对应捕获探针的微球进行杂交,最后通过液相悬浮芯片二重检测。结果:该检测方法能够有效地检测2种检疫性细菌,其检测阈值为103CFU/m L,具有良好的可重复性。结论:建立了一种快速、灵敏的玉米细菌性枯萎病菌和玉米内州萎蔫病菌的二重检测方法。

玉米细菌性枯萎病菌EGase内切葡聚糖酶蛋白纯化研究初探

目的研究玉米细菌性枯萎病菌EGase内切葡聚糖酶蛋白纯化的方法。方法以玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartii subsp.stewartii)菌株为材料,分离纯化其内切葡聚糖酶Egase。制备EGase浓缩液,浓缩液经Sephradex^(TM)G-75凝胶过滤层析和DEAE-Sephorose Fast Flow阴离子交换柱层析等提纯步骤,获得了凝胶电泳均一的内切葡聚糖酶。结果经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测为一条电泳带,纯化后的EGase是单体蛋白,分子量约为72.3 k Da。Egase酶反应的最适温度是60℃,最适pH为5.0。结论本研究从玉米细菌性枯萎病菌中分离得到了一种新的内切葡聚合糖酶,对其部分性质进行了表述,为后续EGase基因的克隆及表达研究提供了研究基础。

玉米细菌性枯萎病菌荧光重组酶介导等温扩增检测方法的建立与应用

【目的】建立一种快速、灵敏、特异的玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartii subsp.stewarii)重组酶介导等温扩增(recombinase-aided amplification,RAA)检测方法。【方法】以玉米细菌性枯萎病菌pstS-glmS基因序列作为靶标序列,设计、合成荧光RAA检测引物和探针,并进行灵敏性测定、特异性验证;使用建立的荧光RAA检测方法检测玉米模拟样本和玉米真实样本,参照标准SN/T 1375-2004方法同步复核,评估荧光RAA检测方法的可靠性。【结果】成功建立了玉米细菌性枯萎病菌荧光RAA检测方法。该方法反应快速,在39℃条件下20 min内即可完成检测反应,特异性好,且灵敏度为280 fg/μL;利用该方法检测6份模拟样本结果阳性,24份真实样本结果呈阴性,与参照标准SN/T 1375-2004检测结果一致。【结论】成功建立了玉米细菌性枯萎病菌快速、灵敏和特异的荧光RAA检测方法,可用于玉米细菌性枯萎病菌的现场检测。

玉米细菌性枯萎病和玉米内州萎焉病的酶联免疫—实时荧光PCR检测

针对玉米细菌性枯萎病和玉米内州萎焉病这两种检疫性病菌进行酶联免疫—实时荧光PCR检测研究,对该方法进行了特异性、灵敏度以及实际样品模拟试验。结果表明,该方法具有较好的特异性,检测低限在100～200 cfu·m^L-1,同时可用于实际样品的检测鉴定。

富贵竹过氧化物酶全长基因的克隆与表达分析

[目的]克隆富贵竹全长POD基因,检测富贵竹感染斯氏泛菌(Pantoea stewartii)后该基因的表达。[方法]用PCR克隆富贵竹(Dracaena sanderiana)POD部分基因,用hiTAIL-PCR扩增该基因左右两侧序列。通过RT-PCR和qPCR确定POD基因在病原物侵染时的表达。[结果]获得一个长度为3419 bp的序列,登录号为MZ450796。经基因结构预测,该序列包含1个转录起始位点、加尾信号和4个外显子。进化树分析表明,该基因编码的氨基酸序列与芦笋POD的氨基酸序列一致性最高。接种P.stewartii后,POD基因的表达上调,3 d达最大值。[结论]克隆了富贵竹全长POD基因,确定了POD基因在富贵竹叶片中表达和结构预测的正确性;POD基因被P.stewartii诱导上调表达。

玉米细菌性枯萎病菌实时荧光PCR检测方法的建立

玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartii subsp. stewartii,Pss)是我国进境植物检疫性有害生物。根据Pss与其近似种序列差异,设计特异性引物PS3F/PS3R和探针PS-3P,建立Pss实时荧光PCR检测方法。测试结果显示,供试的6株Pss菌株均有阳性扩增,其他74株供试菌株和空白对照均为阴性扩增,菌体DNA的检测低限为13 fg;对模拟带菌玉米种子进行实时荧光PCR检测并建立标准曲线,R2=0.998 8,线性关系良好。本文建立的实时荧光PCR检测方法可为口岸检疫提供一种准确快速检测方法。

玉米细菌性枯萎病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立

成功建立了玉米细菌性枯萎病菌快速检测鉴定的实时荧光PCR方法。该方法根据细菌16S rDNA序列的特异性,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变特异性探针,并对10种细菌菌株和5种植原体进行了实时荧光PCR。结果表明,只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光信号,而其它参考菌不产生荧光信号,检测的绝对灵敏度是14.2 fg/μl质粒DNA,比常规的PCR电泳检测高约100倍。整个检测过程只需2h,完全闭管,降低了污染的机会,无须PCR后处理。

玉米细菌性枯萎病菌的环介导恒温扩增(LAMP)检测方法

为了提高口岸和基层实验室检疫和监测玉米细菌性枯萎病菌的准确性和工作效率,利用环介导恒温扩增技术(LAMP),根据内切葡聚糖酶(EGase)基因前导序列,设计2个内引物和2个外引物,对玉米细菌性枯萎病菌进行快速检测。结果表明,使用玉米细菌性枯萎病菌的近缘种或引致相似症状的病原菌菊欧文氏菌玉米致病变种Erwinia chrysanthemi pv.zeae、玉米内州萎蔫病菌Clavibacter michiganensis subsp.nebraskensis、燕麦假单胞菌Pseudomonas avenae、杓兰欧文氏菌Erwinia cypripedii检测其特异性,仅玉米细菌性枯萎病菌有扩增。LAMP检测灵敏度达到2 pg DNA,为普通PCR的100倍;与其它检测方法相比,LAMP方法检测时间短,效率高,不仅降低了设备投入,易于操作,而且具有较高的灵敏度和特异性,适合玉米细菌性枯萎病菌的现场检疫和大规模检测。

玉米细菌性枯萎病菌LAMP检测方法的建立

利用玉米细菌性枯萎病菌基因组DNA特有的保守区域设计LAMP(loop-mediated isothermal amplification)引物,通过优化其反应条件,建立了玉米细菌性枯萎病菌的LAMP检测体系。以多种参比菌DNA为模板对LAMP检测体系的特异性进行了验证,利用玉米细菌性枯萎病菌DNA溶液和菌液梯度稀释液对LAMP检测体系的灵敏度进行了验证。在特异性测试中,LAMP检测体系仅对玉米细菌性枯萎病菌进行扩增,对非靶标菌不产生扩增。LAMP检测体系DNA和菌体检测灵敏度分别达到了0.858×10-4ng/uL和45 CFU/mL。为玉米细菌性枯萎病菌的检测提供了一种新的、简便的、快速的检测手段。

玉米细菌性枯萎病菌PCR检测

根据GenBank中玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的16S序列差异,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌特异性引物Ps2r/Ps3r,该引物能从供试的7株玉米细菌性枯萎病菌中特异性扩增出一条268 bp的预期条带,供试的32株近似种菌株都没有扩增产物;与国内外文献报道的其它5对特异性引物相比,除引物PSA/PSB外,引物DEP1/DEP2、ES16/ESIG2c、HRP1d/HRP3c和CPSL1/CPSR2c在不同程度上对部分近似种菌株出现了扩增。试验结果表明,引物Ps2r/Ps3r和PSA/PSB能特异性扩增玉米细菌性枯萎病菌,得到预期的扩增产物。对不同系列稀释度的DNA和玉米样品中病菌的检测结果表明,由引物Ps1/Ps4和Ps2r/Ps3r组合的巢式PCR方法的检测灵敏度高于引物ITSA/ITSB和PSA/PSB组合的巢式PCR方法,也高于Bio-PCR检测方法;前者可以检测到玉米种子中300 cfu/sample的目的细菌,该检测方法在进境玉米种子样品玉米细菌性枯萎病菌的检疫中具有比较理想的应有潜力和推广价值。

玉米细菌性枯萎病菌检测引物/探针的特异性评估

利用6株玉米细菌性枯萎病菌(Pantoea stewartii subsp.stewartii,PSS)和29株相关菌株对报道的18对检测引物/探针的特异性进行测试。试验结果显示,其中16对引物/探针会出现假阳性或弱假阳性扩增,仅引物cpsAB2313F/cpsR和DC283galE/DC283galEc可以特异检测目的菌,两对引物的检测灵敏度分别为0.1 pg和1 pg。根据测试结果,推荐这2对引物用于检测玉米细菌性枯萎病菌,优先推荐引物cpsAB2313F/cpsR。